所谓发于本学派自身者何耶？其一，考证学之研究方法虽甚精善，其研究范围却甚拘迂。就中成绩最高者，惟训诂一科，然经数大师发明略尽，所余者不过糟粕。其名物一科，考明堂，考燕寝，考弁服，考车制，原物今既不存，聚讼终未由决。典章制度一科，言丧服，言禘祫，言封建，言井田，在古代本世有损益变迁，即群书亦末由折衷通会。夫清学所以能夺明学之度而与之代兴者，毋亦曰彼空而我实也？今纷纭于不可究诘之名物制度，则其为空也，与言心言性者相去几何？甚至言《易》者摈"河图洛书"而代以"卦气爻辰",其矫诬正相类。诸如此类者尚多，殊不足以服人。要之清学以提倡一"实"字而盛，以不能贯彻一"实"字而衰，自业自得，固其所矣。其二，凡一有机体发育至一定限度，则凝滞不复进，因凝滞而腐败，而衰谢，此物理之恒也。政制之蜕变也亦然，学派之蜕变也亦然，清学之兴，对于明之"学阀"而行革命也。乃至干嘉以降，而清学已自成为炙手可热之一"学阀".即如方东树之《汉学商兑》，其意气排轧之处固甚多，而切中当时流弊者抑亦不少，然正统派诸贤，莫之能受，其驺卒之依附末光者，且盛气以临之。于是思想界成一"汉学专制"之局。学派自身，既有缺点，而复行以专制，此破灭之兆矣。其三，清学家既教人以尊古，又教人以善疑。既尊古矣，则有更古焉者，固在所当尊。既善疑矣，则当时诸人所共信者，吾曷为不可疑之？盖清学经干嘉全盛以后，恰如欧洲近世史初期，各国内部略奠定，不能不有如科仑布其人者别求新陆，故在本派中有异军突起，而本派之命运，遂根本摇动，则亦事所必至、理有固然矣。
所谓由环境之变化所促成者何耶？其一，清初"经世致用"之一学派所以中绝者，固由学风正趋于归纳的研究法，厌其空泛，抑亦因避触时忌，聊以自藏。嘉道以还，积威日弛，人心已渐获解放，而当文恬武嬉之即极，稍有识者，咸知大乱之将至。追寻根原，归咎于学非所用，则最尊严之学阀，自不得不首当其冲。其二，清学之发祥地及根据地，本在江浙。咸同之乱，江浙受祸最烈，文献荡然，后起者转徙流离，更无余裕以自振其业，而一时英拔之士，奋志事功，更不复以学问为重。凡学术之赓续发展，非比较的承平时代则不能。咸同间之百学中落，固其宜矣。其三，"鸦片战役"以后，志士扼腕切齿，引为大辱奇戚，思所以自湔拔，经世致用观念之复活，炎炎不可抑。又海禁既开，所谓"西学"者逐渐输入，始则工艺，次则政制。学者若生息于漆室之中，不知室外更何所有，忽穴一牖外窥，则粲然者皆昔所未睹也，还顾室中，则皆沈黑积秽。于是对外求索之欲日炽，对内厌弃之情日烈。欲破壁以自拔于此黑暗，不得不先对于旧政治而试奋斗，于是以其极幼稚之"西学"知识，与清初启蒙期所谓"经世之学"者相结合，别树一派，向于正统派公然举叛旗矣。此则清学分裂之主要原因也。
二十一清学分裂之导火线，则经学今古文之争也。何谓今古文？初，秦始皇焚书，六经绝焉。汉兴，诸儒始渐以其学教授，而亦有派别。《易》则有施（雠）、孟（喜）、梁丘（贺）三家，而同出田何；《书》则有欧阳（生）、大夏侯（胜）、小夏侯（建）三家，而同出伏胜；《诗》则有齐、鲁、韩三家，《鲁诗》出申公，《齐诗》出辕固，《韩诗》出韩婴；《春秋》则惟《公羊传》，有严（彭祖）、颜（安乐）两家，同出胡毋生、董仲舒；《礼》则惟《仪礼》，有大戴（德）、小戴（圣）、庆（普）三家，而同出高堂生。此十四家者，皆汉武帝、宣帝时立于学官，置博士教授，其写本皆用秦汉时通行篆书，谓之今文。《史记？儒林传》所述经学传授止此，所谓十四博士是也。逮西汉之末，则有所谓古文经传出焉。《易》则有费氏，谓东莱人费直所传；《书》则有孔氏，谓孔子裔孔安国发其壁藏所献；《诗》则有毛氏，谓河间献王博士毛公所传；《春秋》则《左氏传》，谓张苍曾以教授；《礼》则有《逸礼》三十九篇，谓鲁共王得自孔子坏宅中；又有《周官》，谓河间献王所得。此诸经传者，皆以科斗文字写，故谓之古文。两汉经师，多不信古文。刘歆屡求以立学官，不得。歆称书让太常博士，谓其"专己守残，党同妒真"者也。
王莽擅汉，歆挟莽力立之；光武复废之，东京初叶，信者殊稀。至东汉末，大师服虔、马融、郑玄皆尊习古文，古文学遂大昌。而其时争论焦点，则在《春秋公羊传》。今文大家何休着《左氏膏肓》、《谷梁废疾》、《公羊墨守》，古文大家郑玄则着《箴膏肓》、《起废疾》、《发墨守》以驳之。玄既淹博，遍注群经，其后晋杜预、王肃皆衍其绪，今文学遂衰。此两汉时今古文哄争之一大公案也。
南北朝以降，经说学派，只争郑（玄）、王（肃），今古文之争遂熄。
唐陆德明着《释文》，孔颖达着《正义》，皆杂宗郑、王。今所传《十三经注疏》者，《易》用王（弼）注，《书》用伪孔（安国）传，《诗》用毛传郑笺，《周礼》、《仪礼》、《礼记》皆用郑注，《春秋左氏传》用杜（预）注，其余诸经，皆汲晚汉古文家之流。西汉所谓十四博士者，其学说皆亡，仅存者惟《春秋公羊传》之何（休）注而已。自宋以后，程朱等亦遍注诸经，而汉唐注疏废。入清代则节节复古，顾炎武、惠士奇辈专提倡注疏学，则复于六朝、唐。自阎若璩攻伪《古文尚书》，后证明作伪者出王肃，学者乃重提南北朝郑、王公案，绌王申郑，则复于东汉。干嘉以来，家家许、郑，人人贾、马，东汉学烂然如日中天矣。悬崖转石，非达于地不止。则西汉今古文旧案，终必须翻腾一度，势则然矣。
二十二今文学之中心在《公羊》，而《公羊》家言，则真所谓"其中多非常异义可怪之论"（何休《公羊传注自序》），自魏晋以还，莫敢道焉。今《十三经注疏》本，《公羊传》虽用何注，而唐徐彦为之疏，于何义一无发明。
《公羊》之成为绝学，垂二千年矣。清儒既遍治古经，戴震弟子孔广森始着《公羊通义》，然不明家法，治今文学者不宗之。今文学启蒙大师，则武进庄存与也。存与着《春秋正辞》，刊落训诂名物之末，专求所谓"微言大义"者，与戴、段一派所取途径，全然不同。其同县后进刘逢禄继之，着《春秋公羊经传何氏释例》，凡何氏所谓非常异义可怪之论，如"张三世"、"通三统"、"绌周王鲁"、"受命改制"诸义，次第发明。其书亦用科学的归纳研究法，有条贯，有断制，在清人着述中，实最有价值之创作。段玉裁外孙龚自珍，既受训诂学于段，而好今文，说经宗庄、刘。自珍性詄宕，不检细行，颇似法之卢骚；喜为要眇之思，其文辞俶诡连犿，当时之人弗善也。
而自珍益以此自熹，往往引《公羊》义讥切时政，诋排专制；晚岁亦耽佛学，好谈名理。综自珍所学，病在不深入，所有思想，仅引其绪而止，又为瑰丽之辞所掩，意不豁达。虽然，晚清思想之解放，自珍确与有功焉。光绪间所谓新学家者，大率人人皆经过崇拜龚氏之一时期。初读《定庵文集》，若受电然，稍进乃厌其浅薄。然今文学派之开拓，实自龚氏。夏曾佑赠梁启超诗云："璱人（龚）申受（刘）出方耕（庄），孤绪微茫接董生（仲舒）。"此言"今文学"之渊源最分明。拟诸"正统派",庄可比顾，龚、刘则阎、胡也。