十八日（丙辰），谕〔议政王军机大臣等〕：徐宗干奏：（台湾官军攻克彰化小埔心贼垒，生捦渠逆，平毁匪庄），曾元福、丁曰健各奏（生捦陈哑狗并获伪太子戴能、戴如川及股首张三灦等多名，沿海贼庄俱已肃清）等摺，曾元福剿除小埔心贼垒，将陈哑狗等殄除，尚为迅速；惟洪欉等皆系着名巨匪，现在逃往何处？裹胁人众当亦不少，各摺均未言其下落。着左宗棠、徐宗干严饬曾元福、丁曰健等上紧缉拏务获，免致再行勾结生事。彰化余匪，仍着曾元福认真搜捕；各属招集流亡、安抚良善，着该镇、道会同妥办。林天河在籍逞强，横行无忌；丁曰健有地方之责，应行随事裁抑，不得任其鱼肉乡里，大为闾阎之害。徐宗干另摺奏：（浙省平阳会匪潜赴福宁，窥伺图扰；经署福宁镇锺宝三等拏获多名，审明正法。并据报温处道周开锡已由郡带兵勇前赴平阳、泰顺一路搜捕，并经平阳县余丽元等获犯多名；而股首尚有未获，余犯亦未尽歼除。着左宗棠、徐宗干严饬周开锡、锺宝三等督同府、县、绅董严密查拏，务将股首赵辛（即赵阿虎）及在逃之陈田壁等犯按名弋获，不准任其漏网，致贻後患。将此由六百里各谕令知之。
又谕：丁曰健奏：（署陆路提督林文察於破林巢後，安住家园五十余日，顿兵不出；兼有胞叔林天河倚势作威，众议沸腾。又协剿陈逆，未能攻克；在彰逗遛月余，剿匪事宜竟置不问。又与署水师提督曾玉明紮营彰城，兵勇骚扰，绅民怨恨离心）等语。林文察等以专阃大员，当此军务吃紧之时，宜如何振刷精神，激励将士；若如该道所奏，节次顿兵逗遛、纵勇滋扰，实属大负委任！着左宗棠、徐宗干确切查明；如实有前项情事，即着严行参办，毋稍徇隐。原摺着摘录钞给阅看。将此各谕令知之。
以福建攻克小埔心贼巢、生捦首逆，赏同知凌定国、都司林文光花翎，团首张清华等蓝翎；余升叙有差。予阵亡团首罗冠英建立专坊。
二十六日（甲子），福建将军英桂奏：遵旨於到任後会同抚臣徐宗干筹办防堵。得旨：南丰未克，贼氛终恐延及闽省；该将军当会商徐宗干飞催张运兰、曾玉明、林文察等到防，与江西水陆各军约期会剿，毋令阑入闽境。
二十七日（乙丑），以火器营总倭和为福州副都统。
准丁忧福建陆路提督萧孚泗回籍守制，以江南福山镇总兵官郭松林为福建陆路提督。
八月己巳朔，命福建学政章鋆留任。
十五日（癸未），谕〔议政王军机大臣等〕：左宗棠奏（克复湖州、安吉两城，并追剿窜贼，大获胜仗，及督饬官军搜捕划船土匪）各摺片，所奏克复湖州情形，与李鸿章前奏大略相同。至安吉一城与湖郡有犄角之势，经杨昌濬及周廷瑞等军分路进攻，迅将坚城攻拔；并追剿窜贼，大获胜仗，杀毙溺毙及逃散就抚者约计不下十数万人，剿办甚为出力。所有在事文武，数月以来叠次苦战，尚属着有劳绩；着俟此股窜贼剿除，即由左宗棠分别保奖，候旨施恩。湖州、安吉已克，浙镜肃清；惟堵逆黄汶金挟幼逆洪幅瑱由昌化、绩溪一路逃窜，值逆黄汶英与忠逆之子向泾县、祁门一路窜去，漏网余氛分路上窜，必将假道徽、池以扰江西，而为入粤之计。若不迅速兜剿，深恐匪党联络勾结，其势复张；左宗棠已饬提督高连陛等蹑踪紧追，并饬黄少春、王德榜等军从徽、严一带绕出贼前，相机截击。即着严饬诸军尽力截剿，无论窜江、窜皖，总期悉数歼除。李鸿章恪遵前旨，飞调得胜兵勇会合浙师出境追剿，竟此一篑之功。杨岳斌、沈葆桢督饬饶、景等处在防将士实力扼堵，毋令一贼入境；庶不至与前股窜匪联成一气，又成不了之局。江右败贼窜至赣、宁，南、赣防务吃紧；此次湖州等处窜贼，又有由江入粤之意。毛鸿宾、郭嵩焘务当檩遵叠次谕旨，先事图维，派兵出境防堵。张运兰已取道嘉应赴闽，即着徐宗干催令迅速前进，择要驻紮，以固闽省边防。皖南防兵单薄，曾国藩当迅拨陆师前往助剿，毋稍疏虞。湖州、苏州土匪乘坐小划肆行劫掠，人数多至数万、划船多至数千；恃其港@纷岐、船炮利便，导贼抗军，习为故智，实苏、浙两省心腹之忧。着左宗棠督饬水陆各军及地方守令乘此兵威，密速妥办，尽绝根株，毋留後患。左宗棠、徐宗干奏（台湾文武藉词诿过，派委胡肇智前往查办）一摺，此案前因丁曰健奏称：（林文察顿兵逗遛，并其叔林天河依势作威）等语；曾经谕令左宗棠等查参。兹览左宗棠所奏：林文察以余匪复炽，诿过於地方官；是该处文武意见不合，互相攻讦，殊属不成事体！着左宗棠、徐宗干督饬胡肇智将实在情形确切查明，分别严参惩办，以肃官常。另片奏：（林文察等日久尚未赴调）等语；已明降谕旨，将该总兵交部议处矣。
仍着左宗棠饬调该总兵等迅速内渡，毋再延缓。乔松年奏：（皖省军务日繁，军饷已竭；请将江苏停拨月饷，照旧拨解）等语。着李鸿章将江海关每月旧拨皖饷二万两，仍饬该司道照旧按月协拨，解赴乔松年军营，毋稍延误。将此由六百里各谕令知之。
以防剿迁延，福建署提督林文察、曾玉明下部议处。
二十一日（己丑），命翰林院编修曹秉濬提督福建学政。
二十四日（壬辰），谕议政王军机大臣等：左宗棠奏（截剿窜贼大胜，堵逆黄汶金等就戮）一摺；徐宗干奏（张运兰到闽接任，即赴防所剿办，并康熊飞克复新城情形）、林文察奏（台湾大局底定，撤队内渡）各摺片，堵逆黄汶金由广德绕过宁国，分窜昌化、淳安等处；叠经官军击败，并歼毙黄汶金、黄汶英等逆党甚多，剿办甚属得手。惟洪幼逆及伪祜@李远继等尚在稽诛，人数不下四、五万；着左宗棠督饬诸军尽力搜剿，毋留余孽以竟全功，同膺懋赏。黄汶英既与洪幅瑱同逃，洪幼逆必在淳安一路；据获贼所供，伪幼逆逃去时将头发熨鬈、装扮洋人，希图混窜。左宗棠已令全军物色，即着密饬购捕，务在必获。并传谕各营将弁：如获得洪幼逆，必仍破格重赏；断不可任令兔脱，致贻後患。辅逆杨辅青已由湖州薙发，潜入上海，着李鸿章派委妥员密速获。此种匪类若投入洋人处所，恐遂为逋逃之薮，将来又费唇舌；该抚当慎以图之。黄汶金逆屍，是否瘗於白牛桥侧？着於掘验後，由左宗棠随报附奏。浙江余逆，恐勾结前窜江西各逆，联为一气；曾国藩、沈葆桢当遵照历次谕旨，饬诸军截剿，不可稍涉大意。张运兰业经接印任事，其所部勇丁已可行抵汀境。着左宗棠、徐宗乾即催该臬司干日出省，前赴邵武防所迎提全队，择要驻紮，与康国器会商出关兜剿；仍令查明建宁、汀州各属要隘及江西各路军情，多设侦探，严密堵御，毋致稍有疏失。曾玉明、林文察二员早已有旨令其内渡，本日适据林文察奏到拟即配船内渡；仍着该督、抚委员迎提。如仍无内渡信息，即行从重参处。新城之役，前据江西奏到情形甚略，亦未提及闽军出力各情；徐宗干转据康国器禀称：（康熊飞率勇将黄沙渡等处贼垒十二处，次第剿平，贼退入城。康熊飞会同林本熊直抵城下，斩关直入；鲍超部下马队亦到。该逆惊惶失措，越城由石溪头向南丰大路南去）。其情形是否确实？仍着沈葆桢、徐宗干会同查明具奏；并查明此股逆众窜向何处？责成各路防军会合痛剿，未可蹈（胜不相让、败不相救）之习，致滋蔓延。陈哑狗一犯，前据徐宗干、曾元福奏报，均称於五月二十三日生捦正法；本日据林文察奏：（该逆受伤，泅水逃遁。该逆之族垓坮、大突等庄，跟踪围捕，於二十四日该庄头等将陈逆献出）。情形既有互异，则下手出力即迥不相同；着左宗棠、徐宗干切实查明具奏，俾将来列保各员，不至有遗漏冒滥之弊。台郡大局已定，彰属余匪，林文察已交林文明分别搜捕；该提督即撤队内渡，商办闽省边防事宜，毋再迟误干咎。台湾余匪，着左宗棠、徐宗干责令曾元福、丁曰健实力办理；洪欉一犯，必须捦获正法，以净根株，毋任漏网。将此由六百里谕知曾国藩、左宗棠、李鸿章、沈葆桢、徐宗干，并传谕林文察、曾玉明、曾元福、丁曰健知之。
九月初八日（丙午），福建巡抚徐宗干奏：汀州官军截剿江西瑞金窜匪获胜。得旨：瑞金窜匪虽已击退，饬应严防回窜；窜近广昌之贼股，即饬张运兰驰往确探，会合江西官军迎剿，以期一鼓歼除。林文察已抵泉州，即派令酌带队伍，确探贼踪所在，痛加剿洗；毋令阑入闽境。
冬十月戊辰朔，福建巡抚徐宗乾奏：汀军出境剿贼获胜，并请免林文察处分。得旨：着即饬令张运兰等军分道严密遏剿，务将股贼尽歼，毋令扰及完善。林文察被参赴调延缓处分，着加恩宽免。
初五日（壬申），谕议政王军机大臣等：丁曰健奏（前往彰化督剿，并办理善後事宜）一摺，北路股首洪欉与番界接壤，往来莫定，负嵎抗拒；马粦潭匪首陈鮄等亦恃竹围坚厚，暗结党与，狡焉思逞。若不速加歼灭，恐日久死灰复燃，势将仍肆蔓延，致剿办又形棘手。丁曰健现於九月初十日带领兵勇前往北路彰化一带督剿，着左宗棠、徐宗干督饬丁曰健统率所部认真搜捕，务将洪欉等逆首悉数弋获，并将余匪剿除净尽，以竟全功而清疆圉。其一切善後事宜，即着丁曰健妥为经理。副将林文明以本地之人办本地之贼，自不免致招嫌隙；所有内山搜捕事宜，即着责成该镇、道接办，毋庸林文明前往。署总兵曾元福现在回台清理积欠口粮，并裁撤疲病各勇；即着照丁曰健所拟暂留郡垣，另行察看情形办理。丁曰健现赴彰化剿匪，所需兵勇口粮亟应宽为筹备。着左宗棠、徐宗干饬令台湾府知府陈懋烈於万难设法之中，竭力筹措；并着丁曰健自行凑借，俾供支放，毋令缺乏。将此由五百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕曾元福、丁曰健知之。
十一日（戊寅），以福建军务未竣，复展乡试，命正考官殷兆镛、副考官阿克丹回京。