这时期对外贸易管理权从大宰府转移到镇西奉行(镰仓幕府统治九州地方的官职)手中，民间贸易得到承认，有了迅速发展。13世纪初拥有船员100名以上的大船每年约有40至50艘到南宋，史载，“侯人，冒鲸波之险，舶炉相衔，以其物来售。”[注18]至13世纪中叶，偏安江南的南宋由于铜钱大量外流，苦于铜钱不足，乃提出限制贸易船只的要求。幕府同意这种要求，实行贸易统制，限定船数为5只，幕府则派名为“御分唐船”的御用(幕府)贸易船，直接进入海外市场。中国商人来日的也多，其中有一些定居博多，在这里娶妻生于，往来于两国之间。由于日本国内商业的发展，对货币的需求增大，对宋钱的输入十分迫切。承久之乱后10年，京都的重臣西园寺公经曾遣商船向宋帝献上扁相制房屋，获得回礼10万贯和其他礼物。除铜钱外，输入品中还有江南特产高级丝织品(绢、续、锦)；陶瓷器、茶、香料、药品、书籍、文具、绘画、珍贵木材等。输出品一如以前，主要有砂金、真珠、水银、硫黄、刀剑、扇、美术工艺品等。及至元代，由于元朝征日(后述)，两国政府间的关系中断，但民间依然进行贸易，幕府对日商出海已不加限制，元政府对日亦采取开放政策，准日商以金易元钱，还命令沿岸所在官司同日船贸易。
二、入来入元僧镰仓时代有大量日僧来宋、元访问，据统计，入南宋僧不下百余人，入元僧更多于此。他们大多从明州上陆，历访江、浙、闽诸寺，云游时饥则斋食，暮则投宿，受所至各地中国僧俗的热情接待。公元1331年入元僧友山士倔访问松江时，适值“巨水为害，吴中禅刹，钟鼓寂尔，游方之土，无放包之地”。在此困境下，该寺僧对这位远来的日本僧友山予以很好的照顾，“苦留过冬”，“视以骨肉”[注19]，体现中国人民对日本人民的感情。入宋僧和入元僧旅居中国往往一、二十年。研究佛学(主要是禅学)，兼及儒学、汉诗文学、书法、绘画、建筑、印刷等各种学艺。入宋僧俊乘房重源(公元1121年—公元1206年)巡礼求法时，还钻研了宋代建筑式样，回国参加东大寺的修建工程。明庵荣西(公元1141年—公元1215年)两次入宋学习禅宗，还学得宋代建筑技术和医学，研究了茶的养生效能，他回国后开创日本临济宗(禅宗之一派)，建立禅宗式(南宋式)寺院，并将中国建筑式样带到日本。还有俊范(公元1166年—公元1227年)，于正治元年(公元1199年)入宋，在明州景福寺学禅及律。建历元年(公元1211年)回国，带回佛典、儒书及杂书2000多卷，为儒学在日本的广泛传播作出了很大贡献。
到日本的南宋僧约有十多人，著名的有兰溪道隆(公元1213年—公元1278年)和无学祖元(公元1226年—公元1289年)。道隆于宽元4年(公元1246年)到日，接受北条时赖的归依，并为建长寺开山，广收门徒，形成大党派。溢号大觉禅师。祖元于弘安2年(公元1279年)到日、创建圆觉寺。溢号佛光禅师，为无学派。
入元僧中出现不少知名的汉文学家和书法家，雪村友梅(公元1290年—公元1346年)、古源邵元(公元1294年一公元1364年)是其突出代表。雪村旅居中国22年，写下200余首诗歌，其中不少是歌颂两国人民友谊的。人宋入元僧促进了两国文化的交流。宋、元科学文化的传入对镰仓时代日本科学文化的发展，尤其对医学、雕版印刷、建筑、陶瓷制造、纺织、汉文学、书法、绘画的发展有很大意义。那些应日僧和幕府之请渡日、后来客死日本的宋元僧，为两国友好和文化交流作出了重大贡献。
抗元战争与镰仓幕府的衰落
一、文永之役镰仓时代日本同中国宋朝一直保持了睦邻友好关系，进行了正常的贸易往来和文化交流。但至13世纪70年代，两国间和平往来由于元朝军事封建主对日进行侵略而暂告中断。
12世纪末，蒙古族兴起。公元1206年成吉思汗(铁木真)统一蒙古，建立蒙古汗国。此后约半个世纪，成吉思汗的继承人通过军事征伐不仅控制了中国本部的华北地区，还进占了中国以西直至东欧的欧亚辽阔土地。公元1259年征服了高丽。公元1260年忽必烈(成吉思汗之孙）成为蒙古国王。公元1267年迁都燕京(后改称大都，即北京)。公元1271年改国号为元。
忽必烈的侵略矛头终于指向了日本。公元1268年他命高丽使者持书赴日，书中表面上要求建交，实质是效今日本朝贡。京都朝廷几经研究，末予回答，但惊慌万状，不知所措，只好连日到各社寺祈祷。次年忽必烈的使者再来。此次朝廷打算给忽必烈的使者带去国书，但由于正式就任执权不久，年少气锐的北条时宗(公元1251年—公元1284年)的阻拦而末发。此后，公元1271至公元1272年忽必烈又两次遣使，重提他的要求，甚至以武力相威胁。对此，北条时宗仍坚持拒绝回书，同时积极采取措施，命九州的守护地头加强沿岸防御，还命令驻守镰仓的御家人回国，四国、中国的御家人依次西下，以加固九州的警备。
文水11年(公元1274年)上半年，忽必烈强征高丽船工、民夫35000人为他建造兵船900艘，还从农民中征兵5000，以此完成了他发动征日战争的最后准备；然后又镇压了高丽军民坚持数年之久的反元起义。10月初，都元帅忻都和右、左副元帅洪茶丘、刘复亨率25000名侵略军和900艘兵船从朝鲜的合浦(马山)出发，大举征日。10月5日至14日，元军袭击日本的对马、壹吱。对马“守护代”宗助国和壹吱“守护代”平景隆分别仅以80骑与百余骑迎战，结果全军覆没。
元军随后侵入松浦半岛沿海诸岛，使几百名日本武士伤亡。19日兵船驶进博多湾。就在这以前，在大宰府的召集下，日本九州九国御家人，“甚至神社佛寺人员都争先恐后急驰而来”。[注20]这支为数万人[注21]的御家人在大将少式景(或经)资的指挥下，从20日上午10时开始，同当天早晨登陆的元军交锋。战幕一拉开，日本武士就显然处于不利地位；元军采用的是进步的步兵集团战术，这使习惯于一骑对战的日本武士很不适应；元军箭短而射程远，为日箭所不及；元军作战时击鼓鸣锣，常使日军战马惊跃狂奔，控制不住，元军使用一种日本武士从未见过的火药武器——震天雷，其射出的铁弹爆炸声往往使日本武士“目眩耳塞，茫然不辨东西”。[注22]激战至暮，日本武士被迫退到大宰府附近，组成新的防线。元军可能为了防备日本武士夜袭，回到船上。就在当天夜里，一场意外的台风刮沉了元兵船200艘，剩下的船只不得不返航。忽必烈的第一次对日远征于是结束。这次远征日本，史书称为“文永之役”。