四川文武闻秉章严静，洒然易心矣。是月丁巳朔，曾传理等攻寇绵州西北门，战小利。以违节制劾唐友耕，夺官，仍领军自效。寇收屯相保。官军作五浮桥于涪。庚午，萧庆高率军循左山，趋寇后，约传理、德谦等分中、右进而夹击。黔军先进，未及，寇遽发枪炮惊之，寇乘之，佐才退，德谦、传理继进相持。庆高等自山后破寇二屯，传理复分军钞寇旁，寇乃大奔，解围南走。群寇蚁附无固志，则皆南走，绕省城西南，掠郫、邛，遁丹棱。
川北号为肃清，乃休军论功，而湘、黔军斗绵州州堂，秉章复奏劾唐炯，罢之，炯之守城，借财募军，有拒寇之劳。四川州县论知兵，以炯为首，既超擢夔州知府，复负其能，又其父雅善秉章，慷慨自喜，无所推让。湘军制：营各有长夫运粮械，虽过郡县，不烦官中一刍粟。方其初起，所过官吏亦困挠之，至不得入城，无所谓供支。四川独守盛时军兴法，州县具食米供军，按人给舁马担夫，诸军因以为利，折取夫钱。湘军初至，得钱大喜，已习为例，则稍稍苛索胁取。既解绵州围，尤负其功，所索伙奢。唐炯以绵州围半年，资力困乏，所应不满其意，又先与营官言，营官漫应之，
自谓已办，则置酒宴他客，诿其事家丁。湘军人来索夫，语不逊，家丁怙黔军势，亦不逊，相争而哄。黔军无纪律，炯自谓有纪律，诋诃湘军，先已不相能。传理年少轻慢，初统军，不能束其众。黔军将衔之，伏百人州宅内待斗。湘军哨官去复来，闯州堂，益嚣。炯亲将告曰：”湘军持刀登公堂，请禽治之。“炯诺，未已，其亲将遽出，斫先入者一人。来者皆怒噪，于是伏兵起，欲尽缚湘军来者，奔逃杀伤，各自戒严。湘军将皆大怒，诉秉章，且案军不行，以要必胜。秉章特劾罢炯，炯亦诉状秉章，谩骂之，湘军自此多与蜀军分行，蜀军益绌。而唐友耕以谨畏能战，更见赏爱，奏复其官。
九月，秉章受印成都。十月丙辰朔，胡中和等自崇庆、曾传理等自彭山进攻眉州。寇聚兵州西松江口，诸将合兵深入攻之。丙寅，寇奔青神。超擢刘蓉署四川布政使。蓉以附生叙五品衔从入蜀，秉章以知府奏荐，特有此命，自军兴以来，无有与比。湘军移攻丹棱，以唐友耕屯眉州，南缀青神。李寇部党掠铜梁、璧山、永川、大足、定远、南充、岳池、广安。增募川军以张由庚将之，合黔勇分讨川东北。更募湘军以易佩绅将之，道永顺，期入酉阳。征刘岳昭军会师夔州。十一月，增军丹棱，作长壕木城蹙围之。乙未，寇焚城走浦江，略崇庆、双流界，入彭县。壬寅，分两部，一
东北直趋绵州，走江油、平武，折北走石泉、彰明；一东略什邡、汉州、中江、遂宁，折南走安岳、内江、隆昌、富顺。所过逃散，民团营兵往往狙击斩虏。蓝大顺遁去，所部遂微。萧庆高等围李寇党于青神，胡中和等围李寇于犍为之铁山。川东寇堂自广安分略营山、渠县、东乡、新宁。
同治元年正月癸巳，杀新宁知县国澍、典史耿凤翔，把总何玉春。是时，石大开方屯来凤，窥涪、夔。川东寇别部踞涪州南鹤游坪。二月戊午，新宁寇南走，合垫江寇东南走酆都。石寇陷石柱。三寇相去各百里，然不能相响应。乙丑，刘岳昭军四千五百人自夔溯江，会唐炯等于涪。石寇游骑西至涪、巴南岸，不得渡，鹤游坪寇伏不出，酆都寇复东北略忠、万，走云阳。聚军重庆，专防石寇。三月甲申，铁山寇走宜宾，遣别党北援青神。己丑，萧庆高击走之。庚寅，城寇循江南，东走宜宾，分两部：一走天洋，一屯八角寨。官军收青神。四月，石寇掠南川出境，趣贵州桐梓，过綦江，留攻城一日，西走贵州仁怀，南入叙永，西北走兴文、珙、庆符、高，东还陷长宁，知县周于堃死之。天洋寇西走，合于八角寨，云阳寇直西北走。戊申，陷太平，出境走陕西定远，易佩绅尾之，与俱入陕。刘岳昭、唐炯、曾传理、唐友耕皆持寇长宁。鹤游坪寇分略梁山、垫江、大竹、邻水，七月，复分党出梁山、垫江，掠达，陷开，从城口出陕境，陷平利。汉南群盗相挺起。八月癸巳，李寇弃八角寨，走犍为，屯龙孔场，胡中和等移军围守。闰月丙寅，刘蓉出督军。丙子，寇突走，禽李永和及其党魁卯得兴。永和，短搭正名也。蓝、李乱四年而平。鹤游坪寇亦弃屯走太平，分遣周达武、曾传理等追讨之。九月，禽周绍勇于大竹东。鹤游屯寇惟前后入陕二部，合陕、豫群盗掠洋、凤、文、阶边，还入广元，遣周达武拒之。石寇复陷筠连，至宜宾。胡中和等屯横江。十月庚辰朔，寇入高县，知县丁良俊走免。丁未，寇复至，良俊死之。十一月庚申，胡中和、何胜必等捷于横江，寇分党出宁远。辛酉，周达武遇寇仪陇，破之。辛巳，禽寇帅郭刀刀。曾传理等以内寇尽平，请罢军，及刘德谦等先后归，惟胡中和、刘岳昭、周达武分部屯防。石寇亦出境走云南东川。陈玉成余党自湖北走汉南，合川、陕盗纵横兴安、汉中。陕西布政使毛震寿师久无功，诏秉章举大将分军往讨，奏荐李云麟、严树森。