及化贞捷奏入，举朝大喜，议令诸镇海陆并进，相机规复，而趣廷弼出关节制其间。廷弼贻书京师，言：‘兵力未集，文龙发之太早，乱三方并进之谋，误属国连络之算；目为奇功，乃奇祸耳’。举朝皆不直之，阴党化贞者益多。自八月至于十一月，化贞凡五出师，辄以无功引还，廷弼乞敕化贞慎重举止。化贞上言：‘愿得六万兵一举荡平’。是时大学士叶向高，化贞座主也，颇右之。廷议令化贞毋受廷弼节制。于是朝臣自阁部逮言官皆助化贞，其表同情于廷弼者数人而已。熹宗令群臣议两人去留，议未决而太祖已督兵渡河围西平堡（广宁县境，东距辽河二十里），守将罗一贯以城溃战没。时天启二年正月，而天命七年（一六二二年）也。
广宁之降于是化贞用游击孙得功谋，尽发广宁兵畀之，使偕祖大寿会别军往援。至平阳桥堡（广宁城东南一百二十里），甫交战，得功先奔，别军亦溃，祖大寿走觉华岛（今菊花岛，在辽东湾西侧）。太祖方顿军沙岭（广宁东南一百五十里）不进，而得功阴为内应，扬言敌已薄城，居人惊溃。化贞不知所为，踉跄西走，至大凌河，遇廷弼哭。廷弼哂曰：‘六万众一举荡平竟何如’？乃以所部五千人授之，使为殿，尽焚积聚，护难民先后入关。得功以广宁迎降，太祖整军入，而化贞已走二日矣；遂进克义州，其余城堡望风降者凡四十余，乃留诸贝勒守广宁，而尽迁辽西降人于河东。北京政府逮化贞，兼罢廷弼听勘。狱具，二人并论死。
孙承宗、袁崇焕之布置先是邵武知县袁崇焕以边才被举，破格擢兵部主事。及广宁师溃，王在晋继廷弼筹边，议专守山海关。崇焕即单骑出关，遍阅形势，还言：‘予我军马钱榖，我一人足守此’。廷议壮之，进擢佥事，使监军关外。崇焕至，则经理军事、安置游民，夜行荆棘猛兽间，诸将称其勇。既而在晋议于关外八里铺筑重关，置兵四万守之；崇焕以为非策，议当守宁远，政府不能决。大学士孙承宗请身往定之，竟是崇焕议。归言在晋不足任，乞自往督师。承宗才不下廷弼，而器度过之。比之任，乃使崇焕筑宁远城，守关外地二百余里。又修复城堡数十，练兵十余万，造甲仗无算，开屯田五千顷，而崇焕亦忠勤称职，誓与宁远共存亡。由是远近归赴，竟成巨镇。至天命十年（一六二五），承宗复命诸将分戍锦州大小凌河、松山、杏山诸要害，扩地复二百里，几恢复辽河以西旧地。
宁远之役太祖自征服辽阳后，命于城东五里营新城，备宫阙之制，建为东京。既而知沈阳形势尤要，复下迁都之议。谕言沈阳形胜地，若有事明边，则西渡辽河，路直且近；北伐蒙古，则二、三日可入其境；南征朝鲜，则可由清河路以进。于是就建新都，于天命十年（一六二五年）三月迁焉，是为盛京。比岁既有事建筑，复值承宗在边，无懈可击，而毛文龙又数遣部将侵扰鸭绿江沿岸及长白山左右以相牵制，故终承宗督师之日，明边未尝被兵。承宗功既高，内为阉党所忌，日夜相排挤，竟于是年十月去之，而代以高第。第素恇怯，以关外为不可守，乃尽撤要害诸城守具及将士入关，委粟十余万石，死亡载道，并欲撤宁远、前屯（前屯卫城在宁远城西南百三十里）二城。袁崇焕方为宁前道，誓死不去。太祖察形势既变，以天命十一年（一六二六年）大举渡辽，抵宁远，绕出城西南，横截山海关通路而军。崇焕偕大将满桂等刺血誓师，坚壁清野以俟；诘城中间谍，又檄关上守将：‘宁远将士有逃至者悉斩’！人心始定。翌日，大军进攻，戴盾穴城，矢石雨下不退。崇焕令闽兵发西洋巨炮，一发伤数百人，再次再却，围遂解。太祖二十五岁用兵以来，战无不胜、次无不克，独于宁远一城卒不能下，不怿者累日。时明关外军饷，皆以海运积觉华岛。太祖乃遣兵袭之，悉焚其舟车粮草而还。经略高第、总兵杨麒拥兵不救，明廷闻之，削第、麒职，以王之臣、赵率教代之，而擢崇焕巡抚宁远。是年八月，太祖高皇帝崩，太宗文皇帝嗣位，以明年为天聪元年。
和议之相左宁远围解，崇焕意渐骄，疏请移满桂于他镇，而王之臣持不可，以是有隙。朝廷虑其偾库，乃移之臣督关内，而以关外专任崇焕。自锦州大小凌河诸城守具既撤，宁远无外障，崇焕数欲乘间修复以备持久，及闻本朝遭大丧，因欲藉外交政策为缓兵之计，且欲利用宗教势力为和议之介绍。于是遣使偕剌麻僧一人致吊，微示修好之意，因以觇虚实。是时太宗方将用兵朝鲜，亦欲藉和议羁縻中国，得专力南下。自是使命往复，各主张己国之权利，互相要求，以为议和之条件。今据当时两国外交文书，条其大要如左：
（甲）本朝所要求者
（一）偿金及岁币明廷当以金十万两、银百万两、缎百万匹、布千万匹，为修好之礼。既和之后，明每岁当纳金一万两、银十万两、缎十万匹、布三十万匹，而本朝亦愿以东珠、貂皮、人参若干相报。
（二）分定国界山海关以内归明，辽河以东归本朝。凡辽西地方所有城堡，明人不得加以修葺。
（三）修正国书格式凡两国通问书式，明皇帝不得与天并列，而明诸臣亦不得与本朝尊号并列，各当递降一格。
（乙）崇焕所要求者
（一）辽东之还付本朝当将已经占领之辽东地方及所俘获之官民男妇等酌议还付。
（二）朝鲜之撤兵本朝当撤回征伐朝鲜之兵，并约以后不再用兵该国。
宁、锦之攻守时明已召王之臣还朝，罢经略不设，以关内外尽属崇焕。及和议闻，朝旨以为非计，数相戒谕；崇焕虽持之甚坚，而两国意见相左，不得要领，乃汲汲修诸城守备。而本朝南下之师所至大捷，朝鲜举国乞降，以天聪元年四月凯旋。自是形势又一变，和议遂破。五月，乃大举攻辽西。时大凌河城工未毕，总兵赵率教守锦州，大军围之不克，乃移薄宁远，军城北。崇焕令诸将背城据濠，列车营火器以拒，大军佯退诱之，明兵坚垒不动。于是攻城既不下，野战又不克，复回攻锦州，濠广不得进，士卒死伤甚多，乃毁大小凌河二城而还，时称宁、锦大捷。而魏忠贤乃使其党，论崇焕不救锦州为暮气。崇焕罢归，以王之臣代之，复议撤锦州，专守宁远。