圣祖仁皇帝康熙元年壬寅（附永历十六年）正月，成功分遣诸将屯田。忽报其父芝龙凶信，功顿足躃踊，望北而哭曰：若听儿言，何至杀身；然得以苟延至今日者，亦不幸之幸也！令文武官员各挂孝。及知毁墓，向西切齿而骂曰：生者有怨，死者何仇？敢如此结不共戴！倘一日治兵而西，吾不寸磔汝尸，枉作人间大丈夫！每与诸将言及五省沿海人民移徙内地，叹曰：吾欲留此数茎发，累及桑梓人民！且以数千里膏腴鱼盐之地、百万亿众生灵，一旦委而弃之，将以为得计乎？徒殃民而已！吾若不决志东征，苟徇诸将意，株守各岛，岂不笑吾英雄为其束缚？今当驰令各处，收沿海之残民，移我东土，开辟草莱，以相助耕种，养精蓄锐。俟有衅隙，整甲而西，恢复迎驾，未为晚也。功在台，令过于严，犯者，虽亲信无赦。马信谏曰：立国之初，宜用宽典！成功曰：此知其一，不知其二。立国之初，法贵于严，庶不至流弊。俾后之守者，自易治耳。故子产治郑、孔明治蜀，用严乎？用宽乎？信服其论（评曰：海外偏安一小隅，有方立法庶无虞）。
二月，成功檄洪旭、黄廷同兄泰等，陆续载诸眷口过台。
三月，成功以洪旭、祁辟等十人分管社事。时台地初辟，水土不服，病者即死。故致各岛搬眷，俱迁延不前。有伪言：南澳陈豹不遵令，已密通平南王投诚。功信之，随手谕与经并洪旭等，令周全斌领大熕船五只过厦门，合杜煇、黄昌等师击豹。豹闻之大惊，急集诸将议曰：必有大奸人反间，如之奈何？诸将曰：请速遣人往辨。豹曰：辨不及矣。诸将曰：若不往辨，当整船御之。豹曰：御之，则情真矣。两虎相斗，必有一伤。诸将曰：不辨、不御，坐以就擒乎？豹曰：本爵自从平公数十载（平公指芝龙），一片肝胆，惟天可表。今既信谗而来，辨之弗能及，御之非本心。此乃藩主相逼，自坏长城半面，非本爵背恩而去。尔等速收拾下船，舍此一块土，入粤投诚，何如？诸将咸应曰：本爵所见极是。豹遂率众踉跄下船，从虎头门投诚。平南王尚可喜为之题请，封豹慕化伯。不数月，豹双目俱瞑。全斌领舟师到宫仔前，知豹已去，惟空城而已。急追之，获其子士鳌并家资，报捷于经。经令斌安插百姓，交护卫左镇杜煇守，然后班师。经因私通陈氏有娠，生男子，跪报侍妾所出，并陈豹已遁，南澳业令杜煇暂守之启。功大喜，颁赏台湾诸将士暨留守金、厦兄泰并洪旭、黄廷、王秀奇等币帛。而又加给其妻董氏金六锭、花红六疋；子经四锭、花红四疋；生母陈氏金二锭、花红二疋。孙赏亦如之。
四月，兵部司务林英削发为僧，从云南逃至厦，过台见成功。功问：云南皇上恢复如何？英曰：当时败军之际，李定国请皇上入峒乌。峒乌之车里、里角诸蛮杂处，不相统辖。我今临之，必无所拒。安顿主于峒内，我诸将设御于峒口。胜则六诏复为我用，不胜则境接交趾，召暹罗诸船入海，航船来厦寻藩主，合师进取。沐天波坚请：当入缅甸。缅甸昔宣力于本朝，而本朝待之甚厚，素怀忠义。患难相投，必倾心相待。且窜处荒外，吴三桂未必相逼。马吉祥、李国泰咸助天波之议，皇上意决。定国跪泣奏曰：臣不能挽陛下之驾，罪该万死！请留太子、督臣等以牵制缅甸；则皇上可安寝于内。上犹豫不忍。定国拜辞，谓天波曰：明朝存亡，全担在公，公其努力！愿无生后悔，而追忆余言也。于是皇上入缅甸。马吉祥又请旨撤去戈殳，恐惊百姓。天波请留太子，入茶山调度兵马，庶皇上在缅甸，外有盘罗之固、内有泰山之安。帝与后商，不允请。英见朝政出于奸辅马吉祥、逆戚李国泰，故削发为僧，逃回。甫至粤西，闻吴三桂师攻缅甸。吉祥等酬唱御营，出入无惮。缅人见君臣无礼，遂炽战心；密通吴三桂，云已受辱。成功顿足曰：皇上何如此执迷，不从李定国之议？马信请曰：皇上既然被难，理应挂孝，去朔。功曰：不可。路途遥远，英亦耳闻，事蹟涉疑。今若以讹传妄举，倘后来圣驾若在，则将奈何？仍尊朔号。候有日西向询其的确，然后布告中外，推有德者立之。信、英等咸曰：藩主所见甚远。忽经差齎谢启暨诸王、乡绅贺启至。功阅及尚书唐显悦内有三父八母，乳母亦居其一。
令郎狎而生子，不闻饬责，反加齎赏。此治家不正，安治国乎？功登时气塞胸膛。立差都事黄毓，持令箭并昼龙桶三、漆红头桶一，过金门与兄泰，同到厦门斩其妻董氏治家不严之罪，并其子经与所生孙、乳母陈氏。黄廷、洪旭、陈煇、王秀奇等，接令骇然。泰与毓、旭等相议曰：主母、小主其可杀乎？然藩令到，又不得不遵。以我愚意，可将陈氏并孙杀以复命。至主母、小主，我等共出启代为请罪。不知列位以为何如？旭曰：此金石至论，拜服！拜服！随将所议启董夫人与经。经与董夫人曰：此可于法两尽。遂出二人斩之，将头付黄毓过台报命。功不允，解所佩剑交黄毓，再来金门见泰，必当照令而行。泰踌躇，送毓先过厦门见经。经急将毓等拘禁，与旭等相议。报蔡鸣雷从台湾来，经传问台信。鸣雷曰：藩主誓必尽诛。如有违者，将及于监斩诸公。且有密谕往南澳与周全斌（时鸣雷在台有过失，恐成功见责，故给假来厦搬眷，因而设言吓洪旭等人）。旭曰：世子，子也，不可以拒父。诸将，臣也，不可以拒君。惟泰是兄，兄可以拒弟。凡取粮饷诸物，自当应付；若欲加兵，势必御之。遂将此意通郑泰。立遣援剿右镇林顺带领兵船，出守大担。适周全斌征陈豹回归，黄廷虑其有受成功密谕为变。启经：先下手为强，全斌不可纵！经然之。全斌入见，执交援剿左镇黄昌监守。功接厦门诸将公启，内有报恩有日，候阙无期之句，知金、厦诸将拒命。心大恚忿，即差洪有鼎持谕与周全斌，令其回师监杀。有鼎到南澳，船上铜山，闻全斌业已被执，不敢前。
五月朔日，成功偶感风寒。但日强起登将台，持千里镜，望澎湖有舟来否。初八日，又登台观望。回书室冠带，请太祖祖训出。礼毕，坐胡床，命左右进酒。折阅一帙，辄饮一杯。至第三帙，叹曰：吾有何面目见先帝于地下也！以两手抓其面而逝。左右报其弟袭暨黄安、马信入视，信令出红缎盖之，然后通知各文武，祭奠举哀（成功于戊寅岁年十五，补南安学弟子员。屡试极等，而两赴乡闱。至乙酉，年二十二，父芝龙引见隆武，赐姓名。戌，年二十三。秋九月，不从父投诚，潜匿金门。丁亥，年二十四。以只身而奉故朔，海岛群雄，拱手听其约束；五省移徙，避其锋锐。且当败军喘息，又能镇定强战。继而，开辟海外乾坤。至壬寅岁五月初八日逝，年三十九岁。屈指统众共计一十六载，以忠义自誓，严治军旅，推心置腹，临阵身先。计策己决，赏罚无私，仇亲兼用。噫！亦可谓人杰哉）！袭始治丧，差人往金厦报讣。
十三日，马信以哭泣伤怀，染病死。一时台中皇皇，诸将举袭护理，以安众心。袭心腹蔡云、李应清、曹从龙、张骥四人谋曰：护理不过数日而已，岂能南面自尊？云曰：弟承兄业，理之最正，但苦无援耳！骥曰：欲举此事，当谋之有兵权者方可。先达主公，然后候吾探各镇说之。从龙曰：此论诚是。四人遂密告袭，袭欢然许之。骥即往黄安营中，见安曰：世子乱伦，情急于势，党众拒父。今幸藩主晏驾，可以无虑矣。安曰：年少举动，是左右无人耳。虎虽恶，不伤其子，岂可率众相拒？骥曰：如公所言，此乃不孝，乌可承统乎？安曰：此何说？子承父业，谁敢异心？骥见安辞色严厉，知不可说，佯曰：子承父业，理之正也。吾所言者，死恰其时，可以解释父子相仇耳。遂辞安出。往黄昭营中，见昭曰：护理知公勤劳，令骥致意。昭曰：昭有何能？乃荷护理注存若是。骥曰：护理计台湾战功，惟公居最；恐世子不知耳。昭曰：世子远隔，乌得而知？骥曰：藩主之死，死恰合时，可以免世子拒父之罪名。昭曰：观其所行，真不堪为人上。骥曰：金厦、台湾，业成水火。昭曰：然。骥曰：公握重兵，扶护理于台，护理岂肯忘公乎？昭曰：护理，仁慈弟也。弟承兄业，未为不可。我非贪涎爵禄，亦择主而事，候与中冲合谋。骥曰：此诚妙算，公当速行！吾归，以公言报护理。骥还回启袭。袭割衣襟，令骥与昭结为姻娅，嘱速通中冲举事。是夜黄昭到萧拱宸营中，对拱宸曰：岛中世子可治兵以拒父，台湾独不可承兄以继统乎？拱宸曰：此亦公论。世子行既不正，护理仁慈，承继大统，名正言顺。遂合谋。次早，密报袭。袭与曹从龙、蔡云、李应清、张骥商议。从龙曰：可假藩主遗言，数世子罪状，命弟继统，方可以服众。袭曰：此计诚妙！你可速书遗意，付昭等行事。袭即假成功遗言，出告四方。黄昭、萧拱宸即扶袭为东都主，分兵拒经。其余诸将，阴持两端观望。独黄安心忿，阳为和悦，密遣人坐小哨以报经。请经速治兵过台，迟则安固难动也。
十四日，经接讣音，随欲设位挂孝。洪旭曰：国不可一日无君，当先嗣位，然后发丧。经从之。洪旭、黄廷、王秀奇等同诸文武修表达行在，请经就厦门嗣位，称曰世藩。布告各岛、台湾，方举哀。十八日，又得提督建威伯马信因哭泣过伤死报，经愈大悲恸，厚恤其家。
二十一日，报诸将奉其叔袭护理。六月初二日，接黄安密陈黄昭、萧拱宸二贼假先藩遗言，命袭为东都主，业分兵拒险启，经骇然。旭曰：事久多变，速出周全斌勒兵过台湾，正位。经是之。出全斌为五军都督，以陈永华为谘议参军、冯锡范为侍卫，整兵欲东。