万一全河弃旧奔新，径趋符离集，则镜山上下四百三十里，将为陆地，嘉靖甲子之患可鉴也。前议亟宜停止；一议接窑子头古堤。先年黄河北徙，溢入运河为患，接筑前堤，彼一时也。近自接连缕堤头，通筑长堤，黄水再无空隙可以北徙，前项似可省筑。惟镜山至留城一带，东堤内束河水，外障河波，往来牵挽，自必由之。现今冲坍数多，相应加筑，其砀山县陈益口新冲决口，永禁筑塞，使黄河水发，岁岁分泄，以图永利。”如议行。己亥，刑科左给事中郑岳奏：“国家借黄河为运道，上自茶城，下至淮安，五百余里。乃茶城有倒淤之患，徐州有淹城之危，邳州有淤塞决口之虞，稽之历年可考也。臣去年奉差经过淮安，正值水发之候，民居飘荡，询之地方父老，皆言自嘉靖四十四、五年河水大发，淮口出水之际，海沙渐淤，今则高与山等。此沙既壅，自淮而上，河流不迅，泥水愈淤，其邳州之浅、房村之决、吕梁二洪之平、茶城倒流之弊，皆由此也。今不务海口之沙，乃于徐、沛、吕梁地形高处，日筑堤岸，以防水势。桃源、宿迁而下，听其所之，则水安得不大，而民之为鱼，未有已时也！臣闻之恻然。曾见宋人李公义、王令图曾献浚川耙法，以圆木八尺横于中，以铁为齿，齿列三行，两端有轮，以舟驾之，行浅水中，舟过则泥去。此古人已试之法，试仿而用之。能疏淮口横沙，而去其最下之塞，则徐、淮自无淹溺之虞；能疏吕梁积淤，而得其高低之形，则茶城自无倒流之患。此固言之可采，理之必然者。”工部复议：“咨河道侍郎亲诣海口，踏勘具奏。”从之。辛丑，工部复：“河道侍郎万恭题，瓜州花园港等处，原议建闸，盖俾江南粮运可以直达，免盘剥之费也。自隆庆六年，花园港猪市上、下闸成，迨今二载，粮艘无滞，省民间不赀之费。但上闸重建方毕，而下闸冲啮尽坏。合行河道侍郎将瓜州应改下闸及詹家洲应建中闸，作速兴举，并汊河扬子桥，亦于明年接续修建，以收全功。其江南应该协助修闸银两，严行追解济用。”从之。
五月乙酉，兵部复：“南京兵部尚书刘体乾等题，南京锦衣等卫、所快船及江淮二卫马船，差拨虽均，但快船掌驾取诸各卫军余，委属调敝；马船水夫原有本等工食，似可通融。议将快船裁减一百五十一只，内二十一只径行停止，其一百三十只，改入江淮二卫，以准马船。即以现在及添募水夫，拨领掌驾。其工食口粮并哨总等官廪给，悉照浦子口兵船事例处给。”从之。
六月丙午，户部复：“南京户部尚书傅颐等题，南京锦衣等卫所，新收军士九千五百余名，每年约用银九千余两，米九万余石。今南京库银积贮颇多，虽增新军，折色支用有余。其粮米当于万历三年秋粮内，派浙江二万五千石，江西四万五千石，湖广二万石，径解南京户部交纳，以备增军之用。”报可。丁未，总督漕运、副都御史王宗沐题漕务二事：“一、定期限以图善后。今岁漕舟，正月终已悉抵镇江，盖事体初复，人心竞奋，然不可为常。议定以三月终尽数过淮，以一月为黄河逆溯之期，则四月终可悉过洪，不与黄水相值；一、禁军士以戒不虞。祖宗以十二万军士，岁运于中原，自有深意。但群聚起争，不免贻祸地方。凡军船赴水次领兑，止许一旗一纲，跟同运官赴仓，其余军士，不许私自上岸。”乙卯，户部复：“两淮巡盐御史王琢玉会同抚按官王宗沐等题，淮北堆盐地方低洼，每被淮水淹消，损商启弊。今议筑堡围护，合用工价银一万一千四百四十八两零，应于淮字各单每引带盐二十斤，纳银一钱，充为工费。”从之。壬戌，兵部复：“巡抚应天都御史宋仪望题，修理句容县旧设巡抚衙门，为巡抚驻扎。春、夏巡历苏、松等府，以防海汛；秋、冬巡历徽、宁等府，以肃地方。”从之。南京刑部尚书戴才改南京兵部尚书，参赞机务。庚午，陕西左布政使侯东莱为应天府府尹。起原南京工部尚书林云同为南京刑部尚书。
七月癸酉，户部复：“南京户部尚书傅颐题，南京二总运军行粮，改于水次兑给，诚为二便。但其数多寡，该部无从稽考。至耗米、席、驴、脚等项，但系正额正米，既兑给军旗，前项俱无下落，亏损甚多。合行漕司每年给发全单，先期咨报该部查处。耗米等项，除给军外，其余解南京，并行查以前混支米扣、米银及松江府以麦银径作行粮、华亭县以南粮擅放外卫官军，俱听该部查复议处。”报可。丁亥，南京工部尚书刘光济改南京吏部尚书。癸巳，吏部听选岁贡生许汝愚上言：“东南运道，水势之涩、莫甚于丹阳；地势之高，莫甚于夹港。国初于此置为闸者四：曰京口，曰丹徒，二闸居上，以防三江之易涸；曰吕城，曰奔牛，二闸居下，以防五湖之易泄。
自丹阳起，至镇江蓄为湖者三：曰练湖，曰焦於，曰杜墅，以济漕河之用，遂免海运之艰。而于四月交兑，五月过淮，维时雨泽大降，江潮盛行，不假湖水亦足以济。岁久，延袭居民，侵为田亩。焦、杜二湖，俱为旱麓，仅存练湖，犹有侵者，而四闸俱空设矣。今改为十月临仓，雨泽既少，江水枯落，不免剥浅胶涩，才数十里之区，有阅三四月而不得尽达于江者。虽添设攒运，枉费推挽，而开河之议起矣。夫夹港两岸，高者数十丈，而河仅阔数丈许，下之开凿愈深，则上之塌坍愈速。频冬役民以浚之，春来淤塞如故。年年兴此大役，民何以堪。为今之计，莫若修三湖之故址，就四闸之完基，蓄泄以时。下修吕城、奔牛二闸，以待粮运之入，上修京口、丹徒，以待粮运之出。况乎上流既溢，则奔牛而下，又何不通之患哉。破此说者，必以淹没民田为辞，不知前此占湖为田，今仍旧修葺，非废田以为湖也。即欲补此数顷之田，则沿江一带新涨常稔洲田，无虑千顷。民方争佃，构讼不息，且其皆隶于丹徒，以此相易，不亦可乎？年年官司欲兴水利，辄为豪富破害，遂以湖浅河长为解。试并修三湖，而于丹阳水关下板，则河如此其长，湖亦如此其阔，宁有不足之理！此皆上下习见而缄口不言，则利害之心惕之也。”工部复，行彼处抚按踏勘具奏。从之。
八月甲辰，户部复：“总督漕运都御史王宗沐奏请事件：一、禁军士以戒不虞；一、复军船以苏疲困；一、折脚米以济修船，俱如原议。其定期限以图善后议，以三月过淮者，仍限二月。”乙巳，汪宗伊为应天府府尹。丙辰，以盗劫芜湖县库，查处地方失事官员。奉旨：操江都御史董尧封降一级，调外任；巡抚都御史宋仪望，到任未久，着戴罪立限捕贼；各巡按、巡江御史，候差满之日，都察院从公考察。
九月甲戌，豁减镇江丹徒、丹阳、金坛三县及常州靖江县钱粮，以水旱灾伤，从巡抚应天宋仪望请也。丙子，工部复：“工科给事中吴文佳言，茶城，黄、漕交会，数千粮艘，皆由此一线之路。如数十里之茶城一淤，即百计疏通，无救旦夕。查得先年总理河道都御史翁大立建议，欲从子詹山、梁山至马家桥，上下约八十余里，另开新河，置旧河于堤外。凡黄河出口之地，并不相及，而波涛可避，良为得策。但称田梁之下，张孤山之东，内花山之西。新冲河形，南出戚家港，会于黄河，亦可通舟。因势利导，就下为川，颇与原议稍异。宜令总理河道等官亲诣茶城踏勘。”从之。
十月己未，赈恤徐、淮等处灾伤，准留漕粮一十六万余石，银六万余两。壬戌，以原礼部尚书潘晟为南京礼部尚书。甲子，提督操江兼管巡江、永康侯徐乔松，革任闲住，并张应宿革任、朱正色等提问。以南京刑科杨节奏其芜湖失事也。丁卯，总督漕运都御史王宗沐议：“徐、邳民俗犷猂，盗贼充斥。盐城地滨江海，盐徒出没。将韩荣改为徐、邳参将，专驻徐州，往来邳、宿；丁介夫改为盐城守备，常川操守。六、霍等处矿山，徒众垂涎，虽有巡山官兵，漫无统纪。合将麻埠巡检裁革，设立把总，率领兵勇，擒剿矿徒。”部议俱依议行。
十一月壬申，以保定侯梁继璠为南京提督操江兼管巡江。壬辰，两淮巡盐御史王琢玉言：“查过吕、四等三十场，灾伤十分、九分被灾极贫灶丁七万六千七十三丁，次贫丁六千三百三丁，已发银二万两赈济，止可济秋冬之急。若明春青黄不济，尤为可虑。议请于今余盐银内借留三万两，以待来春接济。”部复，从之。