在内外矛盾日益加剧的形势下，萨、长、土、肥和水户等强藩大名与幕府矛盾加深了。这些大名要求参与幕政，反对幕府的专制，推动着尊王攘夷运动的高涨。
尊王攘夷运动
一、尊攘思想的兴起“安政大狱”打破了“强藩合议、改革幕政”的幻想，标志幕政改革的终结。具有反幕倾向的各种势力逐渐集结到“尊王攘夷”的旗帜下，幕藩改革派变成全国性的尊换派。运动的主导力量由改革派的藩主、公卿和中上层武士转移到下级武士领导的激进武士和豪农商的“草莽志士”联盟中来。这是幕末政治斗争形势的第一次转变。
日本尊王思想渊源于德川前期。儒家山崎图斋、浅见纲斋(公元1652年—公元1711年)本据朱子学阐明君臣大义的名分论以及中日历史忠臣烈士事迹，倡导“尊王大义”思想。水户藩主德川光国编纂《大日本史》，强调《春秋》的“大义名分”的前期水户学，都蕴含着尊王思想。另一方面，前期国学派从萌芽状态的民族主义出发，附会日本古代传说的神国思想，主张日本是神国，是世界的中心，日本人是神的子孙，是优等民族，要以“大和心”代替“汉心”(本居宣长语)。明治维新前夕，后期国学派主流平田笃胤(公元1776年—公元1843年)、铁胤父子认天皇绝对神圣，尊王成了国学的正统思想，与后期水户学的尊攘思想结合，具有现实的政治意义。
作为幕末政治运动指导思想的尊王攘夷论，可以追溯到朱熹“攘夷狄以尊周室”(《论语章句?宪问篇》)的学说。水户学鼻祖藤田幽谷(公元1774年—公元1826年)在《正名论》中说：“幕府若尊皇室，诸侯即崇幕府；诸侯若祟幕府，卿大夫即敬诸侯。夫然后上下相保，万邦协和。”[注28]他的门人会泽安公元1825年著《新论》，坚持富国强兵，加紧海防为藩政改革的亟务。可见“尊王”、“攘夷”，都是为了加强幕藩统治，本无反对幕府的意思。但朱烹在他所著《通鉴纲目》里，为树立封建王朝正统观念，又强调王霸之辨，提出尊王斥霸的主张。幕末欧美列强侵日，幕府不但镇压改革派，更屈辱地签约，改革派对幕府的希望完全破灭，由此依靠王室、击援外敌的呼声昂扬。维新前夕，乎田笃胤父子认王权久为将军所夺，应还政于天皇，“尊王攘夷”终于发展为勤王倒幕的思想。当然不论水户学和国学的尊王攘夷思想，都没有越出封建制的范畴。但到“安政大狱”发生，民族危机和阶级矛盾全面激化，这一忠君排外的封建思想跟包括豪农豪商在内的各阶层人民反封建、反侵略的迫切要求相结合，有了新的时代内容，成为各藩进步下级武士网罗各阶层势力、否定幕藩领主制度、反对侵略、具有民族统一目标的口号。总的看来，反幕势力号召“尊王攘夷”，也反映了日本新的生产关系还不成熟，不能产生西方资产阶级革命时期的民主思想。然而凡是反对现存秩序，必须具有一定的革命理论，在当时条件下，为寻求反幕府的理论根据，下级武士只能树起比幕府地位高、且为封建主义所承认的权威，即天皇的权威。因为他们除“尊祟皇室”和“击攘夷狄”的大义名分论之外，找不出其他更合理的反抗根据，这就是下级武士“尊攘”论局限性的所在。换言之，它成为反对幕藩封建体制各派的共同政纲，也是日本资本主义不成熟的条件所决定的。
万延元年(公元1860年)3月3日，在江户城樱田门外之变[注29]发生后，“尊王攘夷”由理论变为下级武士、浪人的实际行动。这表明原为改革派大名辅佐的下级武士、浪人和豪农豪商出身的反幕派已越过本藩大名，走上了政治第一线，展开了全国性的斗争。
二、尊攘派对公式合体派的斗争随着国内外形势的严重化，在幕府和萨摩、土佐等藩大名及上层武士中，出现了调和朝廷与幕府间关系的幕藩改良主义——“公武合体”运动，它与尊王攘夷运动相对抗。
幕府保守派企图借迎娶孝明天皇的妹妹和宫作将军德川家茂(庆福)的夫人，以实现“公武结合”，争取天皇的权威来加强幕府地位。公卿中的公武合体派岩仓具视于1861年10月20日陪同和宫到江户，积极促成其事。萨摩藩主的父亲岛津久光，是个强烈的攘夷主义者，各藩志士曾寄望于他，要推举他为首反幕。但岛津久光从国内最富强的封建大名利益出发，认为尊攘派的活动是“浪人轻率之举”[注30]，对他们打破幕藩封建秩序的行动极为不满，坚决致力于“公武合体”，企图通过改良达到攘夷和改进幕藩关系以维护封建统治的目的。1862年3月，岛津久光带领藩士干余人到达京都。他首先在4月23日晚派家臣刺杀正在京都郊外伏见“寺田屋”旅馆开会的萨摩藩尊攘派领导人有马新七等7人，以镇压尊攘派活动(“寺田屋之变”)。然后又带着天皇改革幕政的指示，与皇室公卿一起去江户，督促幕府吸收强藩参与幕政，实行幕政改革。当尊攘运动日趋高涨时，公武合体派企图聚集皇室、幕府和各藩大名及上级武士的力量，维护摇摇欲坠的幕藩体制，以便由他们分享最高权力。
尊攘派向公武合体派展开了斗争。在长州藩，尊攘派领导人久扳玄瑞等把公武合体派上级武士逐出藩政府。1862年7月召开的藩政会议上，使藩政府方针由“事朝廷以忠节，事幕府以信义，事祖先以孝道”的公武合体宗旨改变为“奉救攘夷”。长州藩遂成为尊攘派的基地。[注31]
尊攘派对付公武合体派的战术是攘夷。1860年12月5日，尊攘派浪人在三田刺杀了美国使馆翻译休斯根(H．heusken)。公元1862年12月12日，长州藩的久板玄瑞、高杉晋作等人烧毁了江户的英国公使馆。各地也陆续发生杀伤外人事件。这些攘夷事件的目的是使屈服于外国的幕府陷于困境。尊攘派还用恐怖手段打击公武合体派。1862年1月15日，宇都宫藩士菊池教中等人，在江户阪下门外袭击了首席老中安藤信正，使他负伤后被迫辞职，史称“阪下门之变”。[注32]同年7月，尊攘志士刺杀了公武合体派公卿的家臣岛田左近及参与安政大狱的人物，又扬言将谋杀朝廷公武合体派首脑岩仓具视等人，迫使天皇罢免岩仓，任用激进的下级公卿三条实美等。8月，岛津久光在江户促成了幕政改革[注33]，回到京都，当地形势大变，政权已由尊攘派左右，他不得不悄悄地返回本藩。