永历三年己丑正月庚申朔，上在肇庆。
十三日，大学士朱天麟罢。陈邦傅，故浔梧参将也；冒功封富川伯。又以迎驾，封思恩侯。李成栋反正，先疏入告，进爵至庆国公；官其子陈曾禹至右副都丑史。驾过浔州，邦傅挽留月余；求守浔州，如瞿阁部故事。上不许；许以居浔、梧。而致贿于诰敕中书张孟光，使以守字易「居」字，为言者追改；然邦傅进疏，则直称「世守」。当成栋未反正时，邦傅潜通降启，以故为成栋所轻，兵科给事中金堡承风指劾之；邦傅疏辨：“皇上蒙尘两年，并无一位两衙门；何今日纷纷若是？以臣为无兵、无将，请即遣金堡为臣监军，以观臣十万铁骑”！天麟票拟：“金堡从来，朕亦未悉；所请监纪，着即会议”！丁时魁，堡之党人也；怒曰：“堡论邦傅，请即监纪；堡又论郝永忠，若请其头，亦与之耶”？率科道官十六人直入丹墀，大声疾呼，缴印于内阁。上方燕语，闻变震惊，翻茶沾服；急谕“诸臣照旧供职，天麟即日罢相”。然天麟但言「会议」，固未尝出金堡于邦傅也；第金堡往日知临清受官于李贼，发其从来，是所深忌耳。二十八日起，旧辅黄士俊、何吾驺入直。
三月七日。李成栋、何腾蛟败问至。当金声桓之反正，南都震动；乘流而下，鲜不克矣。乃为声桓谋者，以宁庶人失策于一往，使新建伯得制其后；故声桓兵先赣州。赣帅高进库谓之曰：“吾不动以待汝；汝得南都，则吾以赣下”。声桓不听，急攻之。久而，各省援师集于南昌；李成栋方欲夹攻赣州，声桓之攻赣者首尾牵顾，失利而退。高进库以方胜之师还而拒成栋，成栋退走信丰，溃不可制；成栋断后，策马渡河，马不胜甲而沈。兵部尚书张调鼎、监军道姚生文俱死于乱兵；成栋死，而声桓亦亡。何腾蛟开府于长沙之湘潭县，湖南、北列十三镇，多以降将为之；时叛时服。腾蛟仁爱有余，而雄断不足；诸将跋扈不用命。北兵至，湘潭不守；遂见执，被害于大步桥下。赠腾蛟中湘王、李成栋宁夏王，进李元允车骑将军，封南阳伯。
四月，孙可望遣龚鼎（永昌人，癸未庶吉士）献南金名马，移书求亲王名号。初，张献忠伏诛，其劲旅尚有四部：曰孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇；皆去献忠伪号，自称将军：可望平东、定国安西、文秀抚南、能奇定北，而奉黔国公沐天波以讨定诸彝。可望年差长，又稍知文墨，故位第一；定国以能次之，文秀、能奇又次之，然实等夷无统属。已而能奇死，其将冯双礼主其营事。可望笼之以术；既兼两部，浸浸欲自大。当诸军之从贵阳入滇也，贵州不置一守；有皮熊者，以其军入之，报称恢复黔省，进爵贵国公，驻平越。大学士王应熊还自京师，开幕府于遵义；有王祥者为所委任，应熊死而祥据遵义，亦进爵至忠国公。各疏告行在，言“今之入滇者为张贼余孽，名虽向正，事岂革心；朝廷毋为所愚”！然两帅接坏，时相构衅，亦不能有所效力。及滇使至，朝议以为不可不行封赏。金堡言祖制无异姓封王者；于是，遣武康伯胡执恭以侯爵往封。执恭者，绍兴人，私计滇兵强甚，且欲自结于孙可望，谓“春秋之义，大夫出境，有可以安社稷、利国家者，专之可也”；乃矫诏封可望为秦王。可望亦知其伪，具疏辞；金堡、蒙正发皆劾执恭罔上，朝议大譁然，不可。但已乃改封荆郡王，赐之国姓曰朱朝宗；定国曰李如靖，文秀曰刘若琦。而可望终冀秦王，言“臣惟一意办贼；成功之后，始敢议及封爵耳”；定国、文秀亦辞赐名。可望虽不受爵，然已张皇其称；土司之慑服军威者，进修贡献，已仿亲王礼行事。而沐天波亦谦让，不敢以公爵均敌。滇土略定，而北师下沅。张先璧、侯天锡退师黔境，可望遣许世臣诣行在请出师，陈义慷慨；有为上言曰：“不若赐之玺书，直云皇帝致书秦王；则前此葛藤斩断，方可使之尽瘁也”。上从之，可望即具疏谢恩。
五月四日，慈宁皇太后垂帘；召何吾驺、金堡为之解释。先是正月，（堡参）吾驺谓：“与司礼监夏国祥此呼彼应，有若桴鼓”；皇太后恐吾驺不安其位，故解之。
六月，左都御史袁彭年去位。彭年生母死，不肯丁忧；慈宁皇太后以祖制所无，不许。
七月，楚降将李赤心等兵败入广。初，李贼部曲之降于何腾蛟也，李过（一名锦）赐名赤心，封兴国公；高必正封郧国公，营名忠贞。腾蛟死，为大学士堵允锡所抚。湖南、北既失，赤心等由郴桂竟趋梧州，欲入广东；尤锡力主其议。李元允曰：“我辈做鞑子时，公不来复广东；今反正后，乃来争广东乎？皇上在此，他来何为”？允锡语塞而止。
八月，黄士俊、何吾驺罢。时台谏横甚，金堡等以李元允为东援、瞿式耜为西援、严起恒为内援、焦琏为外援，朝政一手握定，动辄白简；政府惴惴充位。疏未上，先商票拟，政府置底簿以待之，任其改削。二辅入直以来，弹章盈箧；至是，告归。
九月，严起恒独相。是年，封朱成功为延平王；闽海始用永历年号。
永历四年庚寅正月乙卯朔，上在肇庆。北兵破南雄；七日报至，百官争窜，家丁沿途杀人。九日，上登舟；十三日。解维。李元允留守肇庆。
二月甲申朔，上至梧州，驻跸水殿。户部尚书吴贞毓、詹事府礼部右侍郎郭之奇、兵部左侍郎程源、右侍郎万翱、礼科都给事中李用楫、户科右给事中张孝起、吏科给事中朱士鲲、户科给事中李日纬、御史朱统〈金筒〉、王命来、陈光允、彭佺合疏，论袁彭年、金堡、丁时魁、蒙正发、刘湘客罪；奉旨：“彭年反正有功，免议；余下锦衣狱（以五显庙权之），掌卫事张鸣冈鞫之”。严起恒请对于水殿，不得入；复率诸臣伏沙滩求免刑。程源立舟侧扬言曰：“金堡即「昌宗之宠方新，仁杰之袍何在」两语，便当万死”！其声达慈宁舟中。盖堡尝驳御史吕尔璵奉旨疏有云：“臣何人也，尔璵何人也？以仁杰之袍赌昌宗之裘，志士犹为怏怏”！顾肆言无忌也。狱具，堡与时魁各杖八十；堡边远、时魁附近，各终身充军。湘客、正发徒三年；各赎。上登位三年，至是始见声色。上忧东事急，调郧国公高必正赴援。
五月十三日，高必正与兴平侯党守素率兵自梧州来朝，李元允亦自肇庆来。时严起恒已去，三帅请手敕往平浪追还。慈宁皇太后垂帘，召三帅赐对。元允伏地请死曰：“金堡等非臣私人，果有罪，皇上何不处之于端州？今若此，是臣与堡等为党也。向以封疆急，不敢请罪；今事稍定，请正臣罪”！上慰勉再三曰：“卿大忠大孝，朕不疑卿”。
元允曰：“皇上既不疑臣，何故以处四臣之故赐臣册书，令臣安心办事乎”？皇太后曰：“卿莫认金堡等为好人；卿如此忠义，他却谤卿谋反”。元允曰：“说臣谋反，还是有本、还是面奏、还是传言”？上不答。必正曰：“皇上重处堡等是也。但处堡等之人，不如堡等；处堡等之后，亦无胜于堡等之事”。皇太后曰：“只滇封一事，岂非金堡误国”？诸臣皆不敢对。
孙可望自赐玺书之后，俨然亲藩体统。凡诸军悉曰「行营」，设立护卫曰「驾前军」，自称曰「孤」、曰「不榖」，文书下行曰「秦王令旨」，各官上书曰「启」，称李定国、刘文秀曰「弟安西李」、「弟抚南刘」；其下称之，皆曰「国主」。皮熊在黔畏其相逼，遣官李之华通好请盟；可望致书云：“贵爵坐拥貔貅，战则可以摧坚锐，守则可以资保障。独是不肖有司，罔知邦本；征派日烦，民生日蹙。黔中乃出兵之途，宁无救灾恤邻之念，以为假道长发之举？若滇、若黔，总属朝廷封疆；留守、留兵，无非绸缪粮糗。惟欲与行在声息相通，何可有一毫私意于其间！若只以一盟了局，为燕雀处堂之计，非不榖所望于君子矣”。熊得书，愈惧；避之苗寨。黔中院司道官，会请前军都督白文选入省；可望下教安定之，遂下平越。收其军令所属文武呈缴滥扎；武职加授总制、参、游，文职加授监军、督饷。部卿佥宪，概行裁革。王祥乌合六、七万，分为三十六镇；与滇兵一战于乌江河而大溃。祥避死真州，遂下遵义。
九月，北师孔有德攻桂林；诸将望风而遁。城陷，大学士瞿式耜、兵部侍郎张同敞不屈，死之。
十一月，瞿式耜遗表至。云“本月五日开国公赵印选传塘报至，知严关已陷，在城卫国公胡一清、宁远伯王永祚、绥宁伯蒲缨、武陵侯杨国栋、宁武伯马养麟俱遁，城中一空。酉刻，督臣张同敞从江东泅水过江至臣寓；臣谓：「子无留守之责，可以去」。同敞曰：「死则俱死耳」。即于是夜，明灯正襟而坐。六日辰刻，噪声始至靖江府前；再一刻，直至臣寓。臣与同敞危坐中堂不动，忽数骑持弓矢突至，执臣与同敞而去。时大雨如注，臣与同敞从泥淖中行。至则孔有德已坐王府，靖江父子亦以守国未曾出城，业已移至别室。臣等见有德不拜，有德亦不强；以温言谕臣等降。臣与同敞曰：「吾二人已办一死于尔兵未至前，正以死于一室，不若死于大庭耳」”。明日，被害。当被执之时，式耜欲入与妾诀；同敞牵臂止之曰：“徒乱人意耳”；遂行。广东亦先四日为北帅尚可喜所破。十一日，上登舟幸浔；而陈邦傅叛。上初过浔，邦傅留之月余，欲挟以自重；至是，乃谋劫驾。十二日，上舟冲雨而过，不及发。百官卤簿之舟在后者，邦傅劫之；文武坠水死者，董英、许玉凤、潘骏观。邦傅以上卤簿，僭陈营中。十六日，上幸浔州；户部侍郎陈圭来迎。十八日，驻跸南宁。
永历五年辛卯正月乙酉朔，上在南宁，升殿受朝贺。十日，祀太庙。诏东阁大学士兼吏、兵二部尚书文安之督师经略楚、豫，赐上方剑便宜行事。
二月，孙可望遣灭虏将军贺九仪、总兵朱养恩、张明志、张胜等入卫。楚雄道、杨畏知自滇中来朝，诏进东阁大学士，入直办事。张胜杀严起恒，以吴贞毓为大学士。
三月，三宫上田州。二十五日，贺九仪修理行宫，为上驻跸。
四月朔，祀太庙。十二日，慈宁皇太后马氏崩于田州。十四日，讣闻；十七日，成服；二十三日，奉安灵舆于慈宁宫。丧礼以日易月。
五月十八日，敕鸿胪寺：“顷以大行慈宁庄翼康圣皇太后丧，忧戚中不遑视事；令值服除，当面与大臣商决政事，兼行日讲”。该寺即传工部修中极殿翰林院，举堪任日讲记注员名；以二十七日举行。
六月，上患足疾。