启蒙期的代表人物为顾炎武、王夫之、黄宗羲、颜元、阎若璩、胡渭、王锡阐、梅文鼎等。他们反对晚明王学的"束书不观，游谈无根"的空疏学风，在经学、史学、哲学、科学等领域倡导求实求真学风，教学者摆脱宋明儒的羁勒，从而开启了清代学术。梁启超指出："吾于清初大师，最尊顾、黄、王、颜，皆明学反动所产也。"（第13页）顾炎武是对于晚明学风作猛烈攻击之第一人，"大声疾呼以促思潮之转捩，则炎武最有力焉"（第8页）。
黄宗羲对近代思想最有影响的着作是《明夷待访录》。书中论道："由今日观之，固甚普通甚肤浅。然在二百六七十年前，则真极大胆之创论也。""而后此梁启超谭嗣同辈倡民权共和之说，则将其书节抄，印数万本，秘密散布，于晚清思想之骤变，极有力焉。"（第14页）王夫之"感于明学之极敝而生反动，欲挽明以返诸宋，而于张载之《正蒙》，特推尚焉。其治学方法，已渐开科学研究的精神"."其言'天理即在人欲之中，无人欲则天理亦无以发现',可谓发宋元以来所未发。"（第15页）颜元"则明目张胆以排程、朱、陆、王，而亦菲薄传注考证之学，故所谓'宋学''汉学'者，两皆吐弃，在诸儒中尤为挺拔，而其学卒不显于清世".（第16页）全盛期的主要代表人物为惠栋、戴震。他们又可称为正统派。正统派与启蒙派的区别在于：第一，启蒙派对于宋学，猛烈攻击其一部分，而仍因袭其一部分。正统派则自固壁垒，将宋学置于不议不论之列。第二，启蒙派抱着通经致用的观点，喜言成败得失经世之务。正统派则为考证而考证，为经学而治经学。正统派的治学根本方法，在"实事求是""无征不信";他们的研究范围，以经学为中心，而衍及小学、音韵、史学、天算、水地、典章、制度、金石、校勘、辑逸等。对于惠栋，梁启超的评价是："平心论之，此派在清代学术界功罪参半。笃守家法，令所谓'汉学'者壁垒森固，旗帜鲜明，此其功也。胶固、盲从、褊狭，好排斥异己，以致启蒙时代之怀疑的精神、批评的态度，几夭阏焉，此其罪也。"（第25页）对于戴震，梁启超则作了更多的肯定，认为："《疏证》一书，字字精粹"（第30页），"其哲学之立脚点，真可称二千年一大翻案。其论尊卑顺逆一段，实以平等精神，作伦理学上一大革命。其斥宋儒之糅合儒佛，虽辞带含蓄，而意极严正。随处发挥科学家求真求是之精神，实三百年间最有价值之奇书也。"（第31页）梁启超又对此派的治学方法作了总结，指出："清儒之治学，纯用归纳法，纯用科学精神。"（第45页）概括起来，这种方法可分为四步："第一步，必先留心观察事物，觑出某点某点有应特别注意之价值。第二步，既注意于一事项，则凡与此事项同类者或相关系者，皆罗列比较以研究之。第三步，比较研究的结果，立出自己一种意见。第四步，根据此意见，更从正面旁面反面博求证据。证据备则勒为定说，遇有力之反证则弃之。"（第45页）清代学术思想的蜕分期也同时是衰落期，主要代表人物是康有为和梁启超。
梁启超根据自己的亲身经历和体验，对师友和自己的学术思想作了尤为精彩的评析。对于康有为，他充分肯定了康有为运用今文经学的思路和方法鼓吹变法、倡导改革的历史功绩，称《新学伪经考》"实思想界之一大飓风也"（第56页），《孔子改制考》、《大同书》"其火山大喷火也，其大地震也"（第57页）。同时，他又严肃指出了康有为学术思想的局限性，认为："有为以好博好异之故，往往不惜抹杀证据或曲解证据，以犯科学家之大忌，此其所短也。"（第57页）对于自己，他也能一分为二，指出："启超之在思想界，其破坏力确不小，而建设则未有闻。晚清思想界之精率浅薄，启超与有罪焉。""后超平素主张，谓须将世界学说为无制限的尽量输入，斯固然矣。
然必所输入者确为该思想之本来面目，又必具其条理本末，始能供国人切实研究之资。此其事非多数人专门分担不能。启超务广而荒，每一学稍涉及樊，便加论列，故其所述着，多模糊影响笼统之谈，甚者纯然错误，及其自发现而自谋矫正，则已前后矛盾矣。平心论之，以二十年前思想界之闭塞委靡，非用此种卤莽蔬阔手段，不能烈山泽以辟新局。就此点论，梁启超可谓新思想界之陈涉，虽然，国人所责望于启超者不止此。以其人本身之魄力，及其三十年历史上所积之资格，实应为我新思想界力图缔造一开国规模。若此人而长此以自终，则在中国文化史上，不能不谓为一大损失也。"（第65页）他清醒地看到，随着20
世纪初中国历史的巨大变迁，他和他的师友们的思想创造已经过时，认为："康有为、梁启超、谭嗣同辈，即生育于此种'学问饥荒'之环境中，冥思枯索，欲以构成一种'不中不西即中即西'之新学派，而已为时代所不容。能这样严肃认真地解剖自己，予以历史的评判和定位，实是不易之论。可以说，这是《清代学术概论》的又一显着特点。
《清代学术概论》是我国第一部系统总结清代学术思想史的着作。全书论析有清一代学术思想，涉及哲学、经学、史学、考古学、地理学、金石学、文献学、佛学、美术、诗歌、历法、数学、水利等学术领域，而贯之以时代思潮兴盛转承的主线，可谓气势磅礴，思路明晰，有如一气呵成，被后世研究者称为"近代学术史上的一件珍品"①。该书把中国近300
年视作中国的文艺复兴时代，力图从中梳理出中国文化迈向近代的历史进程，更被后世研究者高度评价，认为这是"'五四'运动所促成的中国资产阶级启蒙意识进一步觉醒的思想表现和学术成果"②。在此基础上，梁启超又于1924
年出版了《清代学术概论》的姊妹篇——《中国近三百年学术史》。两书的研究对象是一致的，但两书的着重点有所不同。《清代学术概论》篇幅较小，言简意赅，重点在"论";《中国近三百年学术史》篇幅较大，内容充实，重点在"史".两书相互补充，相互发明，从不同的视角，开拓了中国近300
年学术思想史的研究。此后，蒋维乔的《中国近三百年哲学史》、钱穆的《中国近三百年学术史》、侯外庐的《中国近世思想学说史》等着述相继问世，使中国近三百年学术思想史的研究终成中国学术界的一个研究热点和重点。