东洋若吕宋、苏禄诸国，西洋暹罗、占城诸国及安南、交趾，皆我羁縻属国无侵叛，故商舶不为禁（东洋有吕宋、屋同沙瑶、玳瑁、宿雾文来、南旺、大港、呐哔啴、磨荖英、笔架山密雁、中邦、以宁、麻里吕、米六合、高药武运、福河仑、岸塘、吕蓬；西洋有下港、暹罗、旧港、交趾、柬埔寨、丁机宜、顺塔、占城、麻六甲、顺化、大泥、乌汀礁林、新州、哑齐、交〈口留〉吧哪、彭西宁、陆坤、占陂、高趾州、篱木、高堤里邻、吉连单、柔佛、吉宁邦日隶、安丁义里、迟闷、苏禄、班隘；又有鸡笼、淡水，不系东西洋船数），而特严禁贩日本者，比于通番接济之例。
先是海澄未置县时，有靖海馆，以通判一员司巡缉，其后请设海防同知，易靖海馆为海防馆。万历二年，巡抚刘尧诲题请舶税充饷，岁以六千两为额，委海防同知专督理之，刊海税禁约一十七事（时海防同知沈植条陈）。其禁压冬议，以为过洋之船，以东北风去，西南风回，虽回缓亦不过夏。惟自倭回者，必候九、十月间风汛，且日本无货，只有金银。凡船至九、十月方回又无货物者，明系展转交倭，纵有给引，仍坐以通倭罪；同〈舟宗〉船伙及澳甲等许其举首给赏之。于时凡贩东西二洋、鸡笼、淡水诸番及广东高、雷州、北港等处商渔船引俱海防官为管给，每引纳税银多寡有差，名曰“引税”（东西洋每引纳税银三两，鸡笼、淡水及广东引纳税银一两，其后加增东西洋税银六两，鸡笼、淡水税银二两；万历十八年，革商渔文引，归沿海州县给发，惟番引仍旧）。每请引百张为率，随告随给，尽即请继，原未定其地，而亦未限其船。十七年，巡抚周辨议将东西二洋番舶题定只数，岁限八十八只，给引如之。后以引数有限，而私贩者多，增至百一十引矣。
其征税之规，有水饷，有陆饷，有加增饷。水饷者，以船之广狭为准，其饷出于船商。陆饷者，以货之多寡计值征饷，其饷出于铺商。又虑有藏匿，禁船毋辄起货，以铺商所接买货物应税之数给号票，令就船完纳而后许鬻卖焉（西洋船面阔一丈六尺以上者，征饷银五两，每多一尺，加银五钱。东洋船颇小，量减西洋十分之三。陆饷：胡椒、苏木等货计值银一两者，征饷银二分。鸡笼、淡水名曰小番，地近船小，每船面阔一尺，征水饷银五钱，陆饷亦如东西二洋之例）。加增饷者，东洋中有吕宋，其地无出产，番人率用银钱（钱用银铸造，字用番文，九六成色，漳人今多用之）易货，船多空回，即有货亦无几，故商贩回澳，征抽水、陆二饷外，属吕宋船者，每船另追银百五十两，谓之加增（后各商苦难输纳，万历十八年量减，止征一百二十两）。每年至五六月、七八月间，风汛届期，各商船回至海外，俱由南澳、浯铜诸水寨及岛尾、濠门、海门各巡简司信地经过，随报府县及海防馆逐程拨船护送防寇掠，其实稽察隐匿饷税者云。
自万历四年，饷溢额至一万两，刊入章程录。至十一年，累增至二万两有余。二十一年，报倭警，禁止通贩，而海滨民苦为生难，辄违禁私下海，或假借县给买榖捕鱼之引故越贩。于是巡抚诈孚远深念之，恐复为变如嘉靖时，出示招谕，凡留贩人船，不论从前有引无引、日远日近，俱准驾回照例报官纳饷，一切私通及压冬情罪悉宥免。是时越贩商人胡台、谢楠等二十四船，闻抚绥令，皆驾船回澳报饷，与正引之商一例征纳。二十二年，饷骤益至二万九千余两。然则海民趋利之情，与商舶通塞之利病，其大略可睹矣。
其后当事者疑税饷多寡，海门馆所报不尽实，始议仿各处关税之例，岁委各府佐贰官一员轮管之，示清核毋专利窟。而泉州以兵饷告匮，分巡兴泉道建议于泉州中左所设官抽饷，如漳之海防例，令漳民贩西洋，泉民贩东洋，毋相搀越。事并下府议。时漳民纷争不便，乃具详言‘本府属县岁派额饷数少，民又多逋，军需往往告匮，即隆庆间开设海澄舶税，仅数千金，万历间增至一万两，以此佐之，犹且不敷，动请司饷济给，考之累年，各请发司饷二万两，往牒具在也。迨十三年以后，舶税增至二万余两，兼以概府尺土半廛凡属官者，靡不括以充饷，即铁炉、牛行、渡船、网税，搜无遗利，始免仰给司帑，然亦必县饷、舶税尽数征完，方克有济。查见在十县饷额共三万七千七百九十余两，凑舶税二万余两，大都在六万上下，而水陆官兵月粮、修船、置器、犒赏诸费，岁不下六万两。如万历二十一年禁海饷绌，则括府县帑藏及借诸站剩等银支用，岂有赢余积藏于库哉？漳、泉均为海郡，兵饷并属吃紧，饷在漳则漳利，饷在泉则泉利，其便均也，漳饷匮则请在漳，泉饷匮则请在泉，其不便亦均也。今欲以东西洋分属漳、泉，割漳饷以赡泉兵，不惟漳之兵食无所措给，从此私贩之徒缘为奸利、不漳不泉、东影西射、公然四出、不可究诘者，又当什百于昔日。本府筹之未见善画，在彼府计其无弊何如耳’。惟是榷税不专责于海防官，听上裁，于是漳、泉分贩议罢不行，而题请改设饷馆，给关防。
第今东南隐患，又不但此。顷抚臣奏言：‘闽地斥卤硗埆，田不供食，以海为生、以洋舶为家者，十而九也。况今军需国课半取给于市艘，岂能禁之不去？但奸民有假给由引、私造大船、越贩日本者矣，其去也以一倍而博百倍之息，其来也又以一倍而博百倍之息。愚民蹈利如鹜，其于凌风破浪，直偃息视之。违禁私通，日益月盛。有暗结婚姻，有私受夷职，甚者或卖船以资敌。我无晋魏绛之五利，而彼饶中行说之三窟，长此安穷？况今琉球告急，属国为俘，而沿海奸民扬帆无忌，万一倭奴窃据，窥及鸡笼、淡水，此辈或从而勾引之，门庭之寇，可不为大忧乎！请申饬沿海清查由引，严禁压冬，不许私造违式大船，及以引饷事权归海道管核便’。下兵部覆，如议行。而沿海民大黠猾及凭藉有势力者，借东西洋由引而潜趋日本，时时有之，禁虽严，未全戢。
论曰：海舶非正赋也，而志之赋役何居？嘉隆之际，月港之乱，余不忍闻焉。自设县弛海以来，使穣穣者骛于利，潜销磨其不逞，吾又得操其什一以资军匮，庸讵非算乎？顾今东西洋利寖薄，贾人侵假而阑入倭境，又重设额外之征，横征敛以困辱之。兽穷则逸，鸟穷则攫，况轻悍习乱者，其又曷不至焉！呜乎！谨衣袽者念之哉！