是年，世祖章皇帝宾天，而今上即位，以明年为康熙元年，大赦天下。诸辅臣以闽疆连年用兵，倾费钱粮，而两岛何其未平？请旨切责总督李率泰与兵部尚书苏纳海。会海澄公黄梧一本，内密陈灭贼五策：一、金、夏两岛弹丸之区，得延至今日而抗拒者，实由沿海人民走险，粮饷、油、铁、桅船之物，靡不接济。若从山东、江、浙、闽、粤沿海居民尽徙入内地，设立边界，布置防守，则不攻自灭也。二、将所有沿海船只悉行烧毁，寸板不许下水。凡溪河，竖桩栅。货物不许越界，时刻了望，违者死无赦。如此半载，海贼船只无可修葺，自然朽烂，贼众许多，粮草不继，自然瓦解。此所谓不用战而坐看其死也。三、其父芝龙羁縻在京，成功赂商贾，南北兴贩，时通消息。宜速究此辈，严加惩治，货物入官，则交通可绝矣。四、成功坟墓现在各处，叛臣贼子诛及九族，况其祖乎？悉一概迁毁，暴露殄灭。俾其命脉断，则种类不待诛而自灭也。五、投诚兵官散住各府州县，虚糜钱粮。倘有作祟，又贻害地方不浅。可将投诚官兵移住各省，分垦荒地，不但可散其党，以绝后患；且可蕃众而足国也。廷议：遣兵部尚书苏纳海来闽勘迁。
湖广道御史李之芳闻之叹曰：自古养兵，原以卫疆土；未闻弃疆土以避贼也。上疏曰：为冒死条陈，乞俯恤民瘼，以固国家事。山贼、海寇，何代无之？但当制驭有方，使民获宁宇；未闻堂堂天朝迁民避贼者也。夫迁民，事势之至不可者，今窃为陛下陈之：圣朝仁政，以得民为本；万民归心，以输纳为先。五省沿海一带，遭逆荼毒，正供、杂派输将恐后。此足征顺民之大端，而深可怜悯者也。梁惠移粟，孟子短之。今诏谕欲徙五省沿海边民，何以垂训后世？此臣所谓不可者，一也。昔日明政不修，逆闯犯阙，北京沦没。我期兴仁义之师，驱除逆党，救民水火，是以率土归心，满、汉一家。今中左弹丸之地，不思征讨，遽迁以避，其如天朝体统何？所谓不可者，二也。郑成功江南大败，胆破心寒。今已远遁台湾，所有余孽，或剿或抚，呼吸可定；况沿海皆我赤子，一旦迁之，鸿雁兴嗟，室家靡定。或浮海而遁，去此归彼，是以民予敌。所谓不可者，三也。周成王亦有迁顽民于洛邑，当得田宅以优养之、设庠序以教育之，使其民知礼义而无异心。今欲迁沿海一带，当日出示，谕限数日，官兵一到，遂弃田宅、撤家产、别坟墓，号泣而去，是委民于沟洫也。为民父母，岂忍若是？所谓不可者，四也。江南薄土，一夫受田不满三亩；一家聚食，尚捕鱼买贩以补不足。圣谕颁下，欲酌给田宅，安插移民。田宅无所措。当道者未有处置，惟催赶日促，使民而逃。贫者不过数日之粮，富者亦但数月之储，逼处内地，无家可依，无粮可食。饿寒逼而奸邪生，不为海寇，即为山贼。一夫持竿，四方响应，其若之何？所谓不可者，五也。郑成功前年欲抚时，求海滨二府驻防，文武官长听其选择，税赋尽输军国之用，尚欲纳东西二洋船饷数万；时正以为不可。今五省之民，沿海已居其半，当道者不思制插安民，只欲尽以迁移，能使贼自毙乎？是贼未必能歼灭、未必能尽降；而国家先弃五省之地土、人民。所谓不可者，六也。江南鱼盐，为富强之资。沿海一带，鱼盐之利何啻数千万？土产之物，百倍其利。况乃日用之需，盐更五谷之辅，一日无盐，物将日腐。
且土产年例解京，从此而止。所谓不可者，七也。夫郡县内地，亦赖边界以扞御，故朝廷设边界为郡县藩篱，亦以卫民。今兵不守沿海，尽迁其民，移居内地；则贼长驱内地，直抵其城邑，其谁御之？不如分守内地之兵，拨一半守边界卫所，联络乡民，以相助战守，使贼不敢睨视边界；如是则内地免守。所谓不可者，八也。当道者，不为深谋远虑，操一朝之权，弃百姓过于反贼。万一不顺，问谁之咎？臣今愚忠，冒陈天听，稍可济元元之命，万死不敢辞。或以臣言为可采，则臣死荣于生；倘以臣言无可用，虽不死何益于国？伏望颁除迁移之令、下哀痛之诏，使民沾恩惠、国享长宁！疏上，留中（李之芳山东进士。甲寅之变，为浙江总督。江元勳犯衢州，实赖之芳。后拜相国）。
七月，张志、黄明纵管事杨高凌削土番，大肚番阿德狗让杀高反。成功令杨祖征之。祖与让战，中标枪死。其锋甚炽，欲出援荷兰。功复令黄安、陈瑞二镇往征。安设伏诱战，遂斩阿德狗让。抚绥余党，班师。
八月，揆一王尽出其众，分水攻赤嵌、陆攻鲲身。功令黄安统众御陆，亲统陈泽等左右戎旗配船合击。鏖战终日，黄昭获夹板一、小艇三。荷兰大败，仍死守其城。
兵部尚书苏纳海至闽，斥弃海岛，令黄梧拏诸大商贾，毁郑氏之祖坟；惟安海五马奔江水葬者，无处寻觅。挖起者，将大杉木锯开两边，中凿孔相连，将各尸合在内，用铁箍箍上，外加封皮。沿途递解，逢郡县收狱。至福州，因差者横肆无状，威喝县官。县官恶之，以其未奉旨，通详中止。
十月，郑芝龙家人伊大器出首龙与子功不时书信往来，谋为不轨，遂收芝龙。寻而弃龙于燕市，并子弟共十一人。
十一月，成功令宣毅前镇陈泽同右虎卫左协陈冲，驾小船数十只，内装硝磺引火诸物，乘北风烧夹板。又令黄安督众鲲身夹攻。揆一王分众御敌。夹板被烧三只，死伤甚多，王大烦躁。功见大胜，时荷兰势窘，功遣通事李仲入城说揆一王曰：此地非尔所有，乃前太师练兵之所。今藩主前来，是复其故土。此处离尔国遥远，安能久乎？藩主动柔远之念，不忍加害，开尔一面：凡仓库不许擅用；其余尔等珍宝珠银私积，悉听载归。如若执迷不悟，明日环山海，悉用油薪磺柴积垒齐攻。船毁城破，悔之莫及。王与诸酋长闻之悚然，愿罢兵约降，请乞归国。仲出，覆成功。功允其降，许放归国。随将王库银两、火药、火炮照册缴纳；其余诸物，悉听其搬下夹板。
十二月初三日，成功纵揆一王回国。今安平镇城楼，相传内有红毛火药库，不敢开，虑其暗用火石，恐一动便发也。后被朱一贵打开，内系铜熕、药、铅等项。功以荷兰去，台湾平，遂祭告山川神只，改台湾为东都。附红毛城置第宅，居焉。
初六日，诸镇兵诣成功辕门，告给发月粮扣克，用小斗。质实，杀府尹杨朝栋、知县祝敬、斗给陈伍等示众。以其叔芝莞之长子郑省英为府尹。令黄安监守安平镇，周全斌总督承天府南北诸路。自领何斌、马信、杨祥、萧拱宸等，带铳手三百、牌手三百、弓箭手三百、大刀手二百，备具口粮十日，从新港、目加溜湾巡视。见其土地平坦膏沃，土番各社俱罗列恭迎（土番俗无跪，蹲下合掌，即跪之礼也）。成功锡以烟布，慰以好言，各跳跃欢舞。观其社里，悉系斩茅编竹，架楼而居。虽无土木巩固，实有疏林幽趣。计口而种，不贪盈余；以布作幔，不羡繁华。诚三代以上人民也。由萧垄、麻豆、大目降、大武垄、他里雾、半线各处踏勘而回。次日，大会诸提镇、参军议事。成功曰：大凡治家治国，以食为先。苟家无食，虽亲如父子夫妇，亦难以和其家；苟国无食，虽有忠君爱国之士，亦难以治其国。今上托皇天垂庇，下赖诸君之力，得有此土。然计食之者众、作之者寡，倘饷一告匮，而师不宿饱，其欲兴邦固国，恐亦难矣。故昨日躬身踏勘，揆审情形，细观土地，甚是膏腴。当傚寓兵于农之法，庶可饷无匮，兵多粮足。然后静观衅隙而进取。黄安曰：开疆辟土，垂业万世，诸将自当唯唯。但欲寓兵于农之法何如，愿请指示。功曰：古者量人受田，量地取赋。至商虽变为井田，亦是九一之法，兵民无分。迨至秦，井田废，兵民始分：民任转输，兵任征战。
后汉、唐、宋、元屡年征战，兵甲蕃众，筹饷者徒为仰屋；故善为将者，不得不兴屯以富兵。如诸葛屯斜谷、司马屯淮南、姜维屯汉屯、杜预屯襄阳，悉是两敌相对，恐转运维艰，土有饥色，故寓兵于农以备敌。若夫元之分地立法、太祖设卫安军，乃天下已平，恐虚糜空乏，故以为农者七、为兵者三，寓农以散兵，非无故也。今台湾乃开创之地，虽僻处海滨，安敢忘战？暂尔散兵，非为安逸，初创之地，留勇卫、侍卫二旅，以守安平镇、承天二处。其余诸镇，按镇分地、按地开垦，日以什一者了望，相连接应，轮流迭更。是无闲丁，亦无逸民。插竹为社，斩茅为屋。围生牛教之以犁，使野无旷土，而军有余粮。其火兵则无贴田，如正丁出伍，贴田补入可也。其乡仍曰社，不必易；其亩亦曰甲，以便耕。一甲三十一戈二尺五寸（豪按：据高拱干修台湾府志及王礼修台湾县志，作一甲二十五戈），一戈东西南北四至长一丈二尺五寸。今归版图，亦以此为则，照三年开垦，然后定其上、中、下则，以立赋税。但此三年内，收成者借十分之三，以供正用。农隙，则训以武事；有警，则荷戈以战；无警，则负耒以耕。寓兵于农之意如此（评曰：创业农为本，安军食必先；讲求相寓意，海外有新田）。马信诸镇咸起谢曰：藩主今日不惜辛勤，跋涉兴师，开辟海外乾坤，创业以遗子孙，诚古来之未有也！今又寓兵于农，实万世良法。自当凛遵而行。即日贴分，各照地方领兵前去开垦（评曰：征诛当有兵，安韩可无耕；筹画寓农计，开疆千古名）。