是时庐州新复，多隆阿不欲隶曾军，因诏书援陕，则北去，故庐、桐空虚。玉麟屯濡须，而寇复踞运漕镇，在其上游岳斌防芜湖，日夺东坝寇来一舟。十月，淮扬军出青浦，破寇舟于白鹤江。更立太湖军十营，李朝斌为统将。黄翼升攻寇福山，大破之。初，寇将骆国忠以常熟反正，寇起大众围常熟，官军往援，隔太仓不得进，故合陆军从福山入，与寇相持。十二月，玉麟克运漕镇，旋收含山、巢、和。
二年二月，淮扬军进攻福山，七十余日，击破来寇，解常熟城围。三月，分遣欧阳利见、王东华合陆军，克太仓、昆山、吴江。五月，玉麟、岳斌合陆军，大陈兵攻九洑洲过江浦，寇望风奔溃，收其城，遂破浦口屯。屯寇奔洲，洲寇闭不纳，多投江及饿死者。九洑洲为江宁对岸重镇，寇筑坚城以遏长江，集战舰，环巨炮数十护之。自寇据城，向荣、和春师至，洲寇必全力走江北及宁国以误我。及曾国荃欲合围，而都兴阿、冯子才日言九洑危险，朝议忧疑。含山之再陷也，降人李世忠负敢战名，以三万众扼九洑，不胜。故洲上寇垒愈高坚，旁列数十屯，列舟缘洲，亦自以为牢固。于是玉麟陈船上流，分二队，南从秦淮向下关，北绕永安洲向草鞋夹，更列军为南北后应。而岳斌自督战，以枯荻灌油烧屯舟，因烧
旁垒入，袭燕子矶，破之，胡俊友中炮死，洲寇不出。明日，岳斌遣陆军伏丛莽中，掘洲埂，分船夹洲上下，更列军乡城中关拒援寇，乃散遣三版绕洲，伺隙则登。寇分三队，发火枪，伤死者数百人。至夜，玉麟令曰：”洲破乃还师，不者，传餐而战。“喻俊明、成发翔、王吉、任星元更番夜攻，或有乘暗得登洲者，众噪而登，皆冒炮争上，践尸而进，人忘其死，九洑洲竟破，万余寇无一脱死者，获马三百余匹，悉送陆军中。捷未上，江北争飞书相庆。诏问状，且讶其速克焉。
七月，安徽巡抚唐训方有事苗练，以临淮无水军，谴丁泗滨将船八十护粮运，奏调淮扬军。诏令岳斌自往。国藩以长江事重大，留岳斌。李鸿章言：”苏、松之战，水师功为多。“亦不能遣淮扬军。八月，福建寇入江西，窥湖口、彭泽，旋败走，遂掠池州，围青阳。喻俊明往援，又急檄江忠义陆军出江西来援，玉麟来视师，围解。宁、太寇连屯高淳、溧水，谋袭芜湖陆军，并攻新河庄。玉麟躬攻水阳，岳斌来会师，克沧溪镇，逼高淳，降寇守将，遂收固城镇，克东坝，降建平、溧水寇将，解散万计。
三年春，诏频问国藩，以杨岳斌、彭玉麟宜分上、下游或内、外江，以镇抚湖北、江西。四月，奏遣玉麟驻九江以上，控湖北。浙江巡抚左宗棠以岳斌为未尽其用，且密陈其才堪督、抚。癸巳，诏岳斌督师江西，兼防皖南，未几，授陕甘总督。岳斌之贵先玉麟，及玉麟改提督，诏有统率文。岳斌自恨非文官，常见于词色，还江一奏事，被诏，令由国藩转上。当时论者皆以岳斌功高，胜玉麟远甚，叹息于文武积习，诸文人又自耻持常谈，亦交讼岳斌，称其才德。至是被显命，督师专征，众皆欣欣焉。五月，黄翼升还统外江军。内湖军将孙昌国克贵溪。岳斌至南昌，陆军大将鲍超已破江西寇，无所为，则奏劾江西统将席宝田以违节度，夺三阶。六月乙酉，江宁平。戊戌，诏论国藩功，以创立舟师为首。八月，进长江图。岳斌督陆军赴陕西，黄翼升为水师提督。诏玉麟驻安庆。国藩奏：”今议立长江水师，当周历区画。“
五年正月甲子，国藩、玉麟奏言：”濒江五省，战事大定。前募水勇，请改为经制水兵。我朝绿营兵丁五十余万，乾隆四十六年议增缺额，大学士阿桂上疏力争之，臣国藩丁咸丰元年，亦疏请裁兵五万。自洪、杨倡乱，捻、回继变，皆倚勇于以集事，国家养兵岁费二千万。今直省勇丁，合计三十万以外，而经制之兵，仍未能减，非长策也。大江水师，船至一千余号，炮位二三千，利器不宜浪抛，劲旅不宜裁彻。俸薪口粮修补船炮经费，于长江酌留厘税，量入为出，计提督一员，总兵五员，营官、副、参、游二十四，哨官、都守、千、把、外委七百七十四，兵数万二千，兵饷、杂费月五万有奇。自荆、岳二州至崇明五千余里，立六标分汛，计船七百七十四，营二十四，副将营战船四十三，参将营三十三，游击营二十三。自提督至外委各给坐船。长龙设大炮六，三版大小炮各二，设火药局于安徽、湖北二省城，设子弹局湖南省城，设船局汉阳、吴城、草鞋夹。“因奏事宜三十，营制二十四。六月，军机大臣会奏依行，编《章程》六卷入《方略》，垂示后世，颁之天下。水师即立，而国藩移督直隶，玉麟告归，黄翼升为提督。
七年，长江盗劫多，有军士不习篙楫。时议疑本奏裁兵，而更增兵。兵岁不用则罢惰，与旧时水师营等，兵不可久，长江水师亦宜罢。其年，国藩薨。诏征玉麟，召见，补兵部左侍郎，询长江事宜，复具疏三辞侍郎，诏每岁一巡长江。于是黄翼升请病去，而李成谋为提督。玉麟所至则江湖肃然改观，作《长江水师剔弊百条》上之，着于令。岳斌先已罢陕督，亦被征命巡江，恒多引疾，事专于玉麟，岁有劾罚。然旧部宿将皆衰老，新补兵稀复知战，言轮船炮利者益多矣。