顺治七年庚寅（附称永历四年）正月，成功至潮阳，知县常望凤投降。令洪旭督征粮饷。和平寨不服征，遣右先锋镇杨才往攻。才破其寨，屠戮无遗。才不日亦暴病死，成功以林勇代领其众。陈斌引黄亮釆来降。
三月，以施郎为左先锋镇、弟显贵为右先锋镇、黄廷为援剿右镇、王秀奇戎旗镇、甘煇亲丁镇。
四月，成功复至揭阳，攻新埠寨。寨长乞输饷，许之。
五月，诏安九甲万礼从施郎招，领众数千来归（礼即张要，漳之平和小溪人。崇祯间乡绅肆虐，百姓苦之；众谋结同心，以万为姓，推要为首。时率众统踞二都，五月来降）。
六月，成功引舟师击苏利，风逆，反师围潮州。陈斌烧断广济桥，日夜攻击。尚久死守，乞救于漳镇王邦俊。俊亦奉恢复浦、诏檄，随统大队骑步至长桥，把守罗山岭。黄廷、洪政不战弃城遁。俊安民毕，侦知守盘陀贼众，据险扼守，不得进。邦俊以骑兵往来诱敌，令副将王之刚从盘龙小路度岭，又令游击张胜由杜浔而过云霄，合围攻击。宸枢分头迎战，至炮矢尽，全军皆没。邦俊复云、诏，进师黄冈。成功得报，不恨浦、诏之失，大伤宸枢之亡。知救援至，遂退潮阳。黄亮釆乘虚同陈拔五、李英等叛攻行营。甘煇迎击，斩釆父子与拔五等，方定。
八月，芝鹏至潮阳，说成功取厦门为家。成功曰：彼船只倍多，部将老练。取之不得，反结为仇。芝莞曰：建国（即郑彩）远行，惟联在厦。迩来横征暴敛，民不聊生，取之正当其时。施郎曰：征之未见为是，当设计图之。功曰：试陈可图之计。郎曰：联乃酒色狂徒，无谋之辈。藩主可领四只巨舰，扬帆回师，寄泊鼓浪屿。彼见船少，必无猜疑。其余者陆续假为商船，或寄泊岛美、浯屿，或寄大担、白石头，或从鼓浪屿转入崎尾，或直入寄碇厦门港水仙宫前。藩主登岸拜谒，悉从谦恭，然后相机而动。此吕蒙赚荆州之计也。功曰：此计甚当！但吾欲善取之，庶免杀兄之名（彩、联与成功通谱，故称兄）。芝莞曰：不杀之，恐其部卒恋主；不如杀之为是。建成、元吉岂非亲兄弟乎？成功点首。选健将五百，令甘煇、施郎、洪政、杜煇四将统之，配船四只，其余依计而行。成功于中秋夜舟到鼓浪屿，联方宴客于万石岩，作彻夜欢。次早，成功登岸拜谒，联尚宿酒未醒。迨起梳栉毕，出会。成功曰：师屡败绩，赧颜相见。倘吾兄见怜，以一旅相助，得片土栖身，终不敢忘大德。联曰：吾弟何出此言？军旅相助，分所当然。随留小酌，快谈雄剧，终日无倦。成功辞出，见联不为备，密令诸船陆续进港，与联舰比。且约部署，听炮为号，争先过船。成功设酒于虎坑岩还礼，联即赴席。是日投壶角胜，酣畅倍常，至戌刻，方掌灯回。
途次半山塘，杜煇等伏起刺联，取其首级匿之，飞报成功。功于岩顶放炮，即勒兵入城。佯搥胸顿足曰：谁杀吾兄？仇不共戴！哭甚悲哀。令兵守联与彩宅门，云：非吾令不许擅入！出示晓谕，有人报说者，赏千金。并即安民，市井无惊。其诸将船业为施郎、洪政、甘煇等所困。知联死，陈俸、蓝衍、吴豪等咸归焉。继而彩将杨朝栋、王胜、杨权、蔡新等率全队舟师来降。功以栋为义武镇，胜为水师统总。旧将蓝登来见，授为援剿后镇。又遣洪政持书折矢出招郑彩。当彩欲行时，曾嘱联曰：国姓航船来往，宜备之！联曰：少年乳臭，虚名而已，何足介意？彩曰：弟言谬矣，切不可以少年轻之！细观调兵，甚有经济。联掀髯大噱曰：吾兄行兵半世，何作此懦想？兵船粮饷，胜彼十倍，彼安敢正视？彩曰：饥虎不可为邻，吾提师远出，弟当留心防范，切不可以为戏！迨至接联被杀之报，叹曰：是吾之咎，托非人也！迨洪政至，彩曰：吾年老气衰，细观诸子弟，能继志者，大木耳（大木成功字）。吾愿全师解付。令弟斌同政回厦复命。成功大悦，遣官往接。及相见，欢爱如初。言及联事，成功大恸。彩将兵船悉交成功。功见彩诚实，永无猜疑，待之甚厚。卒于厦门。
苏利侦知功航船回厦，率众攻破惠来。守将卢爵战死，知县汪汇不屈自刎。成功差洪政招闽安、铜山、南澳诸岛，咸听约束。功以辅明侯林察为左军、闽安侯周瑞为右军、定西侯张明振为前军′平彝侯周鹤芝为后军，自为中军元帅，用蔡福为内司中军镇。每军大小船一百号，凡有原镇各分隶之。泉州人冯澄世（字亨臣，隆武举人，有机略）、潘庚钟（字道宣，壬午举人，善谋策）、纪举国（壬午举人，同安人）、林俞卿（武举人，漳州人）、林奇昌（隆武举人）、蔡鸣雷（晋江人，庠生）、诸葛倬（字士年，隆武恩贡）、蒋德璟（荐授翰林待诏，迁光禄寺少卿）、薛联贵（字忠达，乙酉举人，广东潮州海阳县人，后投诚任江西粮道）、郑擎柱（丁卯举人，后投诚）、邓会（福州人，后投诚，授太原知府）等为参军。整备操演，以俟进取。忽黄文从广西间道賫永历诏至。因何腾蛟攻长沙，命马进忠由益阳出，为李赤心所杀。腾蛟不屈死。又南昌破，王得仁伏诛，金声桓赴水死。守赣将高进库为前导，直趋信丰。诸将劝李成栋且退师，栋不允。相持，会久雨，多叛去。栋愤甚，命酒，痛饮大醉。水涨甚，左右挽之上马。马失足，人马俱沈。三日水退，栋立泥中，始知其死。杜永和举全粤投诚，广西危迫，召成功舟师从虎门入，李定国督骑步兵由三水出合攻。成功谢恩毕，用原总兵黄斌卿将黄大振为援剿前镇，守海坛；拨水师阮引、何德、陆师蓝登等属芝鹏，镇守厦门；自率诸镇，配船百余号，南下勤王。
十一月，至潮阳。时施郎与陈斌不睦，功因未进师。有首黄海如通尚可喜，成功遣林习山袭杀之，宥其余党，分配各镇，一时乃安。
顺治八年辛卯（附称永历五年）正月，成功舟师回南澳。以萧拱宸为中冲镇，沈亲为护卫右镇。令洪政、施郎、陈埙、郑文星等回厦门。
二月，成功引舟师至白沙湖，遇暴风，收入盐州港。擢蔡进福为内司水师镇，施举为水师右镇。
三月，至大星所，杀败惠州援兵，攻其城，下之。时福建巡抚张学圣按泉郡，侦知成功往粤东，立咨驻泉中路总兵马得功，统兵乘虚袭厦门。得功随统辖骑兵，先从五通渡过。水师镇阮引不战而遁。芝莞闻报，席卷珍宝，弃城下船。岛中鼎沸，成功妻董氏怀神主出，步行海滨，见船仔招之曰：我董夫人也！舵工林礼泊岸，背夫人落船。夫人曰：那只船是莞爷的？礼指以重载者是。夫人令泊其船。芝莞见夫人，忙请曰：此战舰也，不便居。请夫人到家眷船中，有人伏伺。夫人知此船系芝莞积藏，识破机关；乃曰：媳妇喜乘此船。今战征时候，非此不可。莞再三相强，夫人坐而不动。得功领五百余骑往来驰骋，百姓奔窜石洞。原阁部曾樱，人劝其出遁。樱笑曰：吾今日犹得正命清波，幸也！遁何处？自缢死（曾樱字二云，江西人，辰进士。隆武亡，依成功。门人阮文锡、陈恭以僧龛抬下船，至金门王槐家收殓）。
张学圣与兴泉道黄澍、原同安县张效龄督大队至，适潮大涨，遂登五通山。一望波涛万顷，而岛屿孤悬海外，险地也。顾谓澍曰：此乃绝地。我若过去，船只不继，缓急岂能飞渡？实用兵之忌。即下山，引师返。得功知后军已退，不敢坐镇，走篔簹港，遇郑鸿逵将杨杼素、吴渤与战。得功奋勇，射死吴渤，杼素不敢迫。施郎闻知，率陈埙、郑文星等从厦门港登岸追赶至，得功战少怯。计穷，遣人驾小船见鸿逵曰：虽彼此间隔，各尽其职；然亦无时不悬念公也。今得功奉令过岛，未曾扰一草一木。奈欲退无舟可渡，得功必死于此。得功死，分所当然；但恐此岛人民万不能全耳。且公兄在京，眷口在安平，其能安乎？不如宽得功片刻，假渡而归。一举两得，得功幸甚，即公亦幸甚。乞熟思之！鸿逵动昔日之情，亦以为然，放松高崎守，假渔船数只，渡得功回泉（鸿逵初除天津抚院郑宗周坐营，转隶都督孙应龙麾下。登莱之役，应龙失机，逮系天津狱；复与大同巡抚张廷拱同事。未几，与芝龙平红毛功，勳荫锦衣卫掌刑千户。继晋指挥使。癸未，授登州副将。甲申正月，曾应遴荐副将郑鸿逵缓急可用；诏益兵三千，命鸿逵镇守南赣。至弘光嗣位南京，檄守釆石矶，以右军都督挂镇海将军印。时得功为标下守备）。
当得功渡厦时，都督郑德、副将周王臣坐快哨，飞奔大星报成功。功即率大队舟师于四月初一日到厦门，计得功已去五日矣。成功大愤鸿逵卖情，令一应镇将不许赴鸿逵衙署，逵遂移师出屯金门之白沙。成功亲历各要口，亲祭阁部曾樱。改厦门为思明州，以郑擎柱为思明知州。督民夫筑炮台数处，拨劲旅防守。将董氏所乘芝莞船积藏金银，搬充军饷。
初十日，成功大会文武，议厦门功罪。实施郎银二百两，陈埙、郑文星银各一百两。芝莞以失机论罪当斩。莞欲辩；而成功已冠带请旨，出隆武所赐尚方剑，斩莞示众。诸将悚然。顷献首阶下，功令悬之街三日，方许收葬。并有本藩铁面无情。尔诸勳臣镇将，各宜努力。苟不前进怯敌，本藩自有国法在；虽期服之亲，亦难宥之。谕阮引、何德各捆责五十，蓝登姑宽其罪立功。吴勃遣知州致祭，厚恤其家。于是众军股栗，无敢犯。