11月中旬，天草的起义军3．7万人(包括妇女儿童)正在攻打富冈城，得悉幕方大军就到，退入岛原南端的旧城堡——原城。12月9日幕军包围原城，3次发动总攻击。起义军用火枪木石反击，当时特产的“有马步枪”命中率很高，幕军伤亡很大，幕府专使板仓重昌在1638年元旦的总攻中校击毙。正月初三，幕府宰臣松平信纲赶到岛原，调集各藩军12万余人，加紧围攻原城，同时勾结荷兰军舰，从海上炮轰原城，但始终没有攻克。
由于起义军长期困守孤城，终于粮弹告竭，只能吃草根树皮。2月21日，起义军实行反攻，因双方力量悬殊，没有成功。2月17日幕军全面总攻，起义军一边祈祷进入天国，一边拼死抵抗。28日幕藩军队付出了死1700人、伤万余人的代价才攻陷原城，时贞以下主要人员全部战死，被俘义军包括婴儿母子全部被残酷杀害。岛原天草义军在日本农民革命史上写下了英勇悲壮的一页。[注93]
岛原起义是幕藩体制确立时期发生的大规模农民武装起义。它是由幕藩领主妄图把农业先进地区业已大量存在的小自耕农重新沦为农奴的倒行逆施引起的，是以备受封建压榨的农民和浪人武士为骨干，借助天主教组织，反对幕藩统治的一次大起义。这次起义展动了幕藩领主的统治，幕府动员18个藩十几方人的兵力，仅幕府就耗损40万两军费。
岛原起义是被着宗教外衣的农民革命。农民据弃过去天主教宣扬的忍从、殉教等不抵抗思想，努力传播通过武装斗争，建立地上“神国”的思想。这是对封建制度的一次巨大冲击，是有鲜明的反封建性质的革命斗争。
七、锁国的完成通过岛原起义，德川幕府不单认识到对外贸易对封建经济的威胁，而且更理解到外来宗教对幕藩统治的威胁，由此实行持续200多年的锁国体制。宽水16年(公元1639年)幕府发布第五次也是最后一次锁国令。全面禁止外船来日，命各藩检查航行船只，提高密告外船走私入境者以3倍的奖金，并禁绝国外教会对日本教民的一切联系与影响。宽永18年(公元1641年)，将同基督教传教无关的荷兰人一律转移到长崎的出岛[注94])，限制外文书籍进口，连朱印船贸易也禁止了。日商受重大损失而破产。锁国后，幕府只限长崎一港，准许中国、荷兰船舶通航，独占了与日本的的贸易。由此日本的外交和贸易全部被置于幕府统制下。输入品中占重要位置的生丝交易则被持有生丝特许证的豪商集团(“丝割符仲间”)独占。
锁国时因贸易额没有限制，所以奢侈品的输入，金银铜外流的趋势，长期没有变化。但金银铜的产量渐减，继续外流会减少国内通货，贞享2年(公元1685年)后，不断限制贸易额并取缔走私。正德5年(公元1715年5)，幕府颁布“海舶互市新例”(正德新令)，对贸易限制作了全面安排。规定每年中国船限30艘，银6000贯[注95]；荷兰船限2艘，银3000贯。这一限额一直实施到元禄年间(公元1688年—公元1703年)。此后，金银生产减少，国内产业发达，丝、糖、工艺品等重要进口货浙能自给，外贸额自然下降。
整个锁国时代(公元1633年—公元1857年)幕府强迫天主教徒改宗佛教。如上所述，每个日本人都必须固定一个寺庙作为他的“擅那寺”[注96]由寺院证明他是某一佛教宗派的信徒。寺院掌握了信徒的“改宗户籍”，成为幕府统治人民的工具之一。当时称这样的制度为“寺请”或“擅家”制度。
八、锁国的历史影响公元17世纪西欧殖民主义者东侵，印度、印尼、马来亚、菲律宾等国相继沦为殖民地。东亚还保持独立的中日两国，国内商品货币经济都开始发达，阶级分化，反封建斗争逐渐高涨。统治阶级一方面加强中央集权，抑制商品经济，镇压人民斗争，同时对西方殖民主义者的军事侵略和经济文化活动，特别是国内外敌对势力的结合，采取了严厉防范的方针。对外贸易，一般都由政府独占，作为国家财源之一。为此取缔国内外走私商人，形成了一套锁国政策。中日两国所不同的是，明清两代统治者使官营贸易表现为传统的朝贡形式，其他往来一律禁绝。日本的锁国则采取积极防止旧教国的侵略，禁绝天主教，取缔海盗和独占海外贸易。两者都是封建集权国家为克服内外矛盾，维护统治而执行的闭关自守政策。
日本锁国的后果如何?论者见解不一。有的从侵略者的角度出发，惋惜锁国使月本成为一个“蓑虫”(龟缩网里的虫)，露出头来时，世界大势已定，坐失瓜分殖民地的机会。[注98]有的从文化史观出发，指出：日本人由于锁国，以致未能汲取欧洲理性主义的精神，日本民族也就因缺乏科学精神而致战败。[注99]似乎日本帝国主义的失败只是因为锁国妨碍了科学发展。有的认为锁国政策有“自卫”的一面，并且认为东亚国家沦为殖民地较晚，是由于坚持锁国，特别是日本因锁国而使幕府得以维持两个半世纪的独立统一的政权。因长期的和平，多少给日本以封建生产力发达的条件。但锁国也招致日本在国际上的孤立，坐失早日转向近代化的机会，“都市文化由于资产阶级精神的发展受阻，以致形成一种夜郎自大，缺乏民族积极性的‘岛国根性’，这正是闭关社会所不可避免的特有的畸形性。”[注100]
我们认为，对于日本幕藩统治阶级，锁国是历史的必然。因为在当时日本国内外条件下，不锁国便很难维持封建自然经济的基础和不受殖民主义的侵略。同时幕府由于严格控制对外贸易，还迫使国内商工业完全屈从于封建势力，加强对劳动人民的剥削，防止武士同农民结合起来进行反抗。但是，锁国本身必定严重阻碍商工业的发展，堵塞西方科学技术和进步思想的输入，延缓了日本资本主义的发生，使日本的近代化比西方足足落后了2个多世纪。明治维新不得不被着“尊王攘夷”的袍笛登场，日本资本主义制度也就无法摆脱封建残余的长期困扰。
[1]德川家康原为三河国(今爱知县)一个小诸侯，因助织田信长有功，扩张势力，逐步须有甲斐(今山梨县)信浓(今长野县)之地。
[2]伏见是京都南郊战略要地。