十月丁酉，李鸿章奏：程学启等军攻克浒墅关，进逼苏州省城阊门。李鸿章赴娄门督剿。谕李鸿章妥办苏州绅士捐租助饷。庚子，谕冯子材军进取丹阳。癸卯，逆酋李秀成援苏州，李鸿章军击败之。
十一月丁未，李鸿章督程学启各军克复苏州省城，逆酋郜云官等降。丙辰，李鸿章诛郜云官等，遣散降众。丁巳，李鸿章克无锡、金匮。戊辰，谕各省督抚巡查新复地方逆产及无主荒地，安插难民、降众。庚午，江苏官军复浙江平湖，贼目以乍浦、嘉善降。辛未，李鸿章奏：移驻苏州，兼筹上海。
十二月甲戌，贼目以海盐降苏州官军。李鸿章奏复平湖、乍浦、海盐各城。庚辰，江苏官军克平望。辛巳，万启琛为江宁布政使，接办粮台。刘郇膏为江苏布政使。郭柏荫为江苏按察使。甲午，允江苏松江、太仓等处漕粮减价折征。
三年正月甲辰，李鸿章督军击常州援贼于奔牛镇，大捷，奔牛解围。丙午，以捐输军饷，广江苏兴化县学额四名。辛未，以捐输军饷，广江苏清河学额三名。是月，减免江苏高邮二十三州县被水，被旱暨折色银两，泰州等二十八州厅县暨淮安等四卫被旱，被兵新旧额赋租课，太仓等三十三州厅县，苏州等五卫被扰旧欠额赋漕粮。
二月，李鸿章奏克宜兴、荆溪。辛卯，李鸿章奏复溧阳。
三月辛酉，拨户部银五十万两充曾国藩军饷。
四月辛未朔，官军击丹阳援贼，败之。丁丑，鲍超各军收复．金坛。戊寅，增设江宁驻防协领二，佐领、防御各四，经制、笔帖式各三。甲申，李鸿章督军克复常州府城。冯子材等军复丹阳。丁酉，总署奏：饬火器营拣派弁兵赴江苏学习火器。裁江防下游师船。是月，豁免江苏武进、阳湖二县三年额赋，蠲缓上元等十三县及各屯卫被扰上年额赋。
五月己酉，广江苏盐城县学额七名、高邮州三名。李鸿章奏：汰留常胜军，撤遣外国兵官。谕以原任提督程学启所部之军驻上海。庚戌，丁日昌为苏松太道。扎克丹为江苏苏州遗缺知府。戊辰，遣京兵赶上海学治火器。命李恒嵩、刘郇膏与丹使壁勒在上海换约。
六月辛未，允冯子材请，遣散镇江防兵四千名。癸酉，复江苏高淳东坝等城隘。丁丑，江苏官军复浙江长兴。庚寅，曾国荃军克金陵外城。乙未，谕曾国荃迅克金陵内城。戊戌，官军复江宁省城。（此据奉上谕之日，求阙斋弟子记十六日，国荃攻克金陵时，逆首洪秀全自裁，其子福瑱遁，逆酋洪仁达、李秀成均就擒，江南平。）七月辛丑，以江南新复地方凋弊，谕各省抚慎选守令，招徕抚恤。甲辰，申谕乔松年移扎正阳关合剿。丁未，允富明阿裁撤师船。己酉，诏遣曾国荃致祭明太祖陵。申谕曾国藩等裁江北厘捐，并兴复两淮鹾务。壬子，谕曾国藩回驻江宁，筹办善后，简汰兵勇。逆酋洪仁达、李秀成伏诛。辛酉，豁江苏久积钱粮。是月，豁免江苏各属被扰节年民欠漕税。
八月己卯，撤镇江兵勇四千余名。戊子，裁并江苏厘局，酌留正分局，供扬、镇两营、江宁、清、淮月饷。己丑，裁并江北厘局。癸巳，允官文请，暂留江、皖各省厘金供军饷。乙未，以镇江撤防，命冯子材赴广西提督任。
九月己亥朔，谕曾国藩调金陵军赴皖北会剿。庚子，以捐输军饷，广江苏海州学额六名、靖江二名。庚戌，谕李鸿章拨解都兴阿洋枪、军火。丁巳，允江南乡试于十一月举行。
十月丁亥，曾国藩请仍设淮扬道。下部议。丙申，谕曾国藩：仍驻金陵调度，抚绥安辑，办理筹饷、撤勇诸事宜。
十一月己亥，豁免江宁府属七县钱粮三年。曾国藩等议：遣撤扬防兵勇，节饷解甘肃。允之。壬寅，广江苏乡试中额一名。己酉，免江苏历年州县摊赔银两，并禁派摊名目。丁巳，广江苏乡试中额四名。
十二月己巳，命吴棠仍管江北地方事宜。予金陵出力之提督彭楚汉云骑尉世职，罗进贤黄马褂。癸未，总理各国事务衙门奏：江苏麻庄地方杀死英人一名、布衣一名。总署奏：卜鲁士闻知克复金陵，嘱威妥玛转达致贺。是月，蠲免江苏太仓等六十七州厅县暨淮安等九卫水、旱被扰灾区新旧额赋杂课。
四年正月丙寅，定江苏起运漕米等章程。是月，李鸿章请浚吴淞江。
二月丙子，彭玉麟署漕运总督。癸未，李鸿章奏：报销苏沪军需第一案银四百四十二万两有奇。
三月癸卯，允英、法在江宁租地通商。辛亥，允曾国藩请，暂缓设龙江、西新两关。捻匪窜曲阜，谕曾国藩派兵赴徐、宿防剿。甲子，发、捻各逆趋郯城、赣榆，谕吴棠等严扼要隘，并拨马队饬刘铭传统带驰剿。
四月丙寅，以赣榆县知县陈继煐抗僧格林沁令、殴扣弁勇，谕逮治。并令该督巡饬各团寨，如系官军经过，不准擅开枪炮阻挠，扣买粮草。丁卯，彭玉麟疏辞署漕运总督，请专办水师。允之。命仍料理长江水师善后事宜。戊辰，刘铭传军赴邳、宿。癸酉，发、捻各逆由江苏沭阳西窜邳州一带。甲戌，以捐输军饷，广太仓州学额一名、祟明县十名。丙戌，允李鸿章奏请，暂停浒墅关税。命李鸿章等截剿霆军叛卒。癸巳，以僧格林沁阵亡，谕曾国藩督师剿贼，李鸿章暂署两江总督。刘郇膏暂护江苏巡抚。
五月丙申，谕禁江苏亩捐积弊。戊戌，命曾国藩节制直隶、河南、山东三省军务，赴山东剿贼。己亥，命吴棠派习火炮水师防运河。癸卯，拨两淮盐课、江海关税银各数十万两，济甘肃军糈。甲辰，谕李鸿章拨军防守淮、徐。丙午，谕李鸿章带通商大臣关防往江宁。己酉，谕曾国藩驻徐州。庚戌，李鸿章奏，苏省地、漕钱银一体酌减，及太仓、镇洋改征折色，裁革钱粮积弊。壬子，曾国藩辞节制三省军务。不允，仍训勉之。以发，捻各逆分窜丰、沛，谕吴棠饬周盛波军仍驻徐州防剿。谕曾国藩等整顿沿海水师。乙卯，谕李鸿章催潘鼎新赴津。
闰五月癸未，拨两淮盐课月协宁夏军饷银二万两。
六月乙卯，广上海文武学额各四名、宝山各二名。戊午，谕曾国藩等减江苏地、漕等款浮收。
八月壬寅，设上海机器局仿制外洋军火。李宗羲为江宁布政使。丁巳，谕李鸿章等：妥办江北新漕，河、海并运。庚申，江苏苏、松各属被水，命李鸿章筹款赈恤。
九月戊辰，李宗羲署漕运总督。命曾国藩仍驻徐州。李鸿章赴河、洛会剿。吴棠署两江总督，未到任。庚辰，刘郇膏护江苏巡抚。乙酉，以曾国藩奏，辍李鸿章赴河、洛之议。
十月丙申，予苏州府属按租捐助军饷续报请奖。丙午，允苏州、徐州府属本年新漕折价减充徐饷。
十一月丙寅，减征江苏苏、松、常、镇四府一州属米豆共五十四万三千一百二十六石有奇。申禁捏灾及浮收各弊。
十二月丁巳，谕禁江苏征漕大、小户名目，并包漕索规等弊。戊午，裁上海会防局，仍练兵接防。
五年正月甲子，官文、曾国藩奏，会议长江水师营制。己卯，以筹运江北新漕，拨挑山东河工银。丙戌，总署奏准通商各口招工章程条约，英、法等国照会一百四十三件，咨送军机处。
二月辛卯朔，谕江苏等省：妥筹添协甘饷及调赴鄂、豫、江、皖助剿勇饷。曾国藩等请减厘加课，以供京饷。丁酉，总署奏江宁城内修教堂。允之。戊戌，命江苏速结教堂各案，曾国藩奏：设徐州府湖团同知，听断湖团居铜山、沛两县地方词讼，稽查保甲，筹办湖团。下部议行。癸卯，谕京口副都统往盛京，听文祥等调遣。丙午，总署奏：接据英国使臣呈递新议，请饬各督抚妥议。中外交涉事件，请饬各省速结。庚戌，谕曾国藩等：总理各国事务衙门奏赫德呈旁观论等件，词多激切，应如何设法自强并设法预防，俾各国不致生疑，着妥议。壬子，李鸿章奏江北新漕筹办河运。己未，李鸿章奏酌办淮扬镇营制事宜。
三月庚申朔，李鸿章、吴棠奏：江北新漕，遵办河运。每米一石给水脚及犒赏银六钱，仍准于回空时装载货物，免交北税。甲戌，创修江苏清河县城。
四月庚子，郭柏荫为江苏布政使。郭柏荫护江苏巡抚。刘秉璋为江苏按察使。
五月庚申，命郭柏荫赴上海办理比利时换约。比使寄送洋枪铅子。壬戌，停清丈苏、松等属田亩。丙寅，李鸿章奏：江苏通州灶匪王金永等作乱，斩之。壬申，江苏高邮汛，迤南二闸湖河溢。乙亥，减江苏苏、松、常、太四府州属浮收米三十七万四千六百石，浮收钱一百六十七万二百贯，浮收条钱折价钱四十万串均有奇。
八月庚寅，允户部请，饬两江各司库清匣征存诸款按限册报。甲午，张之万为漕运总督。
十月乙巳，李鸿章奏查给江宁省城法教堂基地。
十一月丙辰朔，授李鸿章钦差大臣，专办剿匪事宜。命曾国藩回两江总督，署通商大臣。甲申，广江苏乡试中额一名。
十二月壬子，命曾国藩驻徐州，力顾东路。