十六日（戊子），谕军机大臣等：李鹤年奏（日本师船拟攻台湾番境，相机妥筹）一摺，据称（日本以土番劫杀该国遭风难民，率领兵船拟攻台湾番境；现已照覆该国将官令其早日回兵，并饬台湾镇、道按约理论）等语。日本违约兴兵，心怀叵测；前据总理各国事务衙门具奏，已派令沈葆桢、潘霨前往台湾生番一带察看，与文煜、李鹤年等会商办理，嗣复授沈葆桢为钦差办理台湾等处海防兼理各国事务大臣。现在日本兵船已有登岸情事，各国船只复驶往福建洋面，较李鹤年所奏情形尤为吃紧；着沈葆桢檩遵前日谕旨，与潘霨慎密筹画，随时会商文煜、李鹤年等悉心布置，毋令日本侵越并豫杜各国觊觎，方为妥善。并着文煜、李鹤年将拨饷、拨兵事宜，遵旨妥速筹办，毋误事机。日本是否回兵，台湾镇、道如何与之理论？即着据实奏闻。将此由五百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年，并传谕潘霨知之。
二十一日（癸巳），谕军机大臣等：李鹤年奏（日本兵船已抵台湾番境，密筹防范，并详陈台湾地利、日本诡谋）各摺片，日本兵船不候照覆，即行驶赴台湾，登岸紮营，显系心怀叵测；李鹤年已派水陆各营分往凤山、澎湖等处屯紮，并调集庄团、水师防范台境，藉壮声威，以期有备无患。番地虽居荒服，究隶中国版图；其戕杀日本难民，当听中国持平办理，日本何得遽尔兴兵、侵轶入境！若谓该国仅与生番寻仇、未扰腹地，遂听其蛮触相争，必为外国所轻视，更生觊觎。衅端固不可开，体制更不可失；该督惟当按约理论，阻令回兵，以敦和好。不得以番地异於腹地，遂听其肆意妄为也。派往琅峤之员与日本如何辩论？能否就我范围？着该督据实奏闻；仍随时会同文煜悉心布置，务臻周密。沈葆桢计当起程，着檩遵叠次谕旨，与潘霨慎密筹画，会商文煜、李鹤年妥为办理，毋稍大意。近日台湾番境情形若何？着随时详细具奏。另片奏称查办彰化匪徒各情，匪党虽就殄除，恐有余孽潜藏，根株未尽；匪首廖有富亦未就捦。着李鹤年檄令台湾镇、道饬属一体查拿，务将廖有富等按名弋获，尽法惩治；毋令死灰复燃，致与外国人勾结，滋生事端。将此由五百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年，并传谕潘霨知之。
二十五日（丁酉），谕军机大臣等：李鹤年奏（日本师船已与生番接仗，现筹防范）一摺，日本并不遵约回兵，已与生番接仗，并拟即日移营进剿；其蓄谋寻隙，意图占踞，已可概见。该国现到轮船七只，尚有铁甲船及坚固兵船未到；此时衅端已开，自应先事布置，严密设防，以期有备无患。江苏、广东沿海各口轮船，前已有旨准归沈葆桢调遣，李鹤年亦拟添调直隶、江苏轮船赴闽防范；应需轮船若干只？即着李鸿章、李宗羲、张树声、瑞麟、张兆栋如数拨往，以壮声势。日本被伤者是否止系数人？至生番有无被杀被伤之人？未据该督奏及。生番既居中国土地，即当一视同仁，不得谓为化外游民，恝置不顾，任其惨遭荼毒；事关海疆安危大计，未可稍涉疏虞，致生後患。着沈葆桢檩遵叠次谕旨，随时与潘霨筹画，会商文煜、李鹤年办理；总当消弭边衅，豫遏诡谋，方为不负委任。李鹤年所筹自强之策有无把握？是否办有端倪？不得以空言塞责，致误事机。将此由六百里密谕沈葆桢、瑞麟、李鸿章、文煜、李宗羲、李鹤年、张树声、张兆栋，并传谕潘霨知之。
又谕：李鹤年奏：（闽省兵饷向赖各省协济，现计江西省共欠解银一百十九万八千余两、浙江省共欠解银七十三万七千余两、广东省共欠解银二十四万八千余两，请饬筹解）等语。闽省库储支绌，需饷孔殷；各该省自应迅筹接济。着瑞麟、刘坤一、杨昌濬、张兆栋、文銛将欠解闽省兵饷、军饷迅速筹拨，源源报解，毋再迟延。将此由四百里谕知瑞麟、刘坤一、杨昌濬、张兆栋，并传谕文銛知之。
五月壬寅朔，谕军机大臣等：文煜、李鹤年、沈葆桢奏（遵旨会筹台湾防务大概情形）一摺，览奏均属妥协。日本上年遭风难民，经台湾商民与熟番救出交回；该国转藉他国积年旧案，越境称兵，其为妄生觊觎，自不待问。该国此举，为中外之所共恶；沈葆桢等拟将叠次洋船遭风各案摘要照会各国领事，其不候照覆即举兵入境与生番开仗各情形亦分次照会，令其公评曲直，并拟购买铁甲船、水雷及各项军火器械，均着照所议行。并准其将闽省存款移缓就急，酌量动用；如有不敷，即照所请暂借洋款，以应急需。调赴浙江之（伏波）等轮船，着沈葆桢迅速调回；直隶、江苏、广东沿海各口轮船应如何调拨之处？着沈葆桢等与李鸿章、李宗羲、张树声、瑞麟、张兆栋咨商妥办。前署台湾道黎兆棠，据沈葆桢奏称该员洞悉洋情；着瑞麟、张兆栋饬令即行起程赴闽，以资得力。所请设电线以通消息，亦着沈葆桢等迅速办理。该大臣此时计已起程前赴台湾，着即察看情形，妥速筹办；一面详悉具奏，用慰廑系。罗大春、潘霨到台湾後，沈葆桢即与该员等随时会商办理。该省防务，沈葆桢、文煜、李鹤年当统筹全局，妥为布置。另片奏（请派员稽查船政）等语；沈葆桢现在赴台，着文煜等传谕前陕西布政使林寿图前往船厂认真稽查，随时察看海口情形。如有紧要事宜，与文煜、李鹤年妥为备御，并着会衔具奏。将此由六百里密谕沈葆桢、瑞麟、李鸿章、文煜、李宗羲、李鹤年、张树声、张兆栋，并传谕潘霨知之。
十一日（壬子），谕军机大臣等：沈葆桢等奏（据报台湾近日情形）一摺，日本已分三路进攻番社，生番逃散，遂将牡丹社等处焚烧，并欲攻龟仔角社；是其乘隙寻仇，意图深入，已可概见。若再不亟筹办法，则生番更遭荼毒，该国必愈肆欺陵。沈葆桢已与潘霨起程赴台，邀集各国领事，公评曲直：日本兴兵显背条约，固属理曲辞穷；若能就我范围，敛兵回国，自可消弭衅端。倘仍肆意妄为，悍然不顾，即当声罪致讨；不得迁就因循，转误事机，致将来办理愈形棘手。沈葆桢与潘霨当相度机宜，悉心筹办。应如何调拨官兵前往，藉壮声势之处？着会商文煜、李鹤年妥速布置，以维大局。本日有旨谕令王凯泰即行起程回任，毋庸来京陛见；该抚回任後，着李鹤年随时和衷商办，以期共济时艰。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年，并传谕潘霨知之。
又谕：李鹤年奏（闽省海防紧要，请饬抚臣迅回本任）一摺，福建巡抚王凯泰前经行抵苏州，因病奏请开缺，当经降旨赏假两个月，无庸开缺；现在闽省自日本违约兴师、占踞台湾牡丹社一带，该省海防关系紧要，着李宗羲、张树声即行传知该抚速行回任，以重地方。王凯泰於接奉此旨後，即日起程赴闽，毋庸来京陛见；不得俟假期届满，致有迟误。将此由五百里各谕令知之。
二十五日（丙寅），谕军机大臣等：沈葆桢等奏（到台日期、筹办大概情形，并番目吁乞归化，台、澎防兵拟另招精壮充补，请台湾课税等银拨充经费）各摺片，沈葆桢、潘霨先後行抵台湾察看该处情形，沈葆桢给与日本西乡从道照会词义颇为严正；潘霨於本月初八日亲赴琅峤，面加诘问，彼族狡诈性成，中藏叵测，设防之事自属万不容缓。沈葆桢等拟於海口建筑炮台、安放巨炮，使不得停泊兵船；北路淡水等处派兵驻紮，由提督罗大春督率巡防，并另招劲勇、多备军火等事：所筹均是，即着该大臣等分别妥速办理。日本藉口他国积年旧案违约称兵，曲直是非，中外共见。沈葆桢等务当与之极力理论，断不可任其妄为；倘该国悍然不顾，亦当示以兵威，不得稍涉迁就，致误事机。该国如何照覆，潘霨到琅峤後如何辩论情形？着随时详细奏闻，以慰廑系。生番本隶中国版图，朝廷一视同仁；叠谕该大臣等设法抚绥，不得视同化外，任其惨罹荼毒。现据各社番目吁乞归化，即着该大臣等酌度机宜，妥为收抚，联络声势，以固其心，俾不至为彼族所诱。台湾向用内地班兵，率皆疲弱；现在因时制宜，自不妨变通办理。沈葆桢等拟将班兵疲弱者撤令归伍，另招本地精壮充补，事平之後，察看情形再行酌办；即着照所议行。台湾盐课、关税、厘金等款，准其尽数截留，拨充海防经费，归台湾道衙门支销；不敷之款，着文煜、李鹏年筹拨接济，毋令缺乏。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年，并传谕潘霨知之。
二十六日（丁卯），谕内阁：署福建盐法道陆心源，前在广东高廉道任内，本系开缺送部引见之员，着即开署缺，仍遵前旨送部引见。
二十七日（戊辰），谕军机大臣等：文煜、李鹤年奏（筹办沿海各口防务）一摺，马祖澳及白犬洋面已有日本铁甲船、木轮舟在彼游弋，并有孟春兵船自厦门测水直至中岐，意存恫喝；此时防务万难稍缓，自应严密布置，以备不虞。览文煜、李鹤年所奏筹防情形，半属空言，并无切实办法；当此事机紧要之际，若再掉以轻心，必致临时张惶，贻误大局。究竟福、厦各口何处最为扼要？现应如何设防？福宁、连江沿海一带作何准备？是否已臻周密？着文煜、李鹤年悉心筹画，立见施行；不得以含混一奏，遂为了事。沈葆桢现於淡水等处派兵驻紮，由罗大春督率巡防，责任綦重；仍当遵奉前旨，檄令即日赴台，以资得力。着文煜、李鹤年另派得力之员统兵驻紮厦门，并会商李新燕妥为筹布。近省情形，当随时知照沈葆桢、潘霨，以期声息互通。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年，并传谕潘霨知之。
三十日（辛未），谕军机大臣等：总理各国事务衙门奏（日本兵紮番社，滨海防务请饬先事筹办）一摺，日本有事生番，占踞台湾牡丹社一带，前据沈葆桢等奏拟於海口及北路淡水等处严密设防，当谕该大臣等妥速办理。又据文煜等奏：马祖澳等处已有日本兵船游弋；复谕该将军等於沿海各口妥为筹布。刻下办理情形若何及该国近日作何动静？着沈葆桢、文煜、李鹤年、潘霨详细奏闻，以慰廑系。各省沿海口岸甚多，亟应一体设防，为未雨绸缪之计；并当联络声势，藉壮兵威，以期有备无患。着瑞麟、李鸿章、都兴阿、志和、恭镗、李宗羲、文彬、张树声、杨昌濬、张兆栋统筹全局，於各该省沿海地方形势详细体察，何处最为扼要？何处必当设防？并如何联为一气得操胜算之处，务当悉心会商，妥筹布置，奏明办理。原摺均着钞给阅看。将此由六百里密谕沈葆桢、瑞麟、李鸿章、都兴阿、志和、恭镗、文煜、李宗羲、李鹤年、文彬、张树声、杨昌濬、张兆栋，并传谕潘霨知之。
六月初五日（丙子），谕军机大臣等：文煜、李鹤年奏（布置海防、筹拨台防饷银军火并探报日本船只在五虎口外游弋情形，请饬宋庆统兵赴闽）各摺片，日本违约称兵，昨据沈葆桢奏报到台後，业经给与照会向其理谕，并经潘霨亲赴琅峤面加诘问；是否敛兵回国，尚未续有奏报。现据文煜等奏：福州五虎口百余里外已有该国铁甲等船在彼游弋；是福州、厦门等处海防甚为吃紧。文煜等现拟择要坚筑炮台，并饬副将杨廷辉将附近渔人招募成军，免资寇兵；即着迅速妥为布置，并饬总兵孙开华等认真办理，以期有备无患。所需水雷及转轮炮台等，即着咨商沈葆桢妥为筹办，以资要需。此外，沿江、沿海如尚有扼要之处，亦当预为防范，毋稍疏懈。台湾近日情形，自沈葆桢给与照会之後，日本官如何照覆？能否就我范围？着沈葆桢等相机妥办，仍随时奏闻，以慰廑系。至提督宋庆一军，现在整理出关，虽尚未成行；而闽省海防紧要，该军远在宁夏，焉能济急。闽、浙两省皆李鹤年管辖，何至乏员调拨？如防军需人统带，即着另行拣派，以资得力。所请饬令宋庆带兵赴闽之处，着毋庸议。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年，并传谕潘霨知之。