顺治五年（附称永历二年）戊子夏五月，成功统林习山、甘煇等犯同安。守将游击祁光秋、协防游击廉郎合领骑步会九都乡勇出御。甘煇挺身出战，守备王廷坐马失脚，被斩，兵溃。成功挥军至城下，光秋与郎急抽兵入城。与知县张效龄议曰：贼兵势大，恐孤城难守。不如与公今夜乘其无备，开门遁去，然后请师恢复。公意如何？龄曰：食君之禄，守君之土，分所当然。今贼虽众，吾当与公婴城死守。漳、泉二处，必发兵来救。岂可弃城，以自取罪？郎曰：公所言者守经，弟所言者行权。贼兵势大，水陆云至，兵伤已过半。即有一二健勇，亦伤弓之鸟，是兵卒不足恃也。地方平坦，城垣低矮，一旦四面环攻，炮器火药甚少，是城郭不足恃也。纵能御之，而援兵迟至，仓廒无积，是粮又不足恃也。有此数难，当达权暂退，再作商量。弟岂不知食君之禄、守君之土耶？效龄闻言，如梦方醒曰：非公剖晰，几乎误矣。约二更，即率骑兵各饱食，同效龄开西门遁。
百姓知文武弃城去，天曙，迎成功入城。功出令安民，不许骚扰，民赖以安。功以叶翼云为同安知县，劝谕追征，以助军需。陈鼎为教谕，传告诸生，起义勤王。忽报辅明侯林察自广东逃回，因与苏观生等共立绍武，曾御永历于三水，后共镇虎门。广东破，不敢归永历，仍回闽见成功，详陈瞿式耜等拥立桂王始末。成功加额曰：吾有君矣！遂设香案望南而拜，尊其朔号。即修表，遣原隆武中书舍人江于灿、黄志高二人从海道入广称贺，并条陈时势。即以邱缙、林壮猷、金作裕三将守同安，自领大队舟师至铜山，候永历旨，以便会合恢复。
提督赵国祚知同安陷，飞报总督转题。奉旨遣佟鼐、李率泰、陈锦三大人督师恢复各处地方。七月初三日，檄到。邱缙等闻报，即与叶翼云、陈鼎议战守策。翼云曰：今新君登极，我藩主志存勤王。以一城托我等，自当竭力御守。邱、林二将军可督兵守大盈岭，以扼泉师。金将军守苎溪岭，以扼漳师。翼云等督民兵守城。一面通知本爵（即芝豹）出奇兵于五陵，从中截杀，以分其势。一面飞请藩主回军救援。不知诸公意下如何？金裕等应曰：公筹画得宜；谨听尊命。即出兵守要口。佟鼐督师至，邱缙、林壮猷列阵以待。被领旗黄有信率骁骑冲突，三大人同提督挥军齐进。邱缙中五箭，林壮猷独力难支，遂遁入城。金裕闻邱、林败绩，空守苎溪岭无益，亦敛军回；与翼云、陈鼎分门死守。三大人于八月十六日晓夜攻击，雉堞平地，城遂破。邱缙、林壮猷、金作裕各巷战力竭死。翼云当城未陷时，谓陈鼎、邱、林三将曰：余今虽未死于君事，却得死于明土，亦吾辈之幸也。迨至被擒解见，从容自若，与陈鼎俱不屈被杀。三大人以城内坚拒，伤士卒甚多，发令尽屠戮，血满沟渠，应同安血流沟之谶（附记：有泉州同安金门人陈讳世胄，浑称鱛仙。善术数，语事多中，举动似狂。于戌游三山，途次兴化，闻仙游油潭里有王志章者，能刺阴阳事。人称活阎罗。往见之，志章业已先知，置片纸于砚底，属童子候之曰：若世胄到，令自取视。次日世胄到，童子语知。世胄读至鱛鱼死半途。同安血流沟。嘉禾断人种（嘉禾者乃厦门之别号），安海成平浦之句，悚然。奔见成功，以志章言上、陈。功怪其妄，不纳。胄辞归，途次小盈岭暴病而亡。功闻之，亦为之讶。至同安戮屠、血流沟渠，功颇信之。后踞厦门，凡有俘者，悉断其掌放归，以嘉禾断人种，欲以压种字谶也（泉腔：掌读作种）。癸卯十月，总督李率泰破金、厦，提督马得功战死，请弃诸岛，移民于内地；筑限界守之，犯者无赦。而嘉禾果断人种。安平地在界外，亦遂成平浦焉。其谶悉验）。
八月，成功在铜山，整顿船只，训练士卒，候广西永历信到。忽接叶、陈、邱、林告急请援文，即整大队舟师回救。奈北风盛发，难以驾驶，五日方抵金门。侦报同安已破，诸将战死，叶、陈不屈被杀，全城屠戮。功痛哭遥祭，情动三军，遂移师镇海、铜山。漳浦守将王起俸谋降，事泄，弃家从旧镇入铜山；成功受降，加俸总练使，同柯宸枢联络铜山等处，募兵措饷；诏安县五都人林日灼鼓众拒之。功令甘煇往征，日灼旋灭。
十月，江于灿、黄志高同太监刘玉賫永历诏到，晋封成功威远侯。功拜受毕，厚待刘玉。遂兴师从云霄白塔登岸。守云霄将张国柱迎战，被施显贵所杀。遂率众攻城。中军守备姚国泰拒守。城陷，国泰巷战，重伤被擒。功惜其忠勇，令医治，用为监督。
粤东原大学士陈子壮、兵科给事中陈邦彦同起兵，船千艘，合攻广东。因故指挥杨可观、杨景烨为内应，谋泄被杀，悬首城上。邦彦战死。子壮遁据高明，遣家人陈荣賫书赴成功处请救。又原兵部侍郎张家玉，会故南海指挥安弘猷、训导张治亦起兵袭东莞县，杀典史张元鼎，知县郑鋈自缢。李成栋闻报，率兵至，击斩安弘猷。家玉走龙门纠众，遣闽将杨可梁亦賫家书至。成功即整师欲从虎门入援。至靖海，闻二家俱遭难，乃止（子壮字集全，号秋涛，万历已未探花，东莞人。守高明六个月，城破，被执不屈，引颈受刑。同时受难刑部主事朱实莲，字子洁，天启辛卯举人；邑庠生黄英元、旻元。家玉字贤子，东莞人，崇祯癸未进士。佟养甲遣巡道张元琳至其家劝薙发，玉冠带出见，不允。元琳去，玉遂与师林洊谋起兵破东莞。韩如琰自惠州来会师。成栋至，弘猷战死，张治、张恂、尹斌咸自缢。玉祖母陈氏、黎氏赴水死。妻彭氏大骂被刃。玉又率龙门众拔博罗，粮尽众溃。玉复走十五岭，集三万余人攻增城。成栋往援，挥骑冲突。玉阵乱，死战，项中三矢，伤一目，赴水死。割其首，颜色不变。其师林洊被执在狱，临刑吟诗曰：愿续当年李侍郎，遗言谢世报高皇。独怜一片忠精骨，不死沙场死法场！张恂字士和，壬子乡荐。张治字台玉，潮之程乡人。安弘猷，字叔壮，灵壁人）。
李成栋奉总督佟养甲令，提师攻桂林。后合平南、定南、靖南三藩劲旅，直趋武冈。刘承胤令其弟承祖辅永历从间道奔靖州。大学士吴炳被执，不屈死。三藩围武冈，折矢招承胤，胤举城降。部议以其放永历西去，杀之。永历自靖州奔柳州，得何腾蛟、郝永忠、卢鼎兵俱至防御，始安。佟养甲督兵攻全州，何腾蛟率焦琏、郝永忠、卢鼎合滇师赵印选、胡一清分道夹攻，养甲遁。
永历仍还桂林，诸帅不和，兵譁争构衅。成栋侦知，乘虚潜师至北门。式耜守城，腾蛟召诸将合击，栋方退师。栋负平粤有功，而耻受制于总督。偶演戏，其妻张氏见而笑焉。张氏系陈子壮之妾，成栋抄其家，见张氏美丽遂娶之。相从年余，未见欢颜；今日之喜，必有由也。栋诘之，氏曰：为见台上威仪，触目相感。栋令人取冠服自穿，氏起取镜照之。栋跃起曰：真威仪可观也！遂萌反念。密属标兵譁索粮饷，齐集教场，然后请养甲出城抚辑。甲不知是计，同栋行。甫坐下，众兵鼓噪，同时剪辫，即飞书通粤西。巡抚耿献忠亦剪辫，江西提督金声桓同副将王得仁杀童巡抚，剪辫反，应之，共尊永历朔。声桓、得仁咸是左良玉部将，李成栋隶高杰标下，且交好，故片纸至即从。永历命兵部侍郎万翔、兵部职方司揭重熙监局铸印，封成栋惠国公、养甲襄平伯、声桓豫国公、得仁建武侯、献忠两广总督。成栋遣原翰林院检讨蔡之俊賫表前往桂林，请驾幸粤。永历下廷臣会议，未定。瞿式耜疏言有云：驾若东幸，军中将帅谓朝廷乐新复之土；而成栋亦有邀驾之嫌。号令既远，人心涣散，臣恐不能制也。遂不果行。之俊还报成栋，栋具疏再请曰：天下乃太祖之天下。今日光复旧业，何为乐新土？陛下若欲中兴，须亲统六师，行间指挥，俾诸将士奋勇戮力；四方咸知有君，自当响应。岂可偏安粤西，优游度日，令天下豪杰寒心乎？此臣鳃鳃至计，非冀邀驾之功。遂令原给事蒙正发，再往南靖请驾。永历方至肇庆，李成栋率文武跪接如礼。永历抚成栋背曰：朕今日中兴，全赖卿力，决不吝分茅列土之封。栋叩首曰：军旅之事，毋烦陛下深忧，臣自当竭力前进。第运筹帷幄，策应粮饷，岂可乏人？必须元老方可，请召瞿式耜。永历允奏，随加成栋子李元胤为锦衣卫指挥使，提督禁旅。栋复上疏，速当发诏通成功，连兵恢复。召式耜使者三四去，而式耜固辞；且连上五疏乞休，不允。成栋无奈，陛辞回粤，出师。诏至厦门，成功拜接，遂大整军伍，令芝莞统舟师从虎头门进。
顺治六年己丑（附称永历三年）春三月，成功留黄廷、洪政守浦之罗山岭，柯宸枢守盘陀岭。自统兵马下诏安，师屯分水关。修书遣杨干生入潮州，通总兵郝尚久。久乃成栋健将、郝永忠族侄。前因总兵车任重杀惠潮道李光垣、知府凌犀渠、海阳县桂岳等，横苛肆虐，百姓怨望，成栋侦知，密令尚久声言援漳，假道潮州，屯兵城南。时值元旦，尚久轻裘缓带，从者仅数人，入城拜贺。任重接见，尚久礼益恭，尊为前辈；并陈闽省求救之切，祈为策应，夫役已备，刻即起行。任重许之。尚久见任重不为备，辞出。嘱亲信于寓所之转湾抹角，虔礼款散其左右。藏甲兵于内，整部伍于营，约听炮响，立即抢门。任重果不疑，出城回拜，中计被擒。并其众，报成栋。栋会总督修养甲，题为潮州总兵。栋反，驰封尚久新泰伯，久迟疑观望。迨干生賫书至，尚久拒之。成功大怒，率众欲攻潮州。值施天福引土着黄海如来见，海说成功：潮州有备，急则难取。不如旁掠诸邑，以缓其心；然后反击，一鼓可得。功从之，分师旁掠。有海澄人陈斌（其掌有人之贰，人浑号为大巴掌。曾从永历于粤东。师败回海澄，与杨广不睦，广率众围之。斌负其三岁子于背，外掩以甲，腰插铁斧，手执大力，突出杀，至城门，门闭不得出。一手持斧砍门，一手执刀御众。众逼之，斌怒，刀起人伤，人无敢近，碎门逸去。其勇如此）率众来降，成功授斌为后劲镇，合击许龙。时张礼踞达濠、霞美二寨，粮甚足。杨广、朱尧、唐玉劝功舍龙击礼，愿为乡导。功于是撤师攻礼。礼闻大队至，弃二寨走青林，遣人乞降。功允之，授为援剿右镇。又令黄山为帅，督诸军从靖海破惠来县，以汪汇为知县、正兵镇卢爵守之。黄山复破黄山寨。成功回揭阳，会鸿逵。闻逵沈死张礼，心甚怜焉；以其无罪遭杀，载其妻子归安平府中，养之。