七月戊申，革金山备倭都司，改设参将一员于苏、松，暂设参将一员于常、镇。壬子，南京兵部尚书张时彻等奏：“应天等府地广，巡抚一人，控制为难。乞添设兵备或巡抚以便责成。”部议：添设兵备副使一员，于句容、溧阳、广德，往来驻扎，选调建阳、宣州，新安三卫官军并所属民兵，相兼操练，听督抚官调遣。”疏入。得旨：“迩者，每遇贼警，所司不思设谋战守，辄议增官，随以无补罢之，殊为纷扰。且苏、松、浙江添官未为不多，选用匪人，何能有济。所议姑允行，事宁具奏裁革。”癸丑，江南金泾、许浦、白茆港诸倭俱载舟出海，总兵俞大猷督各水兵把总刘堂、火雷、余昂等引舟师追及于茶山，纵火焚其五舟，余贼走马迹山、三板沙。复以兵追击之，坏其三舟，凡斩贼首六十七级，生擒四十二人。是时，江阴蔡港倭亦引舟出洋，我兵分击于马迹、马图、宝山等处，共擒斩九十余贼。值飓风大作，贼舟多溺，官兵船坏损者亦众。次日柘林寇亦载舟出洋，为官兵冲击及海风簸荡，沉没二十余舟，余贼复回泊海港，登岸劫掠。丙辰，南京兵部尚书张时彻等言：“倭夷侵迫畿辅，而京军远戍京口，非计。乞掣回防守。”从之。
八月癸亥朔，倭自南京至秣陵关。应天推官罗节卿、指挥徐承宗率兵千人守关，望风奔溃。贼遂过关至溧水县杨林桥，典史林文景率兵迎遏，不能御。署县丞赵珠臣弃城走，贼遂由小北门入城，宴饮民家，信宿乃去。辛未，柘林贼载舟出海，佥事董邦政、总兵俞大猷各督所部水兵分哨击之，斩首七十有奇，获船九艘。邦政复以嘉定兵击贼于宝山，斩首九十八级。甲戌，溧水倭流劫溧阳，趋宜兴，至亭，闻官兵自太湖出，取道官路桥、黄土，越武进县境，抵无锡惠山寺，一昼夜奔一百八十余里。官兵追及，急击之。贼疲走望亭，次日至浒墅关。都御史曹邦辅督各官兵围之。乙亥，柘林开洋贼，遭风坏三舟，余贼三百有奇，自蔡庙港登岸，流至华亭县陶宅镇据之。壬辰，督察军情、侍郎赵文华陈海防五事：“一、复更番出洋之制。国初海防之设极善，今乃列船港次，犹之弃门户而守堂室，浸失初意。宜分乍浦之船以守海上阳山；苏、松之船以守马迹；定海之船以守大衢。三山品峙、哨守相联。
更以副总兵屯泊陈、钱诸岛，以扼三路之冲，使贼不得越；二、总兵既屯海上，须藉舟师。今所造福船未办，所调广船未集，请以宁、绍、台、温、苏、松捕鱼船，及下捌山捕福仓等船，约束分布，相兼战守；三、浙直地势相连，互为唇齿，宜设正、副总兵官二员，分驻金山、临山会要之地，共守陈、钱；而以参将分守马迹等三山，各督汛地，则势成犄角；四、沿海一带，军伍不充。请籍现募乡兵万人，岁给半粮，免其他役，给闲田屯种，仿古寓兵于农之意；五、拒寇海中功与战胜内地者异，宜厚其升赏。斩贼一颗，为首者升二级，为从者给赏。总兵等官，能使贼船不能登岸者，以保障论功。若无首级而止获贼船者，亦以大小论级。”兵部复：“其议俱可行，但乡兵万众，人给半粮，当议所出。恐江南赋已繁重，未免纷扰，事宜寝。”上从部议。苏、松巡抚曹邦辅檄佥事董邦政、把总娄宇以沙兵击浒墅关倭寇，歼之。初，贼自宜兴奔苏州，会柘林贼为风飘旋者三百余，进据陶宅港。邦辅虑二贼合，且为大患，乃亲督副使王崇古，会集各部兵，扼其东路，四面蹙之。贼逃至五龙桥，复至梅湾山，我兵随地与竞，颇有斩获。太仓卫指挥张大纲被杀，兵卒伤亡亦众。时邦政、宇督沙兵守陶宅。邦辅计陶宅贼据险且众，未可进兵。乃召邦政、宇以沙兵助剿，一战斩首十九级，贼始惧，奔吴舍，欲潜走太湖。官兵觉之，追及于杨林桥，尽殪其众。此贼自绍兴高埠奔窜，不过六七十人，流劫杭、严、徽、宁、太平，至犯留都，经行数千里，杀戮及战伤无虑四五千人。凡杀一御史、一县丞、二指挥、二把总，入二县，历八十余日始灭。
九月乙未，命南京右府佥书署都督佥事方恩，挂印充总兵官，提督漕运，镇守淮安。督察军务，侍郎赵文华，大集浙、直兵，来攻倭于陶宅。贼分众迎敌，我兵大败。浙江领兵指挥邵昇、姚泓，直隶领兵千户刘勋俱死。是时，文华以苏寇之捷己不得与为恨，现调兵四集，谓陶宅寇乃柘林余孽，可取。浙江巡抚胡宗宪因大言寇不足平，以悦其意。遂悉简浙兵精锐得四千人，文华、宗宪亲将之，营于松江之砖桥。因约应天巡抚曹邦辅以直隶兵会剿，定期浙兵分三道直兵分四道，东西并进。贼悉锐冲浙江诸营，皆溃。官兵挤沉于水及自蹂践死者甚众，损失军士凡一千余人。直兵亦陷贼伏中，死者二百余人，由是贼势益炽。庚子，诏留巡按苏、常、镇御史周如斗再历一年，从其士民请也。乙巳，升刑部左侍郎张鏊为南京兵部尚书、参赞机务。以水灾免淮安、扬州二府及徐州各卫、所秋粮有差。甲寅，命掌南京前府事诚意伯刘世延提督操江兼管巡江。
十月癸亥，陶宅倭见官兵四集，夜走周浦屯永定寺中，官兵追围之。是时柘林开洋贼舟九只，复回登岸，巢于川沙洼。丙子，巡抚应天都御史曹邦辅以剿灭苏州浒墅关倭寇闻。且言：“连年寇患，其来必纠连大众，多者数千，少亦不下数百。其登岸劫掠，近则百里，至远不过千里。未有以五六十余之贼，深入内地，转战数千里，直瞰都门，无所顾忌，若此贼者。且所过屠戮，极其惨烈，使不即殄灭，得以遁归，彼已习知内地虚实，将来招引丑类为祸，殆未可量。所据佥事董邦政闻命疾趋，躬履行阵，横犯鲸鲵之众，不旬日而芟刈之，真可谓奇功也，请亟加褒录。”总督渐直、侍郎杨宜亦报捷如邦辅言，复参邦政虽有斩馘功，然实故违节制，当罪。督察侍郎赵文华又言：“柘林余贼，复巢陶宅，臣同浙江巡抚胡宗宪督兵四千，来松江会剿。而应天巡抚曹邦辅、佥事董邦政不协力进兵，顾乃避难趋易，侥幸功捷，乞加惩究。”疏俱下兵部。部复：“文华所谓趋易，盖指苏州之寇而言；所谓避难，盖指陶宅之寇而言。
窃计二寇多寡虽殊，比量声势，不宜分难易论。若使合而为一，以流劫者之慓悍，济屯聚者之蕃众，未免益复滋蔓难图。乃今苏州之寇剿灭无遗，陶宅之寇自然势孤气沮，驱除为易。今第宜令董邦政戴罪自效，务将陶宅之寇亟行殄绝。俟事平之后，总较功罪，然后赏罚可得施也。”诏下邦政于总督都御史逮问。丁丑，应天巡抚曹邦辅，亲督水陆兵分五哨攻寇于周浦城。贼迎敌，四哨俱奔溃，溺水死者数百人。独中哨以邦辅在焉，且阻水得不溃。壬年，巡按直隶御史周如斗言：“方今苏、松流突之寇已殄，屯聚之寇，其势已孤。诸军宜乘胜并力灭此余烬不宜迁延养寇，使巢成谷登，新寇代至，复致曩者柘林之患。且近日直隶斩获，悉本地乡兵之功，其狼、苗二兵，自浙江衄败后，一无足用。苗兵前犹有王江泾、娄门之捷，若狼兵则徒扰地方，无纤毫战守力。至于川兵，虽未见可用与否，第万里趋调，东西异宜，恐亦未足恃也。近起用原任总兵何卿、沈希仪，以其知兵，令督率川、广调至之卒，展力取效。顾皆昏睡眊衰愞，一筹莫展。近日功捷，二人者，绝无所与，将焉用之？请罢遣二臣，并停征兵之令，申饬督抚诸臣，督励乡勇，亟除残寇。”上曰：“地方残寇未靖，令督抚等官，速计剿绝。卿及希仪，令革职回卫闲住。”辛卯，以兵荒，免华亭、上海、江阴、常熟四县存留税粮，仍于起运数内量行改折。
十一月辛丑，有倭二千余人，自海洋驾舟四十余艘，先后入川沙洼，与旧贼合势登岸，沿浦东一带，焚劫四团、八灶等处。甲寅，吏部给事中孙浚言：“近见督察侍郎赵文华，请罢应天府巡抚曹邦辅，参称约夹攻而后期。及考疏内所列邦辅督副总兵俞大猷进剿在九月十一日，浙兵次日方进，则后期之罪，不在直隶。矧今苏、松民士谓邦辅实心任事，称不容口。其前流劫留都之寇，又为邦辅所灭，功能了然。遽请斥罢，文华之意，殆不可晓。时东南用兵，寇势方炽，臣诚恐有妨大计，窃请事权归一，则责成专而无彼此牵制之患。昔汉祖任韩信专阃外，虽智如张良，不使干与，所以能成大功。方今江南之事，餐察司检稽，而战守大机当决之总督、巡抚兼提督，行伍专职当责之总兵。督抚统大纲，而城池仓库，奉行策应，当付之有司。不然，权分势轧，人皆掣肘，无以自尽其长。乞敕该部申明事权：督率不严，方略不慎，罪坐总督；钱粮不敷，调遣无法！罪坐巡抚；军令委靡，战阵退缩，罪坐总兵；策应不前，四境残破，罪坐郡县；检察无实，功罪不明，或昧机专断，强人从已，以致挠败，罪坐督察。”上从其言。