二、弘安之役“文永之役”以后，为防范元军再来，幕府进一步采取措施，加强防御体制：调中国地方(指山阴、山阳两道)御家人驻守长门，调东国御家人驻守九州，以有战功者赏相约，动员全国“公家”和寺社里的非御家人；任命北条一族人为九州和其他重要国的守护；最后在博多湾沿岸筑起坚固石垒。忽必烈在灭南宋(公元1279年)前后，大肆搜刮，进行更大规模的战争准备。他又两次遣使赴日要求朝贡。北条时宗两次斩杀元使，以示继续抵抗决心。
弘安4年(公元1281年)忽必烈分兵两路，一路是从朝鲜派出的东路军，另一路是从中国江南派出的江南军。东路军由忻都、洪茶丘统率蒙、汉、鲜兵4万人，兵船900艘。江南军由范文虎指挥10万人，兵船35000艘。两路军约定于6月中旬在壹吱会合。东路军首先进发，6月初已进入博多湾，占志贺岛。日本武士草野次郎、河野通有等曾多次乘小船主动出击，双方互有损伤。7月初，元两路军汇合，下旬元军主力集结鹰岛。在元军即将举行全面进攻的前夕——农历7月30日夜，这里又狂风大作，兵船大部沉没，元军仅一小部分得以生还。于是忽必烈的第二次远征又告失败。
在幕府领导下日本军民进行的顽强抵抗及两次暴风雨对元兵船的袭击无疑是使日本赢得胜利的主要因素。至于暴风雨，那只是一种自然现象，日本旧史书把这种自然现象说成是“神风”、“八幡宫镐矢西风”、“天野明神出阵”等等，显然是无稽之谈。元朝征日也损害了中国人民的利益，受到中国人民的种种抵制。这种抵制也是促使元军走向失败的重要因素。
三、战后的衰落抗元战争胜利后，幕府的统治转向衰落。同承久之乱时不同，抗元战争后幕府没有得到没收自政敌的土地，幕府无法使获有战功而纷纷来到镰仓要求恩赏的御家人得到满足，从而破坏了由“奉公”取得“恩赏”的这个幕府同御家人关系的基础。
御家人为弥补战争给自己造成的经济损失和恢复自己的实力，就加紧侵占“公地”并通过大搞自13世纪中期开始采取的“地头请”和“下地中分”的办法蚕食庄园，加速了地头、庄官等既脱离“本所”、“领家”，又脱离幕府，形成独立的封建领主的过程。但是多数御家人却因战争负担而穷困没落了，开始把土地典当给高利贷者或卖出。幕府为了防止其政治军事支柱继续削弱，曾禁止御家人出卖土地给商人、高利贷者，但禁令并无多大效果，贫困的御家人仍设法偷偷出卖。于是永仁5年(1297)幕府颁布《德政令》，规定禁止买卖、典当御家人的领地，非御家人和商人买得御家人的领地须无偿归还原主，并且此后不再受理有关向御家人贷款问题的诉讼。《德政令》引起了经济混乱，商人抬高物价，高利贷不再向御家人通融资金。所以令颁后还不到一年，幕府就不得不将它取消。御家人的贫困没落加速了御家人制度的崩溃。
农民的处境更加恶化。御家人不论是转为领主或贫困下去，为转嫁战争负担，都加强了对以“百姓名主”为主的农民的掠夺，致使农村荒废，饥谨频发，加剧了阶级矛盾，农民只得以逃散的方式来抵抗。
早在抗元战争前，“百姓名主”中就有一部分上升为武士。这样的武士是没有和幕府结成主从关系的非御家人。这些新兴名主，在货币经济较发达的近畿地方尤多。他们为发展自己的势力，就利用反抗领主的贫困百姓名主、逃亡的下人和所从等下层群众的力量，把他们集合在自己的周围，用弓矢甲胃武装起来，对抗幕府和领主，阻碍年贡的征收，袭击年贡运送队，夺取年贡。统治阶级把这类武装集团称为“恶党”，视同盗贼。在先进地区，恶党暴动早就发生，例如公元1236年在大和，公元1248年在山城国都曾发生过。及至抗元战争后，即13世纪末至14世纪初，农民处境更加恶化，“恶党”到处出现，它的活动已遍及北起出羽、陆奥，南至淡路的日本各地。还有一些不满幕府的御家人，例如一些地头和守护，出于他们反对幕府、蓄养自己实力的需要，往往把恶党拉到自己一边，有的甚至成为“恶党巨魁”。恶党的活动构成了对幕府统治的严重威胁。
四、得宗专制在人民反抗日益激烈的同时，幕府内部的矛盾也加深了。迄今在御家人财产继承上通行析产继承制。幕府为防止御家人领地分得过细、带来御家人的贫困，遂改为长子(“（上物下心）领”)继承制，庶子由长子扶养。有一些御家人就以“（上物下心）领”为中心加强团结，形成强大的守护，甚至足以同北条氏抗衡，就象足利氏那样。于是北条氏加强了“得宗”(北条氏嫡长世袭制的家主)的专制统治。作为中央机关的“评定众”和“引付众”等要职皆由北条氏一族担当，置于得宗统治之下。地方守护之职也尽可能由北条氏一族任命。北条时宗借用防备元军来袭，从九州到山阴、山阳各地增加了出身北条氏一门的守护，至幕府灭亡前夕，全日本近半的30国守护之职都被北条氏一族垄断。
得宗权力至北条时宗之子贞时(公元1271年一公元1311年)、孙高时(公元1393年—公元1333年)之时，进一步加强。得宗权力主要依靠家臣“御内人”行统治，赋予重要职务。“御内人”势力的增大引起“御内人”同“御内人”以外的御家人“外样”的尖锐对立，终于导致“御内人”代表人物内管领平赖纲同“外样”代表人物安达泰盛(公元1231年—公元1285年)之间的战争。在公元1285年的“霜月骚动”中，安达泰盛一派失败，安达氏一族及其一派的御家人被大量消灭。内战削弱了御家人的力量，并进一步加剧了御家人之间的矛盾。末代执权北条高时又恰恰是一个无所作为之辈，耽于游宴，荒废政事。至此，不论是外样御家人或非御家人，大部分武士的心都已离开了幕府，伺机反叛。而反叛所需要的只是一面能够把他们结合起来的旗帜了。
镰仓时代的文化
一、净土宗与净土真宗镰仓时代，佛教仍是居于统治地位的宗教。在战乱频繁、社会关系激变中更加走向没落的京都贵族中间，充满了对“末世来临”的畏惧和寻求解脱的苦闷。广大农民在坚持反抗封建主的现实斗争的同时，不少人也对来世抱有幻想。适应这种思想要求，法然(源空，公元1133年—公元1212年)发展了前代以来流传的佛教净土思想，使它形成一个独立的宗派，即净土宗。他告诉人们，任何人在佛的面前都是平等的，只要“专修念佛”，即反复念诵“南无阿弥陀佛”，依靠佛力就能“往生极乐”——“他力本愿”，而不必去搞那些为特权阶级所专用的建寺、造佛、念经等繁琐的宗教仪式。