十二月初五日，上自象跸桂，太后及两宫俱驻南宁府。先是七月，司礼监庞天寿奉敕至桂，催兵下梧州。王坤既被刘承允逐，夤缘马吉翔，复入。自武冈至柳、至象，票拟皆出吉翔手也；及至桂，始归诸内阁。阁拟复多改票，式耜争之不能得。是时腾蛟督诸将列营永福，而琏与永忠兵益不睦；琏走平乐，永忠壁兴安。
永历二年戊子正月，上在桂林。叙元年全州功，晋封腾蛟世袭定兴侯、柱国太师、兵部尚书；诸将周金汤、熊兆佐、马春麟各与挂印，滇帅赵印选新宁伯、胡一青兴宁伯，焦琏进封侯。
二月二十一日，报北兵前驱至灵川。二十七日，郝永忠兴安被袭，急奔回，逼上移柳州。式耜请侯督师腾蛟报至，不听；严起恒请迟至天明。方五鼓，乘舆已发矣；永忠放兵大掠。适滇营兵亦自灵川彻回，城中烟焰蔽天，兵刃相加，不辨主客；公私涂炭，朝士皆被戮辱。式耜亦被劫入舟，行三日，方回。泊漳木港，遇刑部侍郎刘远生、给事中丁时魁，请式耜下阳朔，催焦琏入援；先遣一吏入城，息烟火、收仓储余粒，草檄分路四发，俾远近知留守在也。於是焦琏自平乐驰入桂；楚镇周金汤、熊兆佐、滇帅胡一青闻变，皆至；督师腾蛟亦提兵自永福至。北兵侦知桂林兵变，乘虚袭桂，直抵北门。式耜守城；腾蛟督师三面出，一青领兵出拱极门，周金汤、熊兆佐领楚兵出武胜门，焦琏随督师出北门。琏才遇敌，即奋臂大呼诸将军看琏杀敌，单骑横矛直冲敌营；敌围之数重，琏左右奋击，敌散而复合者数次。琏部将刘起蛟见琏被围，大呼杀入与琏合，连砍数十人，贯其营而出。赵兴、白贵以锐师四面急攻之，皆殊死战；滇、楚诸营又从旁夹击、敌不能支，遂溃。一青从东来奋击，复大败之。一青骑剪鬃马，敌呼之为牛；遇之，辄曰：避骑牛蛮子。为人短小便捷，马上腾掷如飞；善用铁标枪，於十数步中取人，百发百中。马毙，斩一敌，跃上其马以驰，与琏追杀二十里。北帅堕马几获，遂北渡甘棠遁去。留守於北门待督师还，并辔入城；时三月二十二日事也。当永忠之乱，监司、府县俱哄散，百姓逃匿山寮间，是时诸将列营榕江，日需米数百石无所出；式耜多方搜括，得升升往、得斗斗往，督师计升斗分给士卒。久之，民多乐输，饷大足；督师乃得率诸帅出严关，与留守交相劳苦，复交相庆。
上以三月初十日至南宁，扈跸大学士严起恒、锦衣卫马吉翔、兵部尚书萧琦、给事中吴其靁、洪士声、许兆进、尹三聘七、八人耳。至是，式耜乃上疏讯行在所，候上及三宫起居；上始知留守无恙、桂林复全，为之泣下。下诏褒赏，慰劳有加。
四月乙未朔，王子生。
初十日，江西金声桓反正疏至。声桓，本宁南侯左良玉之部曲；随良玉之子梦庚降附，用为江西提督。副将王体仁本骁贼受抚者，兵最强，声桓忌之；乃与其部将王得仁深相结，并相结帐下诸健儿，以计杀体仁，用得仁领其军驻建昌。幕中曹子悦，信丰人也，每劝得仁反正；声桓幕客吴遵周，阴与子悦同谋。黎士彦者，善撰伪敕印；因南昌乡绅万翱，以通於二客。两帅犹豫未决，会御吏某巡按江西贪虐，索取得仁家女乐；得仁愤甚，遂以正月二十七日杀御史。举兵反；声桓称豫国公、得仁称建武侯，皆士彦敕印伪封也。遣人齎奏行在，至是始达。
同日，广东北帅李成栋自负有取粤大功，一旦以佟养甲为总督，受其节制，意不平，亦怀异志。念家属在江南，遣标将范成恩潜往松江以计迎取；候至粤，然後举事。值声桓已定南、瑞、抚、建诸郡，路阻；成恩思密致声桓蜡书。时养甲觇知上在南宁，檄成栋两路进兵：一从连州入贺平，取桂林，一由高、廉袭南宁；又拨水师五千驻梧州策应。成栋辞以无饷，观望不进；养甲趣藩司即行措办，署布政司袁彭年以库存八万两付成栋，养甲不知也。四月初十日黎明，成栋密令兵齐集教场，譁言无粮欲为变；自诣总督，请养甲亲出抚辑。养甲出城，銕骑布满城外，马步五万余拥之，大噪；成栋先取其总督印握之，三军欢呼，同时割辫，养甲亦自割辫。即时出榜安民，以反正晓谕军民，用永历年号。檄各属郡县改复衣冠，粤东十郡不半月而底定。广西巡抚耿献忠於梧州闻信，亦帅所属割辫投诚；先遣官至南宁报知东省情事，举朝未之信也。成栋於是遣官进贺表，具疏迎驾。原任广东巡抚曹烨、高雷巡抚洪天擢，俱从成栋军前来朝；成栋命部将罗成燿带甲士五十迎驾浔州。封成栋广昌侯，诸将俱与挂印；袁彭年、耿献忠、洪天擢、曹烨、张调鼎等，即行擢用。
五月，上命所司修葺兴陵（即端皇帝陵也）。
二十七日，督师何腾蛟复全州。
六月，上至梧州，谒兴陵；上跸梧州。晋封成栋惠国公、总兵杜永和江宁伯、副将杨大甫乐安伯、罗成燿宝丰伯、董方策宣平伯、郝尚久新泰伯、张月传兴伯、阎可义武陟伯；佟养甲虽系满人，顺正不挠，亦封襄平伯。成栋迎驾东幸；桂林留守瞿式耜力请幸桂，令简讨蔡之俊、给事蒙正发先後入迎。时东勳恃反正功高，挟上以不得不东之势；上遂由梧入肇。成栋迎於百里外，储银万两，以备赏赉。
八月癸巳朔，上至肇庆，以肇庆府治为行宫。成栋解甲胄、肃冠裳入见上；出语人曰：南面坐者，真天子也；某见之，不觉顿首至地矣。诏赠陈子壮大学士、吏部尚书、番禺侯，谥「文忠」；张家玉少保、武英殿大学士、吏部尚书、增城侯，谥「文烈」；陈邦彦兵部尚书，谥「忠愍」。时六部九卿台省员缺，辅臣严起恒请补用反正诸臣；准依隆武原官铨补。敕召旧辅臣黄士俊、何吾驺原官入直，以袁彭年为左都御史、洪天擢为吏部左侍郎、耿献忠为户部左侍郎、曹烨为户部右侍郎，张调鼎、王芊等俱列卿寺。兵科给事吴其靁疏言：反正乃成栋功，於文臣何与？躐居卿贰，爵赏太滥，有伤国体。不报。李成栋陛见後，大治宫阙於广州城，吏部侍郎吴贞毓疏请上幸广城。刑部侍郎刘远生入朝，会成栋适自岭还，方修行宫迓乘舆；上命远生劳之。远生与成栋有乡谊，因谓成栋曰：天子，天下主也；爵赏征伐，出自天子。天子又与天下共之；若在此，则爵赏征伐，人疑天子必有私隐，令寄政不可不嫌也。且江、广同时反正，六师当不日下金陵。上不返桂林，犹云直从南韶出江右耳。若幸广城，则示天下以苟安之局矣。成栋曰：善；遽止其役，第加缮肇庆府城为宁跸之地。
有士人某献白玉一双，皆方广盈尺；云渔人得之南海。上命制成玺，文曰：「皇帝受命之宝」。其一，藏之内府。
是时，南昌已被北兵围困三月矣。初，金声桓、王得仁反正疏至，敕书慰劳，改豫国公为昌国公、建武侯为繁昌侯；两勳不悦。识者以为昌为「两日」，私忧两勳之不能久也。一时海内响应，乃不即乘势东下直取江南，听江右迂儒谬计，以「宁庶人起兵不破赣州，卒贻後患」；因并力攻赣州。久之不下，而北帅谭泰乘虚袭南昌，始舍赣州，退保南昌。南昌兵颇盛，每出战，胜负相当；後为奸僧所绐，择日决战。於是闭城自守，北兵乃益筑垒、掘深堑；围合，求出一战不可得矣。七月，惠国公李成栋提兵三万出庾岭攻赣州，以救南昌；军容甚盛。赣州守将高进库伪约降，其实坚城以缀惠国之师，使南昌坐困也。惠国信之，遂还军岭上。
十一月初一日，督师何腾蛟率保昌侯曹志建、宜章侯卢鼎、新兴侯焦琏、新宁侯赵印选克复永州，杀其镇将余世忠、巡抚李懋祖。永州坚守历三月，前後大小四十余战，杀伤过半，所存羸兵不满千。粮尽，咽糠吃草；初食马，继食人，城中妇女老弱皆食尽。城破之日，洒扫官署，所剔妇人阴弃不食者出之，计十五石。初五日，监军御史余鹏起、职方司主事李申春领兵复宝庆两府。捷音同日并奏，军声大振。
二十九日，督师露布至，恢复衡州；又据忠贞营李赤心捷报，已取益阳，直抵湘潭。於是瞿式耜密疏请上西幸，有云：天下大势在楚、不在粤；粤东三面险阻，易入难出。臣不敢争者，以成栋一片血忱，方倚为江右声援；一旦拂其望幸之心，何以劝忠？今衡、永恢复，游魂东窜，粤西之背愈厚；赣州愈困，江围未解，粤东之齿尚寒。在成栋奉皇上去危就安，既无内顾，可毕力以图赣；而楚师得万乘亲临，勇增十培，便可乘胜以长驱矣。