命福建水师提督杨岳斌督办江西、皖南军务，浙江按察使刘典帮办军务。
五月庚子朔，谕〔议政王军机大臣等〕：徐宗干奏（发逆窜入闽省，建宁县城被陷旋复，现派司道大员出省督剿）一摺；另片奏：（林文察即日内渡，并催曾玉明回省）各等语。此次发逆由江西窜入建宁县境，署都司佟庆带兵堵截，力战阵亡；而该县文武员弁乃以分驻关隘为辞，置城守於不顾，以致贼氛一至，城即被陷。贼去之後，又捏报克复，以为请奖地步：种种畏葸粉饰，甚属可恶！乃徐宗干并不实力查办，辄据属员禀报之词含混入奏；封疆大吏，办事如此颟顸，安望其整饬戎行，绥靖疆圉耶！着传旨严行申饬。所请将已革参将吴连陞开复原官并克复县城出力文武存记汇奖之处，着不准行。其失守地方之文武员弁，并着徐宗干查明有无闻警逃避情形，从严参办。至各该员等分驻关隘一节，何以先期并不禀报？迨至县城失守，始藉口於此，希图卸罪！徐宗干务当认真查出，按律惩办。并着左宗棠查明，如有前项情节，即将各该员弁严行参办。该逆既有分股由汀回粤之说，宁化、归化一带防务吃重；该抚当严饬在防员弁实力防剿，不可再有贻误，自干重咎。此次所派之道员张启煊，从前带兵甚不得力；徐晓峰在皖营时，叠次被人参奏。徐宗干於该二员何以如此信任？仍着随时察看；如始终不知奋勉，即着另遴妥员接统其军，毋令偾事。左宗棠前奏请饬林文察内渡剿贼，令康国器由浙入闽会合张运兰粤师夹击；曾谕令该督等照办。现在贼氛正炽，左宗棠务当妥筹兼顾。倘张启煊、徐晓峰等不甚可靠，着左宗棠另行选择知兵之员，酌量改派。徐宗干当恪遵前旨，迅速催提林文察、康国器两军克日驰赴延、邵一带迎头痛剿，毋令蔓延腹地，不可收拾。将此由六百里各谕令知之。
初六日（乙巳），谕〔议政王军机大臣等〕：徐宗干奏（逆匪窜陷宁化，旋即克复，并分路追剿布置情形）一摺，江西窜匪阑入闽疆，分股窜陷宁化县城，经官军会合乡团壮勇驰往攻剿，即将县城收复，余匪分扰将乐、归化、建宁县境；其皖、浙逆匪李侍贤等股分由徽州、开化窜至上饶、铅山、广丰等境内，逼近崇安、浦城等县，现经徐宗干饬令署臬司徐晓峰等驻紮延平、建阳策应北路，道员张启煊驻紮泰宁援应中路，道员陈维汉驻紮将乐并飞催署总兵禄魁等援应清流、长汀以顾南路。即着督饬徐晓峰等军严密布置，相机策应。惟贼踪飘忽靡常，此次窜陷宁化之匪虽经诸军击退，并未大受惩创；此後恐尚有另股逆匪陆续窜入闽境。徐晓峰、张启煊等军是否得力？能否遏截凶锋？着左宗棠、徐宗干仍遵前旨，随时察看。倘始终未能奋勉，即另选妥员接统其军，毋得稍有瞻徇，致滋贻误。左宗棠前派援闽之康国器一军，计已起程；林文察一军，前据徐宗干奏称即日由台内渡。即着左宗棠、徐宗干迅速催提，克日驰往延、邵一带迎头截击；并飞提张运兰所部即日由粤入闽，会同康国器等军尽力兜剿，毋任逆踪纷窜腹地。江西贼势蔓延，曾国藩所派之周宽世、金国琛等军，前据奏称留紮祁门渔亭等处，未即入江；即着飞催鲍超迅率所部克日驰援江西，毋再延缓。杨岳斌前经谕令驰赴江、皖交界驻紮，督办江西、皖南军务。本日据熙麟奏：（衰病难支，陈请开缺）；当经降旨允准，并将杨岳斌补授陕甘总督。甘省回氛甚炽，亟需大员前往剿办；惟现在江、皖军务正形吃紧，着杨岳斌仍遵前旨，迅赴该二省适中之地择要扼紮，督率各军会同刘典所统之师力图扫荡；俟江、皖毗境肃清，即行奏请驰赴新任。其江西与闽省界连各境，着沈葆桢严饬在防各单与闽军实力防剿，不得稍分畛域；并迅饬席宝田等将南丰攻拔，尽歼丑类，毋任扰及他境。徐宗干奏称：（建宁、宁化相继失守，虽旋即克复，究属防堵不力，自请议处）等语；徐宗干着交部议处。该二县失守地方文武各员，并着左宗棠、徐宗干查明参办，毋稍宽纵。将此由六百里各谕令知之。寻吏部议：徐宗干照例降二级，留任；案关军务，无庸查级纪议抵。从之。
陕甘总督熙麟因病解职，以福建水师提督杨岳斌为陕甘总督；未到任前，以西安将军都兴阿署理。都兴阿未到任前，仍以布政使恩麟暂行护理。
初七日（丙午），以浙江温州镇总兵官吴全美为福建水师提督。
十一日（庚戌），谕〔议政王军机大臣等〕：林文察奏（官军捦斩首逆，彰化解围）、丁曰健奏（击败彰化余匪暨攻毁曾厝仑一带贼庄）各摺片，前因发逆窜入闽疆，叠经谕令林文察率众内渡；嗣因徐宗干请催曾玉明回省，亦经照该抚所请，令该署提督回省，督办内地防剿事宜。兹据林文察奏：（逆匪陈在、杨金环等袭陷犁头店、员林街各汛地，攻扑彰化县城；虽经兵围击退、首逆就捦，而张三灦、陈弄等逆尚各纠党啸聚，洪逆亦未弋获）。丁曰健奏称：（内山招抚太滥，赖、林各逆复勾结洪欉并各招抚股首分扑彰化县城。内山东、猫雾、犁头店仍多贼踪；曾厝仑、竹围等贼庄平毁後，彰化扑城各匪复思遁往内山）。是台湾逸匪，尚须赶紧搜捕；惟江、浙发逆扰及建宁、宁化等处，闽省西路之防尤为吃重。着左宗棠、徐宗干仍遵前旨，催令林文察、曾玉明统率所部迅速内渡，以资攻剿。其台湾剿匪善後事宜，即责成曾元福、丁曰健督饬兵勇，会同地方文武联络乡团实力办理。曾元福、丁曰健系镇、道大员，均属责无旁贷；倘日久因循，不能竣事，以致死灰复燃，再烦兵力，必惟该镇、道等是问。将此由五百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕林文察、曾玉明、曾元福、丁曰健知之。
以福建彰化县城解围，予参将汤得陞等升叙有差。
二十四日（癸亥），谕〔议政王军机大臣等〕：徐宗干奏（发逆复陷建宁、宁化县城，旋即击退，现饬各军妥筹防守）一摺，建宁、宁化两城甫经收复，何以贼匪回窜，又复失陷？徐宗干於军务重事毫无布置，派出各员又复不能得力，致贼氛一至，城即被陷。以万余兵勇各路分防，而任贼往来自如，曾不能一为堵截；乃以（被贼袭入、随即击退）为词，请将该文武等免议。如此办事颟顸，安能整顿戎行，保守疆圉！徐宗干着传旨申饬。所请将文武各员免其置议之处，着不准行。仍着该抚查明失事各员，严参惩办；不得再有粉饰，自取罪戾。此股贼匪向江西新城、石城窜去，难保不去而复来；徐宗干当严饬徐晓峰、张启煊等实力堵御。如再被贼阑入、蹂躏地方，该抚等恐不能当此重咎也。浦城、汀州等处关隘甚多，兵以分防见单，前经谕令该抚檄调曾玉明、林文察等带兵内渡，并力剿贼；即着催令该员等会同江省兵勇合力兜剿，不得再有迟滞。康国器一军计日可到，仍着飞催前进。现在闽省防剿正当吃紧之时，毛鸿宾、郭嵩焘当檩遵叠次谕旨，迅饬张运兰督带所部克日赴闽，毋许逗遛。徐宗干当会商左宗棠，就现有兵力严密防堵或分兵出境会剿，均当认真筹办，毋行再误事机。将此由六百里各谕令知之。
以福建台湾防剿出力，赏道员史翼久按察使衔。
以福建台湾叠克贼巢，免已革副将吴鸿源罪。
六月庚午朔，谕议政王军机大臣等：沈葆桢奏（老湘等营叠获胜仗暨金溪等处接仗情形）各摺片，江、陈两逆由陈坊、湖坊窜向上清宫，经王德榜、王开琳等分路猛击，歼毙悍逆多名；其分踞柜子峰、盛源洞者窜距贵溪城十余里南乡，经孙昌国等叠次击败，而贼尚未退。着沈葆桢饬在防诸军极力扫荡，毋令盘踞要隘，日肆蔓延。现在侍逆大股仍踞崇仁，康听等逆则在贵溪之南、金泸之北；亟宜及早殄灭。杨岳斌日内谅已交卸水师，起程赴江，着即星夜前进，会同沈葆桢督饬江忠朝、席宝田等迅赴崇仁，毋令逆匪久踞；并檄王德榜、王开琳会合江军将康听各逆速图剿灭。王文瑞分紮永丰、乐安，西路虽可无虞；而南丰一城日久尚未攻拔，其剿办情形亦未据沈葆桢陈奏，殊深驰系！南丰与广昌、宜、崇均相毗连，若不迅下南丰，恐贼氛联成一片，纷窜旁趋，愈难收拾；着沈葆桢督饬在事文武奋力会攻，毋再迟延干咎。林正阳一股由宁化福村回窜石城之丰山，仍败踞福村；伪王宗一股分党由宁化之安远司窜近广昌，复退池源山背村中，负嵎不出：是福建边防愈形吃紧。着左宗棠等督饬康国器一军确探贼踪，迎头截击。徐宗干檩遵叠次谕旨，迅催林文察等飞速内渡，合兵会剿；并饬在防诸军严扼要隘。其不能得力员弁，随时甄汰，以肃戎行。宁化、石城一带逼近汀州，广东边防不可不先事防维，着毛鸿宾、郭嵩焘赶紧筹画，豫为布置。张运兰一军，仍遵前旨，催令迅速入闽，毋再迟延。鲍超、周宽世等军，据沈葆桢奏：（雨多路阻，月底方能抵江）；昨据曾国藩奏：（鲍超已至九江）。着该大臣严催鲍超及周宽世全军迅速援江，不得再行迟滞。将此由六百里各谕令知之。
初三日（壬申），以福建彰化县城解围，赏同知曾云书、守备练锋等花翎，守备颜逢春等蓝翎；余升叙有差。
秋七月初五日（癸卯），以内阁学士殷兆镛为福建乡试正考官、宗人府理事官阿克丹为副考官。