九月甲寅，蠲免松江、镇江两府万历元年、二年未完米折、草折、盐钞银一万七千三百余两。丁卯，管理河道南工部郎中施天麟言：“淮、泗之水，原从清口会黄河入海。今不下清口，而下山阳，从黄浦口入海。浦不能尽泄，淫渐及于高宝、邵伯诸湖，而湖堤尽没，则以淮、泗水本不入湖而今入湖故也。淮、泗之入湖者，又缘清口尚未淤塞而今淤塞故也。清口之淤塞者，又缘黄河淤淀日高，淮水不得不让河而南徙也。盖淮水并力敌黄，胜负或亦相半。自高家堰废坏，而清口之内傍通济闸则又开朱家等口，引淮水内灌。于是淮、泗之力分，而黄河得以全力制其敝，此清口所以独淤于今。下流既淤，则上游不得不决。每岁粮艘，以四五月尽运堤，以六七月淮水发之时，不能为力，水落之后，方图堵塞。甫及春初，运事忽至，仅完堤工，于河身无与。河身不挑，则来年益高。须不惜一年粮运，不惜百万帑藏，开挑正河，宽限责成，乃为一劳永逸。”部复：“河内疏浚，苦无良法。先臣刘天和用平底方舟，横排河中为一层，四维拴系，以长柄铁爬浚之。浚深数尺，移舟再浚。后数丈，复为一层，如前法，则水中与陆地施工略同。兴工停运，宜行河道等衙门会议，具奏定夺。”报可。戊辰，升山东巡抚李世达为右副都御史，总理河道。丁丑，升大理寺右少卿张岳为南京右佥都御史，提督操江。辛巳，南京右佥都御史王篆条上江防事宜：“一、核军实以充营伍。新江口营官军，额设、添调共一万七千有奇。查改差、逃故、取回、退回、为事及有丁未行顶补各项官军共一万九百余名，止存五千六百二十余名。宜追回改差，勾补逃故，取回者查复，退回者更换，为事者清提，有丁者查替；一、省繁差以旨军劳。先年，京营有暗伏一差，分遣弭盗，今沿江上下，已设游、巡二兵，则暗伏官军宜撤回操练；一、拣劲卒以任选锋；一、议战舰以图实效。额设战船四百一只，递减至二百九十四只，俱已损坏，今议以一百六十只属操江衙门改造，余还该部，变价停造。”部议允行。
十月乙酉，先是，总理粮储都御史胡执礼言：“江南改折之例，请每岁会计以改折三分为常。”户部奏：“今太仓所存，仅足支六年，此时未可遽议。”上是部言。辛丑，命支两淮运司库银一万两、稻六百六十余石，赈两淮各场灶丁，以水灾重大故也。
十一月庚申，苏州盗发失事，命调兵备参政王叔杲治之。丙寅，以德安知府王凭为两淮盐运使。甲戌，户部复：“淮、扬、桃等州、县水灾重大，议将本年起存钱粮一概停征，漕粮改折一半，正兑每石折七钱，改兑每石折六钱，席板耗价在内，并留赃罚银五千两，以备赈粟。”得旨：“小民困苦，深轸朕怀。被灾州县，准停征、改折、赈济，以苏民困；其运军行粮，亦准于徐州商税银内量行支给。地方官着实奉行，俾穷民得沾实惠。”
十二月己丑，先是，淮水南徙，泛滥淮、扬间。已而，漕运侍郎吴桂芳报称草湾开通，淮水稍落。至是淤垫如故。给事中刘铉言：“治淮以通开海口为策，宜简方略大臣一员，会同河漕诸臣，相踏咨度，为新运计。”上令吏部推有才望，实心任事者以闻。于是吏部请以总督漕运兵部左侍郎吴桂芳为工部尚书，总理河漕。得旨：“迩来当事诸臣意见不同，动多掣肘，以致日久无功。今以此事专属吴桂芳；经理河道都御史，暂行裁革，李世达改推别用。其选任部司，处置钱粮，俱许以便宜奏请。若明岁运道有梗，户部查先年海运事宜闻。”癸巳，漕臣吴桂芳奏：“高邮湖土、石二堤，新开越河南北二关，及老堤加高石层，增设护堤水城各工竣事。”报闻。丁酉，改南京刑部尚书赵锦为南京礼部尚书。壬寅，谕户、工二部：“朕念东南民力困乏，苏杭织造病民，前差太监孙隆查已派及在手应织者，织完回京，其未派并应措处钱粮，尽行停免。”己酉，蠲免淮、扬二府及徐州万历六年以前小民拖欠驿递额编站银，以苏民困。辛亥，先是，扬州府城有伙盗劫财斩关而出。至是潜入南都，为逻者所获，事闻。上以贼情重大，地方官如何隐匿不报，命兵部查看。
六年正月丁巳，兵科都给事中裴应章题：“先是，操江都御史张岳称强盗李七等，劫掠扬州盐商，各执铁斧劈城门，渡江而去。该地方官疏虞罪应罚治。既奉明旨申报，乃盗发于十一月二十五日，延至初旬以闻。各盗供称三十七人，文止开八九名数，欺隐之罪，实不容逃。至两漕总督、直隶巡按并不参奏，相应究治。”上曰：“你既知隐匿事情，何不早行参奏。及有旨下部，乃于袷亨日论奏塞责，且不究。”下其章于所司。辛酉，起原任巡抚陕西、右副都御史陈省为南京都察院右副都御史，提督操江兼管巡江。丙寅，兵部复：“巡按御史王民顺奏苏、松、常、镇财赋之区，而泖渎具区，夙为盗薮，该地方官务行缉捕，以安良民。捕盗规条，如成化二十一年、嘉靖四十一年、万历二年各议事例，宽严得中。惟隆庆六年吏部所议一款。限数定罚，责成过严，反生规避，若不斟酌，似非弭盗安民之计，请圣裁。”上曰：“捕盗之规，照万历二年题准事例行，各抚按官论劾功罪，以此为准。着再行申饬，以便遵守。”庚午，户科给事中李涞条陈治河五事：“一曰、多浚海口，以导众水之归。夫徐、邳而下，黄河自西而东，淮河良南而北，俱会于清河口。
东南折面历安东县，出云梯关以入于海，旧甚深广。嗣以黄水泥供，黄、淮二渎皆无所归。故其势不决徐、邳，而冲啮乎高宝诸堤，至高宝诸湖，浩荡无涯。先是，沿河之西，多置塘岸，以蓄盱、泗诸处暴涨之水，故湖以东运堤无恙。乃今塘岸尽废，而黄、淮之水又悉飞泻于此，是以全堤尽圮。宜别勘坚实之地，以多浚其口，仍必自下而上，渐去河身之淤，尽于徐、吕二洪而后止。若淮安之南、宝应之北，计八十里，每里建平水闸一座，而高邮、邵伯各加建平水闸十座。闸下海开支河四五十处，以导上湖之水，入于堤下射阳等湖。而盐城、兴化沿海地方，皆宜查其旧地，多浚十余口，以导射阳诸水而入于海；二曰、勤塞决口，以济粮运。夫自徐、邳以至瓜、仪，皆为运河，而皆赖堤以蓄水。但自清口面浚至安东云梯等地多逾一二百里。而自徐、吕至清河又不下三四百里。山阳、高宝诸湖必由多闸始泄，而采办闸石，转运亦难。浚导之功，旦夕未竟，其不涸漕而妨运者几希。必多储桩草，相度水势，而急为之备，然后可以无患；三曰，宜以江北全力治漕河，不当以濒河穷困州县治漕河。臣尝滥役宝应，见其地道重伤，而又有冲路之供应，有养马之烦费，及观扬州所属，或有地稍丰收，而又无驿递养马之累。夫常赋之经，各有定额，诚未敢轻议。若浅夫则因时增设，且皆国事耳，可无裒益，以恤疲民；四曰、岁报钱粮，以核疏凿之功。夫疏河浚海，建闸筑堤，非百余万以上，则难与经费，非五年七年之久，则无以成功。总理大臣每岁终将用过钱粮，修过工程，逐一奏报。其筑塞决口，必视水势注海之机以为消息，但能勤于补塞，不妨飞挽者，即为成功。此于稽核钱粮之中，而寓考成河渠之益也；
五曰、优恤夫役，以鼓劳人。夫河工之苦，胼胝狂澜之中，跋涉淤淖之地，且地皆荒野海滨，凡饔飱等需，有费二钱不得一钱之济者。今宜从实估勘，稍优其值，以苏小民之苦。至应得工银，必须委廉能官依时早结。仍察督小官，不许假以别事，剥削夫役。”章下所司。辛未，升总督漕运兼提督军务、巡抚凤阳等处、兵部左侍郎吴桂芳为工部尚书，兼都察院右副都御史，总理河漕，提督军务。丙子，户部尚书殷正茂题：“一曰、先是，徐州未设海防，而淮、扬、徐三府州、县军卫皆辖于徐州。今既有兵备副使，凡扬州府并所属州、县、卫、所，已属专管，则徐州道不当复行兼摄，以免遥制之烦。至滁州卫屯田向来原属颍州兵备，今徐州兵备敕内，仍复开载，不免重复。乞下部酌议，从一职掌；一曰、盐场滨海，兵备专责海防，则运司各官法应兵备约束，敕书原自明白。近者，两淮运使崔孔昕倡为本道不相干涉，辄行抗拒，已经题参罚俸。本部仍行移翰林院，将原开运司分守官改为运司官吏，悉听约束，撰敕书一道给付之；一曰、安庆、徐、淮十卫。初因各道未设之故，概属颍州兵备道管辖。嗣后因官分后，已将安、徐、淮、扬各卫，改属徽、宁、徐州海防三道分管，则颍州道内不当复行开载。至潼关卫隶在陕西西安府境内，而军伍屯营，考选军政，俱在彼中，与直隶抚按原不相干。唯以零卫班军，因附中都留守司统领，以故责赴江北挂号，不但道远人难，亦且不便管辖。且该卫接壤河南，须附河南领班都司下统领，发营收操，庶为妥当；一曰、淮凤垦田佥事，原衔系推、凤两府，部札、敕书具载。续奉奏添徐州而割去寿州等州县，则所当巡历者，固在近题十八州，面非初设两府意也。相应行彼处抚按，即将前项府、州、县境内屯田，若有荒芜，听与民间一体招垦。在颍州、徐州二道，仍遵原奉敕书，加章振刷，查征粮务，不得因而推避。本部仍行移翰林院，两府二字改为等处，以便统辖。”得旨：“远司分守官，听海道委用，着照旧行。