毛文龙之伏诛未几，熹宗崩，忠贤伏诛，廷臣争请召崇焕。明年，崇焕复起视师，上言：‘恢复之策，守为正着，战为奇着，和为旁着。法在渐不在骤，在实不在虚’。且言：‘愿假便宜，计五年全辽可复’。当是时，毛文龙以总兵设镇皮岛，自天命以来，数侵扰辽东，为本朝患，然短于将略，战辄不利，岁糜饷无算，前后章奏多虚张失实，又桀骜自用，部下健卒不下二万余。崇焕恐其跋扈难制，甫受事即欲诛之。天聪三年六月，乃伏甲，邀文龙校射，比其至，遽命去冠带，执絷缚，数以斩罪十二，遂诛文龙。明廷方倚崇焕，得报亦不之罪。文龙既死，岛弁失主师，心渐携，益不可用。其后遂有叛去者，而崇焕亦卒以是见疑于朝廷。
旅顺及沿岸诸岛之降服是时本朝疆域虽西跨辽河，奄有辽东半岛，然旅顺及沿岸群岛尚为明诸将所守。毛文龙既诛，其部将孔有德、耿仲明等走入登州。当大凌河之告急也，登莱巡抚孙元化遣有德等赴援，中道粮绝，士卒鼓谔噪，劫有德反。有德乃还据登州，寻为官军所困，偕仲明等突围航海至旅顺，总兵黄龙邀击之，擒斩数人，有德、仲明走降本朝。天聪七年（一六三三年），乃导诸贝勒大臣，督步骑万余攻击旅顺，龙数战皆败，竟以械尽自杀。广鹿岛（光禄岛）副将尚可喜，故与龙相犄角，及旅顺不守，亦降。自是诸岛虽有残卒，不能成军，明廷亦不复置帅，以登莱总兵遥领之而已。及大军再克朝鲜，皮岛势益孤，有德等夹攻之，守岛总兵沈世奎战死，皮岛亦平。
腹地之深入先是内蒙古诸部，既次第附本朝，独察哈尔岁受明赂百余万，数侵掠他部，为本朝敌。太宗累岁用兵辽西，而宁、锦诸城守御甚严，旦夕不能下，遂以天聪六年（一六三二年）移军征察哈尔部，部长林丹汗率众西遁。自是大军得自由出入长城诸口，往来直隶、山西间，势力及于黄河沿岸。
及天聪九年（一六三五年），贝勒多尔衮等收察哈尔部落，得元人所遗之中国传国玺，乃以明年为崇德元年，改国号曰大清。群臣恭上尊号曰宽温仁圣皇帝，独朝鲜不乐推戴，且有违言。太宗将亲征之，而又恐明兵之议其后，乃以是秋命郡王阿济格等分道入边，会于延庆州，连下畿内州县，凡克十二城，五十六战皆捷，俘人畜十有八万。明督师兵部尚书张凤翼、宣大总督梁廷栋皆按兵不敢战，日服大黄药求死。大军从容出冷口凯旋，于是专力逼朝鲜；王始决意绝明，受本朝册封，时崇德二年（一六三七年）也。三年（一六三八年）八月，乃命睿亲王多尔衮等率左翼军、贝勒岳托等率右翼军，分道伐明。于是右翼军入墙子岭，左翼军入青山口，至通州合军。是时明廷议论，兵部尚书杨嗣昌、总监中官高起潜主和，督师卢象升主战，相持不下，会大军分三路深入，一由涞水趋易州，一由新城攻雄县，一由定兴攻安肃，象升闻之，从涿州进据保定，遣诸将分道出御，大战于庆都；犹未败衄，而一时列城多望风失守。象升又为嗣昌所扼，兵单饷缺，将士苦饥，自知必死，晨出帐四面拜曰：‘吾与将士同受国恩，患不得死，不患不得生’。众皆感泣，旋进至钜鹿，起潜拥重兵相去五十里，不救。象升督残卒五千，血战两日，炮尽矢穷，犹手格数十人乃死。大军游弋畿辅，破城四十有八。四年（一六三九年）正月，遂自东昌渡运河，直趣济南。时山东众兵皆屯德州，济南无备，德王由枢以城溃被执。二月，大军还至天津，值运河水涨，辎重绵亘难渡，而明诸将相顾束手，无敢袭击者。数日，大军始毕渡北还。德王至盛京，太宗即命上书北京请和，仍不报，方多尔衮等之入边也，太宗亦亲攻关外诸城以牵制之。是年正月，乃督降将孔有德、耿仲明、尚可喜等各携大炮围攻松山，副将金国凤死守不下。有德等复请穴地攻之，竟以无功解围；遂分兵往略锦州、宁远，扰其耕获。
松山及锦州之降自天聪三年以来，大军连年入塞，而所破州县皆不能守，则以山海关重兵阻隔东西通路之故。太宗知山海关不下，不能争中原，而宁锦诸城不破，不能得山海关，故于崇德五年（一六四零年）即命亲王大臣更番出师，分扰松、杏、宁、锦间；而相持旷岁，未有成功。及明年，当郑亲王济尔哈朗更番往代之期，乃申谕军士，期以必克。先是祖大寿归自大凌河，复背约，督兵任锦州城守，而用蒙古兵分守外城；及大军进攻，蒙古兵惧而约降，与内兵格斗，外城遂溃。于是蓟辽总督洪承畴、辽东巡抚邱民仰，率曹变蛟、王廷臣、吴三桂以下总兵八员、军十三万，集宁远。大寿遣卒自锦州逸出，传语‘以车营逼敌，毋轻战’！承畴等方持重未发，而朝议以师老财匮，遣职方郎中张若麒就行营计议。若麒至，则密请降旨趣战。承畴乃屯辎重塔山（锦州城西南六十里）、杏山间，而以兵六万先进，诸军继之，阵松山城北之乳峰，距锦州五六里。太宗得报，亲统大军赴援，环松山而军，且遣别军夺其塔山之积聚。明军粮竭，士无斗志，三桂等六总兵先后引退，将越杏山走宁远；而伏兵沿途邀击，军士蹈海死者不可胜计，变蛟、廷臣亦敛兵入松山，与承畴、民仰困守。至明年（一六四一年）二月，松山被围已半年，城中食尽，副将夏承德密遣质子出城约降，大军如期攻之，城遂拔，承畴被擒，民仰、变蛟、廷臣皆死之。时锦州粮亦尽，人相食，祖大寿战守计穷，又闻松山已失，遂以城降，杏山、塔山亦下。于是关外重镇自宁远以外，无有存焉者矣。承畴被俘至盛京，太宗遣汉军范文程觇之，承畴初谩骂，既而数数拂拭衣尘。文程归报曰：‘承畴不死矣！一衣犹爱惜若此，况其身耶’！后竟降。时败报达北京，或传承畴已死，思宗惊悼甚，设坛都城，赐祭十六次，且将亲奠；已而闻其降，乃止。
和议不成之故明自万历时，岁征辽饷六百六十万，崇祯中，复加剿饷二百八十万、练饷七百二十万，竭天下兵饷大半以事关东，于是民不堪命，群起为盗；或百万，或数十万，所在暴动，称为流寇。北京舆论于流寇或有主抚者，而于本朝则始终不肯言和。袁崇焕既以议和罹间死，及大军追逐察哈尔汗道经山西时，大同巡抚沈棨亦以私缔和约被逮。太宗虽数遗玺书请罢兵，而皆为有司所格，不得上达。及是，兵部尚书陈新甲屡以国力困敝为言，思宗亦知不敌，密以和议委之。新甲乃遣使持书至盛京议款，得本朝答书而还，其事甚秘，外廷不得闻，已而语泄，言路哗然，新甲竟以此得罪，和议遂绝；而降人仕本朝者如祖可法辈，亦以为和成则中国得阴修战备，而八旗劲旅反习逸忘劳，非计之得者。时三桂犹拒守宁远，边防未撤，可法因献攻心扼吭之策，谓入塞绝运河粮道，则北京立困；先取山海关，则关外诸城唾手可得。是年十月，太宗复遣两翼军毁长城而入，遂自蓟州分道南下，畿南、山东列城不守者凡八十有八，大军直抵兖州。八年（一六四三年）二月，自山东还至近畿，车驼亘三百余里。时勤王兵皆集通州，督师大学士周延儒敛迹不战，而日腾章报捷。及大军至怀柔县境，蓟辽总督赵光拚始会诸军邀战于县北之螺山，旋亦溃走。是时关内外千里之间有总督四、巡抚六、总兵八，又有监督太监握重兵相牵制，故事权不一，战守无所施；而流寇且复长驱犯阙，促明之亡。是年八月，太宗文皇帝崩，世祖章皇帝以冲龄嗣位。值吴三桂乞师讨贼，启关迎降；而后两朝未竟之志伸，奄有九有之业始矣。