政府为了培养农业人才，开办了许多学校。如东京山林学校（1882)、东京农林学校(1886)、礼幌农学校(1876)等，还有许多私的学社和农校。1886年(明治19)建立帝国大学农学院，设立农学、林学、兽医、农艺化学、水产等五个学科。1907年(明治40)札幌农学学校改为东北帝国大学农学院。1893年(明治26)建立农事试验场（包括东京总场及6个地方分场)，进行各种农业试验。
明治中期，农学工作者的队伍扩大，需要组织学会和出版刊物。1896年(明治29)成立札幌农学会(1907年改为农林学会)，出版《扎幌农林学会报》。1914年(大正3)成立日本林学会，次年成立日本育种会(后改遗传学会)。其后又成立了植物病理学会(1917)、日本兽医学会(1921)、日本农艺化学会(1924)等。
日本农学落后于其他自然科学，一般说明治时代农学还没有脱离试验阶段，缺乏体系化，达到世界水平的研究成果不多。至大正时代，日本农业发展很快，特别是作物学和园艺学。具体的研究成果有：吉川桔辉的关于栽培稻分类研究(1908)，福羽选人的关于园艺作物研究(1892)，田中节三郎的关于水稻的起源、原产地、品种等研究(1898)，池田伴亲的关于柑桔无核结果研究(1907)，安藤广大郎等的水稻冷害研究。
社会科学
一、哲学明治政府成立以后，大部分人都认识到必须采用西方文物制度，特别政治、法律、经济等方面尤感迫切。由于朝野一致积极展开启蒙运动，掀起了一个模仿西方文明的高潮。在这种情况下，人们必须学到百科全书式的知识，不管其学统、时代如何，一律照样仿效。在长期封建专制的抑压下，人们感到欧美世界是另一个天地，那里有自由有平等，是人类完全独立自主的理想世界，而学问则是达到这个理想世界的不可缺少的一种手段。福泽渝吉就主张：“欲知事物之理，必须学字，此即急务学问之理。”[注12]受西方自由主义理论影响很大的加藤弘之(1836—1916)在其《真政大意3》（明治3年）中说，对人民的自由，政府的职责是保护和劝导，除此之外，不可妄加干涉，这是政府存在的“天理”。当时从封建束缚下摆脱出来并由西方知识促使个性觉醒的人们，发现自然科学和社会科学都有一条必然的规律，从而欧美启蒙思想家们的合理观成为最容易接受的东西了。福泽渝吉的《劝学篇》(明治5—9)和《文明论概略》（明治8年)，加藤弘之的《真政大意》和《国体新论》(明治8)，西周的《百一新论》(明治7年)和《致知启蒙》(明治7年)成为大家喜爱的启蒙读物。这些著作主要是批判和清算封建的意识形态。
当时以欧美各国为理想而提倡独立自主的启蒙思想家除上述外，还有森有礼(1847—1889)。1973年(明治6)他组织一个宣传启蒙思想的学术团体“明六社”。该社出版《明六杂志》，召开演讲会，“觉愚蒙之眼”，为开展启蒙运动而尽力。明治初期的哲学主要是移植法国的实证主义和英国的功利主义。在实证主义哲学的影响下产生了日本最早的统计学及其先驱杉亨二(1828—1917)，以及田口苗吉的《日本开化小史》。
明治10年代，日本哲学界仍没有力量评论西方学说，只能追随与模仿。当时英国哲学家斯宾塞(H．spencer，1820—1903)被认为是一大权威，他的进化论哲学对日本哲学界影响很大。他的《社会学原理》(严修译为《群学肄言》)由乘竹孝太郎译出，受到大家的欢迎。斯宾塞的学说受到日本欢迎是由于它和明治时代的文明开化思想相适应。法国卢梭(Rousseau，1710一1778)的天赋人权论也被介绍到日本。他的名著《民约论》有多种译本，其中中江兆民的译本《民约译解》影响最大。中江兆民还著有《理学钧玄》(明治19年）和《三醉人经纶问答》(明治20)，前书介绍西方哲学，后书鼓吹自由民权，仰慕法国革命。这个时期自由民权运动高涨，出现了许多鼓吹自由民权的著作，如福泽渝吉的《通俗国权论》(明治11)、植木枝盛的《开明新论》(明治11)和《言论自由论》(明治13)等。
至明治中期，由于甲午战争的胜利，国民意识高扬，国家主义兴起。在哲学上对以前引进的自由主义哲学发生怀疑，终于抛弃英、美、法的实证主义哲学，引进德国的理念主义哲学。日本最早移植德国唯心主义哲学的是西周，他在《人生三宝说》中介绍了康德的《纯理性批判》。但有系统介绍德国哲学的是竹越与三郎(1865-1950)，他在《德国哲学英华》中介绍了黑格尔的辩证法。明治20至30年代大力移植德国哲学的时代，唯心主义哲学统治整个日本哲学界。与唯心主义哲学流行的同时，国粹主义也泛滥起来。三宅学岭组织政教社，出版杂志《日本人》，领导国粹主义运动。三宅学还写了《真善美日本人》和《伪恶丑日本人》，在他的《哲学涓滴》中，把他的国粹主义和德国唯心主义哲学有意识地结合起来。除三宅外，移植德国哲学的还有清野勉(1853—1904)、大西祝(1864年—1900)等。
由于唯心主义哲学的流行，助长了儒教和佛教的复活。1890年(明治23)《教育效语》的公布，标志着封建的儒学思想卷土重来。佛教学者井上圆了(1858—1919)和清泽满之(1863—1903)妄图抓住西方科学的片段来掩饰佛教的非科学性。前者著有《佛教活论》，后者著有《宗教哲学骸骨》。
至明治后期，开始介绍西方哲学原著，如木村鹰太郎的《柏拉图全集》五卷等。还出现了专著，如波多野精一的《斯宾塞研究》等，同时由于哲学逐渐成为知识分子的一种教养，出成了许多哲学概论书，如桑木严翼的《哲学概论》(明治35)。有一部分人不满足于西方哲学，潜心研究印度哲学和宗教学，于是出现了村上专精的《日本佛教史纲》(明治31年，有商务印书馆的中译本，)、境野黄样的《印度宗教史》(明治38)、高额武次郎的《老庄哲学》(明治42)、姊崎正治的《宗教学概论》(明治33)、加藤玄智的《东西比较宗教教史〉(明治36)等。此时儒教思想特别受到尊重，恢复了德川时代的释奠(祭孔)，设立了孔子祭典会。这个时期心理学和美学从哲学中独立出来，出现了日本最早的心理学家元良勇次郎(1858—1912)和美学家森林太郎(鸥外)、高山林次郎(梧牛)。