城既屠毕，乃发各贼往诸山箐、各乡村，处处搜杀；所到之处，草木种绝，江河断流。其幼男幼女至三、四岁以外者，俱要过刀断命。若半岁、一二岁者，或投之井中、或投之火内、或弃道旁、或衬马足；或掷之半空，下用枪头迎穿其腹，以此为乐。每日寅时发兵出门，搜杀至酉时回营验功。所剁手掌，每贼二百双；比兆龄所定赏格，竟有踰百十倍者，可望等奖为好汉，汇名报献忠，躐等升赏。有一卒能杀百姓千余，即至左右都督。
所以后来贼营公侯伯将军，不可胜计，皆斩馘川蜀百姓首级之功也。后剿至五月回成都，各上功疏：平东一路，杀百姓男人五千九百八十八万零，女人九千五百万零，幼子女及屠城之数不计。抚南一路，杀百姓男人九千九百六十余万，妇女八千六百六十余万零，幼子女及屠城之数不计。安西一路，杀男人七千九百余万，女人八千八百余万，幼子女及屠城之数不计。定北一路，杀男人七千六百余万，女人九千四百余万，幼子女及屠城之数不计。献忠自领者，名御府老营，其数献忠自记，在外不得而知。尚有王尚礼在成都搜杀近城四面百姓，填之江中者不计。犹有振武、南厂、七星、虎贲、治平、虎威，中厂、八卦、三奇、隆兴、金戈、天讨、神策、三才、太平、志义、正兵、龙韬、豹韬、虎略、决胜、宣威等营分剿川北、川南两道斩杀之数，不得悉数，大约如可望等所报数。剿洗已毕，复命各将军分头四出，烧房屋、粮草；前发放火兵丁，后随遣心腹贼尾迹密查。如某一路某处房屋烧毁，尚有尺寸之木、未成灰烬，领兵与放火兵俱剥皮。某一路烧粮草兵丁，某处遗有米银一撮、草数束者，亦如前法。而营兵惨死，又不下二万余。有前营一哨头，号飞山虎，在眉州获一幼子，年十三岁，甚聪明，面庞娇秀；飞贼知为乡绅之子，忽起恻隐之心，不忍杀之。然恐同行诸贼出首，又不敢留养；是夜二更，暗纵之，藏于密林中。次日，又被搜山贼捉获；幼子言曰：「我是晚间某帐房放我出来」！冀此贼亦如前宥之也。不意此贼竟携入各营遍认，此子走入飞山虎帐中。众贼遂挟飞山虎出首，献忠大怒，命剐之。飞山虎大呼「张献忠」！骂不绝口。献忠命断其舌，敲落门牙，剜去两目，剖腹取出心肝，方死。
六月，献忠对众曰：「朕今将全川土寇削平，心腹之患除矣，朕决意北行。然到蜀定鼎三年，岂可无遗记留后。朕欲立碑高九尺，取朕居九五之位；宽四尺，言朕平定四方之意」。命内阁严锡命撰文，命工部王应龙监工督造，限一月报完。锡命具文以进。锡命，四川绵州人，丁丑进士。献忠至绵州，追杀马苛时，锡命首降；擢为内阁大学士，见必称严先生，礼貌甚优，锡命遂倾心焉。及碑成，献忠择七月二十二日建立，命工部官：碑面向北背南，锡命固争曰：「人君当正南面而立，何故向北」？遂主向南背北。献忠以其违旨，命廷杖一百二十。三日，死，投尸城外砂砾中。
一日，献忠召四路将军张可望、四路都督冯双礼、内外各营总兵王士奇、伪阁部汪兆龄曰：「咱自榆林起手，过黄河，走山西、河南、南直、湖广等处，其时随咱的好汉五百人。如高大府、猛如虎、孙军门、丁启睿、左良玉、罗代、黄闯子这样排军，一来就是一万、二万，被这五百人杀得七断八续的，那个不怕咱八大王之名。后来杨嗣昌统了天下兵马来剿，咱虽然在榖城招安，不过是借招安名色，便于收咱们玛瑙山失散的人，咱眼里何曾有他那督师来。这是你众人眼见的。而今收了这许多兵马到了四川，前年出汉中去，被贺珍几百残兵就杀败了。也不知是你们众头脑贪富，不肯用命；也不知这些新兵怀二心，不肯向前。咱想来兵在精而不在多，何故要这许多的无用蛮子，干甚幺？倒不如将这些半路收的杂人，尽行杀了，还是将咱陕西榆林、延安、固原、宁夏这一带起根的旧人留下。其中有家口多的，令亦杀了。各人伶伶俐俐的，要东就东、要西就西，有何不可。你等以为何如」？汪兆龄曰：「皇上之言最善。但而今皇上兵至百万，内收的排兵，也有老〈犭回〉〈犭回〉的、一斗粟的、曹操的、闯王的、瓦皆的、石蹋天的、闯蹋天的、混十万的，也有南直、河南一带掳入营的，百姓人心不一；万一机事不密，众兵预先鼓噪，将如之何？以臣愚见，莫若责内外各路将军都督，日夜发心腹旧人稽查营伍，凡有私言私语或马匹瘦弱及有纤毫过失者，不论曲直真假，即命缚之，仍按连坐之法，一人犯事，责之管队十长、五长及本兵同队之人，尽斩。如此，形迹不露，杀亦有名。不过一、二月，此辈不愁不尽。每过十日、半月，令刑部以各路各营犯罪被杀之人，汇数上闻。如有徇庇容留，斩杀数少者，诬领兵官以同谋反叛之罪；在皇上裁之」。献忠有方沉吟间，王尚礼同刑部尚书李时英奏曰：「兆龄所奏，真弭乱之法，望皇上急敕行之」。献忠即面谕内外各路将军都督，照此法定限，每日查犯兵汇奏。众将唯唯而退，回营即照此法行。