三月戊申，吏部题：“苏、松等郡，以寇盗出没，专设兵备。若升任者径去，则地方缺官可虞。冯叔吉虽已升迁，宜暂留管事候代，始可行。以后苏、松等兵备，如遇升迁，俱如例。”庚戌，兵部复：“应天巡抚胡执礼条陈事宜：一、谓备倭之策，在御海洋、防海岸。宜于每年止讯之时，将把总等官分守讯地；副总兵常驻苏窦岙，以当首锋；刘河游击常驻败草沙，以备策应；金山参将移驻南汇，以防登岸；海防同知各驻一方，以理粮饷；兵备道巡历沿海，以便监督；巡抚移驻近海地方，以振兵威。分布远近，声势联络，便于接应；一、议渔禁，酌议以四月小满日止，官给旗、票验入，遇警与官军协击，一体赏罚。自五月二十五日起至六月初五日止，官收旗、票验出，此后或告捕采，亦当给以号票，申明禁约，限期回销。有私出及过违期限者查究。巡海员役，纵容隐匿者，罪如之。”得旨，允行。巡按直隶御史陈世宝条陈治河策约：一、移建管河官衙舍。要害之地，责其昼夜防守；一、添设新堤堰夫役。
河工虽已垂成，但遥、缕二堤，巳逾千里。高家堰之堤凡六十里，柳浦湾补旧增新，将百余里。而黄铺八浅虽咫尺，反称紧要。若非集夫密守，则盗决、水决可虞，宜增夫额，划地筑居，乃为胜算；一、添设管堤官吏。高家堰、柳浦湾，于淮安最称紧要。今修筑告竣，但二堤俱属荒僻，奸商漏税，利其直达扬州，每行盗决。宜增设大使官一员，专督众役，使之同居堤上密防；一、增筑宿迁县遥堤。宿迁缕河，虽有堤岸，而侍丘诸湖，尚未修筑遥堤，倘伏秋河涨，必遭水患，乘时修筑，诚不可缓；一、暂宽归民钱粮。民遭水患，流移者半，幸水去田出，渐为归计。但恐居处未遑，而旧逋即追，开垦未熟，而新课复征。夫捐金治河以为民也，今水患渐平，而顾以逋负，阻绝归路乎；一、乞广筑役赏劳，于工食外，动支河工羡银，量行犒赏。”奏上，命酌议复行。壬子，户部复：“应天巡按胡执礼查理新洲田亩粮米事宜：一、丹徒县砥柱新洲，腴田万亩，缘未入版图，致豪右侵夺，应行备细清量。如给军便，则令官军屯种，扣除粮银；若给民便，则令民开垦，纳租充饷。庶地无遗利，而兵食有资；一、苏州府每年带解德府禄米一千石，外加耗车脚米三千四百四十石，此重困也。今议折色，而每石折耗银以二钱为率，差官解用。”报可。甲寅，应天巡抚胡执礼条陈事宜：“一、议应天府江浦县建筑城垣；
一、南京府属县各有牧马草场，占地数多，虽奉例佃田输租，然仅十分之一。今各县种马减半，则前地旷闲者多，许民承佃，开垦六年之外，照则起科，征银解寺，以备马价之用。”得旨，允行。辛未，户部复：“总督南京粮储、户部右侍郎程嗣功条陈仓场五事：一议改折南粮。题称南京仓米够支七年以上，多积必致折耗。要将万历七、八两年，各省、直南粮，每年改折一半；江、浙、南直止行一年，湖广多水地方连准二年。改折之价，系上仓者，定以五钱，兑者加收耗价。九年以后，照旧全运。据此，留都重地，改折似难允从，但仓既赢余，参酌于一年、二年之间，亦便计也。以后若无余储，不得擅议改折；一议监收南粮。题拟注选主事四员，专司其事。任满起送赴部，考其贤劳之上下，以为官方之殿最。查隆庆二年正月内，南京总督粮储游震得条陈，有专责任一款，复奉通行。今注选之议，亦固所当因也；一议减仓耗。题称积贮既久，日有消折。合照条陈耗米减尽，每年递除正米。查据南粮较之京仓准耗已多二倍，虽土湿易坏，官攒人等若用心看守，廒座坚完，虽多一二年，耗米尚有附余，未必亏及正米。倘因耗减正，恐守仓人等，借口好欺。应查照先年规则施行，毋得轻减；一议折价。题称起运府分，凡遇折价，多者连耗不得过七钱，少者仍照彼中节年旧例，相应依拟征收解纳，毋得援例分外加派小民，以致解头侵欺；一议收纳。题称米色不同，应派定各仓，以便支放。查照各省、直粮米，种色庞杂，若混收一仓，开放之时，诚滋弊端。应随其色别而定，各仓易为酌量，临时坐放卫分，轮流支放，自无不均之叹。”得旨，依拟行。
四月辛巳，改南京工部尚书凌云翼为南京礼部尚书。
五月戊辰，户部以南京银库钱粮册籍浩繁，请三年差科道官清查一次。从之。
六月乙未，兵部题复：“黄船小甲编审夫役，原属南京兵部车驾司管理。迩来，滥属军卫，以致弊多偏累。宜行应天府委官从公编审，并马、快、平船小甲编完，备造文册，送科道官参订定役，以均劳逸。又宜改定五年一编，毋仍旧制，十年久远，致有消乏应差不前之苦。而看验船只，量行修理，节省繁费，则南京工部管船主事职之。”报可。
七月戊申，总理河漕潘季驯等奏：“桃源、清河水患，宜并力疏导，作急扞御，俾水势毋至滥觞。”疏上，报可。己酉，徐州等十二州、县水灾，命勘别轻重，量议停免。庚戌，总理河漕潘季驯、总督漕运江一麟题称：“淮安一带，黄淮灌入，运渠高垫，且闸水湍发，启闭甚难。查照平江伯陈瑄所建清江、福兴、新庄等闸，递互启闭，以防黄水之淤。又于水发之时，闸外暂筑土坝遏水头，以便启闭。水退即去坝，用闸如常。议欲修复旧规，并请特旨垂示各闸，使势豪人员，不敢任情阻挠。”部复，从之。壬子，苏州水灾，抚按官请先行赈饥蠲免。得旨：“以灾伤重大，命抚按官作速勘处。”癸亥，工部奏叙开便河功次。先是，巡漕御史陈世宝议凿瓜州屯坞，通浙直运船。今又议开仪真便河，以通江西、湖广等粮运。钦命严督开挑。至是总理河漕潘季驯、管理粮储道陈文烛查原督扬州府知府卢德华、淮安府通判况于梧、仪真知县侯应征挑完便河工程。将所挑河渠勘定丈尺，所支钱粮开报数目，会同漕运巡抚、侍郎江一麟佥谓：“陈世宝功当优叙；如陈文烛等四员，官有崇卑，劳无轩轾，议吏部叙录。其余行漕院分别奖赏，以示激劝。”从之。
乙丑，工部复：“礼科左给事中顾九思、工科都给事中王道成等疏请罢苏、松及应天织造，取回京差。”内臣传渝：“内阁织造袍服未可遽罢，若如部议取回内臣，改属巡按有司，则织造不精，谁任其责。且现有钱粮，不必加派，先生拟票来。”辅臣张居正等言：“该部为地方灾伤，故如此议复，请得面奏，为皇上从容开说。”有顷，居正等持工部疏并拟票入，至御前奏云：“近日苏、松等处水灾重大，百姓困苦流离，有群聚劫夺者，地方钱粮实难措处。且自前年星变时，亲奉明旨，停止织造，着孙隆回京，至今尚未报完。是诏令不信，而德泽不宣也。臣等谓，宜从该部所请，以彰皇上敬天恤民至意。”上曰：“朕未尝不爱惜百姓，但彼处织造不久当完，远不过来春耳。”居正言：“皇上德意，臣民无不欣仰。即孙隆在彼，亦能仰体圣心，安静行事。但地方多一事，则有一事之扰，宽一分，则受一分之赐。彼中织完十未四五，物料钱粮尚有未尽征完者，灾地疲民不堪催督，愿皇上且取回孙隆。其应天被灾稍轻，许坤仍旧可也。”上乃许之，曰：“近降去花样银两，皆御前发出，并不加派扰民。候此件织造回京，余悉停罢。”居正等顿首曰：“幸甚。”