十月庚午，以水灾免直隶淮安府、邳、徐等州正官入觐。辛未，改镇守两广总兵、镇远侯顾寰充总兵，提督漕运，镇守淮安地方。
十一月壬寅，初，给事中林懋举、御史王民皆言：“南京浦子口，宜设战船，习水战，以备不虞。”南京兵部尚书屠楷等言：“留都长江天堑，南有新江口营，统水卒以扼江洋之险；北有浦子口营，统陆卒以遏凤阳之冲，至严也。今浦子口，军不满二千，不能当江口之十一，而水战又非所长，不若量增逻卒，置之江口。而于浦口沿江增墩台十座，选军二百人守之。长江寇来，陆军协力拒战，绝其登岸之谋；北岸有警，水军沿江应援，断其入江之路，庶为长便。”兵部复，当如楷言。报可。
十二月壬子，河道都御史曾钧奏上治河方略，自房村集至双沟、曲头诸处当浚，自徐州高庙至邳州沂河诸处当筑堤，约工费当用银十一万三千余两有奇。乞发淮、扬余盐并邻省事例银两协济，其诸省解京扣剩、河道及南直隶赃罚等银，亦宜暂留，以助大工。工部复议。上曰：“河患异常，所在有司，漫不经心，姑记罪候处。钧所请俱从之。仍令会同漕运都御史连，以实举行。自后河道钱粮，别衙门不许擅自动支。”癸亥，法司上是岁恤刑官论囚矜疑之数。南直隶江南七十二人，诏免死发戍。
三十二年正月戊寅，先是大学士严嵩等言：“徐、邳等十七州、县，连被水患，民饥剽劫，吏不能禁，恐生他变。乞命户部给发余盐银两及徐、淮等仓存留粮米，选差大臣出赈。仍令工部行巡抚及河道官，急将黄河下流设法疏浚，令水归故道，百姓有庐室田亩可依，得以安堵。”上从其言，命河道都御史曾钧，漕运都御史连，作速勘处以闻。至是钧等奏谓：“刘伶台至赤晏庙凡八十里，乃黄河下流，顷为淤沙壅塞，以致奔溃，此其疏浚所最先者。次则草湾老黄河口冲决，淹没安东一县，亦当急筑。既成之后，宜筑长堤矶嘴，以备冲击。又三里沟新河口，比旧口水高六尺，若开旧口，虽有沙淤之患，而为害稍轻，若开新口，未免淹没之虞，而漕舟颇便。宜将新口暂闭，建置闸座，及将高家堰增筑长堤。原建新庄等闸，加石修砌，以遏横流。但挑筑工料，计用银十三万九百余两，乞发淮、扬、浒墅三钞关并芜、杭二抽分银两解用。”工部复议，从之。已命发淮、徐仓粟、麦四万石，运司余盐银五万两，遣刑部左侍郎吴鹏往赈之。
闰三月甲戌，海贼汪直纠漳、广群盗，勾集各岛倭夷，大举入寇。连舰百余艘，蔽海而至。南自台、宁、嘉、湖以及苏、松，至于淮北，滨海数千里，同时告警。
四月壬午，初，山东、江北连岁水旱，饥民蜂起为盗。剧贼时洲、时恺、马爱等，各聚众数百人，流劫沂、邳间，烧毁泇口镇，地方甚被其害。巡按直隶御史李逢时以闻。诏停山东、淮安抚臣沈应龙、连及兵备等官俸，令克期平定。至是山东麦收甚穰，饥民多归就业。应龙等复檄许群盗自首，于是贼势衰耗，诸首恶多就擒。应龙等以事平具闻。诏斩所擒获诸盗，而贷其自首者。命应龙等支俸如故。戊子，倭寇犯太仓州，攻城不克，分众四掠，烧毁关厢庐舍。癸巳，倭寇破松江上海县。丁酉，改南京吏部尚书潘潢为南京兵部尚书，参赞机务。倭寇攻吴淞江所、南汇所，俱破之，分兵掠江阴。庚子，江北倭掠海州，杀二百余人。
五月癸丑，倭寇复入上海县，烧劫县市。知县喻显科逃匿，指挥武尚文及县丞宋鳌俱战死。贼屯县中七日，纵火焚官民廨宇庐舍略尽。丁巳，淮安府知府张敦仁上言：淮、徐连遭水旱，请将漕粮折银蠲免。又淮安、大河、邳州三卫、守御东、西二海所，官军俸粮岁五万七千余两，请如先年例，暂留钞关银数万两，或拨运司盐银给之。户部议复：“京储至重，不得尽免。上年漕粮折银，仍令起解。今年已征在官者起运，未征者姑俟秋成如数带征。其官军俸粮，当以盐银一万二千两给之。”诏如拟。甲子，添设金山参将一员，分守直隶苏、松等处，防海备倭。庚午，南京兵科给事中贺泾奏：“上年倭寇突犯浙东，未遭挫衄。今岁勾煽丑类，连艘内讧，以浙省防御渐密，乃泊守宝山，进窥苏、湖等郡。窃惟留都根本重地，海洋密迩。镇江京口，乃江淮咽喉，瓜埠、仪真又漕运门户。
今贼势披猖，防制疏略，万一黠寇匪茹，横掠而西，将致根本震动，运道艰阻，为害非浅。矧今西北疲于边烽，而疮痍未苏，中原困于饥馑，而萑苻不靖。其财赋供亿，所仰给者，唯东南数郡已尔，复被寇燹，若此真可寒心。臣考嘉靖八年、十九等年，皆因海寇窃发，添设总兵官驻扎镇江，事平面罢。今请暂设此官，俾整饬上下江洋，总制淮海并辖苏、松诸郡，庶事权归一，缓急有赖。”南京广西道御史汪克用亦以为言。兵部复：“总兵官如议添设，令驻扎金山卫节制将领，镇守沿海地方，调募江南北徐、邳等处官、民兵，以充战守。其操江都御史敕内，未载海防，并当增易。”上命：“暂设副总兵一员，提督海防。应用兵粮，巡抚并操江官协议以闻。操江都御史敕书不必更换。余如所议。”已，乃命分守福、兴、漳、泉参将汤克宽充海防副总兵，提督金山等处。
六月壬午，谪总督漕运兼巡抚凤阳都御史连于外任，坐地方灾盗，匿不以闻故也。乙酉，改赈济淮、徐刑部左侍郎吴鹏为兵部左侍郎兼都察院右副都御史、总督漕运兼巡抚凤阳。壬辰，巡抚应天都御史彭黯、巡按御史陶承学等言：“寇势日炽，非江南脆弱之兵，承平纨袴之将所可办者。请得以便宜调山东、福建等处劲兵，及敕巡视浙江都御史王忬督发兵船，犄角攻剿。”疏下，兵部复：“山东陆兵不娴水斗、福建海沧月港亦在戒严，岂能分兵外援。宜令黯等就近调处州坑兵一二千名，仍随宜募所属滨海郡县义勇、乡夫，分布防御。并请命王忬互相应援，其应用兵船、粮饷、器械、火药，许征发在所支用。”署南京兵部事、尚书孙应奎亦言：“倭夷劫掠，渐近留都。沿江津隘，已议调官军防守。应用甲仗、粮刍，乞命南京户、工二部给发。”上俱允之。
七月戊申，巡抚应天都御史彭黯以倭寇出境，浮海东遁来闻。寇自闰三月中登岸，至六月中始旋，留内地凡三月。若太仓、嘉定诸州县，金山诸卫所皆被焚掠，上海县、昌国卫、南汇、吴淞江、乍浦、螓屿诸所皆为攻陷，崇明、华亭、青浦等县乡镇，焚荡略尽。向来所称江南繁盛安乐之区，骚然多故矣。甲子，史褒善为南京都察院右佥都御史、提督操江。
八月丁丑，起服阕户部尚书张经为南京户部尚书。
九月癸丑，总理粮储、巡抚应天都御史彭黯以江南连年倭寇，兵饷不给。乞暂留布匹、船料、事例、折粮民壮、弓兵银以济军饷。又言：“太仓、上海、嘉定被患特甚，宜破格优恤抚属。兑军粮米，每于年终征完俟兑，而运船多至次年三四月始至水次。时海潮风汛，事变可虞，乞敕漕运都御史将减存未运现在粮船，先拨于上海、嘉定、昆山、常熟，江阴、丹徒诸处，于年终兑载。”章下户部，言：“布匹、船料、事例、折粮银，皆内府太仓急需，非所敢议。惟去年巡按御史徐洛籍报，苏、松、常、镇四府实在银二十八万两有奇，可备军饷。其优恤太仓、嘉定、上海，及漕运兑载事宜，请如黯议。”报可。甲子，以灾饥，诏免淮、扬二府所属州、县及各卫，所税粮有差。仍敕有司出赎金贩济。增设分守直隶通、泰等处参将一员。辛未，倭贼百余，由华亭县漴缺登岸，流劫戚水泾、金山卫等处。自六月中，倭大举东遁，江南稍宁。惟崇明南沙泊失风寇几三百人，舟坏不能去。总兵汤克宽、佥事任环列兵守之，月久未克。至是寇警又作，远近震恐。