四年一月十八日日本二十一条要求之提出，其作用：一乘欧洲大战独霸中国利益。二包揽袁氏帝制权，扫除英国之独占。中国乃任陆徵祥为外交总长，办此交涉。二月二日，开第一次会议于外交部，逐条讨论。第一号第一条修正案，日使拒不接受。五日，开第二次会议，发表全案意见。第一、二号允议大体，三、四、五号不议。九日提出修正案，十二日日使允收受。二十二日，开第三次会议，讨论第一号各条，声明换文，不将山东沿海土地岛屿让租外国。二十五日，开第四次会议，谈判第一号三、四条，第二号前文关于东内蒙古及南满优越地位，无结果。二十八日，开第五次会议，第一号三、四条未定案，第二号关于东蒙、南满，讨论无结果。三月三日，开第六次会议，第一号第四款议定，第三款后议，第三号前文后议，旅大满铁大致解决，安奉路问题无结果。六日，开第七次会议，安奉路让步，东蒙、南满杂居无结果。九日，开第八次会议，南满、安奉问题全让步，其他各条均大让步，为开议来第一重要会议。
十三日续开正式会议，旅大租借，南满、安奉均展期九十九年。南满原合同作废，完全同意。十六日，第十一次会议，中国允许南满、东蒙铁路日本有优先借款权。十七日，日置益坠马，会议停顿。十九日，在日使馆开第十三次会议，吉长铁路借款合同决定。二十七日双方会议，中国提三次修正案。四月一日，中国提第四次修正案，再提杂居第五次修正案。十日，开第二十一次会议，第五号中福建一款，中国允诺另行声明，其他各款，坚持不议。十五日，开二十三次会议，日使提东蒙，中国谓不能与南满并论。十七日，开第二十四次会议，日使迫议东蒙，中国坚持前议，日使宣布，候政府训令，会议因此中止。
二十六日，日使复请会议，提出最后修正案二十四款条件，称中国如完全承认二十四款，胶州湾一带地，交还中国。五月一日，中国提出答复日本最后修正案，此案经袁朱批修正。日本经元老会议，将第五号再行让步，决定第五号中之福建问题，日本须贯彻主张，其余均俟日后协议。遂于七日令日使向中国提出最后通牒，限五月九日午后六时为止，为满意之答复。如到期不答，则日本将执行必要手段。小幡电话外交部，对此次通牒，只需答复诺否，不必为长文辩论。
袁乃召集黎元洪以下要人，承认通牒。其发言要点：一今日本最后通牒，将第五号撤回不议；凡侵及主权及自居优越地位各条，亦经力争修改；并正式声明，将来胶州湾交还中国；其在南满内地，虽有居住权，但需服从我法令及课税；比初案挽回已多，尚能保全主权内政及各国成约。二旅大、安奉、南满之展期，损失虽巨，实难以兵戎相见。英使关怀中国，劝告忍辱。埋头十年，再与日本相见，奇耻大辱，言之痛心云云。
九日，日本复文来，称：中国政府准日本政府最后通牒一件，附交解释七条，第五号五项容日后协商，第一二三四号各项，及第五项福建问题，以公文互换之件，悬案就此解决，两国亲善，益加巩固，从速签字。此一段交涉，遂告结束。
当《二十一条》双方提修正案时，袁世凯早密派顾问有贺长雄，携秘密条件往日本，与大隈首相及元老商谈。所谓密件，即以第五号各条款为帝制之交换品也。故北京会议，为公开之仪式，佯示紧张，掩世人耳目，所争事件，皆可告人。而其暗中交涉重心，实在东京。据驻日使馆档案，四月六日，有贺电总统府曾彝进曰：“松方意欲履行‘秘密一事’，而以谈判未结，有所不便，极盼适当机会发生。”又四月十日前，日本若欲加以强制手段，元老必制止之。观电中“秘密一事”，可知有贺运动元老，系有条件，是何秘密，尚未暴露。四月十日又来电云：“有贺奔走松方，阻止缓发军队，与山县各元老协商，知感大总统盛意。”四月二十一日电则云：“日本各元老与政府协议让步办法，五号各条，只留会议纪录，不强要求。”按：此电所述密定让步内容，与最后通牒大致吻合，可见第五号之放弃，已由密件决定。有贺另携密件，确有来历可以证明，袁乃电嘉有贺。自四月十七日会议停顿，实在东京磋商密件。
二十六日，日使复请会议，提出总修正案二十四条，为最后修正案。经袁朱批后，五月一日中国提出最后修正。五月一日后，日本经元老会议，又提出最后通牒。五月六日会议，中国再让步。五月七日，日本最后通牒交到外交部。九日，中国承认日本政府提出要求签字。停顿会议后，中日两方，即密商方法。日使之通牒，中国之一再修正，元老之痛责外务大臣加藤高明，袁之流涕签约而发表告国人文字，皆合作之烟幕，藉以欺蒙国民，移转世界视听，为将来履行密件地步，使袁世凯帝制，专倚日本支持也。