二月己卯，总督漕运、侍郎吴桂芳言：“高邮石堤，工将底绩，宜及时开挑越河。查先年，侍郎白昂开康济越河，去老堤太远，河成之后，人心狃于目前越河之安，而忘老堤外扞之力。年复一年，不复省视，遂至老堤与中堤俱坏，而东堤不能独存。今宜仿侍郎王恕之议，挨老堤十数丈，取土成河，使堤上来往共由人得照管，不致蹈前颓圮。”旨下所司。
三月辛卯，户部复：“总督漕运吴桂芳条上屯田六议：一、定分辖。山阳、徐州、萧、砀、丰、沛等十八州县，宜属淮、凤水利；一、佥事衙门驻扎灵璧；一、请拨庐州府属预备仓谷五万石，以裕开垦之资；一、仿国初法，以府、州判、县簿为治农官，专治农事。其未设农官者，即以管粮官兼之；一、召集流寓，给田开垦。无力者，官给牛种，次年还官，三年纳粮，十年编役；一、荒芜田地不必专责成富民，各从所便，听民告认。”命如议行。癸卯，直隶巡按御史郭思极因京口漕河浅涸，条上三吴水利：“一、复练湖以永资蓄泄。盖江南漕河北高南下，京口一带地形高亢，河流易涸。虽奔牛、吕城建闸，启闭蓄水。以待运船，实仰藉练湖为之源。练湖北去丹阳城百步而近，漕河萦绕其侧，周围四十余里，仰受长山八十四汊之水，汇为巨浸。唐宋以来，筑有中埂、斗门、石闸。国朝天顺、成化间，屡尝疏浚增修，夏秋戽水溉田，冬春放水济运，故有湖水放一寸，河水涨一尺之谚。自往时守令狃于近利，令豪右告佃成田，浸失旧额。而旁湖之民，私开涵洞，网取渔利，年涸一年，今且扬尘矣。为漕河经久计，急宜清复。倘虑平民失业，使佃湖之民，转佃于万顷洋等处可也；
一、修通孟渎，以傍通舟楫。奔牛、吕城二闸，例如冬闭春启，蓄水以待运船。然秋冬之交，回空运船与往来官船，必取道于此，欲恪守闸规，势不可得。有不由闸而可以开道达江者，为武进之孟渎河。河延袤六十余里，外通长江，内资灌溉。自嘉靖间，防倭入寇，筑坝堵塞。于是河流渐微，日就阻塞，而船不复经行矣！今计开浚约费五万余金，取诸漕运衙门，毋令独累武进一县。此河一开，即有道以通舟楫，而运闸得启闭之宜。又引江潮以注奔牛，而运河资接济之力。”部复，得旨：“练湖并孟渎河，抚按督同水利官修复开浚。责令秋间完报，为来岁运漕计。占湖阻运，不行治罪，已属宽恩，如何又议勘偿。如有抗拒阻挠，及司道因循苟且者，抚按参来重处。”壬子，巡按直隶御史陈世宝条陈河道江北四事，江南二事。”一、复老黄河故道。先是，河自三义镇历清河县，北出大河口，与淮水会流出海。运道自淮安天妃庙乱淮而下，十里至大河口，从三义镇出口，向桃源大河而去，谓之老黄河。至嘉靖初年，三义镇口淤，而黄河改趋清河县南，与淮会合入海。自是运道不由大河，而径诣清河县北上。迩者，崔镇屡决，河势渐趋故道，若仍开三义镇口，引河入清河县，或令出大河口与淮流合，或从清河县西另开一河，引淮水出河上与会合，则运道无恐，而淮、泗之水亦不为黄河所涨，民难其永纾矣；一、修宝应湖堤。补古堤以固其外，于古堤东再起一堤，以通越河，而使运舟于此经行；一、浚练湖；一、复开孟渎河；一、增建仪真二闸。因江口去闸太远，欲于上下江口，迤逦数十丈许，各建一闸。潮始来，预去板纳之；潮初退，即下板以闭之。使出江之船，尽数入闸，以免迟滞；一、开瓜州河港坞。将屯船坞挑浚深阔，使船之先入者屯聚于内。又于坝之东开一曲港，与新闸外港相合，使船之后至续泊于内，以免金山挂江之险。”部复宜依议行。上命行之。丙辰，命御史董光裕巡督两淮盐课，兼理河道。
五月甲午，孟渎河以三月初兴工，至是报竣，共用银一万六千五十余两。
六月甲戌，总督潜运侍郎吴桂芳奏：“自去秋时河决崔镇，清河一带正河淤垫，淮口梗塞。于是淮弱河强，不能夺草湾入海之途，而全淮南徙，灌山阳、高宝之间。向来湖水不逾五尺，堤仅七尺，今堤加至一丈二尺，而水更过之。议护河堤以杀水势。”部言：“堤虽可护，而不能必水之不涨。欲水之不涨，必俾淮有所归而后可。宜令漕运衙门，严督司道，熟计其便。”报可。戊寅，淮安水利佥事黄猷吉以病乞休。上以猷吉管河甫及一年，似有诈托，令巡按御史查核以闻。己卯，隆庆间，苏州卫镇抚任贤以侵欺军需，下巡按御史提问，脱逃。至是，升川沙把总。直隶巡按御史郭思极摘发其事。命夺该司郎中俸三月，余各一月。
升凤阳府同知杨化为河南佥事，驻扎淮安，专管治水，代黄猷吉。
七月戊子，兵部复奏留都饬武弭盗事宜：一、饬兵卫以护陵寝，稽出入以肃禁城；一、严点闸以重守卫；一、补丁壮以饬营务，额军九万余，今仅二万余名，宜选各卫在册余丁补足；一、增锐卒以备缓急；一、增马军以严巡警；一、励官守以严稽查，严缉捕以杜出没。得旨允行。己亥，先是，苏、松、常、镇四府原差部官监兑，后以两浙巡盐御史监之。至是，复以巡盐督理不及，议仍遣部官。部复从之。蠲免淮安府属隆庆三年以前未完马价银四万二千余两。甲辰，两淮巡盐御史王晓以所荐各属仅举人七名，不及格，夺俸三月。丁未，巡按直隶御史林应训条奏三吴水利，言：三吴水利莫重于苏、松。而在苏者，莫重于吴淞江，若吴江长桥一带，则太湖入江之口，在松者，莫重于黄浦，若山泾港、秀州塘诸处，则淀泖入浦之路，皆不容不急图者。议开吴淞江中段，以通入海之势；疏吴家港、长桥，以宣出湖之源；浚山泾港诸渎，以导达浦之路。请给钱粮，以便兴事之用，清查滩占，以广经费之助。部复允行。辛亥，应天巡抚胡执礼奏革练湖佃田。得旨：“各田亩有碍水利者，尽数查革。不许畏徇容隐，致挠公法。”
八月丙辰，以被灾伤，蠲免淮、扬万历二年以前未完药材、牲口、北羊等项银两。癸亥，河复决崔镇。丁丑，先是，南直隶上海县下沙场有盗三十余人，进劫场官，杀死家属事闻。得旨：“参政王叔呆等住俸戴罪，抚按官严督兵备等官整饬武备；有司有隐匿盗情及累失事者，参奏重治。”
闰八月乙酉，时河决崔镇，冲阔水溜，势分正道，漕河都御史傅希挚议堵筑决口，束水归漕。漕运侍郎吴桂芳欲冲刷成河，以为老黄河入海之路，持议各异。部复：“运道关系尤重且紧，崔镇决口，听河道衙门及时堵筑，溜水归漕。其老黄河入海之路，俟水势稍定，会同议奏。”戊子，南京礼部右侍郎、管国子监祭酒事殷迈，以病乞休。时，迈家僮为监生茅迪吉等痛殴重伤，及堂官牌谕，仍复抗拒之，久之方解。南京科道以闻。上谕吏部：“殷迈既有疾，准致仕。近年监规颓坏已极，生徒凶恶无礼，何以风示四方；员缺以有才望、能振作者任之。”复谕礼部申饬两京国子监，都照监规、敕谕，严率生徒，振兴法纪；下茅迪吉等于南京都察院问拟，俱遣戍。时徐、淮河涨，宿、邳、清、桃两岸多决，淮水为河所迫，徙而南，高宝湖堤大坏。于是工科都给事中刘铉建议：“南河郎中不便顾理淮北，请添郎中一员于淮、徐适中处，专治淮、黄一带河道，其徐、吕二洪主事可并一员。”上谕工部：“近来，偶以一事，辄便增官，久之不便，又议裁革，殊为轻率。添设部官及先年河、漕划地分管之议，本欲责成，反滋推诿，并议以闻。”部复：“国家特设总督漕运大臣，则凡有关于运务皆其事也。又设总理河道大臣，则漕河自张家湾直抵瓜仪；黄河自河南、山东上源至淮安入海，皆其地也。与其划地分管之异同，孰若漕、河各供厥职之划一。宜各遵原奉敕书行事，惟差郎中一员，专治淮北，裁吕、梁洪主事，即令郎中管理，则无增官之费，而有得人分治之益。”从之。壬辰，礼科左给事中汤聘尹言：“京口水涸，漕挽愆期。近议开练湖矣。然可以资丹阳，不能资丹徒，议开孟渎矣，然可以资江阴，不能资京口。盖京口与瓜州对垒，而孟渎去瓜州颇遥，空船可以溯流，粮艘难以涉险。则运道必出京口，宜于京口之傍，另建一闸，引江流内注，低旧闸丈许，视冬间水势而定之准，潮长则开，缩则闭，可免涸辙之患。”章下所司。辛丑，时，山阳、高、宝淮水弥漫，礼科左给事中汤聘尹议导淮入江，于瓜州入江之口，分流增闸，以杀其势。已，漕运侍郎吴桂芳揭称：“黄水向老黄河故道而去，下奔如驶，淮遂乘虚涌入清口故道，淮、扬水势渐消。”工部复：“二议不同，奏请行勘。”上以河、淮既合，命寝其议。壬寅，先是，应天巡抚宋仪望报获拒捕盐徒蔡廷等十名。巡按御史王民顺审录奏报，前后矛盾。上以抚按司道官捏报掩饰，致为抵牾，夺仪望俸三月，王叔呆俸半年，民顺候回道考察，下把总管懋于御史问。庚戌，御史尹良任条陈漕运事宜：一、通便道以速粮运。孟渎河口渡江入白塔河，抵湾头为运道捷径。宣德七年，平江伯开通，至正统四年，都督武兴复闭。今孟渎河既开，则自河渡江入黄家港，水面虽阔，江流甚平，且由黄家港至泰兴以达湾头、高邮运河仅二百余里，可免瓜、仪不测之患；一、开江道以泊运舟。粮船自京口乘风北渡，瞬息可达瓜闸。但金山而下，波浪汹涌，中流遇风，难免漂泊之患。镇江城西北有甘露港，约长十余里，夹岸洲田宜挑深阔，以便回泊。”部复：“二港可否，踏勘行之。”报可。