沈葆桢前屡召不出，至是超擢江西巡抚，乃起视事。而湖南巡抚毛鸿宾，亦国藩旧交故吏，及湖北严树森、贵州韩超，皆胡林翼所荐用，骆秉章督四川，刘蓉以诸生径用布政使，李续宜、刘长佑则本起湘军，于是西至四川，东至海，皆用湘军将帅，则皆倚国藩为重，略如胡林翼书所言”包揽把持“者，东南争骛于功名矣。
同治元年二月，曾国荃新军至安庆。左宗棠军入浙，收开化。三月，上海具轮船至安庆来迎师，以李鸿章率湘军将及新募舒、桐军往应之。鲍超克青阳。国荃克巢县、含山、和州。鲍超克石埭、太平，寇众反正者万人，攻泾县，克之。曾贞干克繁昌、南陵。张运兰克旌德。国荃合水军进攻沿江诸寇屯。丁卯，多隆阿前军将雷正绾等攻庐州城东南门，石清吉等攻西门。寇将陈玉成将援寇屯城东，多隆阿攻其旁垒以致师。玉成恃勇悍，率众三千来钞官军，正绾迎击，交绥，寇退据城北浮桥。城寇先闻多隆阿至，皆凶惧，惟倚援寇自壮。及战，开北门出大众，谋合击东门军，方出城、玉成退，则惊以为败，亦北走。玉成遽断浮桥遏城寇，使阻水反拒，城寇愈惊，相蹂，绕城散走。石清吉等梯西南以登，城内外寇争走，于是合蹙之，斩馘数千计，俘八百四十七，拔民男女七千余人，庐州复。陈玉成走寿州，将乞援苗沛霖。沛霖闻玉成败，恐袭夺己众，又畏多隆阿之乘己也，反欲取陈玉成自效。玉成至，屯军肥水南。苗沛霖阳称疾，遣其党伏谒，迎入城，具牛酒犒三千人者。玉成入，导至馆，而闭城阻其从者。玉成初不疑，既登堂，见几上陈梏钅巢，乃司，怒骂曰：”苗生反复。我死，行及尔，乃自速诛邪！“沛霖遂囚玉成及从者二十人，献于颍州胜保营，而招诱余寇，寇或降或散去。
当是时，多隆阿之名慑惮群寇，寿、颍弭伏，江南闻风相惊动。国藩飞书约会兵，多隆阿素以文官不可亲，且己不识汉文，而亦恶儒吏，即报国藩，言军事权宜专一，以微示不与曾国荃同处。国藩具言如先约，一听公指捴。官文揣多隆阿终不欲东，而四川德安诸余寇俱入陕西，先已奏遣雷正绾赴援，遂再奏令多隆阿自往。陕抚及京朝官亦日言，关中帝王都，天下最要。朝命属多隆阿。命下，官文益自喜当上意，决意遣之，合军江宁之谋，不复听矣。国藩独叹曰：”多公威名太盛，寇知不敌，则必入南山老林，此所谓骐骥捕鼠者也。“与书官文，言：”江南财赋比秦中何止十倍，贼数众多何止百倍。曩者楚军有大谋，惟以书问往复，不先恃奏取朝旨以相压。故国藩不奏争，而上议于左右，宜且止西行，以图江南。“官文业建议，不肯止多隆阿。留五千人屯庐州，而身将万五千人入陕西，诏授为钦差大臣，后频破寇，竟死盩厔焉。
壬申，曾国荃克宣城。癸酉，合水军克金柱关。甲戌，收芜湖。五月甲申，进屯雨花台。自向荣、和春以兵七万，屯守八年，卒溃退，国荃军合水军不满二万，国藩以为孤县无益，未可进。国荃议曰：”诸军士自应募起义，人人以攻金陵为志，今不乘势薄城下，而还军待寇，则旷日持久，非利也。若舍金陵，别攻宁国、广德，或取颍、寿，则将士见谓置于闲地，浪战而意怠，虽鲍、张亦益厌攻战，将去公而归耳。逼城而屯，亦足以致寇，军势虽危，顾不可求万全。“国藩许之。会左宗棠亦言宜薄城，围攻之势乃定。
乙酉，上海军御寇新桥，大破之。李鸿章之赴上海也，其大将曰程学启。学启先陷寇中，安庆围合，归诚曾贞干，约以内应为效。未及期，夜率千余众叩贞干壁门，呼曰：”今事发，与寇战，突围至此，追者即至矣。吾所将皆精兵，当入营助守，不以释兵。公相信者开门纳我，不信急发炮击我，无两败也。“军中大惊疑，报贞干。贞干屣履出视，下令开门纳其众。追寇俄而至，亦遂还去。学启由此愿效死，贞干卒，则从鸿章。是时，上海结英、法二国军，复青浦、嘉定，攻松江，号南路军；学启、刘铭传、潘鼎
新、郭松林将湘、淮入攻南汇，号北路军。寇悉众攻败外国军，再陷嘉定，则并南路，窥上海。学启将千五百人屯新桥，寇夜围之数十重，炮击寇尸平壕。践而登，学启乃开壁突击，寇骇却。鸿章自将来救，前后合势，寇大奔。外国军见其战。自以为不如，自此上海湘、淮军始辰。
六月，宁国援寇分三屯，与城寇各踞一门。鲍超先攻城西。城西者，城寇屯也。城寇倚援轻进，超设伏钞其后，寇误以为援至，则反斗，官军合击，大败之，追至城下。寇退死守。