三月甲申，调吉林、黑龙江马队赴都兴阿军。以英、法公使称粤逆与洋人构衅，允派师船驶往长江协同防剿。丙戌，青浦粤逆窜扑上海泗泾营盘，薛焕军击败之。赏洋人华尔副将衔。丁亥，谕山东等省迅解袁甲三军饷。壬辰，金陵粤逆窜犯庐、和及江浦等处。丙申，谕都兴阿调派各军堵剿江浦等处窜贼。己亥，催江苏等省采购米石运京。己酉，以李鸿章改道赴沪，命署江苏巡抚。刘郇膏署江苏按察使。上海官军合英、法军攻破王家寺等贼营。松江、上海解严。庚戌，副都统杰纯、江苏粮道赫特赫讷殉难。辛亥，李世忠等军解江浦、浦口围。
四月甲寅，上海官军复洙泾。金陵粤逆犯扬州。吴棠奏：败捻匪于平桥西岸，桃源、清河、山阳、宝应一律肃清。戊午，李鸿章抵上海。己未，曾国藩等奏：苏州绅士潘曾纬等请借英、法官兵规复苏、常，后患必多，断不可行。上是其议，并令李鸿章裁制华尔所带之常胜军。戊辰，上海官军会英、法军剿平南翔等处贼垒，复嘉定。庚午，都兴阿击退扬州窜匪。壬申，命李鸿章于江海关先提月饷。戊寅，上海官军复青浦。
五月壬午朔，李鸿章克复青浦。癸未，上海官军会英、法军攻克南桥，法提督卜罗德死之。丁亥，李世忠军截剿援贼，大捷，江北肃清。甲午，李鸿章奏克南桥贼垒。乙未，上海官军会英、法军克柘林、奉贤城。戊戌，以总理各国事务衙门奏英国拟调印度兵大举助剿，谕曾国藩等迅克金陵、苏、常，用杜觊觎。辛丑，贼目吴建瀛等以江苏南汇降李鸿章。上海官军复川沙。贼陷嘉定。壬寅，谕都兴阿等布置防守机宜。江南官军进攻雨花台。甲辰，设长江水师提督。己酉，御史刘庆请上海厘金半充军饷，半充部饷。下部议。辛亥，彭玉麟、曾国藩等军克秣陵关等隘，进逼金陵。黄翼升署江南水师提督，节制镇江、上海各军。
六月庚申，李鸿章督程学启等军剿贼，大胜之，解松江围。丁卯，官文等奏：筹定长江收税章程，请以洋茶捐改子税。金陵援贼大举攻曾国荃雨花台军营。己巳，允刘于浔留江南办防。庚午，李世宗击退南岸援贼。甲戌，谕赦被胁逃出难民，无籍可归者妥为安置，其甘心从贼者杀无赦。申严失守城池律。
七月己丑，钦差大臣、漕运总督袁甲三病免。命李续宜为钦差大臣督办军务，仍以吴棠署漕运总督。庚寅，李鸿章军克金山卫城，浦东肃清。丙申，李鸿章会洋兵克青浦。庚子，允冯子材请，简汰镇江军勇。是月，蠲缓江苏铜山等四县被扰新旧额赋。
八月戊午，常镇道李鹤年留毛昶熙军营。丙寅，还给洋人添设炮台经费。壬申，李鸿章奏：官军解北新泾之围，沪方肃清。甲戌，定镇江设关征洋税章程。乙亥，总署奏：遵议镇江设关。
闰八月戊子，以都兴阿查奏洋人在周家圩掳人、焚船，命总理各国事务衙门理论。庚子，谕江苏等省，来年新漕征收本色解京。辛丑，曾国藩请简大臣会剿军务。不许，仍慰勉之，并传旨存问军营疾疫将士。壬寅，命富明阿驰赴扬州，帮办都兴阿军务。己酉，总理各国事务衙门奏：俄国现派水师赴中国助剿。命曾国藩、薛焕等妥议。俄助剿不至，或有他说，并厚索饷需。请添拨购外国船炮银两。请饬沿海各口岸，遇有洋货商走私济匪，认真查拿，照会英国。
九月甲子，粤逆李秀成率党大举援金陵，谕曾国荃坚守。都兴阿奏：盘获通贼都司刘大彰，诛之。己巳，镇江官军平汤岗贼垒。庚午，粤逆李秀成大股援金陵，攻扑雨花台曾国荃军营。甲戌，李鸿章合英、法军复嘉定。允荷兰国立约通商，命薛焕、李鸿章妥办。乙亥，以总理各国事务衙门奏，谕曾国藩、文清、穆克德讷、耆龄、刘长佑、薛焕、李鸿章、左宗棠、徐宗干酌挑武弁在上海、宁波学习外国兵法，以备统带训练，不再令外国经管。常胜军如不听调，李鸿章派员接替。丁丑，谕曾国藩等预选将弁演习外国船炮。戊寅，总署奏：议定长江通商章程、税务章程，咨沿江督、抚查复。以总署奏购买外国船炮将到，谕官文、曾国藩酌留外国水手届时熟商。
十月辛巳，粤逆大股围扑南翔等处沪军营盘。甲申，曾国荃自闰八月十九日至是月初四日受攻四十六日，击援贼李秀成、李世贤等于雨花台一带，大破之。李鸿章为江苏巡抚。李鸿章奏：大破谭绍洸之众，四江口解围。壬辰，拨广东银十万两解镇江军饷。甲午，以李鸿章奏，谕外国带队之员毋庸另易服色。乙未，裁汰故洋将华尔所部兵勇。谕准俄国兵船在上海助剿，毋入江。乙巳，命督、抚各就地方情形妥议补兵制。黄翼升率水师剿贼于芦墟镇等处，进逼苏州。
十一月甲寅，命总兵吴全美接统水师，仍归曾国藩、都兴阿节制。归并江南、北粮台为一，责成许道身经理。丙辰，曾国茎军剿金陵援逆，大捷。庚申，金陵粤逆窜扰高资，冯子材军击退之。癸亥，广江苏泰州学额六名、通州五名。己巳，御史陈廷经奏请变通江苏等省武职升迁调补事宜。兵部议由巡抚办理。允之。辛未，允吴棠请，江北新漕仍征折色。丙子，允都兴阿请，运盐济饷。粤逆围浦口营盘。丁丑，薛焕、李鸿章筹办布国换约事宜，谕极为妥协，即迅速办理。
十二月戊寅朔，谕江、浙等处：被贼胁从于城池未下之先、诚心归顺者，无论从贼久暂，均一律准其投诚。其不愿随营者，即饬地方官递送回籍、妥为安插。谕曾国藩、唐训方拨军驻正阳关、寿州。辛巳，曾国藩、李鸿章奏：派李恒嵩会英国奥伦接统常胜军，归李鸿章调遣。癸未，催各省关将洋药税厘银解部。已亥，命江苏巡抚购商米二十万石运津。辛丑，贼目骆国忠等以常熟、昭文降于李鸿章军。癸卯，召薛焕来京，以李鸿章暂署通商大臣。
二年正月戊申朔，刘郇膏为江苏按察使。辛亥，允都兴阿请，裁撤水师旧船，资遣散勇。李鸿章奏总兵勒伯勒东进绍兴，死之。壬子，允曾国藩请，试造外国军火。癸丑，谕：金陵贼自拔来归者严禁屠戮。甲寅，谕曾国藩于内江水师、都兴阿于扬防水师人员内，保举堪膺海外水师之任。癸亥，申谕各省归并厘卡。乙丑，山东沂州贼匪窜匿江苏海州、赣榆，谕吴棠、谭廷襄防剿。是月，蠲缓江苏川沙等三十三厅县被扰新旧额赋杂课。
二月戊寅，以江苏缺米允李鸿章请，招商赴湖广、江北采购运京，免税。庚辰，金陵粤逆李秀成等大股渡江，官军败之。辛巳，催广东迅解镇江军营协饷。丙戌，设上海、广东同文馆。癸巳，冯子材败贼于镇江。甲午，常熟解围。癸卯，粤逆渡江陷江浦，谕都兴阿严防贼窜里下河。谕李鸿章治白齐文罪。乙巳，谕曾国藩饬李世忠迅复江浦。是月，蠲缓歉收江苏高邮等二十八州县厅暨淮安等四卫被灾、被扰新旧额赋。
三月癸丑，谕曾国藩统筹江北军务。丙辰，李鸿章军克福山，解常、昭围。潘鼎新为江苏常、镇、通、海道。癸亥，李世忠请从宽议胜保罪，谕令迅速立功。嗣后应陈事件仍禀明曾国藩核定。李鸿章等军克太仓。甲子，万启琛为江苏布政使。乙丑，谕曾国藩等禁商船济贼。丁卯，乔松年为江宁布政使。许道身办江南北粮台。谕都兴阿等抚循北渡难民。
四月丁丑朔，麟庆等奏请饬各省将额运及采办米石迅速运京。乙未，谕曾国藩接济僧格林沁军饷。庚子，粤逆犯镇江。癸卯，程学启等军复昆山、新阳。甲辰，豁江苏新复州县本年漕粮。是月，豁免江苏太仓等八州县额赋。
五月壬子，粤逆、捻匪合犯天长，官军击败之。谕都兴阿严防窜越里下河。乙丑，谕曾国藩进规江浦、九洑洲。曾国荃拔雨花台伪城及聚宝门石垒（此据奉上谕月日，求阙斋弟子记在四月二十五日）。戊辰，总理各国事务衙门奏酌定购置轮船节制章程。谕：此项轮船归曾国藩、李鸿章节制。己巳，以江苏苏州、松江、太仓三属被贼茶毒，地方凋废，谕曾国藩等将粮额折中议减。壬申，彭玉麟等军复江浦、浦口及九洑洲。
六月戊寅，诏曾国藩议减江苏常、镇两属漕粮。癸巳，李鸿章奏克吴江、震泽。
七月丁未，程学启克太湖贼垒，进薄苏州。丙辰，命李鸿章在上海商办荷兰国换约事宜。丁已，谕李鸿章商令英、法、美各领事禁洋船济贼。壬戌，允李鸿章奏，江北漕米仍收折色。乙丑，谕各省学政：如有经明行修之士，许酌保数人以为乡里矜式。务当认真察考，不准视为常例，滥行保奏。
八月辛巳，命总兵陈国瑞帮办漕运总督吴棠军务。甲申，都兴阿奏：教匪盛广大勾通粤逆，诛之。谕山东、山西、河南限一月内各拨解陈国瑞军饷三万两。丙戌，江苏官军克江阴。曾国荃军克江东桥。庚寅，程学启会戈登克苏州宝带桥。辛卯，谕都兴阿妥筹济渡江南难民。李鸿章赴江阴督剿。辛丑，荷兰换约。癸卯，收复无锡，李鸿章等军击李秀成等，大破之。
九月戊申，允李鸿章请，调在籍江西知县丁日昌赴沪督制火器。己酉，曾国荃军克淳化镇等要隘。庚戌，朱善张为淮徐扬海道。乙丑，允李鸿章请，靖江县仍归常州府辖。丙寅，允都兴阿奏，酌设渡口，济渡难民。