二年三月，石寇复分犯建昌、綦江。以刘岳昭屯綦南，何胜必、萧庆高屯叙南，胡中和屯嘉定，朱桂秋、张由庚合五千人援汉中，增周达武军至四千人，游击往来。石大开拥众间行，经七年，崎岖山界，饥乏崩散，不复能令众。三月，将出宁远，行间道，误入土司界中。土司所部以劫掠为生计，无论官、贼，见众至则聚掠，与斗则散走。寇绝食，又牵缀不得行，于是溃散，与所分部两党相阻绝。癸酉，大开独至紫打地，欲渡大渡，会秉章先遣唐友耕防江未至，寇前队结筏已济，大开恐日暮众不整，复令还西岸，期翌日毕渡。是夜大雨，水长四五丈。明日，防军至，大开遂穷困山谷，杀马煮桑叶为粮。至四月壬寅，土司岭承恩等生缚献大开及其党魁五人，刘蓉复亲往受俘。其余寇先由贵州界北走酉阳，后还湖南，于桂阳破灭，语在《湖南防守篇》。秉章督四川三年，平群寇，禽大酋，遂以知兵闻于天下。
穆宗初立，朝廷锐意求治，廷寄咨问或日三四至。是时，钦差大臣将军多隆阿讨陕叛回，以病留河南未进，李云麟以母丧归，官文奏荐刘蓉。六月癸卯，诏秉章遣军从蓉援汉南。七月丙午，复授蓉陕西巡抚，并将前后援陕军朱桂秋、何胜必、萧庆高等万三千人，先解汉中围。汉中繁富大郡，自川寇合陈玉成党部连结土寇，环城作屯，城中守备完具。毛震寿惮事，惟以军饷难继辞。援军皆武人，不知机宜，观望养寇。川寇初据洋县，既引湖北来寇数十万，径进汉中。震寿屯城固，汉中府、道先后病死，城中惟都司，护总兵及南郑令，又不相能。令收召游军至万人，日食米百石，诸避寇者相继入保，城食益绌，疾疫起，死者日或至千人。川、湖寇中悔相猜忌，洋县寇疑来寇欲并之，故不肯合势。城中颇出战，援军不能进攻，惟待统帅。八月丙戌，刘蓉发成都。戊子，何胜必等议曰：”汉中寇虽多，心志参差，可一战走也。刘公度吾等功将成，辄先至收其名，宜及其未来，破贼立功。“约朱桂秋、张由庚等俱进。甫至油房，桂秋等失期先退，胜必等亦收军还屯。己丑、庚寅，雨连日，围寇惧援军乘之，具马驮将遁。城中粮竭，见援军
自退，益匈惧，开北门出走。寇疑不入，久之，乃纵掠。援汉中八军闻风溃走，寇挤之，皆走，背水溺斩无数，城民走者亦皆虏死。败书闻，刘蓉止巴州，增调刘岳昭军。洋县寇见汉中寇盛，益恐，则分党北收佛平、盩厔，设伪吏，禁淫掠，欲以自固。汉中寇亦东取城固，连西乡、石泉，通于兴安。多隆阿自河南入，解同州之围，克临潼、高陵、三原、泾阳。李云麟进军山阳，取镇安，西攻石泉。十月，刘蓉移屯广元，久之，蜀军不出。朝议重西安，促多隆阿先攻盩厔。蓝大顺之遁也，其党先后入陕，或屯或流。其流者又合石寇中旗，驰突褒、沔陇、秦界中；其屯者则踞洋县，招湖北来寇陷汉中，已而猜斗，常以千余众拒汉中。寇数万因略盩厔，各
自为战守。故寇得汉中，不能自安，又会江南寇急来征援。
同治三年正月，留坝、褒城、沔县寇俱入汉中府城。城寇先循汉水东下，又分党陆趣镇安、山阳、商南，步骑骆驿连十许日。汉中、兴安诸属县寇皆退去。洋县寇亦悉北保盩厔，增栅壕坚守，其余党或从佛坪东窥宁、陕。刘蓉至汉中则入府城，见尸骨纵横，辄恸哭，命悉棺敛，官瘗之，奏免丁粮，恤忠烈，借给牛、种，以收人心。留何胜必等分屯汉中、兴安，罢归刘岳昭所部四千五百人仍还防綦江，且言遣军助攻盩厔。多隆阿大愠，以盩厔功在指顾，檄还其军。盩厔城小寇少，无所用武，论者皆言不足烦大将，且宜彻围，待其走而歼之。廷议不知多隆阿之战状，依常法督责。多隆阿愤懑，作望楼躬视城中，中枪子伤目，督攻益急，寇作地道出走。二月丙申，遂克盩厔。而多隆阿目创甚，不能兴，养创西安。三月，刘蓉至省城往问疾。多隆阿方卧向外，闻巡抚至，强扶起回面向内，目不视，亦不言。月余伤发，薨。闻者莫不伤痛，陕西处处祠之，虽所未至，皆叹息讴思焉。盩厔败寇走兴安，余十许人为民团击杀之，犹自称蓝大顺。自三顺至九顺，皆传首汉中、西安。宁、陕寇捕斩略尽，惟泰州寇复东趋留坝、佛平，留防军不能御。商南残寇西与合党。贵州寇侵南川。增募湘军二千人，以曾志友、成耀星等领之，埤秀山、綦江防。刘岳昭授云南按察使，唐友耕授云南提督，均留四川屯守。四月，廷议多言刘蓉无实，不可用。诏询秉章，秉章言随器授任，无可弃之士。五月，佛平寇卒至杜曲，陕西省城大震。是时，叛回悉遁甘肃，多隆阿部军分散，金顺、彭基品将马、步军击之于沣，寇还攻盩厔。己未，蓉出城督军，大征诸军将钟玉胜，曹克忠、孟宗福、何胜必、萧庆高、黄鼎等，新旧杂置。七月甲辰，蓉会西安将军穆图善，攻寇于郿。壬子，寇逾秦领，西走略阳，入甘肃，陷阶州。陕军罢，四川军将周达武等九千人出屯防。萧庆高等防汉中。诏以洪寇平，论功，加骆秉章世爵一等轻车都尉。十月，周达武进攻阶州。十一月，征萧庆高等会师。何胜必疾病，留广元。胡中和以四川提督自叙南屯所出广元，领何军攻阶州。