这种在斗争中自发形成的农民结合的组织叫做“物心”(音so)[注26]，有“物心”的自然村叫做“物心村。“物心”有自己的规章，违者受罚，逐渐形成为带有农民自治色彩的组织机构(自治体)“物心”在其发展过程中，除肩负组织农民向领主作斗争的任务外，还掌握了处理用水和“入会地”(公有的山野)等农村日常生活中经常需要解决的问题的权力。原来“连一滴”都是由庄园领主垄断的灌溉用水，已由农民来管理了。其结果是，公元15世纪以来出现了利用一条河水、生活在一个盆地或需要共同利用“入会地”的几个乃至十几个自然村的“物心”的联合组织。这种联合组织往往超越郡的界限；“物心村”主要是在近畿地方，尤其是在近江、山城、奈良各地，还有尾张、美浓、伊势、东海、北陆等农业发达的先进地带形成较快，而在关东、东北、九州各地则形成很慢。“物心”的基本群众是“百姓名主”(自耕农、佃农）和“名子”(农奴或小佃农)，而被称为“番头”、“沙汰人”、“乙名”的领导者则往往是强大的名主。这些强大的名主一方面不同程度地受到幕府、守护和庄园领主的压迫，另一方面作为中间剥削者又压迫和剥削农民，是农民的对立面，所以他们在一定程度上能够联合农民对付共同敌人，但同时却极力阻挠农民去触动封建制度本身。从这个意义上讲，由他们垄断把持的“物心村”组织，又成了农民广泛深入开展反封建斗争的绊。
二、阶级矛盾的激化室町时代农民在幕府、守护、庄园领主、在乡领主的层层盘剥下，封建负担异常沉重。下层农民“作人”、“下作人”、“名子”负担的年贡，若是把交给领主部分和大名主进行中间剥削的部分加在一起，就达到产量的60至70％。农民们还要负担徭役和名目繁多的苛捐杂税。随着货币经济的发展，统治阶级更加奢侈，加紧搜刮农民。例如足利义满在其晚年曾在京都北山建立了豪华的别墅，称做“金阁”，把天皇和公卿邀到这里纵情玩乐，仅建筑费一项就花了百万贯，这等于浪费掉农民血汗结晶的百万多石大米。在农民普遍贫困的情况下，受到幕府保护的酒屋、土仓和寺院兼营的金融机关以抵押借款人的土地、各种动产为条件高利放贷，更使人们难以忍受。备受高利贷之苦的除农民外，还有城市贫民和大量破产的下级武士。
因此，进入15世纪，阶级矛盾异常尖锐。团结起来的农民反封建主的斗争愈加激烈，开始从以个别领主为斗争对象的集体“强诉”、“逃散”发展到以幕府、守护、领主、高利贷者等整个封建剥削阶级为斗争对象的大规模武装起义。这种武装起义被称作“土一揆”或“土人一揆”。但是这时期起义者打击的锋芒主要还是指向高利贷业者和高利贷制度，因为起义的主要目的是要幕府、寺院发布“德政令”，即废除苛刻的债务关系；因此，日本历史又常常称这种起义为“德政一揆”。起义的主体是广大农民，参加者有城市贫民和下级武士。
三、正长起义与嘉吉起义15世纪初、中期的农民起义主要集中在当时日本封建统治的中心京都和奈良地区。首次大规模的农民起义发生于正长元年（公元1428)；这一年发生了全国性饥谨，瘟疫蔓延，“人民多死亡，尸骸充斥各国”。[注27]幕府和领主们毫无救灾表示，相反，足利氏一族为争作刚死的将军足利义持的继承人而争战不休，把更大的灾难加给人民。8月，起义由近江的陆上运输工人(“马借”)发难。9月，京都东南醍醐寺领地农民揭竿而起，山科、鸟羽、西冈的农民群起呼应，起义烈火越烧越旺。手持伐木刀、木棒、铁锹、镰刀和长枪的起来者们在战斗中采取迅速集中、分散的灵活战术，屡次挫败貌似强大的官军。起义者到处索回借据和抵押品，宣布废除债务关系。10月，京都市内也发生了要求取消债务的起义。起义者占领了寺院，袭击了酒屋和土仓，夺回抵押品，烧掉典当契据，一下解决了用“强诉”方式难以解决的问题。历史上称起义者这种以自己的双手解除债权债务关系的作法为“私德政”。与此同时，来自木津的运输工人和农民组成的几千名起义者逼近奈良。统治阶级不得不假借大庄园兴福寺之名发布“德政令”，内容是：典当物品归还三分之二，无条件废弃5年以前所有欠债借据，勾销1年以前的年贡欠账。大和神户乡的农民为歌颂这次胜利，在一块石雕上刻下如下铭文：“正长元年(公元1428年)以后，神户四乡无任何债务关系。”[注28]这块雕着佛像的巨大花岗岩迄今仍保存在奈良市区的柳生町。
对于被称为“正长一揆”的这次农民起义的胜利，统治阶级惊恐万分。兴福寺的大乘院僧正寻尊在他的日记中写道：“大凡亡国之基莫过于此。日本开辟以来此为土民蜂起之始也。”[注29]这次起义还波及播磨(兵库县)、纪伊(和歌山县)、和泉、河内、界(均属大阪府）和伊贺、伊势(均属三重县)各地，迫使各地统治者均发出“德政令”。正长起义之后，各地起义迅猛展开，此伏彼起。永享元年（公元1429年)播磨国再次起义，要求减轻年贡，并且提出“国内不许有武士（守护的武士)”的战斗口号，一度打败了守护赤松满佑的军队。
当起义迫使各地统治者发出“德政令”而起义队伍纷纷解散之后，幕府立即反扑，不承认起义者以实力赢得的取消债务这一胜利果实。永享2年(公元1430年)足利义教发布《政所壁书》(政所告示)，严禁以偿还部分本钱为条件取消债务的要求，对受到打击的洒屋、土仓采取复兴的方针。[注31]
人民进攻力量的加强，激化了统治阶级内部的矛盾。嘉吉元年(公元1441年)，足利义教企图剥夺播磨守护赤松满佑的领国，反被杀死。就在这时，从8月末起爆发了更大规模的袭击京都及其周围、要求“德政”的起义。近江国和山城国的万名农民把京都团团包围，占领了位于通往京都的7条道口的神社和寺院，每天轮番出击市内，同幕府军作战，要求幕府发“德政令”并警告说，如果不接受要求便烧掉这些寺院。经半月的战斗，幕府终于不得不发布“德政令”。据统计[注32]，公元1428年至公元1441年发生起义23起，1442至1466年发生35起。这35起大多数以京都、奈良地区为中心，其中公元1454年和法院1457年以京都为中心要求“德政令”的起义，规模较大且获得成功。
室町时代后期——战国时代(1467——1573)
“应仁战乱”与山城国农民起义
一、幕府的衰落室町幕府自始就是一个建筑在守护大名势力均衡基础上的大名领主联合政权，这种特点越到后期越加明显。如前所述，第六代将军足利义教统治时期，幕府只是借助强大守护大名间相互牵制的力量才勉强平息了“永享之乱”(公元1439年)。可是随后义教推行的抑制强族的政策，又招致“嘉吉之乱”(公元1441年)和自身被杀的后果。义教之后，幕府更由于受到京畿地区农民起义的连续打击，完全丧失元气。到第八代将军义政(公元1435年—公元1490年)统治之时，甚至连京都的治安都维持不了。京都的士仓等高利贷商人只好自行组织，雇佣浪人，收买守护、地侍自卫。幕府无法对付起义，在义政统治的24年间不得不13次发布“德政令”。即使如此，义政仍一意追求享乐，纵其妻日野富子及宠臣施行恶政。幕府拿不到年贡就直接向人民征课“段钱”、“栋别钱”，或在京都7出口处设关卡，征收“关税”，结果导致人民更强烈的反抗，幕府政治走向绝路。一些强大的大名乘幕府衰弱之机都想控制幕府，最有希望控制幕府的是管领细川胜元(公元1430年—公元1473年)和四职家之一的山名持丰(宗全，公元1404年—公元1473年)，但双方势均力敌，相持不下。守护大名们在各自领国内也很紧张，因为严重威胁其统治的不仅有星火燎原般的农民起义，而且还有借农民起义之助日益壮大起来的“国人”势力。