总督姚启圣奏：臣等前遣人往伪总督朱天贵，天贵已约期来降，因家口俱在厦门，迟回未即至。今厦门既克，逆贼郑锦等皆窜还台湾，而天贵独留南澳。臣等奉大将军康亲王密谕，复遣人前往招抚，天贵果倾心归顺，率伪文武官六百余人、兵二万余人、大小船三百余艘，于五月十九日已抵海澄。上谕：朱天贵率领伪属官兵船艘倾心向化，深为可嘉，从优授为左都督，遇总兵官缺即行补用。寻授天贵为浙江平阳总兵官。
八月庚申（初四日），命将军喇哈达等帅师镇守福州、漳州。
侍郎温代等奏：今逆贼败遁未久，且投诚人员甚多，不便多撤大兵，宜以一千人守福州、一千人守漳州。上谕令将军喇哈达、副都统马思文率兵一千守福州，副都统纪尔他布吴申巴图鲁率兵一千守漳州，俱听〈口赖〉哈达总辖。尚书介山、侍郎吴努春率兵一千还京师。
设官兵防守金门、厦门诸处。
侍郎温代等奏：金门、厦门、铜山、海坛各设总兵官一员、兵三千，闽安镇设副将一员、兵二千，铜山设副将一员、兵一千，俱听提督万正色统辖。正色自帅兵三千驻海澄，仍拨标兵二千协守厦门。其南澳不必设兵，如有贼寇屯据，令闽、粤二省会师剿灭。浯屿、围头、永宁、日湖、獭窟、平海、烽火门诸处作何拨兵防守？听该总督、巡抚、提督等酌量而行。上报可。
辛酉（初五日），命福建督、抚、提督等招抚彭湖、台湾诸寇。
先是，总督姚启圣欲待荷兰船至，然后兴师。及提督万正色等进兵克海坛、厦门、金门，启圣复奏请身往彭湖、台湾攻取。上命与巡抚、提督等详议具奏。正色因奏言：彭湖远悬外洋，仅有三澳可泊，且港口迫狭，不能联舟而进。台湾乃外国荒远之区，其隘口浅狭，仅可方舟，一人守险，万夫莫开。卒遇风涛，驻泊无所，粮运不继，将为大忧。今逆贼郑锦等窜处台湾，分遣伪镇，已扼澎湖之险。并力穷追，或成困斗；徐行招纳，必自归诚。况闽海残黎既遭饥馑，又苦借派，息兵休民，犹恐未靖；劳师动众，将何以安。臣愚，窃谓今日之计，宜沿海设戍，以固疆隅，不可轻议进兵，以滋劳扰。启圣又奏：郑锦不灭，则广东、浙江、福建山海之寇终难殄绝。臣愿亲督水师进取台湾。上谕：台湾应否进取，令侍郎温代会同尚书介山、侍郎吴努春、总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督杨捷、万正色等速行确议以闻。至是，温代等奏覆：宜如正色言。上谕：台湾、澎湖暂停兵，令该总督、巡抚、提督等招抚贼寇。如有进取机宜，仍令明晰具奏。
卷三
康熙二十年（一六八一）二月辛卯（初七日），命展沿海边界。
总督姚启圣、巡抚吴兴祚先后具疏请开边界，俾沿海人民复业。上命议政王贝勒大臣集议。议政王等奏言：前经大将军康亲王等奏请，已令展界。嗣因海寇窃据海澄，复迁边界，移居民于内地。今金、厦虽复，贼渠未灭，事关重要，应令福建总督、巡抚、提督定议奏闻。上谕：金门、厦门诸处已设官兵防守，应如该督、抚所题，照旧展界。如有奸民借此通贼者，仍令严行察缉。
六月戊子（初七日），命总督姚启圣等规定彭湖、台湾。
启圣等奏：侦得逆贼郑锦已于正月二十七日身死，其长子为众所杀，伪侍卫冯锡范立锦次子克塽，锡范婿也。上谕：郑锦既伏冥诛，贼中必乘离扰乱，宜乘机规定彭湖、台湾。总督姚启圣、巡抚吴兴祚、提督诺迈、万正色等其与将军喇哈达、侍郎吴努春同心合志，分派绿旗舟师酌量前进，务期剿抚并用，底定海疆，毋误事机。
七月己卯（二十八日），命原任右都督施琅为福建水师提督，帅舟师进取彭湖、台湾。
上谕议政王等曰：今诸路逆贼俱已歼除，应以见在舟师破灭海贼。原任右都督施琅系海上投诚，且曾任福建水师提督，熟悉彼处地利、海寇情形，可仍以右都督充福建水师提督总兵官，加太子少保，前往福建。到日即与将军、总督、巡抚、提督商酌，克期领舟师进取彭湖、台湾。其万正色改为陆路提督，诺迈还京候补。
朱逖先先生曰：施琅之初任福建水师提督，由于海澄公黄梧之荐（见逆臣传中郑芝龙传）。此次复任福建水师提督，则由于姚启圣之荐。此事他书均未载，惟海上见闻录卷二云：‘总督姚上疏请攻台湾，力荐内大臣施琅可任水师提督。万提督（正色）言台湾难攻，且不必攻。朝命召见施琅，仍以靖海将军充水师提督，改万正色为陆师提督’。见闻录所记，颇多确实可信。
姚启圣之荐施琅，其奏疏今存于姚氏忧畏轩奏疏卷三。第一奏疏略云：‘题为特举能臣蚤靖海氛事：目下剿贼平海，全赖水师提督一官。今陆路既不能冲击矣，如水师战胜，贼自败走台湾；如水师不胜，贼仍盘踞厦门。是总督、巡抚、陆路提督不过相助为理，而决胜成功，实水师提督一人任也。前自昭武将军请辞水师提督之后，会推镇江将军王□，今改任四川提督，升授湖广总兵万（正色）为福建水师提督；是皇上求贤若渴之心，求一胜任水师提督者，亦可谓博览旁求、费尽苦心矣。提督与臣，均系封疆大臣，自应和衷共济，岂可滥置异同之词。臣思今日在外诸臣，且不必问其才干之有能与不能，要先看其遇事之肯任与不肯任；亦不必问其行事之克济与不克济，要先看其心力之肯尽与不肯尽，而大概定矣。臣任藩司时，闻知原任水师施琅威名，郑锦畏之如虎，所以郑锦将施琅之子齐舍与侄亥舍给以官爵以羁縻之。