通省之乡绅、举贡生员、文武兵民、黄童白叟，万口同声，皆知其堪任水师提督也。臣任藩司时，统领韩大任标兵、并臣自缮兵救援漳州，即以为海贼异常猖獗，水师提督亟须得人，保举施琅，具启康亲王，并通详宁海将军喇、镇平将军耿、刑部尚书介、礼部侍郎吴、总督郎、巡抚杨在案。后闻施有子有侄在海，且当日撤回原自有因，臣亦不敢力保。臣同平南将军商议云：施琅即有一子在海，尚有六子在京，其京中家口数百，岂肯为一子而舍六个儿子与数百口家眷乎！今水师提督愈选愈难，北风将至，大举及期，若再所调船只不多，攻击不胜，转盼又是一年，糜费数百万钱粮，纵贼养痈，遗累百姓，臣罪竟无底止矣。此时断难缄默，伏乞皇上蚤赐定夺。谨具疏密题。康熙十八年六月’。
第二荐疏略云：‘保举原任水师提督施琅，如蒙皇上俞允，祈即命施琅驰驿星赴江南，面验鸟船。江、浙之船，果否堪令闽省官兵统带至闽？并令兼程赴闽，酌议现在船只是否足用？彼以曾破厦门之官，轻车熟路，一言可决，实胜臣等揣摹忆度之词万万矣。如以水师提督已补万（正色），查调任水师提督王以定海将军管提督事，则施琅曾受国恩授靖海将军或命施琅以将军总统水师事务，则将军、提督可并收得人之效矣。至广东应否添立水师、万正色可否移调广东，仰祈皇上睿裁。臣会同巡抚臣吴（兴祚）、将军管提督事臣杨（捷）合疏密题，伏祈敕议施行。康熙十八年七月’。
据上二疏，则排除万正色为福建水师提督而力荐施琅为福建水师提督，全出于姚启圣之密奏。此书抑姚扬施，姚之荐施没而不载，似施琅受清圣祖特达之知，而下文施琅贪功揽权之劣迹，乃可以掩饰而不露矣。
八月戊子（初八日），调浙江平阳总兵官朱天贵赴福建。
总督姚启圣奏：臣军前所有舟师，乃平阳总兵官朱天贵旧部；若令他人统辖，恐一时未能驯习。且天贵声名素为海寇所惮，来归之时已与贼相攻成仇；今若令将原军，必能竭力图报。请敕下浙江总督，速发天贵并原带部下精兵三百人至福建，同臣等协力进剿。上报可。
十月丙午（二十七日），命总督姚启圣同提督施琅帅师进剿。
琅奏：督、抚均有封疆重寄。今姚启圣、吴兴祚俱决意进兵，臣职领水师，征剿事宜理当独任。但二臣词意恳切，非臣所能禁止，且未奉有督、抚同进之旨，相应奏闻，恭请睿裁。上谕：总督姚启圣统辖福建全省兵马，同提督施琅进取彭湖、台湾；巡抚吴兴祚有刑名钱榖诸务，不必进剿。
十二月辛巳（初二日），命加从征台湾各官秩。
先是，上允总督姚启圣奏，于部例外另立赏格罚例，以激劝将士。至是，启圣请加进剿官员级，兵部议不准行。上谕：见在荡平海寇，进取台湾官员可各加一级。
康熙二十一年（一六八二）四月甲午（十七日），命总督姚启圣等审度海寇情形，酌行剿抚。
先是，提督施琅奏：贼〈舟宗〉久泊彭湖，悉力固守。当此冬春之际，飓风时发，我舟骤难过洋。臣见在练习水师，又遣间谍通臣旧时部曲，使为内应。请俟明年三、四月间进兵，可获全胜。上允之。至是，琅又奏：夏至南风盛发，不可进兵，请至十月大举。上命议政王贝勒大臣集议。议政王等奏言：师期不便屡迁，应檄姚启圣、施琅克期于夏至后进取台湾。上谕：进剿海寇，关系重大，总督姚启圣、提督施琅身在地方，务将海上形势、贼中情状审察确实，如有必可破剿机宜，即协谋合虑，酌行剿抚，毋失事会。
五月戊辰（二十一日），命福建将帅诸臣防守陆路隘口。
上谕议政王等曰：据报，总督姚启圣、提督施琅于五月初四日帅师进取台湾。大兵启行之后，金门、厦门及陆路诸隘口所关甚要，速移文福建将军、巡抚、陆路提督、总兵官等，务期有裨地方，协志和衷，严加防御，以固守要隘。
乙亥（二十八日），命总督姚启圣等相机进剿。
安塘笔帖式报称：大兵进取台湾，以风大不得前，总督姚启圣尚驻铜山、提督施琅移泊云霄。闻海贼刘国轩等扼守彭湖诸隘，瞷我兵前进，即抄袭其后。于是议政王等会议，请檄总督姚启圣、提督施琅，若目前风大，未便进剿，即统官兵回汛，整饬舟师，相机再举。上报可。
八月壬寅（二十七日），命撤还福建满兵。
总督姚启圣奏：闽省有绿旗官兵，又有汉军甲兵，进取台湾、防守地方，业已足用，且机会难定，糜饷实多，大兵似宜撤回。上命将军喇哈达等尽率福建大兵还京师。十月己卯（初六日），命总督姚启圣等催办粮饷。
提督施琅奏：臣于水师营中简选精兵二万余人、战船三百艘，已足破灭海寇，请令督、抚趣办粮饷给臣军，而独任臣以讨贼，无拘时日。臣整理舟师，时加操练，但遇风利，即可进兵。上谕：提督施琅既请以讨寇自任，总督姚启圣可停其进剿，同巡抚吴兴祚趣办粮饷，勿致稽误。前姚启圣具题功罪定例，付施琅遵行。