咱的意思，要将咱在南直庐州、舒城、安庆、太湖、宿松、河南邓州、光山、湖广襄阳、武昌、蕲、黄、汉、岳、长、宝、荆州并蜀川抢来的金银尚有千百万，都尽行发出去；见一个百姓，不管大小，每人赏他一个元窦，叫他们各人逃命去。咱们到了陕西，要往四川，还是咱的百姓」。兆龄曰：「皇上此言差矣。四川山水最险，人性刁恶；皇上入川未满二年，恩信未结。今舍之而去，彼必啸聚为乱，北拒剑阁、东扼瞿塘，川兵素称慓悍，那时恢复必费手矣。依臣愚见，莫若将城内百姓，无分良贱老幼，尽行剿杀。过此残腊，命内四路、外四路将军都督各统兵马分东西南北，凡府州县城百姓俱杀绝，房屋烧了；复发兵各山各乡，不分日夜，分头剿杀。立定赏格：凡剁男子手二百余双者，兵加把总，官进一级。剁女子手四百余双者，亦照前列升赏；幼小子女不算功。不如数者，以背叛、怀二心之罪加之。如房屋、榖米烧毁不尽者，其罚如前。如此，将全川成一赤地，土着不能啸聚。即别有觊觎此地者，目击荒烟蔓草，不能久驻。皇上舍之而去，臣等各将兵俱无留恋矣」。献忠大喜曰：「卿真忠臣也。此计甚善」。即传令内、外八路将领各领兵进城，搜缚在城百姓，俱押出南门，斩入江中，命先缚男子，妇女俱留在后。是时正值九月十五日，月明如昼，众贼申时进城，搜缚百姓。凡男人，两人缚一人，齐出南门外江边，随到随杀。
从十五日申时杀起，至十七日申时杀完。江水尽红，尸积如山，水淹至城脚丈余，涌塞不流；献忠命水手撑大船十余只，至下流推尸顺流，方得流通。血腥之气，闻数十里。男人杀尽后，将老幼妇女尽赶出城外，每贼一人，引妇女数百，至江边驱令自跳。号哭之声，闻数十里。其城内财宝金帛，堆积无数；各贼不敢私分毫，尽缴献忠，令王尚礼收库。献忠又虑州之东西南北府州县，若骤然发兵去剿，未必无漏网之人；且恐其中有啸聚结伙者，反致劳师。兆龄曰：「古云士为四民之首，这乡绅秀才以及释道医卜堪舆之辈，皆系民望。今莫若设立科举之法，行文各道，不拘乡绅贡监生员童生一切术士，齐调赴成都，假言皇上遴选真才，不拘资格，随才器使。凡府州县绅士人等系民望者，俱令地方官拘进城内住，立十家牌，令各属教官三日一点，如有一名托故不入城。及其本身入城、家口寄住乡山者，实时拏解正法。俟各处绅士齐集，然后设法杀之；则首倡作乱之人尽去，百姓虽多，各自为心、自保自家，自然啸聚不起。皇上然后发兵四出，依臣前奏，分头剿杀，根株未有不尽者」。献忠即命速行。及至十月中旬，各绅士前后俱到，一家有父母祖孙齐来者、有随带子侄应召者；送考教官不下千余员，随行仆从不下万余人。献忠命俱收大慈寺中，每日用骁贼千余保守寺门，每日兆龄点一次，寺内又令四城兵马正副二员随带甲士千人，日夜巡缉。有同坐偶语者，即令兵马司登时绑出东门斩首。到十一月初九日，献忠差伪中书一员，捧伪旨到寺云：「岁当除夕，各生在寺守候日久。朕万几不暇，遴才不及，今敕各属教官将诸生□领肄业，俟来年春和，你部再行调取赴省」，诸绅士皆知其诈，然既入罗网，有翼难飞，听之而已。次日黎明，伪阁部汪兆龄戎装入寺中，正坐，持牌一面，上书某处绅士生童随牌出寺门；各贼俱全装披挂，手执利刃棍棒，围绕数层，将诸生圈于街中，随牌驱逐疾走，由东门出，到城外卓锦桥。献忠带甲士万余，横踞桥中，□□罗拜桥下。拜未毕，实时乱刀砍死，弃尸桥下，顺流而去。如此依次出、依次杀，从寅时杀起，至申时杀完，约数万有余。兆龄复请降旨行文各省，诬被杀诸生以到省应考，见羁日久，口出怨言，意欲为乱；令各属地方官将各生家口亲戚，齐械系赴省问罪。献忠准奏，即令兆龄行文拘取。不一月间，尽解到成都。内有绅士眷属，被贼差沿途淫污、不堪凌辱，或投河投井、或自缢自刎，尸填沟壑，无敢掩瘗。其解到家口尽斩，其数不止三十余万。
至次年丙戌正月初十日，献忠传令将川中各卫所军余并收川营兵，除年十四以上者留营，其余成丁老弱，不拘男妇，尽命杀之。自初十日起、至十五日止，各路呈报杀过川兵册开：卫军七十五万有奇，家口不计；川兵二十三万有奇，家口三十二万余。成都北门外威凤山起、至南门桐子园止，绵亘七十余里，尸骨堆积，臭闻百里外。十六日，命平东将军张可望、抚南将军张文秀、安西将军张定国、定北将军张能奇各领贼兵，分头四出；献忠统领伪指挥千百户、伪禁丁羽林之众二十余万，督阵分发成都府三十六州县地方。剿杀百姓，限三月尽复命。可望等星夜前往，每日屠戮四、五城，或七、八城；不过旬日，三十六州县俱己屠完，每一城户口多者千百万、少者亦数百万。