在籍内阁学士庞锺璐为江南督办团练大臣。乙丑，汤云松为江苏按察使。丁卯，汤云松帮办江南团练。戊寅，薛焕奏五月二十七日克复松江。己卯，李若珠劾苏松镇周希濂，派驻狼山，延至五月始前往。暂行革职，仍带艇师。辛巳，载垣等议复薛书堂、宋晋、福宽等请裁汰河员并改设漕河总督奏。谕：江南河道总督一缺，淮扬、淮海道两缺，即裁撤。淮徐道改为淮徐扬海兵备道，仍驻徐州。所有淮扬、淮海两道应管地方河工事宜，统归该道统辖。丰北、萧南、铜沛、宿南、宿北、桃南、桃北、外南、外北、海防、海阜、海安、山安十三厅现在无工管，洪湖运河之运河、中河、里河、高堰、山盱、扬河、江运七厅工程较少，一并裁撤。运河等七厅有分司潴蓄宣泄事宜。运河中河事务改设徐州府同知兼管。里河厅改归谁安府督捕通判兼管。扬河、江运二厅改为扬州府清军总捕同知兼管。无工十三厅原辖各工段汛地，着落该管州县辖管。宿州等管河州同五缺，高邮等管河州判三缺、东台等管河县丞十九缺，高良涧等管河主簿二十缺、阜宁等管河巡检十六缺，均裁撤。清江地方紧要，添设淮扬镇总兵驻扎，候军务平靖改驻扬州。原设中营副将改为镇标中军游击，驻蒋坝。淮徐游击驻宿迁。萧、砀等属修防兵六千九百余名一律改为操防。改设蒋坝、宿迁、萧、睢、丰、沛、桃源、安东、山阜、高邮苇荡左营等十营，酌留游击八十一员外，其余六十七员悉行裁撤。以上各营官兵均归新设淮扬镇统辖。江南军务未靖，江北镇道以下各员均归漕运总督暂行管制。乙酉，以江南大营溃败，由广勇勾结，谕袁甲三等分别捕诛通贼广勇及裁汰资遣，毋再招入伍。丙戌，实授曾国藩两江总督，并命为钦差大臣，督办江南军务。己丑，御史王宪章奏：常熟、昭文二县地方能保全本境、并募集团勇克复江阴邻县。
七月甲午，户部奏：驳南河初堵、复堵丰北漫工银两，请饬迅造清册具奏。允之。南河初堵丰北漫口各工用过银四百六十余万两，复堵各工用过银一百八十余万两。辛丑，江清骥署江苏按察使。癸卯，江苏官军失利于青浦，贼复陷松江。谕曾国藩迅筹援剿。丙午，曾国藩请派李鸿章兴办淮扬水师。己酉，以上海被围命瑞昌等赴援，并令李若珠饬水师援救。薛焕奏贼围上海，洋兵枪击毙贼甚多。庚戌，加总兵黄彬提督衔，命统淮扬师船。癸丑，德楞额等奏剿幅匪，灭之，江南边界肃清。己未，薛焕奏初八日上海解围。又奏七月初一日民团收复松江。野鸡墩民团攻南翔镇胜，拟进攻嘉定、青浦。
八月庚辰，允道员吴文锡办扬州劝捐事宜。癸未，贼陷常熟、昭文，命巴栋阿迅图克复。
九月辛丑，贼陷福山、太仓，总兵叶万清等死之。壬寅，副将向奎以巴栋阿劾令赴上海助剿，逗留不前及纵兵抢掳，革职，仍留军营效力。甲辰，谕薛焕：江南粮台专放镇江兵及长江水师饷。己酉，以镇江府城解围，复总兵冯子材职。庚戌，毛鸿宾为江苏布政使。壬子，崇福署江苏按察使。戊午，巴栋阿奏镇江解围。谕：“此次逆首李世贤由苏率党四方余人攻扑镇城，巴栋阿率同文武严密防守，经七昼夜之久，同心戮力，得保危城，殊深嘉尚。”
十月辛酉朔，复徐州军营月饷旧提盐课银一万两。甲子，申谕都兴阿赴江北剿匪。乙丑，江北高邮马栅湾决口。谕王梦龄速筹堵筑。镇江副都统巴栋阿因病给假，命冯子材督办镇江军务。辛未，薛焕奏复江阴。甲戌，乔松年奏：江北八里铺新设厘局，改归江南征收。谕吴全美、李德麟：船饷需即由江南粮台发给。丙子，准巴栋阿奏，拨江苏通、海等五厅县亩捐归镇防饷需。戊寅，以邳州捻匪抢渡运河，谕文煜等会剿。量增淮安等属本年折价济拨封储粤海关饷银十万两，交江南粮台。庚辰，以巴栋阿奏，谕江北粮台筹拨房捐。除扬属八州县仍归江北粮台筹办外，其常、镇、通、海道所辖之通、海五厅州县准其拨归镇防饷需。辛巳，命都兴阿督办江北军务。李若珠为帮办。癸未，停江北口岸抽厘各卡。乙酉，王梦龄奏：准淮安、扬、通各属、海门厅及改隶通州之靖江县，本年冬漕概以每石作银一两，变价充饷，统限年内解赴扬州军营。停泰兴县口岸镇设卡捐厘。丙戌，捻匪扑徐州，官军剿击，大胜之。匪遁萧县一带。
十一月辛卯，薛焕奏：十月初五日收复泗泾镇。初六日贼犯宝山县之罗店镇，败之。壬辰，谕乔松年等：吴全美等原带师船饷由江南粮台支放，添设艇船等饷归江北粮台支放。乙卯，豁江苏被贼占踞各州县应征本年新旧及历欠在民旧赋，并查缓被贼窜扰未占踞各州县新旧额赋。
十二月庚申朔，署江苏布政使吴煦帮办江苏团练。癸亥，松江逆匪复陷江阴。以江苏通州、如皋、泰兴等州县亩捐仍归江北粮台；海门、靖江亩捐归江南粮台，供支镇防军饷。甲子，薛焕奏上海县城解围。是月，蠲赈江苏川沙等三十九厅州县并苏州七卫被兵灾区新旧额赋及杂税银。
十一年正月丙辰，谕田在田折回徐州一带堵截捻匪北窜。是月，蠲缓江苏高邮等二十一州县被扰地方新旧额赋，川沙等三十三厅州县并淮安、扬州等五卫歉收被兵地方新旧额赋。
二月辛未，允江南水师军饷暨江面抽厘统归江南粮台经理。丁丑，苗沛霖练党、宿州练总侯克顺等谋逆，被诛之。改江北泗源沟厘局归江南粮台。催广东等省解镇江军营协饷。谕田在田回徐州剿堵捻匪。丁亥，谕奖江苏杀贼团勇。江苏江运小六堡堤工合龙。
三月丁酉，贼踞江苏太湖东、西两山。己亥，谕劳崇光：迅调红单拖等船四十号，解镇江、扬州。壬寅，薛焕奏：巴夏礼在镇江造署栈，交换租约。
四月乙丑，允沪商应完闽粤海关税银划抵江苏欠饷。辛未，谕袁甲三：仍驻临淮堵剿粤匪，妥驭苗练，勿赴徐州。
五月庚寅，薛焕奏：贼犯金山卫城等处，兵团剿击，大胜之，金山肃清。癸巳，都兴阿奏：江、皖大股贼匪攻扑扬州，胜之，扬境肃清。己亥，巴栋阿奏镇江解围。薛焕奏江苏海运放洋。
六月丙戌，设江苏筹饷总局，总办南、北两台筹饷事务。
七月丁亥朔，王有龄奏：浙海关税扣交英、法二成银，已解上海。甲辰，允弈沂等奏，议定布国条约税则及法国在上海租界。丁未，以江防紧要，命都兴阿等与巴扬阿、冯子材妥筹南、北水师防剿事宜。庚戌，华日新为江苏布政使。薛焕请招商试运淮盐济饷。下部议行。
八月丁巳朔，薛焕奏密筹招抚、解散、规复苏州各城。薛焕奏：常熟、苏州贼欲投诚，拟由高资、靖江、镇江分路进攻。己未，曾国藩请将上海现泊轮船驶赴安庆一带，交其军练习。允之。丙寅，巴栋阿、冯子材奏：密办苏、常各城内应。谕：饬薛焕等密速妥办。
九月癸卯，粤逆陷江苏金山卫城，官军复之。
十月戊辰，晏端书奏劝办淮、海各寨圩练。己巳，冯子材督办镇江军务。癸酉，允户部请，饬江苏采买米二十万石裕仓储。甲戌，谕江苏巡抚会同漕督采买杭米二十万石，于明年二三月运赴天津。
十一月癸巳，谕薛焕等筹济镇江军饷。甲辰，薛焕奏：完善诸处兵饷，请于川沙等处地漕内动支。庚戌，王梦龄来京，吴棠为江宁布政使，兼署漕运总督。
十二月辛未，曾国藩奏：派道员李鸿章带水陆各营赴镇江，规复苏、常。允之。甲戌，以江苏被贼，耕作失时，诏豁免明年钱、漕。丁丑，命两淮月拨饷盐一万包济李世忠军。己卯，谕曾国藩援应扬州。饬江苏巡抚雇轮船。是月，蠲缓江苏邳州等八州县，海州等二十六州县暨扬州、徐州、镇江三卫被扰灾区新旧额赋。
同治元年正月丙戌，催李鸿章迅赴镇江。谕曾国藩酌派名将劲兵保全上海；调蒋益澧所部赴左宗棠军。丁亥，陈士杰为江苏按察使。癸巳，李秀成陷江苏奉贤、南汇、川沙。谕曾国藩等速援上海。命都兴阿拨艇师扼吴淞口。命总署与英、法商办上海助剿。丙申，贼窜逼上海，英法各员助剿。戊戌，贼犯镇江，冯子材军击胜之。捻匪窜沭阳。己亥，李世忠军克江浦、浦口二城。冯子材奏：逆匪大股围扑镇江，截击，胜之。庚子，袁甲三奏复江浦、浦口。辛丑，宣示英、法助剿谕旨。丁未，镇江解围。戊申，命薛焕按月筹银五万两济镇江军饷。庚戌，青浦粤逆窜扑松江，官军合外兵迎击，胜之。是月，缓征江苏泰州等六十三州县厅暨淮安等九卫被灾新旧额赋。
二月丙辰，授曾国荃江苏布政使并令办理军务，毋庸回避。丁巳，官军解镇江围。壬戌，命都兴阿拨兵驻守天长、六合。李世忠移扎江浦、浦口。丁卯，谕曾国藩：调取上海雇就洋船，迅载李鸿章军赴镇江。戊辰，贼窜陷江苏奉贤、南汇、川沙等厅县。冯子材留镇江。辛未，李铭皖护江苏按察使。壬申，金陵粤逆窜，渡江扰江浦等处。丙子，以上海洙泾失陷，夺提督曾秉忠职。上海官军会同英、法军剿除萧塘贼垒。庚辰，谕广东每月添拨镇江水师银二万两。