候改造之年，将所存桅、篷、锚、橹等项物件，一体查送该厂变价，添凑别置。仍将置买物件银两各数目，刻记在官，永为遵守。”上是其议。辛卯，大理寺少卿王世贞为应天府府尹。已亥，总河都御史潘季驯题：“徐州小浮桥以上一带河浅。查得河南归德府新集地方，下至徐州二百五十里，原系黄河故道，欲乘今一并开复。”已而工科给事中王道成上言：“治河而疏上流，诚为探本之论。然南挽淮流，北障河决，则其工巨矣。动众八万，费逾八十万金，则其用糜矣。工费已大，事之究竟，尚有不能逆睹者，其底绩则又难矣。胡乃此之未为，而又欲并开数百里之上河耶？即使诸臣不计劳逸，不避利害，窃恐国家财用终属有限，万一漫为而不效，将若之何？不如揆势度理，就中权缓急而图之，乃为计之得也。”上命下其章于所司。癸卯，先是，淮安水利道、河南佥事杨化、淮安府通判王弘化治河无状，为总河都御史潘季驯所劾，上命锦衣卫逮系来京。至是，法司拟各照运炭赎罪例，完日复职。上以杨化、王弘化都着革职为民律，文官犯私，罪杖一百的即该罢职不叙。今后，但据所犯拟罪，送吏部拟处，毋得概拟复职，以至轻纵。丙午，户部题复：“御史谢师启条陈糟务：一曰、复羡余以济官军；二曰、革抽税以速漕运；三曰、改剥船以杜侵盗；四曰、处漂流以救灾患；五曰、足军粮以苏疲总。”上报可。丁未，户部题：“边商朋计营求，告掣河盐。所谓河盐者，谓其在河径自起掣，全不上堆也。夫两淮行盐地方，止有此数，而每年掣发之盐，亦有定额。河盐行则单盐滞，必然之势，不容易者。若其计一行，而河盐复掣，每年淮盐八单，若再河盐一二单，江西、湖广地方盐价必贱。盐价既贱，水商必不乐于承买。水商承买既少，则掣单盐必停阁，内商余银无从处办，而六十万两之额课，大可虞矣。内商坐困，边商引目，岂能及期分拨。是河盐之行，不独累及内商，必累及国课，而并及于边商矣。”得旨：“这边镇盐引，依拟改派，河盐停止不行。”
九月己酉朔，先是，扬州府强盗入境，各巡捕官住俸提问。未几，缉捕前贼三十七名，巡按题，各官免降。上曰：“该府拿获甚少，功不掩罪。指挥顾名臣姑从宽免降，知府卢德烨等，以旨下之日为始，开俸管事。”己未，兵部题复：“应天抚按疏称，苏州府嘉定县，七月内，强盗约八九人越城砍杀打劫，共伤官兵五人，未劫财物，越城脱逃。已而，拿获强盗陈阿大等七名，未获陆金二名。各官事出不意，情既可原，又未几救援擒获，功足赎罪，似应免究。”有旨：“兵备冯叔吉姑免究，夺百户谭相等俸三月。各贼审决枭示，仍缉拿未获者。”庚午，巡抚应天、都察院右副都御史胡执礼奏：“苏州府属昆山、嘉定二县荒田，欲令督率有司，趁时开垦，以补荒粮。其余逐郡逐邑，沿江沿海，荒田无限，不止昆山、嘉定为然。因三年起科之令不行，故百姓疑畏，旋开旋弃。必须揭榜通衢，招人开垦，但报四至送官，三年之外，方行起科。”部复其议，以为民领荒田之始，牛种器具甚多、甚难，计三年所获之利，不足抵偿初年所费之赀。遽令纳粮，谁肯承种。合无通限种田六年，方准起科。各给印信执照，永为己业。该州县务须实心任事，务使六年之内，荒芜尽辟。抚按从实疏名，上请擢用，不则参劾降处。上允行之。
十月已卯，巡按直隶御史林应训奏三吴水利：“三江入海，而吴淞江中段，自屈家坟以达艾祁，自千墩浦以达漫水港，则入海之中道也。今河浦皆通，而中段独塞，此其为害，岂曰细故。盖缘在上者，以无关于运道，而每以时诎为解；在下者，虑轻用其财力，而每以浮议中格。淤塞之患，盖数十年于兹矣。一旦官民同心，人力毕举，以三十余里一线之浊流，而辟为一十余丈一带之巨浸，初议三万五千六百有奇之夫役，用之四旬，而今也，三旬而举之；初议四万五千七百有奇之工价，犹恐不足，而今也，二万四千九百有奇而成之。且役之兴也，当春夏清和之候，适小民青黄不接之时，授民以值，而农有所济，募民之力，而人乐于趋。
臣又与该道时时到工所，考其勤惰而赏罚之，访其侵克而究惩之。是以役无顷刻之旷，食无毫末之虚，故集三万五千有余夫于江上，功以三旬而举，费以二万四千九百而足也。伏乞敕下工部复查，如果前项工程别无虚冒，即将已未经银两，准其销发。其余存剩在库银两，并各县滩占未完地价，俱准征收，听候别项河工支用。”得旨，允之。乙酉，南京报囚矜疑宥死，发戍者二人，情罪不服，再问者二十八人，应决监候者四人。己丑，升总督两，“军务、巡抚广东地方、都察院右都御史兼兵部左侍郎凌云翼为南京工部尚书。丁酉，先是，总河都御史潘季驯、漕运侍郎江一麟交章论徐州道副使林绍治河无状。既而绍揭季驯，谓遥堤不当筑，决河不当塞，天妃闸不当闭，而徐北雁门、北阵一带浅阻可虞。其议相左，彼此各相论列。部复，绍应罢黜，季驯、一麟身膺重寄，不宜播惑妄议，以替初心。上然之。着林绍冠带闲住。
十一月戊申，兵部题复：“南京四川道御史张友舜，以留都根本重地，皇城之内所贵肃清，邦域之中尤当盘诘。各内官衙门，凡有事情，俱送司礼监审处，内使、火者、工役出入，俱要悬带牌面。至于云游僧道，寄食寺观；劫财巨寇，投宿娼家，此皆盗贼渊薮，尤宜禁缉。”报可。辛未，南京科道官王良心等，交章论列应天府府尹王世贞。部复：“世贞才识年力，众所共惜。但京尹重任，既经论列，难以议留。仍令回籍听用。”上然之。癸酉，升陕西布政使阴武卿为应天府府尹。乙亥，以南京都察院右都御史王好问为南京户部尚书。遣云南道御史房如式巡按淮、扬地方。
十二月辛巳，升浙江左参政徐节为按察使，整饬苏、松兵备。己亥，南京奉先、武英二殿及承天门工竣。
七年正月戊辰，工科给事中王道成言：“两河修筑，遥堤未成，徐邳旧堤宜守。查万历四年，该河臣傅希挚议设堤夫三千七百名，每三里建一铺，一里用十人，而使管河官划地分督。水消则随处帮修，水涨则并力防塞，此亦支持终岁长计。其后官夫不复省视，遂贻河决之害。宜于旧堤按铺，责成防守。”从之。命毁天下书院。原任常州府知府施观以科敛民财，私创书院坐罪，着革职闲住。并其所创书院及各省私建者，俱改为公廨衙门。粮田查归里甲，不许聚集游食，扰害地方。仍敕各巡按御史、提学官查访奏闻。
二月庚子，两淮巡盐御史董光裕条陈事宜：“一、优恤灶丁。仿民间社仓规制，将三分司罪赎银两，籴稻贮场，遇荒量赈，且当青黄不接时，稽贫量借，秋成抵还。至于盐仓，仅覆数苇，日久亏蚀，苦于追补。请凡拖欠盐课十年以上者，尽数蠲免，以苏灶困。七年以上者，令每引折银—钱五分贮库，以给支商。七年以下者，严责用心护守，以候开支；一、清理引目。旧制，两淮差官赍纸价赴南京户部关领引目号簿，回司给商支盐。临掣之时，止将引目送验，号簿逸失无考，于是老引、假引得而混之。议将号簿填写边商、内商姓名，候临掣比对，若商人不缴号簿及查比不同者，追没盐引；一、严立限程。旧例，仪真掣盐，水商必候盐价腾踊，然后赴卖，致使小民食盐不便。今议自仪真至石灰关，石灰关至湖广、江西，各立水程限期，逮往发卖，违限者计日罚治；一、禁革食盐。食盐不禁，弊源终不可塞。议查将淮、扬二府食盐禁革，照旧分派行盐，除迫近盐场州、县，听其以米易盐，兔派。其余如扬州、淮安府属等处，原派一千引者，止派五百，原派五百引者止派三百。仍依旧例，令各州、县佥选殷户赴仪真、淮安二所，分买掣过单盐往本州、县折卖。其或军民食用不敷，将缉获私盐贱卖。仍将铺户所领盐引盐尽缴报，违者参治。”报可。