武职共一百一十四员，步战守兵共一万二千六百七十名，战船九十二只。
条例
康熙三十年奉旨：台湾各官，自道员以下，教职以上，俱照广西、南宁等府例，将品级相当现任官员内拣选调补，三年俸满即升。
雍正七年议准：台湾道、府、同知、通判、知县到任一年，令该督抚於闽省内拣选贤能之员，到台协办，半年之後，回内地补用；政优者准加二级，称职者准加一级。
雍正八年奏准：嗣後调台各员，到任二年，该督抚另选贤能，赴台协办，半年之後，将旧员调回。
雍正十一年覆准：台湾道员，准其照协镇之例，三年报满；知府、同知、通判、知县，准其照参将等官之例，二年报满；协办人员，半年之後，令各员交代清楚，回至内地，该督抚照例察核，分别具题。如果实心办理，地方宁谧，俱准以应升之缺即用。其道、府应升之缺，给咨赴部引见，候旨升用。同知、通判、知县俱留於本省，遇有应升缺出，该督抚即行具题升补。
乾隆八年议准：嗣後台湾府、厅、县，准其照道员佐杂教职等官，一体三年期满，报明该督抚照例具题，分别升用，免其留台协办。
又议准：台湾训导三年报满，以县丞、府经历等官升用；如该员俸次应升学正、教谕，吏部截定俸次，该督抚挨次论俸升。
武职定例：总兵官三年俸满，请旨陛见；副将三年俸满，给咨引见；参将、游击、都司、守备，二年限满，咨部推转；千总、把总，三年限满，赴省候文推补。其兵丁，由内地三年按班抽换，不准就地推补。
康熙六十年议准：嗣後文武大小官员，不许带眷往台。雍正十二年，总督郝玉麟奏准，调台官员，年逾四十无子者，准其挈眷过台。
武备
雍正十一年，总督郝玉麟奏准：台属民壮，俱系无赖流寓之人，每多滋事，扰害良民。除原拨澎湖通判、台湾府经历、台凤诸彰四县典史民壮共四十四名照旧存留供役外，其道、府、同知、知县共民壮三百五十六名，悉行革退，编入保甲，将原给器械追缴贮官。即於镇标营兵内酌量拨给道员二十四名、知府二十名、台同知十五名、淡同知二十四名、台凤诸彰四县各二十名，以资护卫巡查。
图书编云：澎湖远在海外，内澳可容千艘，周遭平山为障，止一隘口，进不得方舟；令贼得先据，所谓一夫守险、千人不能过者也。矧山水多礁，风信不常，吾之战舰难久泊矣，而曰可以攻者否也。往民居恃险为不轨，乃徙而虚其地；今不可以民实之明矣。若分兵以守，则兵分为弱，远输为贫；且绝岛孤悬，混茫万顷，脱输不足而援後时，是委军以予敌也，而日可以守者否也。亦尝测其水势，沉舟则不尽其深，输石则难扞其急，而曰可以塞者亦非也。惟峻接济之防，而敷陈整旅以需其至，则贼既失其所恃。讵能为久顿谋哉？
东宁政事集云：南路自大冈山以下，至下淡水琅峤社，北路自木冈山以上，至上淡水鸡笼城，其间如凤山、傀儡山、诸罗山、半线山，皆扼野番之冲，为陆汛所必防；如下淡水、硫磺溪、大线头、鹿子港，皆当入海之道，为水汛所必守。至鸡笼、淡水，乃台湾极北之岛，突处海中，毗连番社。後垄一港，与南日对峙，即兴化港口也。後壠而上一百二十里为竹堑社，对海坛镇；竹堑而上一百五十里为南嵌社，对峙关潼，即福州闽安港口。自南嵌至上淡水七十里，对北胶；淡水至鸡笼三百里，对沙埕、烽火门，皆浙江省界也。大洋之外，红夷出入之路，而又远隔郡城，港道四达，往来一帆直上；伪郑设重兵於彼，虽曰远御红夷，实恐我师从福兴分出以袭其後也。鸡笼至闽安，不过七八更水程，若闽安、兴化等港，听商人往来贸易，非止利源通裕，万一意外之警，则厦门，澎湖之师以应其前，福泉、兴化之船以应其後，首尾呼应，缓急可恃。
理台末议云：台湾在福建之东南，地隔重洋，形势延袤可至者，凡千六、七百里。外此则生番所居，与熟番阻绝，远望皆大山叠嶂，莫知纪极，可以置而不议。府治南北，千有余里，越港即水师安平镇；又有七鲲身，沙线潮平，可通安平港内，为水师战艘、商民舟楫止宿之地。港名鹿耳门，出入仅容三舟，左右皆沙石浅淤焉。此台湾之内门户也。衡渡至澎湖，岛屿错落，有名号者三十六岛。澎湖沟底，皆大石参错，凡港泊有南风、北风二者殊澳。此台湾之外门户也。然台湾之可通大舟者，尚有南路之打鼓及东港，北路之上淡水，凡三处，而惟上淡水可容多船，港门为正也。其可通小船者，尚有南路之蛲港，北路之咸水港及八掌港、笨港、海丰港、鹿子港、大甲西、二林、三林、中港、竹堑、蓬山，凡十二处；而笨港并有小港可通鹿耳门内，即名马沙沟是也。总之，台湾三路俱可登岸，而惟鹿耳门为用武必争之地者，以入港即可以夺安平而抗府治也。夺安平则舟楫皆在港内，所以断其出海之路；抗府治则足以号令南北二路，而绝依附之门。故一入鹿耳门而台湾之全势举矣。或云，鹿耳门为天险门户，而又上设炮台，防亦密矣；万一攻之不入，兵法有攻坚，而瑕者亦坚，其谓之何？不知由北路之上淡水进兵，所谓行师如过於衽席之上者，谋非不臧也；而不知由北路进兵，则其势主缓，则必以众而临寡，以强而并弱；由鹿耳门而进兵，则其势主捷，捷则有以反主客之形，成控制之师；而且安平不据，澎湖尚孤，彼贼徒者急而扬帆，不无他虞也。是故觇台湾之形势，而必讲明於得入鹿耳门之要为最急。
台湾水陆制兵盈万，费綦重矣。乃澎湖、安平之兵居其半，水师汛重，不容以核减；台湾之兵居其半，陆路汛广，又不得不议增。然有可节省之道、至便之术，亦持筹者所必讲也。台湾原有官庄，即可为屯田，其佃即可为屯兵，不过加以训练，明其节制，或仿古者耕七调三，或立在要地屯守，寓兵於农之中，非特兵无跋涉、岁免度支已也。历观名臣奏议，所用守边之众，多取土着，以土着宜於水土，明於地势，而又欲自保其身家，则守御必周。且闻名将用兵，有取农人，号为生力兵，则以性质椎鲁，手足强健，虽风雨奔驰，可无倦乏耳。今议旧设制兵，仍用内地更代，增设之兵，就台另立屯田，可以相资，则兵力愈强而巡防弥周矣（同上）。
陆师重马力，水师重舟力。战阵之时，务争上风。而运转不灵，不能占居上风；压持不重，或反退居下风。此虽人力，全在良舟。然匠人为舟，固守绳尺，及驾中流，而快利迟钝之用乃见。同时发棹，而前後入港之日顿殊者何也？盖木之本质不类（如盐木为柁，遇波涛乃不摇动，余则否），轻重亦异（木老则坚而重，否则轻），必得良材轻重配合，如人一身筋骨相配，然後善於运动也。故水师必讲於造舟者，此其一也。水师之湾泊，犹陆师之安营。凡水师不能於外洋觅战，皆於近港交锋，所以湾泊之处，即是战争之场。我舟先至，利在居要以争上风。然风信难凭，透发之後，往往转变，先要泊稳。倘一澳中有南风澳、北风澳不同，则宁泊南风澳以待。此又老将之持重，不可执一而论也。故水师必明於湾泊者，此其一也。水师之入港，犹陆师之克城。凡港门为贼所守，而险隘尤为贼所持。兵法有挟制其险、而攻其虚之说，以险处多虚，故险可制而虚可攻耳。故水师必详於入港者，此其一也。此水师之大概也。而其要在机：曰扼要，曰伺隙，曰察变，曰虚中四者。夫扼要则握其权矣，伺隙则分其力矣，察变则夺其守矣，虚中则避其害矣。此所以能於衽席之上以过吾师，克期取敌无疑也。要而言之，师之用在舟，舟之用在水，水之用在风。舟与师相习，风与水相遭，其用在於变而通之以尽利，神而明之，存乎其人（同上）。
船政
台海使槎录云：台澎各标营船，初俱分派通省内地厅员修造。康熙三十四年，改归内地州县。其尚可修整而不堪驾驶者，内地之员办用工料，赴台兴修。迨按粮议派，台属三县亦分修数只，此非偏庇台属，以内地各厂，员多力分，工料俱便，不烦运载，可以克期报竣。後定在近道府监修，统计闽省船只，匀派通省道府。乃将台澎九十八船内，派台湾道、府各十八只，余俱派入内地。既而仍归内地修造，惟未至朽烂而不堪驾驶者，留台修补。至康熙四十四、五年间，仍俱改归台属，而派府船数倍於道，令其与福州府分修。议於部价津贴运费外，每船捐贴百五十金，续交盐粮厅代修其半，道镇协营厅县共襄厥事。迨後专责知府，并将道船亦归於府。雍正三年，两江总督查弼纳题准设立总厂於通达江湖之所，百货聚集，鸠工办料，均属省便。每年派道员监督领银修造，再派副将或参将一员公同监视，务节浮费，均归实用。部价不敷银两，历来州县协贴，仍应如旧。复经总督满保会题，将台澎战船九十八只，於台湾设厂，委令台道台协监督修造。於是各船尽归台厂，而道协之责任重矣。