十二月初十日，方命将再举，闻北兵以轻骑数千突入广城，执绍武，观生自缢，声势渐逼三水。司礼监王坤复趣上西幸避之，於二十六日登舟。式耜方视师峡口，闻之急返肇，力挽不得。魁楚扈驾西上，升岭西道；朱怡〈忄间〉为广东巡抚，留守肇庆。式耜部署毕，疾趋梧，上已越梧而西又五日矣。魁楚至梧，为标将苏聘所惑，从梧转入岑溪；化澄携中枢印走浔州。随驾者，户部尚书吴炳、简讨方以智、文选司郎中吴贞毓、给事中唐诚、御史程源、中书吴其靁、吴德操、洪士彭、掌锦衣卫事马吉翔十数人耳。
王坤，先朝旧璫；本名宏祖。自南都陷，入闽，隆武屏不用。至星宫府草创，无习故事者，留为司礼秉笔；颇弄权，而外廷亦遂夤绿以进。如周鼎瀚本户部郎中，内批改给事中；式耜曰：瀚历部俸深，且有推戴功，应陞卿寺，今破例而改，非陞也；何以示新政？然瀚志在给事，卒为给事。广东巡按御史王化澄骤陞两广总制，兵部右侍郎林佳鼎代化澄出兵，出则进化澄右侍郎、掌中枢印；会吕大器以病去，墨敕陞化澄兵部尚书，皆出於坤。大学士李永茂以守制不入直，佥请端知经筵；永茂疏荐十五人，坤辄以己意去取其间。永茂曰：上方以启沃责茂，茂以十五省人才进而去取之，是有言不信也。敢知经筵事乎？遂解舟去。巳坤复荐数十人；科臣刘鼒等疏论内臣不得荐人；坤大怒，叱逐鼒等。其横如此。然上以坤习知宫禁事，左右导卫；故特亲信之。凡仓猝西幸者再，群臣要留不得，皆坤之为也。初，丁魁楚与吕大器、瞿式耜等请上监国，而王坤适自闽至，魁楚深为结纳，遂用端首辅。召起前大学士陈子壮；闻魁楚秉揆，力辞不赴。魁楚复与大器争管戎政不协，大器因上有西幸之意，自请留守东方。未几，由梧而韶，再至梧入柳，遂召之不出，未及与登极大典矣。至十二月二十六日，王坤再趣驾西上，上意在楚。时班行多楚、蜀人，亦劝上行，上意遂决。以丁亥正月元旦跸梧州，由府江趋桂。魁楚弃上走岑溪，舳舻相属；北将李成栋追及之，尽获其辎重、妇女。魁楚素与成栋有隙，及是薙发迎降，成栋不礼；籍其家口数百人，凡男子无少长，悉斩之。魁楚在坐，哀求免其一子；成栋笑曰：汝岂望活，尚求活人耶？并杀之。吾犹见其一孙才数岁，为罗成燿子。
永历元年丁亥二月，上至桂林。以吴炳、方以智为大学士，同瞿式耜入阁办事。式耜请驾跸桂林，联络湖湘、控制两粤，粤、楚用兵，易以策应；王坤力主幸楚。是时肇庆已陷，北兵在梧。初十日，北将李成栋自梧袭平乐，屠列鳌以精骑直趋桂林，兵薄阳朔；上遂决意幸楚。十五日，驾发桂林，司礼监王坤、锦衣卫马吉翔扈从。命式耜为桂林留守，大学士吴炳随行。式耜请暂驻全州，去桂稍近，军机易以呼应；从之。二十五日，平乐府陷；守将陈邦傅走柳州，北兵乘胜直上。上在全州，命全州防守副将焦琏率所部兵尽入桂林，为防御计。初，琏以破靖江王有功，陞参将，驻黄沙镇；是时闻命，星驰赴援。至甘棠渡，水涨浮桥断，搜渔舟次第得渡。三月初一日，北兵破阳朔；初九日，到刘仙岩下。琏以初十日，抵桂林城。十一日，北兵突至，数十骑冲入文昌门，直上城楼，下瞰留守公署，矢注如雨。式耜方缓带从容。忽仰见城上铁骑驰骤，讶曰：岂是□耶？急召琏。琏兵悉散遣领粮，一时不集。琏方裸，不及披甲，挟弓矢趋至城下，连发数矢，毙其二骑，琏亦被射中臂；拔镞更射，又毙数骑。骑奔，徒步追之；兵亦渐集，乘胜奋杀，连砍十余骑，桂林以全。
是时，定蛮侯刘承允从武冈入卫，颇尊朝廷。恶王坤弄权，疏逐之；面叱周鼎瀚仰寺官鼻息，不为礼。闻桂林有警，即遣劲兵千人赴援；兵未至，而□已败退。承允以拥卫功，晋封宏国公。刘承允请封掌锦衣卫事马吉翔、东司房郭承吴、西司房严云从伯爵，以酬扈驾之功；於是吉翔封文安伯、承吴遵化伯、云从靖江伯。御史毛寿登驳参金吾无矢石功，何得援边镇例晋五等？给事中万六吉、御史吴德操继论之。吉翔等疑寿登疏出编修刘湘客，指鼎瀚复造蜚语为董卓、〈确，代石〉、汜之说以激怒承允。承允诉诸上，逼上立下廷杖。有旨：缚寿登、湘客、六吉、德操於行在午门外；承允复力为申救，得免，皆夺职。承允与吉翔内外交结，益跋扈不可制；要上幸武冈。式耜屡疏争之。某逼杖寿登等者，亦以四人主还跸之议也。及是，闻桂林之捷，知粤西渐安，上将返跸桂林；四月，劫驾移跸武冈，改为奉天府，政事皆决於承允矣。而承允前所遣援兵，在桂与焦琏兵主客不和；於五月十四日与琏兵譁斗，击伤琏，大掠城中而去。留守瞿式耜檄诛为首者二十余人，疏劾承允驭兵无律状。十五日，琏兵亦出城，赴黄沙镇。
北兵侦知桂林兵变，复图来攻，大集平乐、阳朔之众，号召土贼、猺人蜂拥而至。琏闻知，复从白石潭回桂。部署略定，二十五日北兵薄城下，营於文昌门外。时方积雨，城坏，百计攻之，吏士皆无人色。琏裹创披甲，督诸将分门扼守，副将白贵、白玉坚堵文昌门；式耜用大炮击杀数骑，势少却。二十六日黎明，琏与白贵等未及蓐食，遽开城门出战；掩其不备，击杀数千人。自辰抵午，琏呼曰：兵腹枵矣，奈何？式耜急括署中米蒸饭，缒城下分哺再战。日晡，雨未息，收兵。明日，复出战，士气百倍；北兵大败，尽弃甲仗而逃。副将马之骥隔江复发大炮助其声势，遂乘胜追击数十里，斩级数千。初，北兵分路，一从栗木岭来，不知前兵已败；马之骥闻之，疾驰渡江，未登岸，敌争迎击。之骥运槊大呼，连毙三人，皆奔窜；复追杀二十里而还。自是北兵胆丧，不敢复窥桂林矣。琏骁勇敢战得士卒心，久於桂受留守国士遇，故桂林赖以再全。捷闻，晋封琏新兴伯、式耜临桂伯。式耜力辞，不允；再疏请还跸全州，不报。
全粤初定，留守瞿式耜复具疏请还桂林，奉旨择日返跸。而北兵已陷长沙，由宝庆直趋行在。二十五日，突至奉天城外，上奉两宫踉跄斩关出，从间道达靖州界；百官星散，大学士吴炳被执死焉，刘承允举城降。护驾参将谢复荣以兵五百人断後，与追骑战死於王家堡。上遂由靖至柳，道出古泥，总兵侯性、司礼监庞天寿帅舟师五千来迎。会天雨泥淖，乘舆服御沿途散失，宫婢、内竖皆狼籍雨中，饥困不能兴。性预敕行宫盛供帐，凡御用器物悉备；中外随驾者仅百余人，所需无有缺乏。上大喜，太后言於上，面封性商邱伯，以天寿代王坤掌司礼监印务。上次柳州（初，李成栋尽锐而西，直抵平乐，桂林势甚危。会粤东余龙起兵龙湖江盗，有众万余出没甘竹滩。广州陷，建义者多归之，其势益张；焚北船於东筦，遂突广州。北抚佟养甲坚壁不出，檄成栋还师御之。兵部左侍郎张家玉、举人韩如璜起兵攻东筦，县令郑霖开门以应。已闻成栋且至，遂弃城以舟师屯杜〈〈穴上告下〉〉村。遣张元莹、陈瑞图奉表行在，进家玉兵部尚书。兵科给事中陈邦彦亦起兵於高明，使其门人马应房以舟师围顺德。成栋既破余龙，遂趋顺德，应房迎战败死；移兵攻杜〈〈穴上告下〉〉村，韩如璜死之。家玉兵引入新安，成栋围新安；复弃城走博罗，遂据之。七月，大学士陈子壮起兵九江村，与邦彦共攻广州。初，邦彦约城内诸降将内应，期於是月之七日三鼓内外并起。子壮先期以五百舟师薄城，谋泄，佟养甲捕诸内应者悉斩之；发大炮击舟，舟毁兵退。
北风大作，养甲乘风追之；子壮退保九江，又弃去，入高明，与监军麦而炫、知县朱实莲婴城固守。邦彦亦退；会清远指挥白曹灿反正迎邦彦，邦彦率舟师赴之。成栋用四姓贼郑昌等为导至高明，发炮破其城，杀实莲於南门楼；子壮、而炫被执。成栋遂围家玉於博罗；城破，家玉走增城，急攻之。成栋赴救，内外夹击。家玉败，火药尽，乃与诸将痛饮，夜投濠死；将士数千人皆死，无降者。子壮临刑骂不绝口，养甲寸磔之，分其胔骼散置各郡城楼。遍召广州诸绅坐堂上，观其受刑以惧之。而炫从死。而家玉首亦至东筦，李觉斯与家玉有隙，时在坐，请审视，恐为所欺；养甲曰：视此貌清正，固是义士；必家玉也。未数日，成栋破清远，邦彦率兵巷战，力屈赴水；北兵钩出之，与总兵曾天奇同槛送至广州。既至，亦大骂而死。陈子壮、张家玉、陈邦彦事虽不成，然义旗并举，牵制李成栋使不得西上，而桂林、武冈间犹得从容驻跸者，三人不为无功也）。
九月，上在柳州。式耜再疏迎驾，极言粤西山川形胜、兵马人心，俱有可恃；年幸丰稔，飞挽有赀。上遣阁臣严起恒、词臣刘湘客至桂林，与式耜酌量移跸事宜，何腾蛟亦至。忽尔安侯郝永忠帅銕骑万余自湖南来，百姓震骇，复与焦琏兵主客不和。会宜章伯卢鼎亦至，自是兵势稍壮。腾蛟遂帅鼎、琏等与永忠分汛防御，桂林以安。而柳州叛将覃鸣珂与守将龙文明构衅攻杀，几至犯驾。上幸象州。
十一月，北督佟养和帅兵至全州灌阳，腾蛟、式耜集永忠、琏誓於神，刻期出师；又命卢鼎与滇帅赵印选、胡一青等分路驻全。北兵至，合击大败之，追杀三十余里；斩首千级、夺马三百余匹，养和仅以身免。诸帅连营而军，亘三百里。北兵退，式耜复请驾还桂林。