国藩之驻军祁门，本倚江西粮台景德镇转运，水军炮船护饷，以为万全，至是前计尽虚。左军退乐平。国藩亲屯军合三万人，粮运三十日不至，众乃争言取徽州可自立，又言可取饷浙江。先是，休宁寇无故而宵遁，张运兰久屯休宁城，寇亦不复来，故疑徽州寇弱易攻。三月庚寅，国藩自将祁门军进至休宁，征黟防军会师。癸巳，进攻徽州，大雨，军械多散失。甲午，还休宁。戊戌，复进。庚子，寇夜出惊我军，军八营溃。辛丑，遣军各还所屯，国藩留休宁，誓死守。
时左军破寇乐平，寇益遣黟、歙党往寻战。癸卯，寇悉众攻乐平城，左宗棠亦悉众出城击之，无部分，唯视来寇队分军。短兵接，寇大败，遂走广信，趋浙江去。甲申，国藩留军屯祁门，自将
亲军五百人出驻东流。于是娄云庆、唐义训防渔亭，张运兰守休宁，朱品隆在祁门，左军往为广、饶，鲍超军专赴急御巨寇，裁自救，不复论进取。而寇每纵横驰突，动行千里，北则自英山出，破蕲、黄，遂北踞德安；南则攻建昌、抚州，陷吉安、瑞州；西出义宁，扰崇、通；东则越衢州，陷龙游、汤溪，踞金华，掠遂昌，至义乌，破处州，卒莫知其所为。议者以为谋解安庆围，或又以寇无略，特乘虚纵掠以为戏，要宜急破安庆，攻金陵，如国藩初议。五月戊子，鲍超至安庆，攻赤冈寇屯，力战破之，禽寇将刘玱林，磔城下，以示城寇。玱林陷苏、常为前锋，自恃其勇，欲以孤垒遏官军，既伏诛，曾国荃军势自倍。鲍超移攻宿松，因援瑞州。是日，徽州寇袭陷黟县，梗渔亭、休宁军。壬辰，朱品隆等合攻黟，寇退走。丁酉，追寇岭外。庚子，徽州寇弃城走，得寇聚米，供二月军食。左宗棠移屯婺源，甫至汀州，寇出德兴，迎战，败之。
七月丙申，多隆阿桐城围军大破援寇于挂车。多隆阿与鲍超皆湘军大将，寇与战必悍党。多隆阿亦自持威重，不喜人节度，不求人自助，亦不轻助人，故寇大上江西、湖北，一月陷二十余城。鲍超疲奔命，则以李续宜军游击。李续宜者，名尤重于多隆阿、鲍超，及行军，忽南忽北，殊不遇寇。更奏调援蜀将刘岳昭自助，而浙江亦奏起李元度将军援浙，由平江出崇、通，寇乃东南走。于是寇帅陈玉成合群寇屯挂车，谋覆多隆阿军，多隆阿击走之，寇退屯石牌，绝其运道。议者复请征鲍军，多隆阿笑曰：”吾运道不易绝，比吾军粮未尽，贼已走矣。“庚戌，鲍超追瑞州寇至丰城。壬子，寇走抚州。八月丁巳朔，曾国荃克安庆。当石牌之被寇也，寇分党袭国荃屯后，攻战六昼夜，屯坚不可入。程学启复攻城外寇，破三石垒。国荃弟贞干作屯菱湖，合水军绝寇粮。陈玉成屡败，不得进，乃相率遁走。安庆既复，文宗崩，胡林翼薨，穆宗立，以彭玉麟为安徽巡抚，移前，巡抚李续宜抚湖北，皆辞，诏还续宜安徽。己未，多隆阿克桐城。庚申，鲍超至抚州，寇走贵溪。辛酉，超奉檄救江北，遂还军。是日，水军克池州。丙寅，鲍超至南昌，闻安庆复，复还抚州。寇复得广东新寇，合大众将西。丙子，鲍军至贵溪，寇东走，追奔六十里，平寇垒七十，进复铅山。多隆阿移桐城军驱寇宿松、黄海、广济、蕲。李续宜收黄州，刘岳昭收随，岳昭军遂西。九月，曾国荃进攻无为，克之。戊申，克运漕镇。甲寅，争东关，克之。国藩移驻安庆。多隆阿将二万人收舒城、庐江，进攻庐州。李续宜部将蒋凝学等将万人屯六安、霍山。左军屯婺源。张运兰等屯徽州。李元度新军出广信。寇悉赴浙江，而皖北寇聚保庐州。国藩军分守安庆、枞阳、庐江、无为及运漕镇、东关，不足，乃令曾国荃益募军六千，谋进取。而左宗棠议大举援浙，鲍超、朱品隆等合军进攻宁国，凡五道并进，军势沛然矣。
天子新即位，群臣争上书言事，多推湘、楚军功，以为偏裨皆可督、抚，因益重国藩，颇訾论江西、浙江、江苏巡抚。诏国藩兼制浙江巡抚、提督以下，统江、浙四省，唯都兴阿、袁甲三不隶部中。国藩皇恐，三奏辞，不听，始议援浙。以江西湘军将屈蟠、王德榜、段起及水军孙昌国、徽防将张运兰，悉统于左宗棠，而以广信漕粮奏令宗棠征收饷军，又分河口、景德、婺源三局厘税益之。于是，苗沛霖攻破寿州，胁巡抚以要权，遂踞霍邱、怀远，以窥凤、颍。十一月，杭州陷，寇分犯徽州。张运兰先以疾归，其弟运桂领军城守，朱品隆、唐义训还军赴援。品隆、义训常合屯，不相能，及俱出军，隙益甚。品隆至城下，寇来战，军将不支，义训案兵不相救。国藩闻之，大怒，遣让义训曰：”湘军之所以无敌者，彼此相顾也。湘军将虽有仇，临陈未尝不相援，故有晨参商而夕赴救者。私怨，情也；公事，义也，尔独不闻知乎？朱镇危急，三促出军而不肯应，是乱湘军之制，而湘军由此败坏也。不急改者，将谁容汝？吾行军十年，视将士如子弟，至于执军法以诛败类，必有余矣。“又下檄品隆问状。义训、品隆惭惧相悔谢，同上书谢，请
自今辑睦。于是一月七捷，徽州围解。国藩以军势已振，朝廷乡用
专，而浙江全省地被寇，江苏士大夫朝夕请师，乃奏荐左宗棠、李鸿章、蒋益澧、李桓各授巡抚、布政使，又请命大臣督己军饷。朝命副都御史晏端书专开税局于广州。