”户部复议：“直隶巡按御史王民顺称，苏、松四府，今年夏秋之间大雨连旬，潮水横溢，高田仅可薄收，卑下颗粒无赖，重以赋繁役重，民生不堪。查该地方先荷蠲免，并经抚按会题，已征在官及借支外，臣等复议蠲免通前数一应起存折色共计辗五十八万六千三百三十余两，本色米二万九千九百一十余石，爱养休息，不为不至。然所议仍行带征者，皆系内府布匹、颜料与元年、二年拖欠，例不应遽豁者也。又四府士民俱云，各钱粮已完。今查得现年应解者，考之额数不及十分之四。即如金花一项，额设三十六万五千八百三十余两，止解一十二万一千一十余两，所欠尚多。夫追征之法，必现征俱完而后及于带征，所征既急，则解必多。以彼四府现征者尚未能完，解纳如此之少，去岁未完，则今年又系带征之数矣。夫既已完征，又不完解，则公私俱病，此诚何故？若士民之论不可据，则是有司于现征者，尚且迟缓，而带征一节，或者犹非所急也。今除金花等项无容轻议外，至于元年、二年各项本折暂准缓征，候至八年，地方丰熟，照数带征解完。”上曰：“现年额征已不完解，年复一年，积逋愈多，军需何赖？这元年，二年所欠，姑暂免。其余内府钱粮题准不免及现年应征的，俱要遵前旨，上紧征解。” 二月壬午，礼科给事中齐世臣，疏论提督操江都察院右副都御史陈省不堪起用。得旨：“陈省仍着在籍听用。”丙戌，升南京光禄寺卿胡价为南京右佥都御史，提督操江兼管巡江。丁酉，升刑部右侍郎潘季驯为都察院右都御史兼工部左侍郎，总理河漕兼提督军务。丙午，户部题：“黄、淮为患，总理河漕吴桂芳已于正月十八日兴工筑堤，数万之夫云集待哺，银、粮不可一日有缺。所请南京户、兵二部库贮粮剩、马价银两各支一万两，及户部速将现年每帮漕粮奉请准留八万石，行漕运衙门，分贮沿河各仓支用。”从之。庚戌，户部复：“南京户部尚书毕锵题，江营选锋口粮，即于简汰游兵饷内支给，以后选锋饷粮不足，仍以瓜州梁头税银凑用。俱听操江衙门批行。”从之。升应天府尹程嗣功为南京户都右侍郎，总督粮储。
三月乙卯，升南京太仆寺卿陈于陛为应天府府尹。乙丑，户部复：“南京户科给事中傅作舟奏，为南京百官朱票、朱封纷买货物，以致上、江二县铺行买办陪累不少。臣今拟为四款上请，俟命下之日，着各衙门施行。一、议革重纸以苏众行。夫重纸铺行，原供孝陵支用包帛、国子监春秋二祭、兵仗局药线数项，取用不多，价亦不少。后缘各衙门公用，以致赔累，攀殷实户帮帖多至八百余人，今尽行查革。有行者仍归本行，无行者径革不编；一、革去殷实以清弊源。南京殷实原无货可居，止因铺行消乏，攀扯帮帖。今后，务要买物当行，不得更立殷实名色，以累居民；一、定期编审南京铺户，五年一次，乃有奸人夤缘，率多过期，有至十五六年不审编者。
今定限五年一编，径自举行。编完之日，题知青册送部，庶不稽迟。其应立铺户，应办物料，轻者轮流承当，重者通融应役，庶不偏累，依时给价，以免赔累。夫物输于官，有借贷使费之烦，即给领以时，已非民间贸易之比，而况不必然哉！今后南京户、工二部将各行应办之料，量其多寡，少者先价后料，其多者，如合丝、红花之类，分为数次给价。庶各行无贷支之苦，而官府亦免侵渔之弊；一、戒取索以杜贪残。南京各行既有领价之难，搭货之损，各物料办齐，各监局官多立名色，以恣侵渔。今后一应进供物料，验中即便收纳。仍严约束库局官员并家人等役，有仍前放肆勒取常例者，准许科道官参究。”得旨允行。丁卯，改南京礼部尚书赵锦为南京吏部尚书。起原任太仆寺少卿辛自修为应天府丞。壬申，升刑部左侍郎陶承学为南京礼部尚书．丁丑，遇抚应天、都察院右副都御史胡执礼疏称：“三吴水利，工费浩繁，今先开苏州府之吴淞江，吴江县之长桥，松江府之黄浦等，请将本府原派剩未解宗人府等衙门米折银八千两，工部料银一万二千两以充修浚之费。”从之。
五月辛酉，以高邮湖堤告成，赠恤原任工都侍郎吴桂芳如例，淮扬海防副使程学博等十员升赏有差。壬戌，改迁萧县治及城垣、衙宇、儒学，准留徐州解部税银一千四百七十九两二钱五分二厘，其不敷银八百九十两二钱六分，亦于所属收贮抚按赃罚内，动支凑用。
六月辛巳朔，巡按直隶御史林应训题：“臣为开浚吴淞江中段，久驻昆山，乃知安亭东西等都沙土瘠薄。国初每亩仅从五升、一斗起科，复经派以官布等项轻赍，故小民犹得存活。至嘉靖十七年于今，征三斗重额，以致贫民逃窜，田地益荒。今欲复荒田，必先开水利，欲复荒民，必先停追逋，次议减削。盖各区地方，地废人亡，钱粮无所出，且各区岁征，平米大约六万有余石，而极荒逋负，……仅折银数十两耳。在国家缓此不足为损，在穷民负此实不能完。臣谓宜令该县极荒之田，未完逋负尽行停追。将来荒芜可垦，而新赋犹可望其不废也。至若田有上下区之分，查得嘉靖三十八年间，曾将下区每亩减耗七升八合，止科二斗二升九合二勺，共该减米一万一千余石。当时荒民稍稍安集，未几而法随坏矣。臣清查滩占田地，以资工费。即昆山一县，已经查出涂田万余亩。
若就中分别新旧科粮，大略可补该县荒田减削之数。至嘉定县东北皆上区，滨临江海，历年新涨涂田，亦不下数千亩，久享厚利，俱未升科，以之补荒，有何不可。臣谓宜将二县新涨滩田，委官尽数丈量明白，定为等则，升科若干，然后将荒区之田，斟酌赃罚，庶几粮轻而民无畏。将来荒芜可垦，而正赋可望，其能充也。”部复如议。乙巳，总督河漕，都察院右都御史潘季驯条陈治理六事：“一曰、塞决口，以挽正河；二曰、筑堤防，以杜溃决；三曰、复闸坝，以防外河；四曰、创滚水坝，以固堤岸；五曰、止浚海工程，以免糜费；六曰、寝老黄河之议，以仍利涉。”部复如议。有旨：“治河事宜，既经河漕诸臣会议停当，着他着实行各该经委分任人员。如有玩愒推诿，虚费财力者，不时拿问参治。”
七月壬子，工部复：“总河都御史潘季驯等奏，河工浩大，须多官分督。往年一逢升迁，竟自代去，以致钱粮不明，勤惰莫稽。今后凡有升调，留待工完将经手钱粮并其勤惰稽查明白，方许离任。至若分部司属，奉有专敕，而有司视之蔑如，动有掣肘。今后除地方守巡各有专职，自行督责外，凡供事河工者，俱听分司责成，如有玩愒不遵，该上司参奏。”有旨：“河工事重，必须委任责成，以后该管河官暂停升调，候河工完日，分别赏罚。委官贤否，但以该管河道官为主，别道不得干预。”戊午，以天气暄热，免南京刑部罪囚论死发遣者四人，免追赃者七人。甲子，定苏、松、常州三府额解布每匹长三丈二尺，阔一尺八寸，重三斤四两，如法织造，不得违式。免淮、扬、徐所属十一州、县本年现征夏秋起解钱粮之半。丙子，总督河漕都御史潘季驯等题称：“宝应湖于本年六月内陡起暴风骤雨，将本堤复行冲决。盖由河上诸臣，期以苟且了事，而但为月前之谋，惮任劳者，莫亲版筑之务，巧避怨者，不严程督之功。钱粮虚糜，而冒破之核不行，功筑圮坏，而偾事之罪不加。稍有一篑之功，便移大以竞赏；脱至溃决之祸，则遮护以托逃。若不因此重加究治，何以示惩。”上是其议，着河漕衙门着实参奏。丁丑，升工部左侍郎何宽为南京刑部尚书。
八月甲申，开朱辉港、钥匙河、清江等处为粮船湾泊，其工费即于两淮赃罚及河工银内动支。丁亥，户部题：“万历七年，两直隶并各省漕运事宜，例应会同各衙门会议，今题巡漕都御史江一麟疏：一议补造漕船，以足装运。南京锦衣、旗手等五总下缺浅船八百只，要将七年以后各运轻赍内，应解河工米银暂留二年，共计得银五万二千两。再于河道原借七万九千七百余两，应于南京解列粮剩、马价补还漕库银内动支二万八千两，就于瓜、仪二处设厂打造。及称清、卫二厂正造年例船只中，有未造者，一并查刷督造；一议杂物则例，以定漕规。旧制不论船之新旧，一概止给年例四两，以为桅篷杂费，价既不敷，旗甲不无赔垫之苦。今以万历七年为始，各卫浅船杂费，凡遇初造年份，即总给银二十三两六钱五分，照数买办。以后九年，陆续给银二十两九钱七分凑买。俟十年改造，将原置物件，分别计算，准银九两六钱，贴送该厂，找给银十四两四钱，以为重新置办杂物之费。其在运旧船，照例支给。