八月甲戌，升云南左布政使方曙为应天府府尹。丁酉，苏、松水灾。御史张简题：“民穷盗起，非民之得已也。然恤穷有道，唯责成司牧而已。夫天灾何代无之，苏、松二郡之民，一遭水患，何遽称穷至此？盖苏、松为东南财富之地，其困于征求，非一日矣。今二郡司牧岂无急便身图，厚自封殖。赈贷之恩虽施，而给散不均；蠲免之令虽下，而催征如故。勾摄之皂快，毒甚豺狼；罚锾之逼迫，急于星火，奈之何民不穷且盗以死也。请速行抚按官，严责有司，简省词讼，轻免锾赎，使之得安其生理，由是而下蠲征赈贷之令，而民蒙实惠矣。
又入觐伊迩，应朝官指称公费，科派小民，骗借富室者难保必无。科敛之禁，此时尤宜申饬，以警玩邪，此救荒安民之最要也。又民穷为盗，势所必至。巡抚宜移驻彼处，以示弹压，便抚恤。仍同巡按御史严督兵备将领，军卫、有司官申明保甲，训练兵壮，以潜消盗贼。俟事宁之日，仍驻句容，以时巡历。”部复，报可。辛丑，户部复：“凤阳巡抚江一麟、巡按李时成奏，泗州、兴化、宝应、山阳、清河，桃源、盐城等七州、县田地，其高阜成熟者，照旧派征；其被灾稍轻与被灾次重者，俱免一年；被灾极重者，免二年。共免秋夏起存税粮二十九万一千四百石有奇，银一万一百八十八两有奇。其额派漕粮，于附近各府所属无灾及灾轻州县通融拨补，务足原额，候被灾州县有收之年照数征还。”报可。
九月戊辰，巡抚都御史胡执礼、巡按御史田乐，奏勘苏、松二府所属太仓、吴江等十州县灾各有等，除存留钱粮，照例蠲免，尚欲于漕粮尽数改折，见征五分，蠲免五分，及钞关、赃罚银两悉留赈恤。部复：“照嘉靖年事例，将今年额派存留钱粮，如数蠲免。”从之。
十月乙亥，以淮安府属盐城等十州、县，照旧改属营田道，令现任佥事史邦直充之，仍给敕以便行事。辛巳，以苏、松水灾，赐减明年牲口、药材等银十之五，并暂停征以前逋欠者。丙戌，蠲苏、松二府段匹、军器等十之四，仍于旧逋者，暂行停征，以水灾异常故也。丁酉，升河南副使孙光佑为右佥都御史，巡抚应天等府地方。巡抚都御史胡执礼、巡按御史田乐、董光裕上言：常州、镇江、应天等四府属邑灾伤不等，欲援苏、松二府事例，蠲免如数。部复谓：“苏、松赋额甚重，又加以灾伤异常，宜从厚蠲赈。应天等府赋额既轻、水灾不重，缓征别赋已为不宜，改折漕银，尤难轻议。今据各官奏勘，宜酌议应征、应免、应折、应停，以灾之轻重为次。”上以两河工成，赏总督河道官潘季驯、江一麟等银币有差，科道官勘实以闻。庚子，先是，隆庆六年，恩诏蠲免，海内共沾，而苏州、松江、常州等四府完解在先，未蒙抵蠲，今抚按官胡执礼、田乐、董光裕等议以万历元年起解牲口银两内，扣除三分，以抵隆庆六年蠲免之数。报可。
十一月癸卯朔，应天巡抚胡执礼、直隶巡按田乐、董光裕等题：常、镇府属江阴、靖江、金坛等州、县水灾，议以协济各驿递马价，自万历五年以前未完者，三县俱停征。部复，从之。庚午，巡抚凤阳江一麟、巡按李时成题：“江北地方，军民杂处，盗贼起伏，皆由总捕各官所辖辽远，稽察难周。宜分任巡捕山阳、盐城、安东、沭阳、海州、赣榆六县，仍属管粮通判；邳州、宿迁、桃源、清河四州、县，分属邳州驻扎淮安府管河同知；睢宁并徐州、萧、沛、砀、丰六州县，分属徐州驻扎淮安府水利同知，无为州并巢县，仍属江防同知。其各境内卫、所、巡捕、巡河等官，悉听会督。凡总捕应行事宜，责成着实举行。”部复，从之。
八年正月庚申，苏州卫管镇抚司指挥宋木，因常州府发来勘产追赃犯人管封周以贿脱逃。御史田乐上其事。上怒，敕加究处，并罪本道参政徐用简疏纵，降治。
二月丁亥，裁革苏、松营粮参政。辛卯，直隶巡按林应训疏言：“苏、松诸郡，古称泽国。干河支港不下千百。大则泄水以入海，次则通湖以达江，小则引流以灌田。年久淤浅，泄蓄无裨。今将苏、松、常、镇等河如吴淞江、白泖塘、秀州塘、蒲汇塘、孟渎河，舜河、青砀港等处，俱经设处兴工竣事。苏、松尚有支河数十处，宜用民之半，出力以赴工，用官之半，处费以给食。事无中辍，利可冀兴。”下其章于所司。壬辰，南直隶丹徒县永生、砥柱二洲，新涨淤沙，生芦渐广。应天巡抚胡执礼奏请委官丈明，开垦充饷。南京工部尚书沈应时奏称：“芦租原供织造，充饷非宜。”户部酌复：“请以芦课原额，归南京工部。余多银两解送巡抚，以充军饷。”诏以洲地盈缩不时，丈出新淤，计亩增税，仍充芦课，不得争扰。乙未，勒应天府府尹方良曙致仕。以南京给事中傅作舟、御史林应训等劾其冒滥故也。戊戌，诏蠲两淮盐场自嘉靖二十九年起，至隆庆四年止，消折盐二十八万七千五百引，以宽灶丁。河工告成，工部开叙效劳诸臣。上降旨褒赉之，加总河潘季驯太子太保、开工部尚书兼都察院左副都御史，荫一子；升总漕江一瞬都察院右都御史兼户部右侍郎，各银币同季驯。赐敕奖励。
三月辛丑，升湖广右布政使刘志伊为应天府府尹。乙巳，工科给事中尹瑾陈河工善后七款：“一、重久任以便责成。凡管河诸臣，遇三、六年考满者，宜加衔管事，俟资停最久，绩效景着，破格超擢。应补者，即就近遴选；一、定法制以核岁修。令管河司道，每岁严督各该管河官率领守堤官夫，将各边堤加帮高厚，兼栽柳、苇，修葺闸坝。年终管河郎中会同该道核验开报。三年遣官一阅视；一、甃石堰以固要冲。高家堰近已筑塞成堤，体制高厚，既有桩板，以护其外，复设官夫，以严其防。然终不如石堤，更可永恃。宜于中间二十里低洼处，用石包砌。令徐、颍、海防三道均分道里，各派所属而董其成；一、浚闸河以利运艘。