五月庚子，先是，元年二月间，徐、淮、扬等处被水灾。抚臣王宗沐、按臣舒鳌、科臣贾三近等俱先以蠲兔、赈济为请。户部复议：“咨行地方抚按，选委贤能官员，从公踏勘，分别轻重，以凭酌处。”又言：“淮、扬等处，蠲免、赈济所费钱粮，总计应征并发去者，无虑五六十万矣。国家经费，各有正项，非专供一方也。
虽急缓之势当知，而无已之求难继。且救荒委无奇策，求其策之善者，全赖各该有司，先之以俭静不扰，次之以就地设法。故有富弼则青州不为灾；有苏轼则杭州不能困。若无先事之备，而徒仰给于内帑，不惟缓不及事，以天下之大，尽内帑亦不足以给矣。”奏闻。奉旨：“近来淮、扬地方，无岁不奏报灾伤，无岁不蠲免、赈济。朕奉天子民，一闻百姓饥溺，辄切切于怀，思为亟救。但朝廷设官分职，原以为民。天灾流行，国家代有。若各地方官平时肯着实经理民事，加意撙节，多方设备，即有灾荒，岂至束手无措。今做官者，本无实心爱民，只虚文了事。遇水旱即委责于上，动称危言，以胁制朝廷。及至奏过一番，依旧因循不理，岂朝廷任官养民之意。所奏姑拟勘报议处。着吏部查两府被灾地方，有司官拣有操守及年力精壮者去做，贪酷害民及衰老无为者，即便奏请黜调。各处抚按官俱要督率有司省去繁文，修举实政，多方预处水旱之备。不许但诿之气数，沽名蠲恤，责上市恩。亦不许因此便谓朝廷讳言灾异，壅敝小民疾苦，不以上闻。”
六月己巳，应天府尹汪宗伊迁，吴文华继任。丁丑，裁扬州府驻扎仪真县理盐通判。壬午，改南京户部尚书陈瓒为左都御史，提督两广；殷正茂为南京户部尚书。戊子，换给徐颖海防敕书三道，增入整饬中都留守班军事务，以班政废弛，军多不到者。辛卯，工科都给事中侯于赵等题会勘泇河事宜：“自泉河口至大河口，五百三十余里。内自直河至清河三百余里，自来河道无恙，无赖于泇断在可矣。惟是徐、吕至直河，上下二百余里，宜开以避二洪、邳河之害，约费可一百五十余万金。特良城伏石，长五百五十丈，比原勘多四百七十丈，开凿之力，难以逆料。性义、马陵俱限隔河流之处，二处既开，则丰、沛河决，必至灌入。宜先凿良城石工，预修丰、沛堤防，而后前功可徐议也。”户部亦复如科臣言。又谓正河有目前之患，而泇河非数年不成，故治河为急，开泇为缓。
奉旨：“看侯于赵等所奏，与傅希挚原议大不相同，傅希挚久历河道，当初若无的见，岂敢谩兴此议。此必该道等官，畏工久羁官，故难其说，阴肆阻挠。勘官据其所言，谩尔回奏，其言先开良城伏石，徐议兴工，都是搪塞了事之语，深负委托。今人平居都会说利道害，沽名任事。及至着落他实干，便百计推诿，只图优游无事，捱日待转，谁有视国如家，忠谋远虑者。似这等人，如何靠得他成功济事。且泇河之议，正欲遁漕，非欲弃河而不理。今他每既说治河即可以兼漕，便着他一意治河，别工不必再议。今后漕粮开兑迟误，责在漕运；舟行梗塞，责在河道；有旷职废事的，都拿来重处。管河司道等官，都着久任，不许升转。吏部该科记着。”乙未，工科都给事中侯于赵等复议：“淮、扬地方频年水灾，惟在下流壅滞。宜通草湾，以分河流入海之路，开渔沟老黄河，以疏淮、扬涌激之势；浚新洋、石诸口，以济兴盐垫溺之危；筑安东之县堤，以为水趋该县之备。其开浚先后，则欲先草湾、石，而后渔沟，度缓急以舒物力。”俱报可。
七月己未，国初粮运，自仪真抵淮安，谓之里河。俱分入五坝，转盘黄河，谓之外河，不相通。后平江伯疏开清江浦河，由天妃口径通黄河，仍设闸以司启闭。每岁三月以后，粮运过完，即将原闸封闭，隔绝黄水，官民船盘剥如故。其后漕规废弛，闸不能闭，而黄水灌入，河臣乃议塞天妃口，以杜黄水。创开三里新河，设通济闸，以通淮水。其后闸废不修，淮水不息，黄水盛大，淮亦因之，高宝湖堤，年年冲决，盐、兴等处，岁岁被灾矣。至是，御史刘光国议：“以天妃闸地势高于通济，淮水灌滥，多子黄水。谓宜将通济闸及福兴，新庄二闸，增卑倍薄，务令高厚坚固。仍令清江厂分司专司启闭，每五月以后，九月以前，二水盛发之候，严加封闭，官民船听其自行转盘。惟回南空船，每二日启放一次，随放随闭，不许官民船越规擅进，以贻水患。”从之。
八月甲戌，工科都给事中侯于赵疏言：“高宝湖堤大坏，苏、松水利久湮。宜专委任督理，以裨国计。巡盐、巡抚俱难兼管，宜于南京巡江、巡仓、屯田三差，—归并一员专理河。”工部复如议。乙亥，户部题复事干漕务者：“一、给余米，以资回南；一、复抵坝，以守良法；一、报完兑、开帮、过洪、入闸日期，以稽迟误；一、追积欠，以杜侵欺。惟存亡事故者，清查量免；一、责典守，以禁私货，宜自监兑主事始；一、序挨帮，以禁挽越；一、修仓廒，以善积贮；一、改海船，以疏河道。俱载入议单，永为遵守。”奉旨：“黄河广阔，运船取便越帮，利于速进，着照近例行。余依议。”丁丑，河决高邮、砀山及邵家口、曹家庄、韩登家等处。总理河道都御史傅希挚议以高邮决口，当亟筑；砀山决口，当改筑月堤。其他三口，宜留以为泄水之路。工部复：“奏议是不得已而为权宜之术耳，安能必三口之不愈决愈深，而夺正河耶？宜随机相度，近河诸堤，有当增筑以广容纳，或上流有可分杀以减水势，皆当从长计议，无得因循。”奉旨，从之。戊子，淮、扬、凤、徐四府州所属大水灾。户部复：“抚按奏将本年夏季税粮存留者，照例蠲免，系起运者暂准停征，其三年应运漕粮，再准一年改折；各卫屯粮亦视灾重轻，照例折处。其巡抚、巡按、巡盐当年赃罚及徐州商税银两，准留支，以备赈恤。”报可。
九月戊戌，先是，应天、苏、松等府州、县各有弓兵、民壮，前年查扣工食济边。至是，应天以江防增兵，苏松以海防增兵，操江及抚按各具疏请留民壮银饷。部复以银出均徭，无存留之理。但江防缺饷，姑准于民壮银内动支九千三百六十两。苏松近报灾伤，将民壮银内动支一万二千六百一十二两，余尽数解部。得旨从之。己亥，时苏、松、常、镇水灾异常，抚按具疏，要将太仓、华亭、上海、常熟、嘉定、丹徒、丹阳七州、县漕粮改折，并减免应征钱粮，改折三分。从之。壬寅，提督操江都御史何宽奏：“京城内外，原设三大营，以习陆战。又设新江口营，挑选官军一万五千人，驽船三百只，以习水战。今江营兵仅五千二百，占役过半。战船仅四十只，比原额甚远。乞行南京兵部会同将本营额数中有丁者，行卫取补；改差者勒归本营；为事者收复；老弱者选补；逃故者清勾。若一时难以复旧，请量分三营之军，以益江营，使习水战。”部复：“除有丁取补听其径行外，三营之军应否量分江营，宜移咨南京兵部同操江会议停当具奏，以凭议复。”得旨，从之，兵部奏复：“巡按应天都御史宋仪望会同巡按御史邵升条议防倭善后事宜：一、增设游兵，以定邀击；一、定船，以便调遣；一、联陆兵，以防流突；一、核军储，以时支给；一、定举劾，以示劝惩；一、广资格，以需将材；一、联浙直，以定合剿；一、复乡甲，以固人心。”俱依拟行。内承运库太监崔敏等奏：急缺段匹。工部议复：“行应天等处抚按官，动支无碍官银，令有司织造九万七千九百有奇。”南京湖广等道御史陈堂等上疏曰：“昔人有言，天地生财，止有此数，不在官则在民，未有无碍官银之说。无碍之说，起于贪墨之吏，搜括公帑以充之。搜括必加渔猎，渔猎必加科派，科派必加箠楚，此岂陛下所乐闻。兹者每匹估价银一十二两零，应天一府计一十二万两，则各处该银二三十万矣。臣谓科派无辜之百姓，不如取足逋负之顽民。查浙江、苏州等处，拖欠应进京库金花银，共计一百六十余万两。查各抚按赃罚银两，有二三年全不解部者，除二分备赈，四分济边，余系工部额数数。此固户部所本无，又系工部所自出者也。至金花银两，以上用之岁银，供上用之段匹，不必解部，通融织造，可无议加派矣。”奉旨：“段四以备供用，赏赐必不可缺，着照前旨，陆续解运本内。说纻丝罗每匹该价银十二两，其实解进的都粗糙不堪，不值原价三分之一。且不分轻重，一律重估，中间必有冒破情弊，工部看了来说。”庚申，巡抚应天都御史宋仪望奏：“镇江一府，官民田地照亩起科，各有原额，至其瘦田、荒田、芦地、草苗及新垦荡田，共算折实在田八千四百七十二顷九十九审二分零。凡昔时奸民巧立名色，诡避粮差者悉裁革，均为一则。”疏下户部。南京祖陵被风雨损坏坍塌，着本处官修理。刑部右侍郎翁大立为南京工部尚书。