各地诸侯为保全身分地位，都对教徒进行迫害。估计从元和5年(公元1619年)到宽水12年(公元1635年)，被处刑的日本教徒为数约达28万人。刑罚极其残忍，结果大部教徒被迫改宗。但仍有一部坚持信仰，参加称为“组”、“讲”及“众会”等秘密的信教组织。这些教徒被捕处刑时，还迷信“抵抗而被杀就不算殉教”的教条，毫不抵抗地死去。由此幕府更加感到天主教的危险，宽水5年(公元1628年)起，越发加强禁教，甚至实施“踏绘”[注81]的办法。但迫害愈厉害，反抗力量也愈大，不久就在长崎地区爆发了大规模的岛原起义。
四、宽永禁令德川幕府的对外政策由积极的贸易开放转变为闭关锁国，主要基于两方面的原因。首先是天主教问题，这涉及从思想意识直至政治和国防的重大关系，必须加以禁绝，包括断绝日本和海外的交通，已如上述。其次是贸易统制问题，这关系到幕藩封建统治的基础。对外贸易发达必然促进国内工商业繁荣，从而破坏自给自足的领主经济。加以西南诸侯和豪商经营外贸日趋富强，也威胁幕府安全，因此必须统制外贸。幕府为保证其封建剥削体系，必须在小农经营的条件下，榨取实物地租，通过货币经济，促进农业的再生产。幕府于公元1630年起积极建设三都(京都、江户、大扳)，扶植特权商人，奖励各地商业性国产物的生产，使三都起中央市场的作用[注82]，由此控制了全国经济。与此同时，开始实行全面锁国，逐步限制并独占了对外贸易。
幕府的锁国政策是逐步展开的。如上所述，公元1616年即所谓元和2年禁令只是禁止外船(除明船外)在乎户、长崎两港以外靠岸。公元1620年，禁日人搭乘外船航海及输出武器；公元1622年屠杀外籍及日本教士后，次年驱逐葡人出境；公元1624年禁止西斑牙人来日通商。宽永10、11年(公元1633年——公元1634年)，幕府发布第一、第二两次锁国令，实行“奉书船”[注83]制度。规定除持有特许证的船外，严禁日人日船出国。同时，严格统制外贸，外船来日本，立刻受监视，限期交易，到期离境，丝价由长崎确定(其他商品按生丝标准定价)，禁止官吏直接购买外货，还严令拘捕西、葡籍(南蛮人)教士，规定告发教士者的奖励办法。结果朱印船贸易只为幕府特许商角仓、茶屋(京都)、末吉(大阪)，三浦按针等七家独占。生丝特许证制由界、长崎、京都及江户、大坂的商人加强了统制。宽水12年(公元1635年)发布第三次锁国令；禁止包括特许船在内一切日船驶往海外，侨外日人归国者，不问理由一律处死。宽水13年(公元1636年)发布第四次锁国令，除第一次禁令内容外，又增加了西、葡人在长崎所生子女及收留或匿救这些混血儿童的人一律处死的罚则，以及加强搜捕外籍教士的规定。这样，随着禁教而加强的外贸统制逐步严厉，经过岛原起义的镇压，最后完成了德川锁国的体制。锁国体制的成立意味着国家垄断海外贸易关系的形成，它和日本对朝鲜、琉球、阿伊努(北海道)的华夷秩序建立一起，成为幕藩体制国际关系的准则。
五、肥前领主对农民与教徒的迫害九州肥前(长崎)的岛原半岛原是战国时代天主教诸侯有马晴信的旧领地，有着不少热烈信仰的教徒和关原、大板等战役后躲避幕府追究流落此地的浪人[注84]。德川初期，由于藩主有马直纯禁教无效，幕府于公元1616年将岛原转封给松仓重政，有马的武士都成为农民。重政到任后，为巩固权势，7年间筑起坚固的岛原城堡和市街港湾。为取悦幕府，领地收入仅4．3万石的重政，却为兴建江户城而要求承担10万石的劳役[注85]，使农民疲于奔命。元和7年(公元1630年)，他丈量本藩耕地，清理出比原有石数多出60％的地亩，课以高达收获量6成的年贡[注86]，并苛征杂税，盘剥农民。同年重政死，其子胜家变本加厉，对农户经济作物、手工生产品及工具等都课税，甚至牛马驮货、生炉子、装窗户、安葬、生子等等，无不要捐．税。对无力完纳的，便处酷刑，如拉走妻儿，将孕妇扔进水牢或裸体倒挂。更有一种名为“蓑衣舞”的刑罚[注87]，使岛原人民无法活下去。岛原南面的天草岛，本是天主教诸侯小西行长旧领地。关原之战，小西灭亡后，幕府把天草划归唐津(佐贺县西北)藩主寺泽领有。这里是天主教在日本的发祥地[注88]，丰臣禁教后还将神学校、修道院等移来，传播西洋文化。寺泽领得此地后，立刻丈量出比原来多出2倍的耕地，增征许多捐税，在岛西北筑富冈城堡，从唐津派官来这里统治。
岛原新领主父子两代除掠夺农民外，疯狂镇压天主教民。从元和4年(公元1627年)起，松仓一族镇压教徒达8年，用种种酷刑(灌凉水、铁笼烤、烙印、摄指、洞里倒挂、针扎、竹锯肢体、沸水煮)[注89]，实行最残暴的恐怖迫害，受难者达数干人。天草岛上领主寺泽父子的迫害教民也极残酷。与此同时，教徒秘密组织(组、讲、会等)也遍布全岛，进行了沉默的抵抗。
六、岛原起义岛原、天草两地自公元1634年以来，天灾不断，农民吃树皮革根充饥，多次向藩府借米，两家领主毫不过问，只用严刑逼租。宽永14年(公元1637年)10月，岛原南端津村的农民与三右卫门请求缓付没有交齐的一部分租谷，松仓的家臣田中宗夫立刻将右卫门的怀孕的妻子囚入水牢，她已到临产期，泡在水里6昼夜，婴儿出生便断了气。右卫门和亲友群众为这种暴行逼得忍无可忍，汇合了七、八百人包围并放火烧了田中的邱宅。田中逃进城堡，百姓迫到城堡外，烧了市街。右卫门妻家就在对岸天草岛上，天草的农民也愤而参加起义。[注90]由此看来，事件从开始就是一场农民针对领主苛政的反封建斗争。
群众推举了一位勇敢而有才智的16岁青年天草时贞(四郎)[注91]作首领。他到全岛各地宣传，农民们和被杀教民的遗族都聚集山中、海岛开会，宣誓起义。这些多年受苦的庄屋(村长)、旧藩浪人武士，在起义中发挥了核心作用。10月22日，岛原藩2名捕吏带兵25人到有马村，逮捕2个教徒家属。有马村代官(藩吏)林兵有卫门探悉该村农民佐志木左卫门礼拜天主像，大怒，破门而入，浇掉画像，同时将他因拖欠年贡捕去抵押的女儿，脱下衣服，用火把拷问。在场的四、五个农民，愤而用农具杀死了林兵右卫门。于是浪人武士善右卫门宣告，“立刻杀掉各村藩吏”。岛原南部各乡纷纷响应，杀藩吏，烧寺庙，10月25日开始了武装暴动。
10月26日，起义军2000多人粉碎了藩署派来镇压的军队，包围了富冈城，在天草四郎的领导下，两地大部分地区已为起义军所控制。参加起义的群众十分广泛，岛原南部13乡全人口的80％参加。其中6乡不论男女老幼一齐参加起义军。[注92]从阶级成分看，除农民外，还有手工业者和藩主的奴仆，有天主教徒，也有佛教徒。一些上层农民，如上述的庄屋(村吏)、因失去旧藩主而沦为农民的浪人武士，担任了起义军的指挥。当时被围困在岛原城内的藩吏，飞报幕府和正在江户的藩主松仓胜家，并向邻藩求救。但各藩都观望不前，将军德川家光接报，惊呼这次起义“如昔之一向宗”，忙令正在江户的一些西南藩主赶回本藩，防止蔓延，并调兵遣将前往镇压。