七月朔，祀太庙。十五日中元，遥祭祖陵。十八日，葬慈宁皇太后于两江之宋村山。二十五日，陈邦傅引兵入寇。上欲移跸，群臣以两江黄茅瘴疠秋甚于夏，宜俟霜降后；允之。贺九仪等出师柳庆。
九月，梧州、来宾、迁江告急。二十八日，上登舟。十月初七日，幸新宁。
十一月，李元允等迎驾请幸防城；不允。
十二月，北兵至迁江，逼宾州。五日，幸濑滩。七日，南宁陷；太仆寺少卿丁元相、户部员外郎杨禹甸死之。上登陆，焚舟楫；踉跄失次，扈跸官员相失。将至镇安，会孙可望遣师讨皈朝叛彝，总兵高文贵、黑邦俊、狄三品等相率扈跸。
永历六年壬辰正月癸酉朔，上野次。三日，至皈朝。十一日，发皈朝；十二日，次富川；十三日，次沙斗；十四日，次西洋江；十五日，次宝月关；十六日，至广南。孙可望遣总兵王爱秀迎驾上言：“臣以行在孤处僻粤，再次迎请，未奉允行；然预虑圣驾必有移幸之日，所以先遣各营兵马肃清彝氛，道路无碍。广南虽云内地，然界邻交趾，尚恐彝情叵测。臣再四思维，惟安隆所（隶贵州普安州）滇、黔、粤三省会区，城郭坚固，行宫修葺；一切粮储，可以朝发夕至，莫此为宜”！上是之。盖可望两、三年内既定滇中，又复经营黔土，至此已有成绪。二十五日，上发广南，次童卜；二十六日，次晒利；二十七日，次鼎贵；二十八日，次加浦；二十九日，次那羊；三十日，次侄堂；二月癸卯朔，次呼马；二日，次扁牙；三日，次板屯；四日，次板桥；五日，次峒沙；六日，至安隆所；诏改安隆所为安龙府。九日，遣太常寺少卿吴之俊賫玺书至滇。
五月，孙可望分道出师：李定国下楚，征虏将军冯双礼副之；刘文秀入蜀，讨虏将军王复臣副之。以楚地攻战尤急，故选兵俱隶定国。
七月四日，定国率诸军克桂林。北帅定南王孔有德赴火死，俘其子庭训及叛将陈邦傅及其子陈师禹（可望戮邦傅等，剥其皮；其杀人剥皮者甚众“。初，定国驻军武冈、冯双礼驻军宝庆。沅、靖屡捷，沈酋败遁，大师可乘胜南下，而虞有德之蹑其后。于是令武冈诸营出新宁，宝庆诸营出祁阳，合趋全州；分遣西胜营张胜、铁骑右营郭有名率精兵由西延大埠头便道趋严关。严关者，所由入桂林要道也。冯双礼率前军都督高存恩、铁骑前营王会、武安营陈国能、天威营高文贵、坐营靳统武合兵八万先进兵至驿湖，猝遇北兵万余；南师迎战，靳其饶将李四，北兵遂奔；南师遂薄全州。定国统右军都督王之邦、金吾营刘之讲、左协营吴子圣、武英营廖鱼标、铁骑左营卜宁合兵十万继进，闻驿湖捷报，传令全州傅城者毋急攻；惧其奔逸，并力于桂林也。令未至，而全州已下。定国军过全州，令急过毋入；双礼诸军亦出城合进。时张胜、郭有名已至严关，与大军相距十里；约曰：”敌至，则举炮传警，毋下关；须大军至，始战“。薄暮闻炮，诸军拟赴之；定国曰：”无庸“。俟之寂然。盖有德驿湖之败，遣众数万驰救全州；不意南师已营关上；会日暮，退去。明日，北师至关；张胜等传炮，大军蓐食而前，战于关下。北师锐甚，象偾归；定国斩驭象者，诸军奋勇前进，象亦突阵。北帅大崩，斩戮不可胜计。天大雷雨，横尸遍野，追及于大榕江。有德急入桂林，闭城而守；大军三日而至城下，守陴者皆溃，大军援梯毕登，定国下令屯城上。有德奔入府中，怅然无一言；久之，曰：”已矣“！其妻曰：”毋虑我不死“！乃嘱一妪携其幼子出避；曰：”苟得脱，度为沙弥；毋效乃父作贼，一生下场乃有今日耳“。自缢；妾亦缢。有德遂放火自刎，投火中。方捷书之发自桂林也，其人穷日夜易马而奔。既至贵阳，直入殿墀，下马而息仅续，卧地不能起；探其怀中捷书，灌以汤药，久之乃苏。于是大宴三日，疏请封典。始议犒师银八万两，已损之六万，已又损之四万。盖数军之入楚与蜀也，独驾前军（可望护卫军，称驾前军）不发；驾前军固选锋，闻桂林之捷，皆生妒心，曰：”北兵本易杀，我辈独未得一当耳“。数日后，定国上卤获；惟孔有德金印、金册、人参数捆，所报官库财物估价仅盈万。遂有媒孽其市恩诸军者；往来使命不绝，又多增饰喜怒其间。册封之事，行之稍缓。而北帅敬谨亲王入衡州，号兵十万。定国计分其师：遣前将军张虎取辰州，北人分兵往救；定国身当衡州，遇之湖上。始战少却，北兵乘胜追奔，南人奇兵间道以捣中坚，遂蹶名王。十一月二十三日，则又传是日之战，斩敌如屠犬豕，手不暇耳。驾前军闻之，益轻言北兵不足灭；遂议明年春，秦王亲出师云。
刘文秀之入蜀也，善抚恤军士。蜀人闻大军至，多响应；于是重庆、叙州诸府、县次第皆复。吴三桂迎战辄败，敛军以奔，趋保保宁；南师追蹑其后，惟恐失敌。讨虏将军王复臣曰：”不可！我师骄矣，而彼方致死；以骄兵当死寇，能无失乎“？诸军多不然之。至保宁，复臣又曰：”毋围城；围则师分而弱“。不听。张先璧军其西南；先璧号张黑神，军容耀日，然未经大敌。三桂登城望之曰：”独是军可袭“。乃开门出精骑犯其垒，果惊溃；转战而南，值讨虏将军营。讨虏为溃兵所扰，又间以水，势不复支。北人乘胜奋击，复臣手斩数人，环之者益众；乃曰：”大丈夫不能生擒名王，岂可为敌所辱“！遂引刀自刭。北兵皆惊叹，以为烈士。文秀彻围而退，三桂不敢追；曰：”生平未尝见如此劲敌；特欠一着耳“！盖如复臣所云也。报至，帝下诏曰：”不听谋，损大将，刘抚南罪当诛；念有复城功，罢职闲住“！文秀归云南；诸军分守蜀隘、或调征楚省，所从者不过百余人而已。
是年，李元允往海南招集散亡；至钦州，为士兵王胜堂所劫；械送广州，不屈而死；投尸江中。
永历七年癸巳正月戊辰朔，上在安龙府。先是，孙可望题请封李定国为西宁郡王兼行军都招讨，封冯双礼为兴国侯；奉旨：”所请封爵事宜，俱依议行“。于是造设仪卫，遣检讨方于宣、中书杨惺光齎敕往，赏军万金，行有日矣。而是时讹言繁兴：有传李定国滋不悦者曰：”奈何受郡王封，当亦如国主“；有传诸营偶语者曰：”秦王下长沙，即改年号、受禅让“；而以废处刘文秀太过，咸曰：”大功未行厚赏，偶败则膺严罚；吾等如何苦捐身命“！又以杀杨畏知、立仪注、驾前乏奉令出使者多恣睢不法，而言之者多获祸。从此，内外文武咸怨，军心渐涣，不乐为可望用者众矣。杨畏知者，陕人，官楚雄道；好言王霸之略，故为可望所重。及朝行在于南宁，上以孙氏故，相之；而可望反疑其二心于己。归黔以后，所言多不从。畏知乃佯狂，以示不为孙氏用；又时时醉骂其驾前人。可望欲胁之以令，改命从军法，逆知必有谏者；迨谏者入，而驾前人已提其头至矣。可望恨曰：”杨公死，我桓、文事不成矣“！仪注者，武爵隆杀体统，可望欲以自大；其故时等夷者多怨之曰：”天下尚未定，奈何为此“！李定国出奔。是月，孙可望出师，慨然有经略中原之志。其封李定国者诏使已出黔境，复追还之；曰：”孤今出师入楚，当面会安西大庆宴，亲奉上敕书以光宠之“。而众益交相论叹，以为此真项羽之刓刻吝封赏也。至有为定国虑者，曰：”此伪游云梦计耳“。定国因涕泣谓其下曰：”不幸少陷军中，备尝穷险；思欲立尺寸功，匡扶王室，垂名不朽。今甫得斩名王、奏大捷，而猜忌四起。且我与抚南弟同起云南，战功具在。一旦诖误，辄遭废弃；于我忌害，当必尤甚。我妻子俱在云南，我岂得已而奔哉“？诸营闻之，有引军从者；其不能从者，亦咨嗟太息不已。李定国又为书以谢可望；可望不意其奔也，怅然久之。欲止军东下，然业已督师在道；又信驾前言，敌殊易杀，欲亲履行间，立大功以服众心耳。谍知敌屯四路口，遂欲袭击破之；令于军中曰：”凡获敌马者悉给之“。时方四月，阴雨连绵。行三日，至四路口，敌惊欲溃；南军殊易之，甫斩数人，便掠其马。敌睨阵乱，还而搏战；南军已不成列，退保峒口。可望亦念定国既去，诸军有乘是图之者；既不敢严督诸军前战，诸军亦以驾前军奋欲立功，不愿与并力。凡长沙所已复之州、县给印诸官悉撤回；楚事大变矣。
八月，始有言招还李定国者；南宁镇朱养恩言之尤切。可望终忌定国，乃与其下谋起刘文秀。文秀闻之，单骑入黔，私见于可望；言己无才，不愿图富贵。可望强之，疏请为大招讨，仍密遣之还滇。
永历八年甲午正月壬辰朔，上在安龙府。改云南省为云兴，辰州为沅兴府，沅州为黔兴府。诏以刘文秀为大招讨，都督诸军，出师东伐。
三月二十六日，孙可望杀大学士吴贞毓以下一十八人（内武臣一人、内侍二人）。上以久不得出，与贞毓等谋，私以手敕通李定国，令之来。时左右前后，莫非为可望耳目者；马吉翔发其事，穷治撰文何人、用宝何人、奉使何人？上亦震惊者累日（闽人林日宣着「安龙纪事」一卷，序马吉翔陷大学士吴贞毓等十八人之曲折甚悉。惜其已佚，世少抄本；附记于此）。
四月，刘文秀至黔。可望祭旗纛毕，执爵授文秀；文秀言：”某伏愿皇上洪福，国主威略，诸将士智勇，庶几一日克敌，恢复中原。若某下劣，试恐不胜“。
五月七目，孙可望以单骑出按沅、靖诸营；遍观险隘，劳恤军吏。十日而毕。
七月，择吉出师；由平越进屯于天柱。
永历九年乙未正月丙戌朔，上在安龙府。封李定国为晋王、刘文秀为蜀王。
永历十年丙申正月庚辰朔，上在安龙府。孙可望将谋劫驾出降；李定国举兵败之。奉上驻跸云南；改为滇都。
永历十一年丁酉正月甲辰朔，上在滇都。议开缅甸为省，以元江土府为总督；不果。
永历十二年戊戌正月戊戌朔，上在滇都。遣使賫玺书由安南出海至延平王朱成功营；授张煌言兵部左侍郎兼翰林院学士，其余除授有差。徐孚远随使入觐，由交趾入安龙；交趾要其行礼不听，不得过，孚远遂返厦门。
十月，云南属府告急。
十二月十五日，上发滇都。时李定国出御北师，请上随路避兵。
永历十三年己亥正月癸巳朔，上野次；四日，驻跸永昌。
闰正月十五日，上发永昌，将入缅；时文武官尚四百人、兵士数千人。十八日，次腾越。二十日，发腾越。二十四日，遥传兵至，百官急窜，宫嫔被掠。二十八日，次蛮莫；缅人不容兵器入关。三十日，发蛮莫。
二月壬辰朔，次河口。水陆分行：自上以外，从舟者六百四十六人、从陆者马九百四十余匹。十八日，上次井梗；缅人止之，不听前进。二十四日，缅王请大臣问故；上遣马雄飞、邬昌琦賫敕书往。缅王发神宗敕书对校不同，疑其为伪；及见沐国公印，信之。盖缅国自万历二十二年请救不许，遂绝朝贡，故所知，惟神宗故事也。当是时，李定国已遣白文选率兵迎驾。至〈烟，口代火〉哇城下，距驻跸五、六十里，为缅人隔绝，不相闻；文选亦遂拔营而去。
三月十七日，自河口分路。陆行者至哇对河，离城五、六里下营。缅人疑其夺国，率兵出战·杀伤多人；余乃散居村落，通政司朱蕴金、中军姜承德自缢死。
五月四日，缅王具龙舟鼓乐，遣人迎上。五日，上发井梗；七日，至〈烟，口代火〉哇城下，次于对河。八日，驻跸者梗（距城五、六里）。草殿数十间，编竹为城；宿卫百余人。各官自架竹木以居。
八月十三日，缅王请黔国公沐天波往；缅人以八月十五日诸蛮来贡，使黔国以臣礼见，夸耀于诸蛮。
九月十九日，缅人贡新榖。
十月戊子朔，颁历于缅。
永历十四年庚子正月丁巳朔，上在缅甸。上日欲出缅幸李定国营。定国恐以兵来，则缅人致难于上；而在上左右者，则又皆偷安无智之徒：以此音尘不属。
九月，定国迎驾于近地；奏云：”前后三十余本，不知曾到与否？今与缅王约何地交割“？上以答敕付缅人；而定国候久无消息，复拔营去。是时，士君子皆散亡；所从惟闒冗一、二辈。马吉翔为大学士，与司礼监李国泰相为唇齿。惟恐定国之至，于是牢笼文武，凡欲某职、某衔者，俱称门生。吉翔、国泰合奏：”大臣三日不能举火“；上怒，以皇帝之玺掷之，吉翔、国泰即椎碎分给。御史任国玺请东宫开讲，进「宋末贤奸利害书」；上览一日，国泰恶而碎之。
永历十五年辛丑正月辛酉朔，上在缅甸。
二月二十八日，巩昌王白文选密遣缅人賫本至；云”不敢速进者，恐有害；必要缅王送出为上策“。数日后，距行在六、七十里架浮桥，将渡；已而不果。
三月，有欲杀马吉翔、李国泰奉东宫而出者。事觉，被害。
五月，马吉翔、李国泰进宫讲书；御史任国玺言：”上年请开讲，则迁延不行；今日势如累卵、祸急燃眉，不思出险而托言讲贯。夫日讲经筵，必须科道侍班；议军务，则有皇亲沐国。岂翔、泰二人之私事哉“？奉旨：”着任国玺献出险策“；国玺言”能主人缅，必能主出缅；今日事势如此，乃卸屑于建言之人乎“？太常寺博士邓居诏、礼部主客司主事王祖望各劾翔、泰，不省。又传礼部侍郎杨在讲书，赐坐；在以东宫典玺李崇贵侍立，不敢就坐，上并赐崇贵坐。崇贵曰：”虽在乱亡，不敢废礼；今日虽蒙上赐，后日将谓臣欺幼主“。每讲，崇贵出外；讲毕而入。一日，东宫问哀公何名？在不能答。
二十三日，缅酋弟莽猛白弑兄自立；遣人求贺，上不许。
七月十九日，缅人请吃呪水（即盟誓也）；马吉翔、李国泰挽百官同往，缅人尽杀之，松兹王某、黔国公沐天波、绥宁伯蒲缨、皇亲王惟恭、吏部尚害邓士廉以下共四十二人。缅人又发兵数千围行在，上几自缢；被杀者甚众。吉王同妃缢死，宫人命妇缢者不下百人。尽劫所有而去。二十一日，缅人复修理草殿，奉上居之；曰：”此事非关吾国，因汝各营在外杀害地方，犯众怒耳“。
十一月十八日，上召都督同知邓凯入宫；谓之曰：”太后病矣，未知骸骨得归故里否？“又曰：”白文选未封亲王、马宝未封郡王，吾负之；滇、黔百姓，因我师在彼苦了多年，今又不知作何状“？
十二月十三日，缅人请上移跸；皇太后、皇后、皇太子同行。二更渡河，乃知其为北人也。明年壬寅二月十三日，至滇城。蒙尘之后，事秘；不知崩日、崩所。或曰：北人扈至某驿，夜半闻上怒骂，即殂落之辰也（钮琇记：吴三桂缢之贵阳。或白：同太子绞死云南城。「钱曾诗笺」：辛丑之冬，天兵逼缅；缅人执帝献于师，挟至云南省城外草萍驿，吴三桂夜杀之，两宫、世子皆不免。时李定国尚驻安龙，闻之，大怒；与白文选拣精骑一万，两昼夜驰入缅甸，屠畿，缅人几尽；仰天大呼，力竭自刎。白文选亦死。遗兵尚二十余万，多入蛮洞中及散窜安南国。三桂以功，晋封平西亲王，即永历故宫名五华者，攘为王府；今改作五华书院）。
史臣曰：越、闽之事，方安国以累败之余，郑芝龙以鼋鼍鱼鳌之众，而欲使新造之唐、鲁，以力征经营天下，此必不得之数也。惟帝当李成栋、金声桓之反正，向非高进库梗之于赣州（陆世仪「江右纪变」称杨与柯，非高进库也），则其势必合；合则江左偏安之势成矣。逮夫李定国桂林、衡州之战，两蹶名王，天下震动；此万历戊午以来全盛之天下所不能有。功垂成而物败之，可望之肉其足食乎？屈原所以呵壁而问天也！