十二月辛亥，户部题准：预开淮、浙、山东常股存积盐一十五万八百七十三引一百八十五斤，共银五万一千七十二两四钱六分。甲寅，应天巡抚宋仪望言：该镇兵力单弱，粮饷缺短，战守之计，尚多疏略，条议五事：“一议更置将领。吴淞一镇，兵船聚泊，乃水陆折冲之区。副总兵驻扎，南可以援金山之急，北可以扼长江之险。所统六路官兵，约计一千八百员名，而川沙堡、宝镇堡及一应水操官兵，悉以隶之。金山乃三吴之外屏，刘河为苏州之门庭，宜以参将移镇金山，游击移镇刘河。至常、镇参将，原非要害，当议裁革。仍更置守备一员，就驻杨舍，互为策应；一议处粮饷。苏松一镇，自倭患稍宁，客兵题革之后，又经量议增兵，以定战守。大约每岁计该饷银十三万八千二百四十一两九钱，应坐苏、松、常、镇四府照粮加派，一议增戍孤镇。金山一镇，孤悬海边，接近浙海，为三吴外屏。今更置参将，其兵仅以千计，万一有警，即悉城中老弱登埤以守，未充其半。欲增募客兵，则供饷难继。宜行应天十府一州各衙门，问拟军犯遣发该镇，以充营伍；一议兵船器械。福仓大船，长巨高坚，破浪乘风，摧拉甚易。每船定价至四百余两，岁用二百三十六只，每年打造不过三十六只，余皆雇募民间，颇为便宜。其各船之兵，于崇、靖两县沿海居民，按图挑选，尤为易集。一应军器，若发贡佛郎机之类并火药，俱各将官自行制造，庶乎可用；一议明事权。令把总等官，听副总、参、游节制。参、游等官听副总官节制，敢有抗违者，许以军法从事。副总官比照行部事例，不时巡历，必使体统尊严，事权专一。若州、县佐二等官，品级相悬，体统攸关，在道必避，在庭必参。如敢倨傲凌肆，许即揭呈提究，庶名分不乱。”户、兵二部各复，依议行。
闰十二月乙亥，升徽州府知府崔孔昕为两淮盐运使。
三年正月辛丑，扬州、镇江府地震。癸丑，巡按直隶监察御史邵陞疏言：“苏、松、常、镇等府，宪臣久缺，水潦频灾，节年逋赋，难以逼追。乞于考成簿内宽限，节次完销。”事下工部。于是工部条复：“以逋赋久近，上供缓急，分别酌量，仍立限催督，违者查参。”诏如议行。甲寅，先是巡抚凤阳都御史王宗沐以淮、徐地方，素多奸豪，恐其啸聚，乃令军门捕盗郭宗抚访求侠豪巨室，计得三百余人，加以义勇名色，责令捕盗。约以有功，则为奏叙。其后义勇王忻等，果有缉获。至是，宗沐为请升郭宗抚把总，王忻等各给与冠带。兵部复疏：“以所虑为盗之人，即用以治盗，诚救荒安民，弭怨销衅之良策。”从之。
已未，议修理南京内府门殿、库藏。议者以为累朝明禁，无容轻议，惟奉先殿享祀列圣神位，武英殿奉太祖、成祖御容，大庖厨为进供日膳之所，及诸紧要库藏所，宜及时修葺。于是南京工部尚书刘应节上言：“南京为祖宗创业根本重地。自成祖定鼎幽燕，南京大内，遂为虚设，禁令勿修，允其自坏。先朝深意，未易窥测。然臣等之愚谓有不必修者，有必不可不修者，似未可漫无分别，一概停止。如系内外出入之防者必修，外围皇墙、内围禁城是也；系享祀供膳之所者必修，奉先殿、武英殿、大庖厨是也；系钱粮积贮之所者必修，承运等库是也；系官军驻扎、官军宿卫之处必修，光禄寺、尚宝司、六科、监局及宿卫等房是也，系臣民观瞻之重者必修，东安、东华等门是也。今各衙门公署已经题修二殿，大庖各库，见有今议，而独东安、东华等门及宿卫处所，议者未及。恐倾颓日甚，一望丘墟，非所以肃观瞻重根本也。但钱粮诎乏，工料难办，或俟别项倒塌，重行拆卸，移取无用，以修有用，庶为两得耳。”疏下工部。
二月甲戌，南京兵部尚书刘体乾以浦子口城垣濒江冲塌，议募水兵四百八十名守之，属江、济二卫，入册工食与马船水夫一例。又议减锦衣等卫快船一百三十只，改为马船，以现在水夫通融差拨，内有不足，量募新夫，必壮丁习舟任战者，方许应募，春秋掣取教练。童欲藉水夫之工食，为水兵之调度，而马船骤增，二卫苦之。又水夫向听差拨，骤闻教练，遂生骇怨，相与围劫千户高隆。意议出自隆也。南京兵科王颐言其不便状。下部复议。于是甫京兵部尚书戴才以浦口原系陆营，欲改水兵为陆，马船第增九十只，裁旧船水夫十八名为十六名，以所裁名数，派驾新船。尚有不足，另行招募，但听差拨，不便操练。议上，兵部复奏：“马船之议，业已妥确。惟水兵改陆，则彼五卫之众皆焉往？陆则本城之操军，隔江则操江之水军皆焉用，而更增此四百八十人为哉？若云已集之兵，不可复散，新改马船夫额尚少，那彼就此可也。”上然之。辛卯，南京大理寺右寺丞雷稽古为应天府丞。戊戌，总理河道、都察院右佥都御史傅希挚上言：“治河当视其大势，虑思务求其永图。顷见徐、邳一带，河身垫淤，壅决变徙之患不在今秋，则在来岁。
幸而决于徐、吕之下，犹可言也。若决于萧、砀之上，则闸河中断，两洪俱涸矣。幸而决于南岸犹可为也，若决于北岸，则不走张秋，必射丰、沛矣。臣日夜忧惧，悉心讲求，禹之治水，顺水之性耳。今以资河为漕，故强水之性以就我，虽神禹亦难底绩。惟开创泇河，置黄河于度外，庶为永图耳。泇河之议，尝建而中止，谓有三难。而臣遣锥手、步弓、水平、画匠人等于三难之处，逐一勘踏。起自上泉河口，开向东南，则起处低洼，下流趋高之难可避也；南经性义村东，则葛墟领高坚之难可避也，从陡沟河经郭家西之平垣，则良城侯家湾之伏石可避也。至于泇口上下，则河渠之深浅不一，湖塘之联络相回，间有砂礓，无碍挑挖。大较上起泉河口，水所从入也，下至大河口，水所从出也，自西北而东南，计长五百余里，比之黄河近八十里。河渠湖塘，十之八九源头活水，脉络贯通，此天之所以资漕运也。昔尚书朱衡之开新河，都御史潘季驯之开邳河，权救一时，其情事忙促，工费浩大，难尽名言。今虽尚幸无梗，然相时度势，要之不免卒有不虞，而后竭天下之财力，以通咽喉，何啻如新河、邳河情事之汹汹面巳哉！若将十年治河之费以成泇河，泇河既成，黄河无虑塑决矣，茶城无虑填淤矣，二洪无虑难险矣，运船无虑漂损矣；洋山之支河可无开，境山之闸可无建，徐口之洪夫可尽省，马家桥之堤工可中辍。今日不赀之费，他日所省，抵尚有余者也。故臣以为开泇河便，因列为议工费、酌工程、拟督工、请监工四款上之。”章下工、户二部勘议。
三月丁巳，工科都给事中侯于赵疏言：“开河事体重大，宜行地方复勘。又濒河一带，水灾频仍，大役骤兴，地方隐忧，不可不虑。”户科都绐事中汤聘尹谓：“曩者新河之役，议用费七万，及其成功，殆十倍焉。今日虽议百万，而大役难料，中道难辍，恐不能无倍于初议矣。宜大集心计，博采众思，工费约用几何．支给出自何所，开列奏闻。必储蓄可备六年，然后可下诏兴工。”二疏俱得旨下部。部臣复请会议。上曰：“开河事理，傅希挚所奏，固已明确，但事体重大，不厌详慎。廷臣会议，亦是虚文，甲可乙否，终难成事。命侯于赵亲往会希挚及攒运按臣确议以闻。”
四月己卯，调补江西左参政严大纪为山东左参政，驻扎淮安，管理漕务。甲午，淮、徐等处大水，直隶巡按御史舒螯议：“以为海口淤塞，横绝下流，故淮、扬、徐、邳诸处，频年水害，郡邑几废。宜开草湾、浚洋麻港口、石诸口，以备淮黄之冲。”又欲蠲折粮、留商税、请赃罚、发漕米，以备赈济。总理河道都御史傅希挚谓：“高宝之间，桃花泛涨，陡齐堤岸，宜急捐徐、邳二州河道、船税、堤夫等项银四万，以备修筑。”于是工科给事中萧崇业等疏：“东南咽喉重地，重罹灾变。宿水未消，新涝增毒，蠲恤修筑，以苏疮痍，是或一道也。若开草湾、浚石二策，则未可轻议。何也？泇河之役，国储所关，必不容已。若两役并兴，弛鹜不足，顾尾失首，非计也。宜俟泇河告竣，淮、扬稍稍安业，方可徐图耳。”户科给事中光懋亦言之。事下户、工二部复议。命河漕诸臣及勘洳河科臣，博访群策，议定明白以闻。