七月壬寅，应天巡抚宋仪望奏：“三吴财用所出，水利最急。自嘉靖初抚臣李充嗣修治之后，未尝大修。沟港日淤，圩埂尽废，旱涝无备，根本之忧，莫急三吴形胜。东南自嘉秀沿海而北，水皆趋松江，循黄浦入海；西北自常、镇沿江而东，水皆趋江阴、常熟。其中太湖潴蓄，汇为巨浸，流注庞山、渎墅、淀山、三泖、阳城诸湖。及开浦引湖，北经常熟七浦、白茆诸港者，入于江；东北经昆山、太仓、刘家河，东南通吴淞江、黄浦各入于海。诸水连络，四向环护，中如仰盂，杭、嘉、常、镇势绕四隅，苏州居中，松江居下，则又为各水所受。故苏、松之利害，视四郡独大。禹疏三江以入海，太湖之水趋下驶急，海潮不船为淤。书曰：‘三江既入，震泽底定’是也。其后民利渐兴，壤为田畴，疏为浦港，淤为洲荡，五谷鱼盐，茭菱芦苇之利生焉。然地力虽辟，水势渐分，江流漫缓，海潮内蚀，而东江湮塞，无复可考矣。吴淞江直贯太湖，径入大海，最为要害，屡开屡塞，费用不赀。考吴淞江旧阔一百五十余丈，今不及旧五之一。
其中菱芦丛生，涨滩涌塞，太湖停蓄，势不能尽泄。而淀山、三泖由古浦塘入黄浦者，淤涨尤甚。华亭、上海之间，旬日不雨，河港尽涸，每遇霪滂，则田畴悉淹，害有不可胜言者。惟娄江一道，受阳城诸湖之水以入于海，即今所称刘家河是也。舟楫往来，人力疏导，不至断流。其他港汊，皆为平陆，田地荒弃甚多。迩来，有司将宗人府等粮银尽派荒区，名为缓征，实则拖负。今议者谓浚原，则必修溧阳五堰，以节宣上流初泛之势；开孟渎澡港，以杀导上流往北之路；疏吴江湖口，使太湖积水分注诸湖，疾趋其故道。治委则深浚其入江、入海之路，以决其就下之势；旁通其各港支流，以尽其潴泄之方。今湖荡之水散漫无归，而通海之涂所在皆是。淤抄之害，已见目前。往年治水之臣皆夫动大众，费请内帑，疏浚既起，修筑继之。言事者见久劳工作，功或垂成，辄将应设部臬诸臣尽行论罢，是以功用未数十年而利害或仍相半。今吴淞江开塞靡常，工费不赀，议者不敢任咎。湖荡或种芦苇，或围荡田，所占据者，非势家则豪民也。此皆能惑乱耳目，造为浮言，一或误投，便成鼓煽。臣见兵备王叔杲，忠勤体国，素有心计，周爰咨诹，悉计形便，审察地宜，考古证今，画图帖说，庶几夹策以从，万无一失。至于设处钱粮，稽考工程，酌量缓急，分别年岁，务使农隙无偷安之民，功兴无废业之地，亦令采集众思以报。顷见科臣侯于赵奏请专差御史一员，理三吴水利。臣以为不若设按察司佥事一员，驻扎苏、松，带衔浙省，职掌一应开浚修筑事宜，而总其权于巡抚。”疏下所司，部复：“罢佥事不设，仍遣御史董之。”癸卯，命南京户部借发官军俸粮折银二万一千四百两，给南京工部铸“万历通宝”金背、火漆制钱。铸成，仍以制钱抵还。己未，应天抚按宋仪望、郭思极并参太仓州知州陈大统以参谒出，为奸犯所乘，纵火烧廊，文卷俱毁。吏部复议以请。上曰：“近方严禁掌印官趋谒，而大统故违，卒以失事，降杂职用。仍查提学御史有无先行禁示，并以实闻。”于是提学御史褚铁言：“有司参谒，屡行严禁，大统实未到宜兴，安得捏词饰罪。”下所司。
八月乙丑，草湾河工告成。计河身长一万一千一百四十八丈九尺，塞过大小决口二十二处，募过人夫四万四千名，实用银三万九千六百六十两，粮四万六千一百七十二石，准银二万七千七百两。以二月二十日起工，本年六月十二日报完。叙总督吴桂芳等功。壬申，苏松兵备副使王叔呆擒献海寇严大拜等，命枭之。甲戌，巡抚应天都御史宋仪望奏：“烧造高宝河堤砖价，缺银四万八千有奇，乞动支新河、临德二仓麦折等银。”工部以事关户部，当下户部议。户部谓：“河工专属工部，前奏留各项银一十一万五千八百六十两有奇助工，已为破格，岂可再援格不行。”乙酉，巡按直隶御史王晓言：“两淮盐至仪真则解捆小包，盖因江西、湖广行盐地方多山僻小县，河路浅狭，船小包大，承载为难，势不得不解包就船，水陆均便。今闻有解捆之禁，皆逗留观望，莫肯承买。
商既苦之，而仪真地狭差繁，小民亦以解捆觅利度日；每年解下大包名曰潮包，南京下关民用沥灰卤，每一包官税银四厘，岁得二千余两解部。今如停止，则措解何从；高邮等州县粮田，常为水啮，民以织包为业，代纳粮差。一旦禁不使行，手足罔措，凶荒相迫，可为隐忧。商困民穷，国课难办。若虑夹带，则宜酌定盐数，每大包盐若干，折改小包盐应若干，登之格册，报掣监御史，据册验掣，自难容奸。况私盐之弊，多在兴贩之徒，商人挟千万金重资，必不以数金小利甘犯没官之律也。”下所司部议，如晓言。从之。丙戌，巡抚直隶御史邵陛言：“淮、徐、扬自海口沙横，河身淤垫，桑田尽成湖泊，钱粮逋负独多。顷开草湾河，导黄、淮赴海，虽当大潮，旋涨旋消，不复停积。数十年鱼鳖之渊，幸有平土。但荒田初垦，收获为难，乞将二府一州所属州县漕粮，分别改折三年。其一切起存钱粮料价，亦命停征，于三年后带补，以示宽恤。”下户部复谓：“河水之患渐平，则剥肤之灾自远，岂可预为三年之请，概冀非常之恩。惟万历元年、二年拖欠，若果系灾伤，勘实奏豁。”从之。
九月壬寅，总理河道御史傅希挚奏：“河决沛县缕水堤二处，一长一百三十一丈二尺，一长九十五丈七尺。又丰县决长堤二处，一长五十余丈，一长六十余丈。”下所司。
十月乙亥，河决丰、沛、徐等州县，发各库仓贮银粮赈之。戊寅，凤阳巡抚吴桂芳等以宿迁县为黄水扫啮，请迁县治，筑土城以避之。前基去县不数百步，不必移民，而儒学亦稍俟丰盈另议。户部复言：“儒学当与县治并兴，移民当与迁县同举，寓赈恤于救灾，胥赖此举。”然之。辛巳，应天巡抚宋仪望迁南京大理寺卿。甲申，胡执礼为应天巡抚。
十一月辛卯，命南京广东道御史刘应训巡视苏、松、常、镇水利．丁未，户部尚书殷正茂题：“查南京户部隆庆二、三、四年额征银未完一十三万二千六百九十九两二钱三分；本色米豆未完二千三百四十四石五斗四升；花绒未完八千二百三十斤。隆庆五、六年全征折色银未完七万三千六百九十九两九钱三分，本色米豆未完三千四百三十四石二斗八升；花绒未完一万一千七百五十八斤；农桑丝绢未完三千六百一十七匹一丈七尺；稻草未完二百二十一束。徐州，隆庆三年起至五年止，茶叶未完二百六十二斤；应天府，隆庆六年课钞未完二千三十九贯五百三十九文，铜钱未完二千三百三文，钞折银未完一十三两七钱一分。乞尽数蠲免。”报可。癸丑，工部言：“黄、淮交涨，冲决太多，请将天妃闸以北，行傅希挚修决浚淤；以南行吴桂芳增补堤岸，毋误明年漕挽。”然之。
十二月丁亥，南京太仆寺卿石星，以淮、扬一带连岁水灾，民困已极，奏免节年拖欠马价、草料、场租银在淮安者一十一万五千二百九十三两七钱三分。
五年正月己酉，巡抚直隶监察御史邵陛言：“淮安等地，土广人稀，加以水灾，民半逃亡，二千里皆成灌莽，当急为劳来安定之计。”得旨：“抚按官督率营田佥事着实举行。”
壬子，工科都给事中刘铉等言：“季终考成，计延阁者，淮、扬巡按邵陛二十事；漕运总督、侍郎吴桂芳十三事。”命夺陛、桂芳俸各二月。乙卯，先是，应天巡抚宋仪望上所属驿递钱粮节省减编之数。上以其数才十分之一，与北直隶奏报不同。下兵部议。部具言额派多寡与裁省悬绝之由。得旨：“朕念小民困苦，屡旨清查驿递，以除弊安民。乃抚按全不体朕心，背公徇私，牢不可变，今姑再行申饬，余如议。”