一、保甲制度
先办保甲、後办清丈之议已定，乃通令各府、各县：限二个月内将所辖户口编查报告。且恐办理迟误，并命府衙门派遣保甲调查委员专理其事，以期速成。其保甲章程虽与向行之保甲制度无大差异；然其主要目的在清理田赋，故於户口编制之外，并清查各户粮赋，以为清理基础。如「淡水县保甲编制章程」第七条：『凡耕他人之田者，其自己之收获若干、纳大租若干、小租若干并地赋若干？均须呈报』。第八条：『凡耕自己之田者，其自己之收获若干、大小租若干并纳地赋若干？须明记於门牌之上。如有隐匿不报者，均照例没官』。独嘉义县知事罗建祥力主反对之议，谓『保甲之目的，本在缉匪清庄；与清理田赋不相干涉；行於三代以上容或有济，若行於今日民俗日偷、官弊日甚之时，万难有成。且土地之有无、多寡，虽业主亦不能知；如欲强之呈报，势必有报他人之田为己有者。假保甲以清理田赋，其在今日不过一梦想耳』。然当时舆论，大都以先办保甲为宜；且台湾民风强悍，难保不因清赋而起反抗。故刘氏之计画亦从多数，而罗县令之议竟格不行（闻嘉义办理清丈，未办保甲）。
二、清丈章程
第一条：丈量之时，委员至县於三日前出示晓喻，定於某日清丈某保某甲某几户；谕令该业户将历有契据查带到庄守候。委员丈量後查对契据，如果界址、亩数相符，照发联单，契据仍归业主收回；如有不符之处，即在契据上注明，照新丈亩数填发联单。不许委员藉口刁难讹索；违者，准业主指名禀控。
第二条：清丈後须发三联票单，一归清赋总局、一存本县、一归业主收执。另立清册两部，一存局、一存县。目前清丈，只查亩数、界址；至於该田地应完粮多少？统俟清丈事竣，再奏请部议。
第三条：清丈田地，须分上、中、下三则：以长流水灌溉者为上、资陂塘水者为中、其山田与靠天雨者为下。惟园地向无分别等次，即在联单上注明。如有业主贿托委员、绅士以多报少、以上则报中下则，无论何时查出，该田产充公，委员、绅士从重参办；如系业主朦混隐匿，一经邻舍禀控或经官查出，即将该田产一半充公。
第四条：此次清赋，已经奉旨：在事官绅，照异常劳绩请奖。该官绅等所查何保、何甲，须在联单上注明系何官绅清丈某户。如丈量出力、清查最多，准予优奖；如有挂名官绅并不帮同清丈或懒怠偷安、不能耐劳、随意敷衍，即由地方官撤委，不准列奖，以示徵儆。
第五条：清丈时，官绅均由总局发给薪水，不准在民间稍有需索。如有阳奉阴违，一经查出，总局并同事委员未曾先行禀明总办，照失察例议处，同事俱不准请奖。
三、清丈机关
清丈土地就惯例而言，本由各地方官吏办理。然清赋乃临时事业，故归布政使衙门直辖。设清赋局於台北、台南两府，以知府统理之；於各县、各厅设置县局，由会办委员与知县、同知协商办理。其分局委员，以内地之佐杂充之；弓丈手、图书、差役属焉。至实地丈量时，则与地方绅士会商行之。其一班之组织，虽规定委员二名、差役四名、书办一名为定额；然各地方官吏，仍有任意增减者。兹取台北府所定之员额及薪水。
四、丈量尺度及丈算方法
台湾习惯，其田地面积向以甲戈分厘毫丝忽计算。一甲等於二十五戈平方、一戈等於一丈二尺五寸。戈之下如有零尺，则以一二五除之，以定分厘毫丝忽之数焉。如六尺二寸五分，以一二五除之，得商数五；是为五分。雍正九年，虽颁布上谕以一甲作十一亩计算，然实际上则仍计甲、不计亩也。开丈之时，於丈算之法无一定成规，各地丈法参差不一。至光绪十三年，发布田园丈算圆法，以方、直、斜、梯、勾股、圭斜、圭棱、牛角、眉圆、弧矢、半圆等为定式；其有不合此定式者，或并、或减、或删补，使之合於定式以计算之。
五、图册
图册，有各班委员於实地调查之时绘制者、有清赋县局绘制者。各班委员所绘制之图册有三：一曰区图（又名总图）、二曰散图、三曰庄图。以田园坐落地方之山河、道路、沟渠等天然之界限为一区域绘成一图，是为区图；一区图中分为若干坵，每坵绘一细图，是为散图；集合若干区图绘成一庄之全图，是为庄图。以上三图由委员绘成之後，即送呈县局；复由县局集合若干庄图制成堡图、集合若干堡图制成县图。县图载全县之管辖方位及各堡之四至境界，堡图载全堡之方位及堡内各庄之坐落境界。要而言之，即以县统堡、以堡统庄、以庄统区，复以区图统田园之坵段也。县局所制之图册，复有八筐鱼鳞册、简明总括图册及归户册等。鱼鳞册，本各班委员所制之散图而填载之；凡田园之界址、甲数、则别及业主之姓名等皆记入之。总括简明图册，专记一堡、一里之田园甲数及地赋之总额等，共制七部；一部存县，余六部送呈户部、福建总督、台湾巡抚、台湾布政司、台湾道及该管府衙门，以便与每年收入之赋额核对。遇有风灾、水害应免赋者，则记明於其项下，以定蠲免。归户册，以户统田；每一户立一柱，将其所有之田园甲数集载於其柱下，以为徵收赋税之用。兹复取其鱼鳞册填载之方法。
一、凡田园之形式因山河、道路、沟渠而自成一区域者，以之绘成一图，是为区图（亦曰总图）。区图之内，更分为若干坵；依次编定字号，一一绘成一图，是为散图。
二、每区散图之坵段，依次绘入八筐册内。如一区图中共有五十号，则依次自第一号起、至第五十号止，作为一卷。第二区分别填载，另为一卷。卷与卷不得接续填载，致生混淆。
三、各散图於丈量之时，每坵必须编定字号。现在之区图以各堡名之，第一字为字号之字。如兴直堡，则附以「兴」字，名曰「兴字第一号区图」、「兴字第二区图」；他可类推。
四、区图之内，须记明其田之坵数。如「兴字第一号区图」内，天字田若干坵。又一堡之内计有区图若干，须另作全堡目录一纸，钉入卷首。
五、编制鱼鳞册时，每一区编为一卷；刊行之鱼鳞册。以一百页为定数。如一堡计有五十区不能编入一本之内，则更以一本接续填载之；共计若干本，须记明於卷首目录之内。
六、区图须另纸绘之，钉入卷首。如其图为第一区之图，则钉入第一卷之首。但鱼鳞册已经装钉、不便改拆者，可将区图若干张合并装钉於各卷之首。
七、当誊写各图之时，其原图之田形、四至、坐落、甲数、业户姓名，须一一对照填载之，不得遗漏错误。区图为散图之关键，其核对尤宜精密。
六、委员功课章程（此为淡水县所定之章程，後通饬各府各属一体遵照办理）。
第一条：田园之丈量，已奉宪台颁定图式、册式；各委员宜按式逐坵丈量，绘其田形、记其四至弓数。如不查照办理，即命之再丈；其所需俸给、薪水由该委员自任，以示儆惩。若不如此办理，必有漫不经心，合数十坵而丈之，以致界址不清、田形不明。日後报部，必受驳诘；务宜慎重从事。
第二条：每班委员於十月一日以後，一日能丈十六甲者为一等、十四甲者为二等、十二甲者为三等，仅丈七、八甲者撤委；山田一等十甲、二等八甲、三等六甲，仅三、四甲者撤委：以严功过而节虚糜。
第三条：各堡委员每月丈量甲数，须於翌月五日前报县；县於十日前报府。论其功过、第其优劣，以示鼓励。
七、改赋
清丈事业已逐渐告竣，乃於光绪十三年着手改赋。其改赋之理由及改赋之方针，详载於其改赋告示之内。兹节录之，以资参考。其文曰：『此次清丈竣事，额增数倍。若仍照旧章开徵，轻重不一，小民苦累不堪，自非通筹全局、别议赋则不可。已将现丈田园，无论新、旧悉照同安下沙成例分别等则，化甲为亩，以一甲作为十一亩，仿「一条鞭」办法，删去各项名目；凡地丁、粮米、耗羡等款一并在内，并化折徵榖价提充正赋。本爵部院系照台属各县最轻之赋，有减无增。此外沿山各处及垦荒未熟田园，暂与剔归未入额从缓升科，分别完纳正、耗。并查钱粮正供之外，向有随收补水、平余银。台地通用者番银，今赋则改照内地，应需纹银补水每两随收一钱外，拟酌定平余银一钱五分，为升科各县办公之费；其不能升科之恒春、台东、埔里社各缺，仍须由外别筹津贴。此系仿照内地浮收病民情形，期於力除积弊；当经本爵部院具奏，请旨饬部核议覆准在案』云云。台湾田园之赋率，自乾隆九年以後分为三种，轻重不一，弊亦随之。刘氏乃通筹全局，无论新、旧悉照同安下沙成例徵收；且删去各项名目，合正耗、补水、平余三者仿照「一条鞭」法定其赋率，扫去积弊，巩固私权。刘氏之功，真为不朽。不幸甲午之役，其地割於日本；凡刘氏所惨澹经营者，适足以资外人改革之利器，良可慨矣。
备考：前表所列者为普通赋率。此外，尚有特别及不入则等赋率，名目纷繁，高下不一。有称为上沙、中沙、下沙者，有称为七七、六六、五五、四四者。其最高者约一两有奇，其最低者约三钱有奇。合普通赋率计之，共十有余种。